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Effects of direct transfer to hyperosmotic environment on gill transcriptome in rainbow trout

 Yvan Le Bras , Jérôme Montfort , Patrick Prunet , Claudiane Valotaire
Aquaculture Europe 09, Aug 2009, Trondheim, Norway
Communication dans un congrès hal-02753055v1
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Galaxy Training: A powerful framework for teaching!

 Saskia Hiltemann , Helena Rasche , Simon Gladman , Hans-Rudolf Hotz , Delphine Larivière , et al.
PLoS Computational Biology, 2022, 19 (1), pp.e1010752. ⟨10.1371/journal.pcbi.1010752⟩
Article dans une revue hal-04069041v1

Recherche de gène(s) associé(s) au caractère de résistance à un stress de salinité par une approche de type QTL d'expression chez la truite arc-en-ciel Oncorhynchus mykiss

 Yvan Le Bras , Patrick Prunet , Pascale P. Le Roy , Grégory Guernec
Journée des Doctorants en Biologie Animale du Centre INRA de Rennes, Jun 2008, Rennes, France
Communication dans un congrès hal-02752532v1
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KOSMOS: An Open Source Underwater Video Lander for Monitoring Coastal Fishes and Habitats

 Dominique Pelletier , Justin Rouxel , Olivier Fauvarque , David Hanon , Jean-Paul Gestalin , et al.
Sensors, 2021, 21, pp.7724. ⟨10.3390/s21227724⟩
Article dans une revue mnhn-04159259v1
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Colib’read on galaxy: a tools suite dedicated to biological information extraction from raw NGS reads

 Yvan Le Bras , Olivier Collin , Cyril Monjeaud , Vincent Lacroix , Eric Rivals , et al.
GigaScience, 2016, 5 (1), ⟨10.1186/s13742-015-0105-2⟩
Article dans une revue hal-01280238v1

Effect of seawater transfer on CYP1A gene expression in rainbow trout gills

 Isabelle Leguen , Nestor Odjo , Yvan Le Bras , B. Luthringer , Daniel Baron , et al.
Comparative Biochemistry and Physiology - Part A: Molecular and Integrative Physiology, 2010, 156 (2), pp.211-217. ⟨10.1016/j.cbpa.2010.02.002⟩
Article dans une revue istex hal-01183598v1

The ReproGenomics Viewer: An integrative cross-species toolbox for the reproductive science community

 Thomas Alain Darde , Olivier Sallou , Becker Emmanuelle , Bertrand Evrard , Cyril Monjeaud , et al.
ReproScience, Apr 2015, Rennes, France
Poster de conférence hal-02445070v1

Yet another Galaxy Genome viewer

 Thomas Alain Darde , François Moreews , Yvan Le Bras , Cyril Monjeaud , Frédéric Chalmel
GCC, Jul 2015, Norwich, United Kingdom
Poster de conférence hal-02445072v1
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French ichthyological records for 2019

 Samuel P. Iglesias , Michel Bariche , Florent Beau , Lucas Berenger , Renaud Beucher , et al.
Cybium : Revue Internationale d’Ichtyologie, 2021, 45 (3), pp.169-188. ⟨10.26028/cybium/2021-453-001⟩
Article dans une revue hal-03475120v1
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BioShaDock: a community driven bioinformatics shared Docker-based tools registry

 François Moreews , Olivier Sallou , Hervé Ménager , Yvan Le Bras , Cyril Monjeaud , et al.
F1000Research, 2015, ⟨10.12688/f1000research.7536.1⟩
Article dans une revue hal-01243520v1

A global biodiversity observing system to unite monitoring and guide action

 Andrew Gonzalez , Petteri Vihervaara , Patricia Balvanera , Amanda E. Bates , Elisa Bayraktarov , et al.
Nature Ecology & Evolution, 2023, 7 (12), pp.1947-1952. ⟨10.1038/s41559-023-02171-0⟩
Article dans une revue hal-04498611v1

Towards a Life Sciences Virtual Research Environment

 Yvan Le Bras , Aurélien Roult , Cyril Monjoeaud , Bahin Mathieu , Olivier Quenez , et al.
JOBIM 2013 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2013, Toulouse, France
Communication dans un congrès hal-01102438v1

From Raw Biodiversity Data to Indicators, Boosting Products Creation, Integration and Dissemination: French BON FAIR initiatives and related informatics solutions

 Yvan Le Bras , Aurélie Delavaud , Dominique Pelletier , Jean-Baptiste Mihoub
Biodiversity Information Science and Standards, 2019, 3, e39215 (3p.). ⟨10.3897/biss.3.39215⟩
Article dans une revue hal-04202369v1

Automatic update of reference data in Galaxy using BioMAJ.

 Anthony Bretaudeau , Yvan Le Bras , Cyril Monjeaud , Olivier Collin
Galaxy Day 2014, Institut Français de Bioinformatique, Dec 2014, Paris, France
Communication dans un congrès hal-01102421v1

OBITools: a Unix-inspired software package for DNA metabarcoding

 Frédéric Boyer , Céline Mercier , Aurélie Bonin , Yvan Le Bras , Pierre Taberlet , et al.
Molecular Ecology Resources, 2015, pp.10.1111/1755-0998.12428. ⟨10.1111/1755-0998.12428⟩
Article dans une revue istex hal-01183582v1
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OneWater FAIR Data Platform : setting up a national FAIR water data platform and community

