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Publications de Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré


Activités de Recherche

 

Au cours de ma thèse de doctorat, j’ai associé écologie microbienne des sols et cycles biogéochimiques (cycle du Carbone) et j’ai renforcé mes compétences en écologie microbienne au travers de mon post doctorat au sein de l’équipe BIOCOM (UMR Microbiologie du Sol et de l’Environnement, Dijon) sous la direction de L Ranjard. Suite à cela, j’ai été recruté à AgroSup Dijon en tant que maître de conférences et ai rejoint officiellement l’équipe BIOCOM lors de la création de l’UMR 1347 Agroécologie.

Au sein de l’équipe BIOCOM, je développe deux thématiques de recherche en association avec L. Ranjard et P.A. Maron:
 1) l’étude de la distribution spatiale, de la dynamique et du déterminisme de la diversité microbienne des sols
 2) l’étude du lien entre diversité microbienne des sols et leur fonctionnement biologique.

 La première thématique met en jeu des approches d’écologie spatiale pour caractériser les patterns de distribution des communautés microbienne du sol et comprendre leur déterminisme (processus de diversification, filtre environnementaux : environnement, climat, communauté végétale, éloignement géographique). Ces approches appliquées en particulier à l’échelle des paysages agricoles pour déterminer si les filtres environnementaux et les processus de diversification des microorganismes du sol à cette échelle sont les même qu’à des échelles plus fines (parcelle) ou plus large (régionale, nationale). Ce travail fait actuellement l’objet de la thèse de Florentin Constancias que je co-encadre avec Lionel Ranjard.
 La seconde thématique, développée avec Pierre-Alain Maron, met en jeu des approches d’écologie des communautés avec des approches d’écologie fonctionnelle ciblées sur le turnover des matières organiques du sol et la stabilité de cette fonction face à des perturbations externes.
 Au-delà des débouchés fondamentaux liés à ces thématiques de recherche, ces dernières ont aussi des débouchés appliqués pour une meilleure évaluation environnementale des pratiques agricoles et en termes de formation pour les acteurs du monde agricole sur l’utilisation des indicateurs biologiques, et particulièrement microbiens, pour évaluer l’impact de leurs pratiques sur leurs sols (Projet CASDAR AgrInnov, en cours).

 

Activités d’enseignement

Je réalise la majeure partie de mes activités d’enseignement sur la thématique de la biologie des sols en lien avec leur fonctionnement au sein d’AgroSup Dijon et de l’Université de Bourgogne. Mes activités d’enseignement couvrent différents niveaux : Cursus ingénieur 1ère et 2e année, 3e année spécialisation Agronomie – Environnement ;  Licence 3, Master 1 et Master 2. Au sein de l’université de Bourgogne, j’interviens particulièrement dans le cadre de la licence professionnelle Agriculture, Durabilité, Nouvelles Technologies dont je suis co-directeur avec PY Collin (UMR Biogéosciences, Université de Bourgogne), du Master BOP et du master BIIPPME. Outre des cours théoriques et des travaux dirigés sur la biologie des sols, j’interviens aussi dans le cadre d’activités pluridisciplinaires (Approche Globale de l’Exploitation Agricole, Diagnostic Agri-Environnemental, projets tuteurés) et dans l’encadrement des stages des étudiants d’AgroSup Dijon (mémoires de fin d’étude, stages en entreprise) et de licence professionnelle.


