Vanina BENOIT
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Documents
Présentation
A l’Inra depuis 2001, d’abord en CDD sur des projets scientifiques en rapport avec les biotechnologies, j’ai été recrutée en 2003. Je suis actuellement en charge des activités de **génotypage** conduites dans l’unité. A ce titre, je développe et mets au point les protocoles pour détecter plusieurs types de **marqueurs moléculaires** sur différentes espèces forestières et à partir de différents tissus. J’interviens également dans la coordination des activités de génotypage réalisées sur des plateformes externes pour le compte de l’UMR BioForA.
En pratique, j’organise les campagnes de marquage réalisées dans l’unité. Avec l’aide d’une technicienne, [Corinne Buret](https://www6.val-de-loire.inra.fr/biofora/Personnel/Permanents/BURET-Corinne), nous récoltons sur le terrain les tissus à analyser, stockons et préparons les échantillons au laboratoire, réalisons les manipulations et validons les résultats obtenus. Ensuite, j’effectue les premières étapes d’analyse des données : **validation de génotypes, recherche de paternité, calculs de diversité génétique.**
Les marqueurs moléculaires que nous utilisons en routine sont majoritairement des marqueurs de type **[microsatellites](https://www.gnis-pedagogie.org/biotechnologie-amelioration-marqueur-microsatellite.html)**. Après amplification de l’ADN, la détection de ces marqueurs est réalisée à l’aide d’un séquenceur Applied Biosystem 3500. Nous travaillons principalement sur le peuplier, le mélèze, le frêne, le pin sylvestre et le merisier. Nous avons obtenu pour ces espèces de nombreuses données de référence.
Au laboratoire, j’encadre les stagiaires de tous niveaux : BTS, Master, thèse. Je suis aussi impliquée dans la mise en place d’un TD de génétique auprès des Master 1 Agrosciences de l’université d’Orléans.
Je suis également la **personne référente qualité** de notre unité. Dans ce cadre, j’assure l’animation de groupes de travail, l’accès aux différents documents qualité et le suivi des appareils soumis à métrologie.
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Post-pollination paternal reproductive success in [i]Populus nigra[/i]: a male affairTree Genetics and Genomes, 2014, 10 (3), pp.565-572. ⟨10.1007/s11295-014-0704-6⟩
Article dans une revue
hal-01268713v1
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Aptitude au contournement d’un gène majeur de résistance quantitative à Melampsora larici-populina : dispositif de criblage rapide, constitution de collections de souches et fréquence du phénomèneInnovations Agronomiques, 2014, 35, pp.39-47
Article dans une revue
hal-02629623v1
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Qualitative and quantitative resistances to leaf rust finely mapped within two nucleotide-binding site leucine-rich repeat (NBS-LRR)-rich genomic regions of chromosome 19 in poplarNew Phytologist, 2011, 192 (1), pp.151-163. ⟨10.1111/j.1469-8137.2011.03786.x⟩
Article dans une revue
hal-02652374v1
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Genetic mapping of resistance factors to Melamspora sp in Populus sp: a reviewSéminaire interne de l'Université d'Helsinki, Apr 2018, Helsinki, Finland
Communication dans un congrès
hal-02787407v1
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Survey of genetic diversity in European Populus breeding programsINUPRAG Meeting 2018, Jun 2018, Barcelone, Spain
Communication dans un congrès
hal-02789044v1
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Napoleonian legacy in Populus nigra populationsIUFRO Genomics and Forest Tree Genetics, May 2016, Arcachon, France
Communication dans un congrès
hal-02742776v1
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Breeding poplars with durable resistance to Melampsora larici-populina leaf rust : a multidisciplinary approach to understand and delay pathogen adaptation4. International Workshop on the Genetics of Host-Parasite Interactions in Forestry : "Disease and Insect Resistance in Forest Trees", United States Department of Agriculture - USDA (USA) (USDA). Forest service, Ville service, USA., Jul 2011, Eugene, Oregon, United States. 112 p
Communication dans un congrès
hal-02748005v1
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Diversité moléculaire de la région chromosomique contrôlant la résistance à la rouille foliaire dans les collections de peupliersColloque FRB : Les Ressources Génétiques (RG) face aux nouveaux enjeux environnementaux, économiques et sociétaux, Sep 2011, Montpellier, France. 84 p
Communication dans un congrès
hal-02750107v1
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Towards broad-spectrum resistance to Melampsora larici-populina rust in poplar: new genetic constructions and potential adaptation of the pathogen5. International Poplar Symposium;IPS V, Sep 2010, Orvieto, Italy
Communication dans un congrès
hal-02753480v1
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Flowering phenology as an essential parameter for pollen flow modelling in Populus nigra L.5. International Poplar Symposium;IPS V, Sep 2010, Orvieto, Italy
Communication dans un congrès
