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Vanina Guérin _ Assistant ingénieur Génotypage


A l’Inra depuis 2001, d’abord en CDD sur des projets scientifiques en rapport avec les biotechnologies, j’ai été recrutée en 2003. Je suis actuellement en charge des activités de génotypage conduites dans l’unité. A ce titre, je développe et mets au point les protocoles pour détecter plusieurs types de marqueurs moléculaires sur différentes espèces forestières et à partir de différents tissus. J’interviens également dans la coordination des activités de génotypage réalisées sur des plateformes externes pour le compte de l’UMR BioForA.

En pratique, j’organise les campagnes de marquage réalisées dans l’unité. Avec l’aide d’une technicienne, Corinne Buret, nous récoltons sur le terrain les tissus à analyser, stockons et préparons les échantillons au laboratoire, réalisons les manipulations et validons les résultats obtenus. Ensuite, j’effectue les premières étapes d’analyse des données : validation de génotypes, recherche de paternité, calculs de diversité génétique.

Les marqueurs moléculaires que nous utilisons en routine sont majoritairement des marqueurs de type microsatellites. Après amplification de l’ADN, la détection de ces marqueurs est réalisée à l’aide d’un séquenceur Applied Biosystem 3500. Nous travaillons principalement sur le peuplier, le mélèze, le frêne, le pin sylvestre et le merisier. Nous avons obtenu pour ces espèces de nombreuses données de référence.

Au laboratoire, j’encadre les stagiaires de tous niveaux : BTS, Master, thèse. Je suis aussi impliquée dans la mise en place d’un TD de génétique auprès des Master 1 Agrosciences de l’université d’Orléans.

Je suis également la personne référente qualité de notre unité. Dans ce cadre, j’assure l’animation de groupes de travail, l’accès aux différents documents qualité et le suivi des appareils soumis à métrologie.


Journal articles5 documents

  • Patricia Faivre-Rampant, Giusi Zaina, Véronique Jorge, Stefania Giacomello, Vincent Segura, et al.. New resources for genetic studies in Populus nigra: genome-wide SNP discovery and development of a 12k Infinium array. Molecular Ecology Resources, Wiley/Blackwell, 2016, 16 (4), pp.1023-1036. ⟨10.1111/1755-0998.12513⟩. ⟨hal-02636258⟩
  • Maxime Nardin, Brigitte Musch, Yves Rousselle, Vanina Guérin, Leopoldo Sanchez, et al.. Genetic differentiation of European larch along an altitudinal gradient in the French Alps. Annals of Forest Science, Springer Nature (since 2011)/EDP Science (until 2010), 2015, 72 (5), pp.517-527. ⟨10.1007/s13595-015-0483-8⟩. ⟨hal-01309641⟩
  • Arnaud Dowkiw, Pascal Frey, Virginie Diévart, Axelle Andrieux, Constance Xhaard, et al.. Aptitude au contournement d’un gène majeur de résistance quantitative à Melampsora larici-populina : dispositif de criblage rapide, constitution de collections de souches et fréquence du phénomène. Innovations Agronomiques, INRAE, 2014, 35, pp.39-47. ⟨hal-02629623⟩
  • Arnaud Dowkiw, Nicolas Chenault, Vanina Guérin, Christophe Borel, Catherine Bastien, et al.. Post-pollination paternal reproductive success in [i]Populus nigra[/i]: a male affair. Tree Genetics and Genomes, Springer Verlag, 2014, 10 (3), pp.565-572. ⟨10.1007/s11295-014-0704-6⟩. ⟨hal-01268713⟩
  • Alois Bresson, Véronique Jorge, Arnaud Dowkiw, Vanina Guérin, Isabelle Bourgait, et al.. Qualitative and quantitative resistances to leaf rust finely mapped within two nucleotide-binding site leucine-rich repeat (NBS-LRR)-rich genomic regions of chromosome 19 in poplar. New Phytologist, Wiley, 2011, 192 (1), pp.151-163. ⟨10.1111/j.1469-8137.2011.03786.x⟩. ⟨hal-02652374⟩