Article dans une revue27 documents

  • Valérie Viaud, Patricia Santillàn-Carvantes, Nouraya Akkal-Corfini, Cédric Le Guillou, Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré, et al.. Landscape-scale analysis of cropping system effects on soil quality in a context of crop-livestock farming. Agriculture, Ecosystems & Environment, 2018, 265, pp.166 - 177. 〈10.1016/j.agee.2018.06.018〉. 〈hal-01844309〉
  • Battle Karimi, Sébastien Terrat, Samuel Dequiedt, Nicolas Saby, Walid Horrigue, et al.. Biogeography of soil bacteria and archaea across France. Science Advances , American Association for the Advancement of Science (AAAS), 2018, 4 (7), 〈10.1126/sciadv.aat1808〉. 〈hal-01843961〉
  • Cédric Le Guillou, Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré, Battle Karimi, Nouraya Akkal-Corfini, Samuel Dequiedt, et al.. Tillage intensity and pasture in rotation effectively shape soil microbial communities at a landscape scale. MicrobiologyOpen, Wiley, In press, 〈10.1002/mbo3.676〉. 〈hal-01817976〉
  • Sophie Sadet-Bourgeteau, Sabine Houot, Samuel Dequiedt, Virginie Nowak, Vincent Tardy, et al.. Lasting effect of repeated application of organic waste products on microbial communities in arable soils. Applied Soil Ecology, Elsevier, 2018, 〈10.1016/j.apsoil.2018.02.006〉. 〈hal-01711712〉
  • Kanto Razanamalala, Tantely Razafimbelo, Pierre-Alain Maron, Lionel Ranjard, Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré, et al.. Soil microbial diversity drives the priming effect along climate gradients: a case study in Madagascar. The ISME journal, International Society for Microbial Ecology 2017, 12 (2), pp.451 - 462. 〈10.1038/ismej.2017.178〉. 〈hal-01844363〉
  • Sébastien Terrat, Walid Horrigue, Samuel Dequietd, Nicolas Saby, Mélanie Lelievre, et al.. Mapping and predictive variations of soil bacterial richness across France. PLoS ONE, Public Library of Science, 2017, 12 (0190128), 〈10.1371/journal.pone.0186766〉. 〈hal-01843156〉
  • M. Cannavacciulo, N. Cassagne, V. Riou, P. Mulliez, Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré, et al.. Validation d’un tableau de bord d’indicateurs sur un réseau national de fermes en grande culture et en viticulture pour diagnostiquer la qualité biologique des sols agricoles. Innovations Agronomiques, INRA, 2017, 55, pp.41-54. 〈hal-01608354〉
  • Battle Karimi, Pierre-Alain Maron, Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré, Nadine Bernard, Daniel Gilbert, et al.. Microbial diversity and ecological networks as indicators of environmental quality. Environmental Chemistry Letters, Springer Verlag, 2017, 〈10.1007/s10311-017-0614-6〉. 〈hal-01516976〉
  • Walid Horrigue, Samuel Dequiedt, Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré, Claudy Jolivet, Nicolas P.A. Saby, et al.. Predictive model of soil molecular microbial biomass. Ecological Indicators, Elsevier, 2016, 64, pp.203 - 211. 〈10.1016/j.ecolind.2015.12.004〉. 〈hal-01844377〉
  • Sebastien Terrat, Samuel Dequiedt, W Horrigue, Mélanie Lelievre, C. Cruaud, et al.. Improving soil bacterial taxa–area relationships assessment using DNA meta-barcoding. Heredity, Nature Publishing Group, 2015, 114 (5), pp.468 - 475. 〈10.1038/hdy.2014.91〉. 〈hal-01831578〉
  • Florentin Constancias, Sébastien Terrat, Nicolas Saby, Walid Horrigue, Jean Villerd, et al.. Mapping and determinism of soil microbial community distribution across an agricultural landscape. MicrobiologyOpen, Wiley, 2015, 4 (3), pp.505-517. 〈10.1002/mbo3.255〉. 〈hal-01475927〉
  • Julien Guigue, Jean Lévêque, Olivier Mathieu, P. Schmitt-Kopplin, M. Lucio, et al.. Water-extractable organic matter linked to soil physico-chemistry and microbiology at the regional scale.. Soil Biology and Biochemistry, Elsevier, 2015, 84, pp.158-167. 〈10.1016/j.soilbio.2015.02.016〉. 〈hal-01132011〉
  • Florentin Constancias, Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré, Sébastien Terrat, Simon Aussems, Virginie Nowak, et al.. Microscale evidence for a high decrease of soil bacterial density and diversity by cropping. Agronomy for Sustainable Development, Springer Verlag/EDP Sciences/INRA, 2014, 34 (4), pp.831-840. 〈10.1007/s13593-013-0204-3〉. 〈hal-01234825〉
  • Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré, Samuel Dequiedt, Jean Thioulouse, Mélanie Lelievre, Nicolas Saby, et al.. Similar Processes but Different Environmental Filters for Soil Bacterial and Fungal Community Composition Turnover on a Broad Spatial Scale. PLoS ONE, Public Library of Science, 2014, 9 (11), 〈10.1371/journal.pone.0111667〉. 〈hal-01831566〉