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Joint transcriptomic and proteomic approaches to precise the molecular basis of a major QTL (RUS) controlling quantitative rust resistance in poplarPlant genomics and beyond, Jul 2009, Evry, France
Communication dans un congrès
hal-02756173v1
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Genetic and physical mapping of RUS, a major QTL controlling rust resistance in poplarPlant genomics and beyond, Jul 2009, Evry, France
Communication dans un congrès
hal-02758455v1
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Association mapping of resistance to rust disease in poplarPopulation genetics and genomics of forest trees : from gene function to evolutionary dynamics and conservation; A joint conference of IUFRO working groups 2.04.01 (population, ecological and conservation genetics) and 2.04.10 (genomics), and COST Action E-28 (genosilva : european forest genomics network), Oct 2006, Madrid, Spain
Communication dans un congrès
hal-02758391v1
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Vers le clonage positionnel d'un facteur de résistance quantitative à Melampsora larici-populina chez le peuplier9. Journées du Groupe de Biologie Moléculaire des Ligneux, Mar 2006, Orléans, France
Communication dans un congrès
hal-02751192v1
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Development of a new tool (4TREE) for adapted genome selection in European tree speciesPoster de conférence hal-02928391v1 |
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Back to the wild: identification and genetic mapping of resistance factors to Melampsora larici-populina in Populus nigra5. International Workshop on the Genetics of Tree-Parasite Interactions, Aug 2015, Orléans, France. , 2015, 5th International Workshop on the Genetics of Tree-Parasite Interactions. Book of abstracts
Poster de conférence
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Are patterns of Populus nigra geographical differentiation for resistance to Melampsora larici-populina dependent of genetic variation of the pathogen populations?5. International Workshop on the Genetics of Tree-Parasite Interactions, Aug 2015, Orléans, France. , 2015, 5th International Workshop on the Genetics of Tree-Parasite Interactions. Book of abstracts
Poster de conférence
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Widening the landscape: the role of ornamental and wild trees in the spread and adaptation of Melampsora larici-populina leaf rustIUFRO Joint conference: Genetics of Five-Needle Pines, Rusts of Forest Trees, & Strobusphere, Jun 2014, Fort Collins, Colorado, United States. 2014
Poster de conférence
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Exploration of Populus nigra L. genetic variation for partial resistance against the co-adapted pathogen Melampsora larici-populinaInternational Poplar Symposium (IPS-VI), Jul 2014, Vancouver, British Columbia, Canada. , 2014, IPS VI
Poster de conférence
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Genetic architecture of quantitative Melampsora larici-populina leaf rust resistance in poplarsIUFRO Joint conference: Genetics of Five-Needle Pines, Rusts of Forest Trees, & Strobusphere, Jun 2014, Fort Collins, Colorado, United States. 2014
Poster de conférence
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A case study in marker‐assisted breeding for disease resistanceFinal Conference Noveltree project "Tree Breeding, Genomics and Evolutionary Biology", Oct 2012, Helsinki, Finland. , 2012, Final Conference Noveltree "Tree Breeding, Genomics and Evolutionary Biology : new synergies to tackle the impact of climate change in the 21st century"
Poster de conférence
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Diversité moléculaire de la région chromosomique contrôlant la résistance à la rouille foliaire dans les collections de peupliersColloque FRB : Les Ressources Génétiques (RG) face aux nouveaux enjeux environnementaux, économiques et sociétaux, Sep 2011, Montpellier, France. Fondation pour la Recherche sur la Biodiversité, 84 p., 2011, Les ressources génétiques face aux nouveaux enjeux environnementaux, économiques et sociaux
Poster de conférence
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INTERPOPGER: Interactions between natural and artificial poplar stands and selection pressures associated with their management in French landscape. Poster.Population genetics and genomics of forest trees : from gene function to evolutionary dynamics and conservation; A joint conference of IUFRO working groups 2.04.01 (population, ecological and conservation genetics) and 2.04.10 (genomics), and COST Action E-28 (genosilva : european forest genomics network), Oct 2006, Madrid, Spain. 1 p., 2006, Population genetics and genomics of forest trees: from gene function to evolutionary dynamics and conservation. Programme and conference abstract book
Poster de conférence
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Candidate QTLs for durable resistance to Melampsora larici-populina leaf rust identified in hybrid poplars.10.Plant and Animal Genome (PAG), Jan 2002, San Diego, United States. 2002
Poster de conférence
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