Vanina BENOIT
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Documents
Présentation
A l’Inra depuis 2001, d’abord en CDD sur des projets scientifiques en rapport avec les biotechnologies, j’ai été recrutée en 2003. Je suis actuellement en charge des activités de **génotypage** conduites dans l’unité. A ce titre, je développe et mets au point les protocoles pour détecter plusieurs types de **marqueurs moléculaires** sur différentes espèces forestières et à partir de différents tissus. J’interviens également dans la coordination des activités de génotypage réalisées sur des plateformes externes pour le compte de l’UMR BioForA.
En pratique, j’organise les campagnes de marquage réalisées dans l’unité. Avec l’aide d’une technicienne, [Corinne Buret](https://www6.val-de-loire.inra.fr/biofora/Personnel/Permanents/BURET-Corinne), nous récoltons sur le terrain les tissus à analyser, stockons et préparons les échantillons au laboratoire, réalisons les manipulations et validons les résultats obtenus. Ensuite, j’effectue les premières étapes d’analyse des données : **validation de génotypes, recherche de paternité, calculs de diversité génétique.**
Les marqueurs moléculaires que nous utilisons en routine sont majoritairement des marqueurs de type **[microsatellites](https://www.gnis-pedagogie.org/biotechnologie-amelioration-marqueur-microsatellite.html)**. Après amplification de l’ADN, la détection de ces marqueurs est réalisée à l’aide d’un séquenceur Applied Biosystem 3500. Nous travaillons principalement sur le peuplier, le mélèze, le frêne, le pin sylvestre et le merisier. Nous avons obtenu pour ces espèces de nombreuses données de référence.
Au laboratoire, j’encadre les stagiaires de tous niveaux : BTS, Master, thèse. Je suis aussi impliquée dans la mise en place d’un TD de génétique auprès des Master 1 Agrosciences de l’université d’Orléans.
Je suis également la **personne référente qualité** de notre unité. Dans ce cadre, j’assure l’animation de groupes de travail, l’accès aux différents documents qualité et le suivi des appareils soumis à métrologie.
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RNAseq based variant dataset in a black poplar association panelBMC Research Notes, 2023, 16, pp.248. ⟨10.1186/s13104-023-06521-w⟩
Article dans une revue
hal-04225417v1
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New resources for genetic studies in Populus nigra: genome-wide SNP discovery and development of a 12k Infinium arrayMolecular Ecology Resources, 2016, 16 (4), pp.1023-1036. ⟨10.1111/1755-0998.12513⟩
Article dans une revue
hal-02636258v1
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Epigenetics in forest trees : role in plasticity, adaptation and potential implications for breeding in a context of climate change (EPITREE).IUFRO Tree Biotechnology, Jun 2019, Raleigh NC, United States
Communication dans un congrès
hal-03523238v1
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Survey of genetic diversity in European Populus breeding programsINUPRAG Meeting 2018, Jun 2018, Barcelone, Spain
Communication dans un congrès
hal-02789044v1
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Genetic mapping of resistance factors to Melamspora sp in Populus sp: a reviewSéminaire interne de l'Université d'Helsinki, Apr 2018, Helsinki, Finland
Communication dans un congrès
hal-02787407v1
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Napoleonian legacy in Populus nigra populationsIUFRO Genomics and Forest Tree Genetics, May 2016, Arcachon, France
Communication dans un congrès
hal-02742776v1
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A new Genomic resource for Populus nigra and its deployment for genetic studiesIUFRO Genomics and Forest Tree Genetics, May 2016, Arcachon, France
Communication dans un congrès
hal-02743801v1
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Intérêts d’approches génomiques complémentaires pour l’analyse de la diversité génétique fonctionnelle de populations naturelles de Peuplier NoirColloque EPGV 2014 "Détection, Gestion et Analyse du Polymorphisme des Génomes Végétaux", Jun 2014, Evry, France. 17 p
Communication dans un congrès
hal-02801095v1
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Diversité moléculaire de la région chromosomique contrôlant la résistance à la rouille foliaire dans les collections de peupliersColloque FRB : Les Ressources Génétiques (RG) face aux nouveaux enjeux environnementaux, économiques et sociétaux, Sep 2011, Montpellier, France. 84 p
Communication dans un congrès
hal-02750107v1
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Development of a new tool (4TREE) for adapted genome selection in European tree speciesPoster de conférence hal-02928391v1 |
Valorisation des ressources forestières régionales pour la production de moules de cuisson en bois déroulé8e journées du GDR 3544 Sciences du bois, Nov 2019, Epinal, France
Poster de conférence
hal-03557306v1
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BSA-Seq : an efficient method to decipher a complex trait on Poplar, a highly heterozygous diploid genomePoster de conférence hal-02736419v1 |
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BSA-Seq : An efficient tool to characterize loci involved in the Poplar leaf rust resistance.7. International Poplar Symposium (IPS VII), Oct 2018, Buenos Aires, Brazil. , 2018, IPS VII Poster Presentations
Poster de conférence
hal-02737648v1
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A systems biology approach for identifying candidate genes involved in the natural variability of biomass yield and chemical properties in black poplarIUFRO Genomics and Forest Tree Genetics, May 2016, Arcachon, France. , 2016, IUFRO Genomics and Forest Tree Genetics. Book of Abstract
Poster de conférence
hal-01456004v1
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Back to the wild: identification and genetic mapping of resistance factors to Melampsora larici-populina in Populus nigra5. International Workshop on the Genetics of Tree-Parasite Interactions, Aug 2015, Orléans, France. , 2015, 5th International Workshop on the Genetics of Tree-Parasite Interactions. Book of abstracts
Poster de conférence
hal-01269239v1
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Genetic architecture of quantitative Melampsora larici-populina leaf rust resistance in poplarsIUFRO Joint conference: Genetics of Five-Needle Pines, Rusts of Forest Trees, & Strobusphere, Jun 2014, Fort Collins, Colorado, United States. 2014
Poster de conférence
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Identification, cibles et diversité de régulateurs expressionnels majeurs impliqués dans la production de biomasse chez le peuplierSéminaire AIP Bio-ressources, Feb 2013, Paris, France. 2013, ⟨10.13140/RG.2.1.3449.0403⟩
Poster de conférence
hal-02807304v1
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Development and validation of a 12K SNP chip genotyping array for association genetics in Populus nigra using genome‐wide resequencing dataFinal Conference Noveltree "Tree Breeding, Genomics and Evolutionary Biology", Oct 2012, Helsinki, Finland. , 2012, Final Conference Noveltree "Tree Breeding, Genomics and Evolutionary Biology : new synergies to tackle the impact of climate change in the 21st century"
Poster de conférence
hal-01268730v1
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Diversité moléculaire de la région chromosomique contrôlant la résistance à la rouille foliaire dans les collections de peupliersColloque FRB : Les Ressources Génétiques (RG) face aux nouveaux enjeux environnementaux, économiques et sociétaux, Sep 2011, Montpellier, France. Fondation pour la Recherche sur la Biodiversité, 84 p., 2011, Les ressources génétiques face aux nouveaux enjeux environnementaux, économiques et sociaux
Poster de conférence
hal-02749127v1
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