  • Pascal Lienhard, Sébastien Terrat, Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré, Virginie Nowak, Tiffanie Régnier, et al.. Pyrosequencing evidences the impact of cropping on soil bacterial and fungal diversity in Laos tropical grassland.. Agronomy for Sustainable Development, Springer Verlag/EDP Sciences/INRA, 2014, 34 (2), pp.525-533. 〈10.1007/s13593-013-0162-9〉. 〈hal-00977920〉
  • Pascal Lienhard, Florent Tivet, André Chabanne, Samuel Dequiedt, Mélanie Lelievre, et al.. No-till and cover crops shift soil microbial abundance and diversity in Laos tropical grasslands. Agronomy for Sustainable Development, Springer Verlag/EDP Sciences/INRA, 2013, 33 (2), pp.375-384. 〈10.1007/s13593-012-0099-4〉. 〈hal-01201383〉
  • Pascal Lienhard, Sébastien Terrat, Olivier Mathieu, Jean Lévêque, Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré, et al.. Soil microbial diversity and C turnover modified by tillage and cropping in Laos tropical grassland.. Environmental Chemistry Letters, Springer Verlag, 2013, 11 (4), pp.391-398. 〈10.1007/s10311-013-0420-8〉. 〈hal-00921631〉
  • Florence Maunoury-Danger, Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré, Jérome Ngao, Daniel Berveiller, Claude Brechet, et al.. Carbon isotopic signature of CO2 emitted by plant compartments and soil in two temperate deciduous forests. Annals of Forest Science, Springer Verlag/EDP Sciences, 2013, 70 (2), pp.173-183. 〈10.1007/s13595-012-0249-5〉. 〈hal-00964701〉
  • L. Ranjard, S. Dequiedt, Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré, J. Thioulouse, N. P. A. Saby, et al.. Turnover of soil bacterial diversity driven by wide-scale environmental heterogeneity.. Nature Communications, Nature Publishing Group, 2013, 4, pp.1434. 〈10.1038/ncomms2431〉. 〈hal-00965686〉
  • Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré, Richard Christen, Samuel Dequiedt, Christophe Mougel, Mélanie Lelievre, et al.. Validation and Application of a PCR Primer Set to Quantify Fungal Communities in the Soil Environment by Real-Time Quantitative PCR. PLoS ONE, Public Library of Science, 2011, 6 (9), pp.e24166. 〈10.1371/journal.pone.0024166〉. 〈hal-01254016〉
  • Lionel Ranjard, Samuel Dequiedt, Claudy Jolivet, Nicolas P.A. Saby, Jean Thioulouse, et al.. Biogeography of soil microbial communities: a review and a description of the ongoing french national initiative. Agronomy for Sustainable Development, Springer Verlag/EDP Sciences/INRA, 2010, 30 (2), pp.359-365. 〈10.1051/agro/2009033〉. 〈hal-00886549〉
  • Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré, Pierre-Alain Maron, Lionel Ranjard, Virginie Nowak, Eric Dufrene, et al.. Seasonal dynamics of the bacterial community in forest soils under different quantities of leaf litter. Applied Soil Ecology, Elsevier, 2010, 47 (47), pp.14-23. 〈bioemco-00574895〉
  • Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré, Claire Damesin, Eric Dufrene, Jean-Christophe Lata, Kamel Soudani, et al.. Increase inabovegroundfreshlitterquantityover-stimulatessoil respiration inatemperatedeciduousforest. Applied Soil Ecology, Elsevier, 2010, 46 (46), pp.26-34. 〈10.1016/j.apsoil.2010.06.004〉. 〈bioemco-00574912〉
  • S. Dequiedt, M. Lelièvre, C. Jolivet, N.P.A. Saby, M. Martin, et al.. ECOMIC-RMQS: biogéographie microbienne à l`échelle de la France. Etude et Gestion des Sols, Association française pour l'"étude des sols, 2009, 16(3), pp.219-231. 〈hal-00539409〉
  • S. Dequiedt, J. Thioulouse, C. Jolivet, N.Pa. Savy, M. Lelievre, et al.. Biogeographical patterns of soil bacterial communities. Environmental Microbiology Reports, Wiley, 2009, 1(4), pp.251-255. 〈hal-00539298〉
  • Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré, Jérome Ngao, Daniel Berveiller, D. Bonal, Claire Damesin, et al.. Root exclusion through trenching does not affect the isotopic composition of soil CO2 efflux. Plant and Soil, Springer Verlag, 2009, 319 (1-2), pp.1-13. 〈10.1007/s11104-008-9844-5〉. 〈bioemco-00353850〉
  • J. Bertaux, M. Schmid, Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré, J. Churin, A. Hartmann, et al.. In Situ Identification of Intracellular Bacteria Related to Paenibacillus spp. in the Mycelium of the Ectomycorrhizal Fungus Laccaria bicolor S238N. Applied and Environmental Microbiology, American Society for Microbiology, 2003, 69 (7), pp.4243 - 4248. 〈10.1128/AEM.69.7.4243-4248.2003〉. 〈hal-01844502〉

