Vanina BENOIT
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Présentation
A l’Inra depuis 2001, d’abord en CDD sur des projets scientifiques en rapport avec les biotechnologies, j’ai été recrutée en 2003. Je suis actuellement en charge des activités de **génotypage** conduites dans l’unité. A ce titre, je développe et mets au point les protocoles pour détecter plusieurs types de **marqueurs moléculaires** sur différentes espèces forestières et à partir de différents tissus. J’interviens également dans la coordination des activités de génotypage réalisées sur des plateformes externes pour le compte de l’UMR BioForA.
En pratique, j’organise les campagnes de marquage réalisées dans l’unité. Avec l’aide d’une technicienne, [Corinne Buret](https://www6.val-de-loire.inra.fr/biofora/Personnel/Permanents/BURET-Corinne), nous récoltons sur le terrain les tissus à analyser, stockons et préparons les échantillons au laboratoire, réalisons les manipulations et validons les résultats obtenus. Ensuite, j’effectue les premières étapes d’analyse des données : **validation de génotypes, recherche de paternité, calculs de diversité génétique.**
Les marqueurs moléculaires que nous utilisons en routine sont majoritairement des marqueurs de type **[microsatellites](https://www.gnis-pedagogie.org/biotechnologie-amelioration-marqueur-microsatellite.html)**. Après amplification de l’ADN, la détection de ces marqueurs est réalisée à l’aide d’un séquenceur Applied Biosystem 3500. Nous travaillons principalement sur le peuplier, le mélèze, le frêne, le pin sylvestre et le merisier. Nous avons obtenu pour ces espèces de nombreuses données de référence.
Au laboratoire, j’encadre les stagiaires de tous niveaux : BTS, Master, thèse. Je suis aussi impliquée dans la mise en place d’un TD de génétique auprès des Master 1 Agrosciences de l’université d’Orléans.
Je suis également la **personne référente qualité** de notre unité. Dans ce cadre, j’assure l’animation de groupes de travail, l’accès aux différents documents qualité et le suivi des appareils soumis à métrologie.
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New resources for genetic studies in Populus nigra: genome-wide SNP discovery and development of a 12k Infinium arrayMolecular Ecology Resources, 2016, 16 (4), pp.1023-1036. ⟨10.1111/1755-0998.12513⟩
Article dans une revue
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Post-pollination paternal reproductive success in [i]Populus nigra[/i]: a male affairTree Genetics and Genomes, 2014, 10 (3), pp.565-572. ⟨10.1007/s11295-014-0704-6⟩
Article dans une revue
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Survey of genetic diversity in European Populus breeding programsINUPRAG Meeting 2018, Jun 2018, Barcelone, Spain
Communication dans un congrès
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Diversité et structure génétique de semis de Populus nigra L. suite à des événements de régénération entre 2008 et 2017 sur les îles de Mareau-aux-Prés3. conférence internationale I.S Rivers. Recherches et actions au service des fleuves et grandes rivières. Integrative sciences and sustainable development of rivers, Zône Atelier Bassin du Rhône (ZABR). FRA. Groupe de Recherche Rhône Alpes sur les Infrastructures et l'Eau (GRAIE), FRA., Jun 2018, Lyon, France
Communication dans un congrès
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Genetic mapping of resistance factors to Melamspora sp in Populus sp: a reviewSéminaire interne de l'Université d'Helsinki, Apr 2018, Helsinki, Finland
Communication dans un congrès
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Consequences of fluvial maintenance operations on the sediment morphodynamic and the associated BIOdiversity in the mosaic of MAREAU-aux-prés islands.International Long-Term Ecological Research Network ILTER 1ST Open Science Meeting, Oct 2016, Skukuza Kruger National Park, South Africa. pp.41
Communication dans un congrès
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Napoleonian legacy in Populus nigra populationsIUFRO Genomics and Forest Tree Genetics, May 2016, Arcachon, France
Communication dans un congrès
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A new Genomic resource for Populus nigra and its deployment for genetic studiesIUFRO Genomics and Forest Tree Genetics, May 2016, Arcachon, France
Communication dans un congrès
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Conséquences des travaux d'entretien du lit de la Loire sur plusieurs composantes de la biodiversité au sein de la mosaïque des îles de Mareau-aux-Prés (Loiret)I.S. Rivers, 2e conférence internationale « recherches et actions au service des fleuves et grandes rivières, Jun 2015, Lyon, France
Communication dans un congrès
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Conséquences des travaux d'entretien du lit de la Loire sur plusieurs composantes de la biodiversité au sein de la mosaïque des îles de Mareau-aux-Prés (Loiret).3e Colloque des Zones Ateliers « Les sciences à la rencontre de l’aménagement des territoires », Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS). FRA., Oct 2015, Paris, France
Communication dans un congrès
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Conséquences des travaux d'entretien du lit de la Loire sur plusieurs composantes de la biodiversité au sein de la mosaïque des îles de Mareau-aux-Prés (Loiret).I.S. Rivers, 2e conférence internationale "recherches et actions au service des fleuves et grandes rivières", Jun 2015, Lyon, France. 168 p
Communication dans un congrès
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Intérêts d’approches génomiques complémentaires pour l’analyse de la diversité génétique fonctionnelle de populations naturelles de Peuplier NoirColloque EPGV 2014 "Détection, Gestion et Analyse du Polymorphisme des Génomes Végétaux", Jun 2014, Evry, France. 17 p
Communication dans un congrès
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Breeding poplars with durable resistance to Melampsora larici-populina leaf rust : a multidisciplinary approach to understand and delay pathogen adaptation4. International Workshop on the Genetics of Host-Parasite Interactions in Forestry : "Disease and Insect Resistance in Forest Trees", United States Department of Agriculture - USDA (USA) (USDA). Forest service, Ville service, USA., Jul 2011, Eugene, Oregon, United States. 112 p
