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Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré

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Identifiants chercheurs

Présentation

**Activités de Recherche** Au cours de ma thèse de doctorat, j’ai associé écologie microbienne des sols et cycles biogéochimiques (cycle du Carbone) et j’ai renforcé mes compétences en écologie microbienne au travers de mon post doctorat au sein de l’équipe BIOCOM (UMR Microbiologie du Sol et de l’Environnement, Dijon) sous la direction de L Ranjard. Suite à cela, j’ai été recruté à AgroSup Dijon en tant que maître de conférences et ai rejoint officiellement l’équipe BIOCOM lors de la création de l’UMR 1347 Agroécologie. Au sein de l’équipe BIOCOM, je développe deux thématiques de recherche en association avec L. Ranjard et P.A. Maron: 1) l’étude de la distribution spatiale, de la dynamique et du déterminisme de la diversité microbienne des sols 2) l’étude du lien entre diversité microbienne des sols et leur fonctionnement biologique. La première thématique met en jeu des approches d’écologie spatiale pour caractériser les patterns de distribution des communautés microbienne du sol et comprendre leur déterminisme (processus de diversification, filtre environnementaux : environnement, climat, communauté végétale, éloignement géographique). Ces approches appliquées en particulier à l’échelle des paysages agricoles pour déterminer si les filtres environnementaux et les processus de diversification des microorganismes du sol à cette échelle sont les même qu’à des échelles plus fines (parcelle) ou plus large (régionale, nationale). Ce travail fait actuellement l’objet de la thèse de Florentin Constancias que je co-encadre avec Lionel Ranjard. La seconde thématique, développée avec Pierre-Alain Maron, met en jeu des approches d’écologie des communautés avec des approches d’écologie fonctionnelle ciblées sur le turnover des matières organiques du sol et la stabilité de cette fonction face à des perturbations externes. Au-delà des débouchés fondamentaux liés à ces thématiques de recherche, ces dernières ont aussi des débouchés appliqués pour une meilleure évaluation environnementale des pratiques agricoles et en termes de formation pour les acteurs du monde agricole sur l’utilisation des indicateurs biologiques, et particulièrement microbiens, pour évaluer l’impact de leurs pratiques sur leurs sols (Projet CASDAR AgrInnov, en cours). **Activités d’enseignement** Je réalise la majeure partie de mes activités d’enseignement sur la thématique de la biologie des sols en lien avec leur fonctionnement au sein d’AgroSup Dijon et de l’Université de Bourgogne. Mes activités d’enseignement couvrent différents niveaux : Cursus ingénieur 1ère et 2e année, 3e année spécialisation Agronomie – Environnement ; Licence 3, Master 1 et Master 2. Au sein de l’université de Bourgogne, j’interviens particulièrement dans le cadre de la licence professionnelle Agriculture, Durabilité, Nouvelles Technologies dont je suis co-directeur avec PY Collin (UMR Biogéosciences, Université de Bourgogne), du Master BOP et du master BIIPPME. Outre des cours théoriques et des travaux dirigés sur la biologie des sols, j’interviens aussi dans le cadre d’activités pluridisciplinaires (Approche Globale de l’Exploitation Agricole, Diagnostic Agri-Environnemental, projets tuteurés) et dans l’encadrement des stages des étudiants d’AgroSup Dijon (mémoires de fin d’étude, stages en entreprise) et de licence professionnelle.

Publications

nicolas-sabyds

Differential responses of soil microbial biomass, diversity and interactions to land use intensity at a territorial scale

Amélie Christel , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Samuel Dequiedt , Nicolas P. A. Saby , F. Mercier
Science of the Total Environment, 2024, 906, pp.art. 167454. ⟨10.1016/j.scitotenv.2023.167454⟩
Article dans une revue hal-04281882v1

Biogeography of soil microbial habitats across France

Battle Karimi , Jean Villerd , Samuel Dequiedt , Sébastien Terrat , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré
Global Ecology and Biogeography, 2020, 29 (8), pp.1399-1411. ⟨10.1111/geb.13118⟩
Article dans une revue hal-03014310v1
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Le RMQS au service de l'écologie microbienne des sols français

Samuel S. Dequiedt , Battle Karimi , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Sébastien Terrat , Walid Horrigue
Étude et Gestion des Sols, 2020, 27 (1), pp.51-71
Article dans une revue hal-02540019v1
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Biogeography of soil bacteria and archaea across France

Battle Karimi , Sébastien Terrat , Samuel S. Dequiedt , Nicolas Saby , Walid Horrigue
Science Advances , 2018, 4 (7), pp.eaat1808. ⟨10.1126/sciadv.aat1808⟩
Article dans une revue hal-01843961v1
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Mapping and predictive variations of soil bacterial richness across France