Communication dans un congrès13 documents

  • Battle Karimi, Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré, Sébastien Terrat, Samuel Dequiedt, Nicolas Saby, et al.. Bacterial social networks across the French National territory. Journée d’Ecologie Fonctionnelle AnaEE, Mar 2017, La Grande Motte, France. 2017. 〈hal-01605623〉
  • Battle Karimi, Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré, Sébastien Terrat, Samuel Dequiedt, Nicolas Saby, et al.. Bacterial "social" network in french soils : a Metagenomics insight. Journée d’Ecologie Fonctionnelle AnaEE, Mar 2017, La Grande Motte, France. 2017. 〈hal-01608367〉
  • Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré, Lionel Ranjard. Bacterial "social" network in french soils : a Metagenomics insight. Sfécologie-2016, International Conference of Ecological Sciences, Oct 2016, Marseille, France. 2016. 〈hal-01604088〉
  • Sébastien Terrat, Samuel Dequiedt, Nicolas Saby, Walid Horrigue, Mélanie Lelievre, et al.. Biogeographical patterns of soil bacterial diversity at the scale of France. 16. International Symposium on Microbial Ecology - ISME16, Aug 2016, Montréal, Canada. 2016. 〈hal-01603633〉
  • Florentin Constancias, Sébastien Terrat, Nicolas P.A. Saby, Walid Horrigue, Jean Villerd, et al.. Caractérisation de la distribution spatiale des communautés microbiennes du sol et de ses déterminants à l’échelle du paysage. 7èmes Journées Françaises de l'Ecologie du Paysage (IALE), Oct 2014, Dijon, France. Actes disponibles en ligne : https://colloque6.inra.fr/iale2014/content/download/569/6115/file/ActesIALE2014.pdf, p. 9, 2014, 7èmes Journées Françaises de l'Ecologie du Paysage (IALE). 〈hal-01479013〉
  • Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré, Florentin Constancias, Sébastien Terrat, Samuel Dequiedt, Nicolas Saby, et al.. A spatial upscaling strategy to assess soil microbial community assembly and the impact of land-use. 1. Global Soil Biodiversity Initiative Conference (GSBI), Dec 2014, Dijon, France. pp.703. 〈hal-01872361〉
  • Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré, Samuel Dequiedt, Lionel Ranjard. Turnover of soil microbial diversity is driven by wide-scale environmental heterogeneity. 2. Thünen Symposium on Soil Metagenomics, Dec 2013, Braunschweig, Germany. pp.39, 2013. 〈hal-01004768〉
  • Samuel Dequiedt, Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré, Nicolas Saby, Jean Thioulouse, Mélanie Lelievre, et al.. Biogeographical patterns of soil microbial communities at the scale of French metropolitan territory. 13. International Symposium on Microbial Ecology ISME 13, Aug 2010, Seattle, United States. 1 p., 2010. 〈hal-01137003〉
  • Samuel Dequiedt, Mélanie Lelievre, Claudy Jolivet, Manuel Martin, Nicolas Saby, et al.. Patterns biogéographiques de la diversité bactérienne des sols à l'échelle du territoire national. Congrès AFEM (Association Francophone pour l'Ecologie Microbienne, Aug 2009, Lyon, France. n.p. 〈hal-01001184〉
  • Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré, Samuel Dequiedt, Rémy Doyen, Mélanie Lelievre, Claudy Jolivet, et al.. Distribution et déterminisme de la diversité des communautés de champignons telluriques à l'échelle de trois régions françaises. 4. Colloque de l'Association Francophone d'Ecologie Microbienne, Aug 2009, Lyon, France. pp.91, 2009. 〈hal-01019301〉
  • Samuel Dequiedt, Mélanie Lelievre, Pierre-Alain Maron, Christophe Mougel, Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré, et al.. Platform GenoSol: a new tool for conserving and exploring soil microbial diversity. 4ème Colloque de l'Association Francophone d'Ecologie Microbienne (AFEM), Aug 2009, Lyon, France. 1 p., 2009. 〈hal-01137004〉
  • Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré, Lionel Ranjard, Virginie Nowak, Claire Damesin, Eric Dufrene, et al.. Short term bacterial community structure dynamics in forest soil and litter: an in situ study in a CarboEurope site.. University of Natural Resources and Applied Life Sciences Vienna. Short term bacterial community structure dynamics in forest soil and litter: an in situ study in a CarboEurope site., May 2008, Vienna, Austria. University of Natural Resources and Applied Life Sciences Vienna, pp.52, 2008. 〈bioemco-00390583〉
  • Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré, Eric Dufrene, Jean-Christophe Lata, Claire Damesin, Kamel Soudani. Temporal dynamics of autotrophic and heterotrophic soil respiration in a temperate deciduous forest.. The European Commission (EU GOCE-CT2003-505572). Temporal dynamics of autotrophic and heterotrophic soil respiration in a temperate deciduous forest., Nov 2006, Sissi-Lassithi, Greece. The European Commission (EU GOCE-CT2003-505572), pp.135, 2006. 〈bioemco-00390603〉