 Sylvain Grellet , Isabelle Braud , Fanny Arnaud , Kenneth Maussang , Anne Laurent , et al.
TERENO OZCAR 2023 - 2ème conférence internationale TERENO OZCAR, TERENO and OZCAR networks, Sep 2023, Bonn, Germany. pp.1-23
Communication dans un congrès hal-04233630v2
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Comprendre, partager, ré-utiliser les données de biodiversité

 Olivier Norvez , Thomas Milon , Sophie Pamerlon , Anne‐Sophie Archambeau , Thomas Bouix , et al.
Patrinat (OFB-MNHN-CNRS-IRD). 2023
Rapport mnhn-04296424v1
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Étude génétique et génomique de la réponse à un changement de salinité chez la truite arc-en-ciel Oncorhynchus mykiss

 Yvan Le Bras
Ecologie, Environnement. Université Rennes 1, 2010. Français. ⟨NNT : 2010REN1S198⟩
Thèse tel-00620203v1

The Galaxy platform for accessible, reproducible and collaborative biomedical analyses: 2022 update

 Enis Afgan , Anton Nekrutenko , Bjórn Grüning , Daniel Blankenberg , Jeremy Goecks , et al.
Nucleic Acids Research, 2022, 50 (W1), pp.W345-W351. ⟨10.1093/nar/gkac247⟩
Article dans une revue hal-04142105v1

Etude physiologique des conséquences d'un transfert d'eau douce en eau de mer chez la truite arc-en-ciel Oncorhynchus mykiss au niveau du transcriptome branchial

 Yvan Le Bras , Jérôme Montfort , Claudiane Valotaire , Patrick Prunet
4. Rencontres de l'Ichtyologie en France, Mar 2009, Paris, France
Communication dans un congrès hal-02757372v1
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The Galaxy platform for accessible, reproducible and collaborative biomedical analyses: 2022 update

 Enis Afgan , Anton Nekrutenko , Bjórn Grüning , Daniel Blankenberg , Jeremy Goecks , et al.
Nucleic Acids Research, 2022, 50 (W1), pp.W345-W351. ⟨10.1093/nar/gkac247⟩
Article dans une revue hal-04053853v1
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IndexMEED cases studies using "Omics" data with graph theory

 Romain David , Jean-Pierre Féral , Sophie Archambeau , Fanny Arnaud , David Auber , et al.
Biodiversity Information Science and Standards, 2017, TDWG 2017 - Proceedings, 1 (2), pp.340-361. ⟨10.3897/tdwgproceedings.1.20740⟩
Article dans une revue hal-01761535v1

Two different and functional nuclear rDNA genes in the abalone Haliotis tuberculata : tissue differential expression

 Alain van Wormhoudt , Béatrice Gaume , Yvan Le Bras , Valérie Roussel , Sylvain Huchette
Genetica, 2011, http://link.springer.com/article/10.1007%2Fs10709-011-9623-8. ⟨10.1007/s10709-011-9623-8⟩
Article dans une revue istex hal-01183596v1

e-Science in France, a Life science Western story

 Yvan Le Bras , Aurélien Roult , Cyril Monjoeaud , Bahin Mathieu , Olivier Quenez , et al.
Galaxy Community Conference (GCC2014), Jun 2014, Baltimore, United States
Poster de conférence hal-01102432v1

Baleines et dauphins : des belles espèces sentinelles à étudier dans le cadre d'un OHM littoral, mais d'un abord bien complexe

 Jean-Luc Jung , Iwan Le Berre , Lorraine Coché , Bénédicte Madon , Eric Foulquier , et al.
International Symposium of Labex DRIIHM 2021, Labex DRIIHM; CNRS InEE, Sep 2021, Toulouse, France. ⟨10.34972/driihm-dab5a4⟩
Communication dans un congrès hal-03353044v1

Identification des QTL/eQTL pour les capacités d'osmorégulation chez la truite

 Yvan Le Bras
2. Journée des doctorants et post-doctorants en biologie santé en Bretagne, Jun 2011, Brest, France
Communication dans un congrès hal-02806371v1

From Biodiversity Observation Networks to Datasets and Workflows Supporting Biodiversity Indicators, a French Biodiversity Observation Network (BON) Essential Biodiversity Variables (EBV) Operationalization Pilot using Galaxy and Ecological Metadata Language

 Coline Royaux , Olivier Norvez , Marie Jossé , Elie Arnaud , Julien Sananikone , et al.
TDWG ( Biodiversity Information Standards ) 2022, Oct 2022, Sofia, Bulgaria. ⟨10.3897/biss.6.94957⟩
Communication dans un congrès hal-03879456v1

Kakila « qui est la ? » - Base de données d'observation de cétacés dans l'archipel Guadeloupéen

 Jean-Luc Jung , Laurent Bouveret , Iwan Le Berre , Lorraine Coché , Bénédicte Madon , et al.
Séminaire Scientifique du Pôle National de Données de la Biodiversité : Méta{données} Biodiversité, PNDB, Nov 2023, Brest, France
Communication dans un congrès hal-04525250v1

Integrating GALAXY workflows in a metadata management environment

 François Moreews , Yvan Le Bras , Olivier Dameron , Cyril Monjeaud , Olivier Collin
Galaxy Community Conference, Jul 2014, Baltimore, United States
Communication dans un congrès hal-01093058v1

Genetic and genomic studies of salinity stress responses in rainbow trout

 Patrick Prunet , Yvan Le Bras , Isabelle Leguen , Pascale Le Roy , Edwige Quillet
1. International Conference on Integrative Salmonid Biology ICISB, Norwegian University of Life Sciences. NOR., Jun 2012, Oslo, Norway
Communication dans un congrès hal-01455863v1
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