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Norine, the knowledgebase dedicated to non-ribosomal peptides, is now open to crowdsourcing

 Areski Flissi , Yoann Dufresne , Juraj Michalik , Laurie Tonon , Stéphane Janot , et al.
Nucleic Acids Research, 2015, ⟨10.1093/nar/gkv1143⟩
Article dans une revue hal-01235996v1
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Reconstruction of full-length 16S rRNA sequences for taxonomic assignment in metagenomics

 Pierre Pericard , Yoann Dufresne , Samuel Blanquart , Hélène Touzet
JOBIM 2017 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2017, Lille, France
Communication dans un congrès hal-01574629v1

MATAM: reconstruction of phylogenetic marker genes from short sequencing reads in metagenomes

 Pierre Pericard , Yoann Dufresne , Loïc Couderc , Samuel Blanquart , Hélène Touzet
Bioinformatics, 2018, 34 (4), pp.585-591. ⟨10.1093/bioinformatics/btx644⟩
Article dans une revue pasteur-03263400v1
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Non Ribosomal Peptides : A monomeric puzzle

 Yoann Dufresne , Valérie Leclère , Philippe Jacques , Laurent Noé , Maude Pupin
JOBIM - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2013, Toulouse, France. pp.143-150
Communication dans un congrès hal-00843827v1
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Data updates on Norine, the reference Non-Ribosomal Peptide knowledge base

 Yoann Dufresne , Juraj Michalik , Areski Flissi , Valérie Leclère , Maude Pupin
JOBIM 2017 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2017, Lille, France
Poster de conférence hal-01889117v1

Supervised machine learning outperforms taxonomy-based environmental DNA metabarcoding applied to biomonitoring

 Tristan Cordier , Dominik Forster , Yoann Dufresne , Catarina Martins , Thorsten Stoeck , et al.
Molecular Ecology Resources, 2018, 18 (6), pp.1381-1391. ⟨10.1111/1755-0998.12926⟩
Article dans une revue pasteur-03263394v1
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Read correction for non-uniform coverages

 Camille Marchet , Yoann Dufresne , Antoine Limasset
2021
Pré-publication, Document de travail pasteur-03263392v1
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Compression Algorithm for Colored de Bruijn Graphs

 Amatur Rahman , Yoann Dufresne , Paul Medvedev
Leibniz International Proceedings in Informatics , 273 (17), Schloss Dagstuhl - Leibniz-Zentrum für Informatik, pp.1-14, 2023, 978-3-95977-294-5. ⟨10.4230/LIPIcs.WABI.2023.17⟩
Proceedings/Recueil des communications pasteur-04195997v2
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Construction and representation of human pangenome graphs

 Francesco Andreace , Pierre Lechat , Yoann Dufresne , Rayan Chikhi
2023
Pré-publication, Document de travail pasteur-04126278v1
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Algorithmique pour l’annotation automatique de peptides non ribosomiques

 Yoann Dufresne
Bio-informatique [q-bio.QM]. Lille1, 2016. Français. ⟨NNT : ⟩
Thèse tel-01563992v1
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Norine, Florine, s2m : powerful bioinformatics resource and tools for the discovery of novel nonribosomal peptides, natural metabolites with versatile activities

 Qassim Esmaeel , Yoann Dufresne , Areski Flissi , Maude Pupin , Philippe Jacques , et al.
FEMS 2017 - 7th congress of Federation of European Microbiology societies, Jul 2017, Valencia, Spain
Poster de conférence hal-01888999v1
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The K-mer File Format: a standardized and compact disk representation of sets of k-mers

 Yoann Dufresne , Teo Lemane , Pierre Marijon , Pierre Peterlongo , Amatur Rahman , et al.
Bioinformatics, 2022, 38 (18), pp.4423-4425. ⟨10.1093/bioinformatics/btac528⟩
Article dans une revue hal-03885245v1
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A Graph-Theoretic Barcode Ordering Model for Linked-Reads

 Yoann Dufresne , Chen Sun , Pierre Marijon , Dominique Lavenier , Cedric Chauve , et al.
WABI 2020 - 20th Workshop on Algorithms in Bioinformatics, Sep 2020, Pisa, Italy. pp.11 - 12, ⟨10.4230/LIPIcs.WABI.2020.11⟩
Communication dans un congrès hal-03008334v1
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Comparing methods for constructing and representing human pangenome graphs

 Francesco Andreace , Pierre Lechat , Yoann Dufresne , Rayan Chikhi
Genome Biology, 2023, 24 (1), pp.274. ⟨10.1186/s13059-023-03098-2⟩
Article dans une revue pasteur-04385553v1
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BioConvert: a comprehensive format converter for life sciences

 Hugo Caro , Sulyvan Dollin , Anne Biton , Bryan Brancotte , Dimitri Desvillechabrol , et al.
NAR Genomics and Bioinformatics, 2023, 5 (3), ⟨10.1093/nargab/lqad074⟩
Article dans une revue pasteur-04279554v2
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Norine: a powerful resource for novel nonribosomal peptide discovery

 Maude Pupin , Qassim Esmaeel , Areski Flissi , Yoann Dufresne , Philippe Jacques , et al.
Synthetic and Systems Biotechnology, 2015, ⟨10.1016/j.synbio.2015.11.001⟩
Article dans une revue hal-01250614v1
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Smiles2Monomers: a link between chemical and biological structures for polymers

 Yoann Dufresne , Laurent Noé , Valérie Leclère , Maude Pupin
Journal of Cheminformatics, 2015, 7, ⟨10.1186/s13321-015-0111-5⟩
Article dans une revue hal-01250619v1
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SLIM: a flexible web application for the reproducible processing of environmental DNA metabarcoding data

 Yoann Dufresne , Franck Lejzerowicz , Laure Apotheloz Perret-Gentil , Jan Pawlowski , Tristan Cordier
BMC Bioinformatics, 2019, 20 (1), pp.88. ⟨10.1186/s12859-019-2663-2⟩
Article dans une revue pasteur-03263390v1
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MATAM: reconstruction of phylogenetic marker genes from short sequencing reads in metagenomes

 Pierre Pericard , Yoann Dufresne , Loïc Couderc , Samuel Blanquart , Hélène Touzet
Bioinformatics, 2017, 34 (4), pp.585-591. ⟨10.1093/bioinformatics/btx644⟩
Article dans une revue hal-01646297v2
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Norine: update of the nonribosomal peptide resource

 Areski Flissi , Emma Ricart , Clémentine Campart , Mickael Chevalier , Yoann Dufresne , et al.
Nucleic Acids Research, 2019, ⟨10.1093/nar/gkz1000⟩
Article dans une revue hal-02376009v1
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