Poster3 documents

  • Kanto Razanamalala, Tantely Razafimbelo, Pierre-Alain Maron, Lionel Ranjard, Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré, et al.. L’usage des terres et les pratiques agricoles contrôlent la minéralisation du C par l’intermédiaire de la biomasse bactérienne et de quelques familles fongiques clés.. ResMO 2018 : "La matière organique dans tous ses étas", Feb 2018, Trégastel, France. 2018, 〈http://www.cammisole.fr/437217433〉. 〈hal-01785116〉
  • Battle Karimi, Sébastien Terrat, Samuel Dequiedt, Nicolas Saby, Walid Horrigue, et al.. Contrasting Spatial Patterns and Ecological Attributes of Soil Bacterial Taxa across French National Territory. Journée d’Ecologie Fonctionnelle AnaEE, Mar 2017, La Grande Motte, France. 2017. 〈hal-01605429〉
  • Battle Karimi, Sébastien Terrat, Samuel Dequiedt, Nicolas Saby, Walid Horrigue, et al.. Contrasting Spatial Patterns and Ecological Attributes of Soil Bacterial Taxa across French National Territory. Congrès de la Société Française d'Ecologie, Oct 2016, Marseille, France. 2016. 〈hal-01602852〉

Chapitre d'ouvrage1 document

  • Lionel Ranjard, Samuel Dequiedt, Claudy Jolivet, Nicolas Saby, Jean Thioulouse, et al.. Biogeography of soil microbial communities: a review and a description of the ongoing french national initiative. Sustainable Agriculture Volume 2, Springer, pp.857-865, 2011, 978-94-007-0393-3. 〈10.1007/978-94-007-0394-0_37〉. 〈hal-00860770〉

HDR1 document

  • Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré. Distribution et déterminisme de l'abondance, de la diversité et de la structure des communautés microbiennes à différentes échelles spatiales pour l'appui au développement agricole. Sciences du Vivant [q-bio]. Université de Bourgogne Franche-Comté, 2018. 〈tel-01872344〉