Conference papers23 documents

  • Véronique Jorge, Alois Bresson, Arnaud Dowkiw, Patricia Faivre-Rampant, Brigitte Viguier, et al.. Genetic mapping of resistance factors to Melamspora sp in Populus sp: a review. Séminaire interne de l'Université d'Helsinki, Apr 2018, Helsinki, Finland. ⟨hal-02787407⟩
  • Véronique Jorge, Arnaud Dowkiw, Patricia Faivre-Rampant, Marc Villar, Marie Pegard, et al.. Survey of genetic diversity in European Populus breeding programs. INUPRAG Meeting 2018, Jun 2018, Barcelone, Spain. ⟨hal-02789044⟩
  • Auriane Roger, Sara Marin, Anthony Dubois, Vanina Guérin, Véronique Jorge, et al.. Diversité et structure génétique de semis de Populus nigra L. suite à des événements de régénération entre 2008 et 2017 sur les îles de Mareau-aux-Prés. 3. conférence internationale I.S Rivers. Recherches et actions au service des fleuves et grandes rivières. Integrative sciences and sustainable development of rivers, Zône Atelier Bassin du Rhône (ZABR). FRA. Groupe de Recherche Rhône Alpes sur les Infrastructures et l'Eau (GRAIE), FRA., Jun 2018, Lyon, France. ⟨hal-02734547⟩
  • Patricia Faivre-Rampant, Véronique Jorge, Giusi Zaina, Stefania Giacomello, Vincent Segura, et al.. A new Genomic resource for Populus nigra and its deployment for genetic studies. IUFRO Genomics and Forest Tree Genetics, May 2016, Arcachon, France. ⟨hal-02743801⟩
  • Véronique Jorge, Patricia Faivre-Rampant, Vanina Guérin, Marie-Christine Le Paslier, Aurélie Berard, et al.. Napoleonian legacy in Populus nigra populations. IUFRO Genomics and Forest Tree Genetics, May 2016, Arcachon, France. ⟨hal-02742776⟩
  • Marc Villar, Sylvie Augustin, Michel Chantereau, Richard Chevalier, Olivier Denux, et al.. Consequences of fluvial maintenance operations on the sediment morphodynamic and the associated BIOdiversity in the mosaic of MAREAU-aux-prés islands.. International Long-Term Ecological Research Network ILTER 1ST Open Science Meeting, Oct 2016, Skukuza Kruger National Park, South Africa. ⟨hal-01595189⟩
  • Marc Villar, Sylvie Augustin, Michel Chantereau, Richard Chevalier, Olivier Denux, et al.. Conséquences des travaux d'entretien du lit de la Loire sur plusieurs composantes de la biodiversité au sein de la mosaïque des îles de Mareau-aux-Prés (Loiret).. I.S. Rivers, 2e conférence internationale "recherches et actions au service des fleuves et grandes rivières", Jun 2015, Lyon, France. 168 p. ⟨hal-02740183⟩
  • Marc Villar, Sylvie Augustin, Michel Chantereau, Richard Chevalier, Olivier Denux, et al.. Conséquences des travaux d'entretien du lit de la Loire sur plusieurs composantes de la biodiversité au sein de la mosaïque des îles de Mareau-aux-Prés (Loiret).. 3e Colloque des Zones Ateliers « Les sciences à la rencontre de l’aménagement des territoires », Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS). FRA., Oct 2015, Paris, France. ⟨hal-01583805⟩
  • Marc Villar, Sylvie Augustin, Chantereau Michel, Richard Chevalier, Olivier Denux, et al.. Conséquences des travaux d'entretien du lit de la Loire sur plusieurs composantes de la biodiversité au sein de la mosaïque des îles de Mareau-aux-Prés (Loiret). I.S. Rivers, 2e conférence internationale « recherches et actions au service des fleuves et grandes rivières, Jun 2015, Lyon, France. ⟨hal-01423445⟩
  • Catherine Bastien, Véronique Jorge, Vincent Segura, Christelle Aluome, Vanina Guérin, et al.. Intérêts d’approches génomiques complémentaires pour l’analyse de la diversité génétique fonctionnelle de populations naturelles de Peuplier Noir. Colloque EPGV 2014 "Détection, Gestion et Analyse du Polymorphisme des Génomes Végétaux", Jun 2014, Evry, France. 17 p. ⟨hal-02801095⟩
  • Guillaume Bodineau, David Colosse, Béatrice Courtial, Guillaume Giot, Vanina Guérin, et al.. Cartographie d’enceintes climatiques- Bilan des résultats obtenus sur le Centre d'Orléans. 12. Journées de la mesure et de la métrologie, Oct 2012, Le Croisic, France. 1 p. ⟨hal-01267955⟩