Communication dans un congrès
hal-02748005v1
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Tolerance to high temperature and genetic diversity of black poplar families from two environmental contrasting sites5. International Poplar Symposium;IPS V, Sep 2010, Orvieto, Italy
Communication dans un congrès
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Towards broad-spectrum resistance to Melampsora larici-populina rust in poplar: new genetic constructions and potential adaptation of the pathogen5. International Poplar Symposium;IPS V, Sep 2010, Orvieto, Italy
Communication dans un congrès
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Flowering phenology as an essential parameter for pollen flow modelling in Populus nigra L.5. International Poplar Symposium;IPS V, Sep 2010, Orvieto, Italy
Communication dans un congrès
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Association mapping of resistance to rust disease in poplarPopulation genetics and genomics of forest trees : from gene function to evolutionary dynamics and conservation; A joint conference of IUFRO working groups 2.04.01 (population, ecological and conservation genetics) and 2.04.10 (genomics), and COST Action E-28 (genosilva : european forest genomics network), Oct 2006, Madrid, Spain
Communication dans un congrès
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Stratégies raisonnées d'échantillonnage pour capturer la diversité génétique et sa structuration dans les populations naturelles - Application aux mesures de gestion conservatoire.6. colloque national du BRG, Oct 2006, La Rochelle, France
Communication dans un congrès
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Consequences of fluvial maintenance operations on the biodiversity and landscape in the Mareau-aux-Prés islands (National Reserve of Saint-Mesmin, Loire River, France)Second Garden Route Interface Meeting, Science and management co-learning to navigate social-ecological issues, Oct 2018, Sedgefield, South Africa. 2018
Poster de conférence
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Five years study of consequences of fluvial maintenance operations on the biodiversity in the Mareau-aux-Prés islands (Loire river, France)I.S. Rivers, 3rd international conference « Integrative sciences and sustainable development of rivers », Jun 2018, Lyon, France. pp.1, 2018
Poster de conférence
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Consequences of fluvial maintenance operations on the biodiversity and landscape in the Mareau-aux-Prés islands (National Reserve of Saint-Mesmin, Loire River, France)Science and management co-learning to navigate social-ecological issues, Oct 2018, Sedgefield, South Africa. pp.1, 2018
Poster de conférence
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Five-year study of consequences of fluvial maintenance operations on the biodiversity in the Mareau-aux-Prés islands (National Reserve of Saint-Mesmin, Loire River, France)3. conférence internationale I.S Rivers. Recherches et actions au service des fleuves et grandes rivières. Integrative sciences and sustainable development of rivers, Jun 2018, Lyon, France. , 2018, Recherches et actions au service des fleuves et grandes rivières. Integrative sciences and sustainable development of rivers. Programme et résumés. Programme and abstacts
Poster de conférence
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Etude de la composition génétique et de la microstructuration spatiale de semis de Populus nigra, installés sur une nouvelle barre sédimentaire de Loire (France)I.S. Rivers, 2e conférence internationale "recherches et actions au service des fleuves et grandes rivières", Jun 2015, Lyon, France. Groupe de Recherche Rhône-Alpes sur les Infrastructures et l’Eau (GRAIE), 168 p., 2015, 2e Conference International I.S. Rivers Integrative Sciences Recherches et Actions "Recherches et actions au service des fleuves et grandes rivières. Integrative sciences and sustainable development of rivers". Programme et résumés. Programme and abstracts
Poster de conférence
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Are patterns of Populus nigra geographical differentiation for resistance to Melampsora larici-populina dependent of genetic variation of the pathogen populations?5. International Workshop on the Genetics of Tree-Parasite Interactions, Aug 2015, Orléans, France. , 2015, 5th International Workshop on the Genetics of Tree-Parasite Interactions. Book of abstracts
Poster de conférence
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Exploration of Populus nigra L. genetic variation for partial resistance against the co-adapted pathogen Melampsora larici-populinaInternational Poplar Symposium (IPS-VI), Jul 2014, Vancouver, British Columbia, Canada. , 2014, IPS VI
Poster de conférence
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Small-scale spatial genetic structure of Populus nigra 2013 seedlings on a new sandy-gravelly bar appeared after fluvial maintenance operations in the Loire River (France)International Poplar Symposium (IPS-VI), Jul 2014, Vancouver, British Columbia, Canada. , 2014, IPS VI
Poster de conférence
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Les gènes supports de l’hérédité et mémoire de l’évolutionFête de la Science, Nov 2009, Orléans, France. 2009
Poster de conférence
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INTERPOPGER: Interactions between natural and artificial poplar stands and selection pressures associated with their management in French landscape. Poster.Population genetics and genomics of forest trees : from gene function to evolutionary dynamics and conservation; A joint conference of IUFRO working groups 2.04.01 (population, ecological and conservation genetics) and 2.04.10 (genomics), and COST Action E-28 (genosilva : european forest genomics network), Oct 2006, Madrid, Spain. 1 p., 2006, Population genetics and genomics of forest trees: from gene function to evolutionary dynamics and conservation. Programme and conference abstract book
Poster de conférence
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