Sébastien Terrat , Walid Horrigue , Samuel Dequietd , Nicolas Saby , Mélanie M. Lelievre
PLoS ONE, 2017, 12 (0190128), pp.1-19. ⟨10.1371/journal.pone.0186766⟩
Article dans une revue hal-01843156v1

Predictive model of soil molecular microbial biomass

Walid Horrigue , Samuel S. Dequiedt , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Claudy C. Jolivet , Nicolas P.A. Saby
Ecological Indicators, 2016, 64, pp.203 - 211. ⟨10.1016/j.ecolind.2015.12.004⟩
Article dans une revue hal-01844377v1
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Mapping and determinism of soil microbial community distribution across an agricultural landscape

Florentin Constancias , Sébastien Terrat , Nicolas Saby , Walid Horrigue , Jean Villerd
MicrobiologyOpen, 2015, 4 (3), pp.505-517. ⟨10.1002/mbo3.255⟩
Article dans une revue hal-01475927v1
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Contrasting spatial patterns and ecological attributes of soil bacterial and archaeal taxa across a landscape

Florentin Constancias , Nicolas P.A. Saby , Sébastien Terrat , Samuel Dequiedt , Walid Horrigue
MicrobiologyOpen, 2015, 4 (3), pp.518-531. ⟨10.1002/mbo3.256⟩
Article dans une revue hal-02633674v1

Improving soil bacterial taxa–area relationships assessment using DNA meta-barcoding

Sebastien Terrat , Samuel S. Dequiedt , W Horrigue , Mélanie M. Lelievre , C. Cruaud
Heredity, 2015, 114 (5), pp.468 - 475. ⟨10.1038/hdy.2014.91⟩
Article dans une revue hal-01831578v1
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Similar Processes but Different Environmental Filters for Soil Bacterial and Fungal Community Composition Turnover on a Broad Spatial Scale

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Samuel S. Dequiedt , Jean Thioulouse , Mélanie M. Lelievre , Nicolas Saby
PLoS ONE, 2014, 9 (11), pp.1-11. ⟨10.1371/journal.pone.0111667⟩
Article dans une revue hal-01831566v1
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Biogeography of soil microbial communities: a review and a description of the ongoing french national initiative

Lionel Ranjard , Samuel S. Dequiedt , Claudy C. Jolivet , Nicolas P.A. Saby , Jean Thioulouse
Agronomy for Sustainable Development, 2010, 30 (2), pp.359-365. ⟨10.1051/agro/2009033⟩
Article dans une revue hal-00886549v1
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ECOMIC-RMQS : biogéographie microbienne à l’échelle de la France. Etat d’avancement et premiers résultats

Samuel Dequiedt , Maud Lelièvre , Claudy C. Jolivet , Nicolas N. Saby , Manuel Pascal Martin
Étude et Gestion des Sols, 2009, 16 (3-4), pp.219-231
Article dans une revue hal-02656049v1

Biogeographical patterns of soil bacterial communities

Samuel Dequiedt , Jean Thioulouse , Claudy C. Jolivet , Nicolas N. Saby , Mélanie Lelièvre
Environmental Microbiology Reports, 2009, 1 (4), pp.251 - 255. ⟨10.1111/j.1758-2229.2009.00040.x⟩
Article dans une revue hal-02668713v1

Biogeographical design of soil microbial habitats

Battle Karimi , Jean Villerd , Samuel Dequiedt , Sébastien Terrat , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré
5ème colloque du GDR de Génomique Environnementale, Oct 2019, La Rochelle, France
Communication dans un congrès hal-02951841v1
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Mapping and predictive variations of soil microbial richness, bacterial and archaeal phyla across France

Sébastien Terrat , Battle Karimi , Walid Horrigue , Samuel Dequiedt , Nicolas Saby
4. International Conference on Microbial Diversity 2017 (MD 2017), Oct 2017, Bari, Italy. pp.209-211
Communication dans un congrès hal-02738142v1

Bacterial "social" network in french soils : a Metagenomics insight

Battle Karimi , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Sébastien Terrat , Samuel S. Dequiedt , Nicolas Saby
Journée d’Ecologie Fonctionnelle AnaEE, AnaEE Analyses et Expérimentations sur les Ecosystèmes - France., Mar 2017, La Grande Motte, France
Communication dans un congrès hal-01608367v1

Bacterial social networks across the French National territory

Battle Karimi , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Sébastien Terrat , Samuel S. Dequiedt , Nicolas Saby
Journée d’Ecologie Fonctionnelle AnaEE, AnaEE Analyses et Expérimentations sur les Ecosystèmes - France., Mar 2017, La Grande Motte, France
Communication dans un congrès hal-01605623v1