  • Patricia Faivre-Rampant, Alois Bresson, Véronique Jorge, Arnaud Dowkiw, Redouane El-Malki, et al.. Diversité moléculaire de la région chromosomique contrôlant la résistance à la rouille foliaire dans les collections de peupliers : Restitution appel à projets BRG 2007-2008. Colloque FRB : Les Ressources Génétiques (RG) face aux nouveaux enjeux environnementaux, économiques et sociétaux, Sep 2011, Montpellier, France. 84 p. ⟨hal-02750107⟩
  • Arnaud Dowkiw, Catherine Bastien, Véronique Jorge, Marc Villar, Elodie Voisin, et al.. Breeding poplars with durable resistance to Melampsora larici-populina leaf rust : a multidisciplinary approach to understand and delay pathogen adaptation. 4. International Workshop on the Genetics of Host-Parasite Interactions in Forestry : "Disease and Insect Resistance in Forest Trees", United States Department of Agriculture - USDA (USA) (USDA). Forest service, Ville service, USA., Jul 2011, Eugene, Oregon, United States. 112 p. ⟨hal-02748005⟩
  • Nicolas Chenault, Etienne K. Klein, Mary Juteau, Véronique Jorge, Marc Villar, et al.. Flowering phenology as an essential parameter for pollen flow modelling in Populus nigra L.. 5. International Poplar Symposium;IPS V, Sep 2010, Orvieto, Italy. ⟨hal-02758137⟩
  • Catherine Bastien, Arnaud Dowkiw, Véronique Jorge, Elodie Voisin, Vanina Guérin, et al.. Towards broad-spectrum resistance to Melampsora larici-populina rust in poplar: new genetic constructions and potential adaptation of the pathogen. 5. International Poplar Symposium;IPS V, Sep 2010, Orvieto, Italy. ⟨hal-02753480⟩
  • Claudia Mattioni, Sylvain Chamaillard, Fiorella Villani, Marcello Cherubini, Marc Villar, et al.. Tolerance to high temperature and genetic diversity of black poplar families from two environmental contrasting sites. 5. International Poplar Symposium;IPS V, Sep 2010, Orvieto, Italy. ⟨hal-02754088⟩
  • Alois Bresson, Frederique Bitton, Charlotte Renne, Serena Morcx, Véronique Jorge, et al.. An integrated genetic and physical map of chromosome XIX in poplar. 2009 IUFRO Tree Biotechnology Conference, Jun 2009, Whistler, BC, Canada. ⟨hal-02757493⟩
  • Véronique Jorge, Sébastien Duplessis, Céline Lalanne, Alois Bresson, Arnaud Dowkiw, et al.. Joint transcriptomic and proteomic approaches to precise the molecular basis of a major QTL (RUS) controlling quantitative rust resistance in poplar. Plant genomics and beyond, Jul 2009, Evry, France. ⟨hal-02756173⟩
  • Alois Bresson, Véronique Jorge, Arnaud Dowkiw, Isabelle Bourgait, Vanina Guérin, et al.. Genetic and physical mapping of RUS, a major QTL controlling rust resistance in poplar. Plant genomics and beyond, Jul 2009, Evry, France. ⟨hal-02758455⟩
  • Véronique Jorge, Catherine Bastien, Louisa Bataille, Alois Bresson, Paul Chalhoub, et al.. Vers le clonage positionnel d'un facteur de résistance quantitative à Melampsora larici-populina chez le peuplier. 9. Journées du Groupe de Biologie Moléculaire des Ligneux, Mar 2006, Orléans, France. ⟨hal-02751192⟩
  • Patricia Faivre-Rampant, Alois Bresson, Nathalie Boudet, Louisa Bataille, Abdelhafid Bendahmane, et al.. Association mapping of resistance to rust disease in poplar. Population genetics and genomics of forest trees : from gene function to evolutionary dynamics and conservation; A joint conference of IUFRO working groups 2.04.01 (population, ecological and conservation genetics) and 2.04.10 (genomics), and COST Action E-28 (genosilva : european forest genomics network), Oct 2006, Madrid, Spain. ⟨hal-02758391⟩
  • Stéphanie Brachet, Catherine Bastien, Isabelle Bilger, Corinne Buret, Jean Dufour, et al.. Stratégies raisonnées d'échantillonnage pour capturer la diversité génétique et sa structuration dans les populations naturelles - Application aux mesures de gestion conservatoire.. 6. colloque national du BRG, Oct 2006, La Rochelle, France. ⟨hal-02757653⟩
  • Kalashikam Rajender Rao, Virginie Acheré, Catherine Bastien, Jean-Charles Bastien, Vanina Guérin, et al.. Linkage mapping and QTL analysis for growth of young Pseudotsuga menziesii plants. Sustainable Forestry, Wood products and Biotechnology, BIOFOR 02, Nov 2002, Vitoria-Gasteiz, Spain. ⟨hal-02762427⟩

Poster communications20 documents

  • Romane Guilbaud, Chiara Biselli, Joukje Buiteveld, Luigi Cattivelli, Paul Copini, et al.. Development of a new tool (4TREE) for adapted genome selection in European tree species. GenTree, Jan 2020, Avignon, France. ⟨hal-02928391⟩
  • Marc Villar, Sylvie Augustin, Michel Chantereau, Michel Chevalier, Olivier Denux, et al.. Five-year study of consequences of fluvial maintenance operations on the biodiversity in the Mareau-aux-Prés islands (National Reserve of Saint-Mesmin, Loire River, France). 3. conférence internationale I.S Rivers. Recherches et actions au service des fleuves et grandes rivières. Integrative sciences and sustainable development of rivers, Jun 2018, Lyon, France. 2018, Recherches et actions au service des fleuves et grandes rivières. Integrative sciences and sustainable development of rivers. Programme et résumés. Programme and abstacts. ⟨hal-02736217⟩
  • Marc Villar, Sylvie Augustin, Michel Chantereau, Marie Baltzinger, Jean Menanteau, et al.. Consequences of fluvial maintenance operations on the biodiversity and landscape in the Mareau-aux-Prés islands (National Reserve of Saint-Mesmin, Loire River, France). Second Garden Route Interface Meeting, Science and management co-learning to navigate social-ecological issues, Oct 2018, Sedgefield, South Africa. 2018. ⟨hal-02736174⟩
  • Aurelie Canaguier, Véronique Jorge, Vanina Guérin, Odile Rogier, Isabelle Le Clainche, et al.. BSA-Seq : An efficient tool to characterize loci involved in the Poplar leaf rust resistance.. 7. International Poplar Symposium (IPS VII), Oct 2018, Buenos Aires, Brazil. 2018, IPS VII Poster Presentations. ⟨hal-02737648⟩
  • Aurelie Canaguier, Véronique Jorge, Vanina Guérin, Odile Rogier, Vincent Segura, et al.. BSA-Seq : an efficient method to decipher a complex trait on Poplar, a highly heterozygous diploid genome. PAG XXVI - Plant and Animal Genome Conference, Jan 2018, San Diego, United States. 1 p., 2018. ⟨hal-02736419⟩
  • Vincent Segura, Marie-Claude Lesage Descauses, Jean-Paul Charpentier, Kévin Kinkel, Claire Mandin, et al.. A systems biology approach for identifying candidate genes involved in the natural variability of biomass yield and chemical properties in black poplar. IUFRO Genomics and Forest Tree Genetics, May 2016, Arcachon, France. 2016, IUFRO Genomics and Forest Tree Genetics. Book of Abstract. ⟨hal-01456004⟩
  • Sara Marin, Véronique Jorge, Vanina Guérin, Coraline Wintenberger, Marc Villar. Etude de la composition génétique et de la microstructuration spatiale de semis de Populus nigra, installés sur une nouvelle barre sédimentaire de Loire (France). I.S. Rivers, 2e conférence internationale "recherches et actions au service des fleuves et grandes rivières", Jun 2015, Lyon, France. Groupe de Recherche Rhône-Alpes sur les Infrastructures et l’Eau (GRAIE), 168 p., 2015, 2e Conference International I.S. Rivers Integrative Sciences Recherches et Actions "Recherches et actions au service des fleuves et grandes rivières. Integrative sciences and sustainable development of rivers". Programme et résumés. Programme and abstracts. ⟨hal-02742719⟩
  • Véronique Jorge, Arnaud Dowkiw, Redouane El Malki, Elise Albert, Marie Pégard, et al.. Back to the wild: identification and genetic mapping of resistance factors to Melampsora larici-populina in Populus nigra. 5. International Workshop on the Genetics of Tree-Parasite Interactions, Aug 2015, Orléans, France. 2015, 5th International Workshop on the Genetics of Tree-Parasite Interactions. Book of abstracts. ⟨hal-01269239⟩
  • Catherine Bastien, Arnaud Dowkiw, Patricia Faivre-Rampant, Elise Albert, Marc Villar, et al.. Are patterns of Populus nigra geographical differentiation for resistance to Melampsora larici-populina dependent of genetic variation of the pathogen populations?. 5. International Workshop on the Genetics of Tree-Parasite Interactions, Aug 2015, Orléans, France. 2015, 5th International Workshop on the Genetics of Tree-Parasite Interactions. Book of abstracts. ⟨hal-01269242⟩
  • Sara Marin, Véronique Jorge, Vanina Guérin, Coraline Wintenberger, Marc Villar. Small-scale spatial genetic structure of Populus nigra 2013 seedlings on a new sandy-gravelly bar appeared after fluvial maintenance operations in the Loire River (France). International Poplar Symposium (IPS-VI), Jul 2014, Vancouver, British Columbia, Canada. 2014, IPS VI. ⟨hal-01268619⟩