Biogeographical patterns of soil bacterial diversity at the scale of France

Sébastien Terrat , Samuel S. Dequiedt , Nicolas Saby , Walid Horrigue , Mélanie M. Lelievre
16. International Symposium on Microbial Ecology - ISME16, Aug 2016, Montréal, Canada
Communication dans un congrès hal-01603633v1

Is soil an island for bacteria ? Contribution of the soil bacterial taxa area relationship unsing new generation sequencing

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Sébastien Terrat , Samuel Dequiedt , Nicolas Saby , Claudy Jolivet
16. International Symposium on Microbial Ecology - ISME16, International Society for Microbial Ecology (ISME). INT., Aug 2016, Montréal, Canada
Communication dans un congrès hal-02798699v1

Caractérisation de la distribution spatiale des communautés microbiennes du sol et de ses déterminants à l’échelle du paysage

Florentin Constancias , Sébastien Terrat , Nicolas N. Saby , Walid Horrigue , Jean Villerd
7. Journées Françaises de l'Ecologie du Paysage (IALE), Oct 2014, Dijon, France. 61 p
Communication dans un congrès hal-02738587v1

Le séquençage massif pour caractériser la diversité microbienne des sols, standardisation et applications au sein de la plateforme GenoSol

Sébastien Terrat , Samuel Dequiedt , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Nicolas N. Saby , Mélanie M. Lelievre
Colloque Etude du Polymorphisme des Génomes Végétaux (EPGV), Jun 2014, Évry, France
Communication dans un congrès hal-02740417v1

Spatial processes driving soil microbial community assembly on a wide scale

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Samuel Dequiedt , Nicolas N. Saby , Jean Thioulouse , Claudy C. Jolivet
4. International Congress Eurosoil 2012 - Soil Science for the Benefit of Mankind and Environment, Jul 2012, Bari, Italy
Communication dans un congrès hal-02808311v1

Soil fungal communities ecology: a biogeographical approach

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Samuel Dequiedt , Nicolas N. Saby , Jean Thioulouse , Claudy C. Jolivet
Ecology of soil Microorganisms Conference, Apr 2011, Prague, Czech Republic. 1 p
Communication dans un congrès hal-02808083v1

Biogéographie Microbienne: mythe ou réalité ?

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Samuel Dequiedt , Nicolas N. Saby , Mélanie M. Lelievre , Claudy C. Jolivet
Ecologie 2010, Sep 2010, Montpellier, France. n.p
Communication dans un congrès hal-02758446v1
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Biogeographical patterns of soil microbial communities at the scale of French metropolitan territory

Samuel S. Dequiedt , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Nicolas Saby , Jean Thioulouse , Mélanie M. Lelievre
13. International Symposium on Microbial Ecology ISME 13, Aug 2010, Seattle, United States. 1 p
Communication dans un congrès hal-01137003v1

Patterns biogéographiques de la diversité bactérienne des sols à l'échelle du territoire national

Samuel S. Dequiedt , Mélanie M. Lelievre , Claudy C. Jolivet , Manuel M. Martin , Nicolas N. Saby
Congrès AFEM (Association Francophone pour l'Ecologie Microbienne, Labo/service de l'auteur, Ville service., Aug 2009, Lyon, France. n.p
Communication dans un congrès hal-01001184v1

Microbial-biogeography at the scale of France by the use of molecular tools applied to the French soil quality monitoring network (RMQS)

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Samuel Dequiedt , Jean Thioulouse , Claudy C. Jolivet , Nicolas N. Saby
BAGECO10, Saisissez le nom du laboratoire, du service ou du département., Ville service., Jun 2009, Uppsala, Sweden
Communication dans un congrès hal-02751274v1

Distribution et déterminisme de la diversité des communautés de champignons telluriques à l'échelle de trois régions françaises

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Samuel S. Dequiedt , Rémy Doyen , Mélanie M. Lelievre , Claudy C. Jolivet
4. Colloque de l'Association Francophone d'Ecologie Microbienne, Association Francophone d'Ecologie Microbienne (AFEM). FRA., Aug 2009, Lyon, France. pp.91
Communication dans un congrès hal-01019301v1

Biogeography of soil microbial communities: a review and a description of the ongoing french national initiative

Lionel Ranjard , Samuel Dequiedt , Claudy Jolivet , Nicolas Saby , Jean Thioulouse
Eric Lichtfouse; Marjolaine Hamelin; Mireille Navarrete; Philippe Debaeke. Sustainable Agriculture Volume 2, Springer, pp.857-865, 2011, 978-94-007-0393-3. ⟨10.1007/978-94-007-0394-0_37⟩
Chapitre d'ouvrage hal-00860770v1