  • Catherine Bastien, Redouane El Malki, Arnaud Dowkiw, Patricia Faivre-Rampant, Elise Albert, et al.. Exploration of Populus nigra L. genetic variation for partial resistance against the co-adapted pathogen Melampsora larici-populina. International Poplar Symposium (IPS-VI), Jul 2014, Vancouver, British Columbia, Canada. 2014, IPS VI. ⟨hal-01268616⟩
  • Arnaud Dowkiw, Elodie Voisin, Virginie Diévart, Thomas Servouse, Marie Berteloot, et al.. Widening the landscape: the role of ornamental and wild trees in the spread and adaptation of Melampsora larici-populina leaf rust. IUFRO Joint conference: Genetics of Five-Needle Pines, Rusts of Forest Trees, & Strobusphere, Jun 2014, Fort Collins, Colorado, United States. 2014. ⟨hal-01268623⟩
  • Véronique Jorge, Arnaud Dowkiw, Redouane El Malki, Vincent Segura, Vanina Guérin, et al.. Genetic architecture of quantitative Melampsora larici-populina leaf rust resistance in poplars. IUFRO Joint conference: Genetics of Five-Needle Pines, Rusts of Forest Trees, & Strobusphere, Jun 2014, Fort Collins, Colorado, United States. 2014. ⟨hal-01268622⟩
  • Véronique Jorge, Jean-Charles Leplé, Vincent Segura, Marie-Claude Lesage Descauses, Redouane El Malki, et al.. Identification, cibles et diversité de régulateurs expressionnels majeurs impliqués dans la production de biomasse chez le peuplier. Séminaire AIP Bio-ressources, Feb 2013, Paris, France. 2013, ⟨10.13140/RG.2.1.3449.0403⟩. ⟨hal-02807304⟩
  • Patricia Faivre-Rampant, Giusi Zaina, Simone Scalabrin, Véronique Jorge, Vincent Segura, et al.. Development and validation of a 12K SNP chip genotyping array for association genetics in Populus nigra using genome‐wide resequencing data. Final Conference Noveltree "Tree Breeding, Genomics and Evolutionary Biology", Oct 2012, Helsinki, Finland. 2012, Final Conference Noveltree "Tree Breeding, Genomics and Evolutionary Biology : new synergies to tackle the impact of climate change in the 21st century". ⟨hal-01268730⟩
  • Helene Muranty, Véronique Jorge, Arnaud Dowkiw, Vanina Guérin, Patricia Faivre-Rampant, et al.. A case study in marker‐assisted breeding for disease resistance: the building of complex resistance to Melampsora larici – populina in hybrid poplar. Final Conference Noveltree project "Tree Breeding, Genomics and Evolutionary Biology", Oct 2012, Helsinki, Finland. 2012, Final Conference Noveltree "Tree Breeding, Genomics and Evolutionary Biology : new synergies to tackle the impact of climate change in the 21st century". ⟨hal-01268642⟩
  • Alois Bresson, Véronique Jorge, Arnaud Dowkiw, Redouane El-Malki, Vincent Segura, et al.. Diversité moléculaire de la région chromosomique contrôlant la résistance à la rouille foliaire dans les collections de peupliers. Colloque FRB : Les Ressources Génétiques (RG) face aux nouveaux enjeux environnementaux, économiques et sociétaux, Sep 2011, Montpellier, France. Fondation pour la Recherche sur la Biodiversité, 84 p., 2011, Les ressources génétiques face aux nouveaux enjeux environnementaux, économiques et sociaux. ⟨hal-02749127⟩
  • Véronique Jorge, Catherine Bastien, Olivier Bertel, Vanina Guérin, Leopoldo Sanchez Rodriguez, et al.. Les gènes supports de l’hérédité et mémoire de l’évolution. Fête de la Science, Nov 2009, Orléans, France. 2009. ⟨hal-02818609⟩
  • Véronique Jorge, Arnaud Dowkiw, Mary Juteau, Vanina Guérin, Patrick Poursat, et al.. INTERPOPGER: Interactions between natural and artificial poplar stands and selection pressures associated with their management in French landscape. Poster.. Population genetics and genomics of forest trees : from gene function to evolutionary dynamics and conservation; A joint conference of IUFRO working groups 2.04.01 (population, ecological and conservation genetics) and 2.04.10 (genomics), and COST Action E-28 (genosilva : european forest genomics network), Oct 2006, Madrid, Spain. 1 p., 2006, Population genetics and genomics of forest trees: from gene function to evolutionary dynamics and conservation. Programme and conference abstract book. ⟨hal-02755567⟩
  • Arnaud Dowkiw, Véronique Jorge, Patricia Faivre-Rampant, Marie-Claude Lesage Descauses, Vanina Guérin, et al.. Candidate QTLs for durable resistance to Melampsora larici-populina leaf rust identified in hybrid poplars.. 10.Plant and Animal Genome (PAG), Jan 2002, San Diego, United States. 2002. ⟨hal-02762337⟩

Book sections1 document

  • Marie-Anne Lelu-Walter, Caroline Teyssier, Vanina Guérin, Luc Pâques. Vegetative propagation of larch species: somatic embryogenesis improvement towards its integration in breeding programs. Vegetative Propagation of Forest Trees, National Institute of Forest Science Institute (NIFoS), 2016. ⟨hal-02800946⟩

Reports2 documents

  • Catherine Bastien, Bénédicte Fabre, Jose-Luis Almeida Falcon, Patrick Poursat, Vanina Guérin, et al.. Evaluation avancée des hybrides euraméricains et interaméricains créés par le GIS et suivi des 4 variétés P. deltoides homologuées en 2013. [Contrat] n° E 18 / 2014, Institut Technologique Forêt Cellulose Bois-Construction Ameublement (FCBA); Institut National de Recherche en Sciences et Technologies pour l'Environnement et l'Agriculture (IRSTEA); Office National des Forêts (ONF). 2015. ⟨hal-02797289⟩
  • Catherine Bastien, Jose-Luis Almeida Falcon, Nicolas Chenault, Arnaud Dowkiw, Vanina Guérin, et al.. INTERPOPGER Interactions entre peupleraies naturelles et cultivées et pressions évolutives liées à leurs modes de gestion. Bilan scientifique 2005‐2008. 2008. ⟨hal-02824228⟩

Lectures1 document

  • Vanina Guérin, Véronique Jorge. Marqueurs moléculaires : intérêt et utilisation pour l'amélioration et la conservation de arbres forestiers. Agrosciences, Environnement, Territoires, Paysage, Forêt - Parcours Biologie Intégrative et Changement Globaux (BICG), 2019. ⟨hal-02789231⟩