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Postdoctorant / Ingénieur de recherche e-Science


Initially a marine Biologist, focusing on Populations structure, I received a PhD on quantitative genetics and genomics in Rennes University. After a one year postdoc at INSERM dedicated to Integrative genomics, I investigated an e-Science approach for Life Sciences during a 3 year postdoc project at INRIA / IRISA Rennes. One of the outcome of this project, called e-Biogenouest, is an innovative Virtual Research Environment (VRE) based on existing open source IT solutions and standards for western France life sciences communities. The success of this VRE proof of concept, focusing on scientific collaboration and project management, data management and analysis led to the CeSGO project funded by Brittany region for 3 years. I'm now working on this project aiming at the development and implementation of the first French e-Science center and the extension of the VRE concept to others scientific domains such as Human sciences, Mechanics or Electronics.


Depuis le début de mes activités de recherche en 2006, j'ai travaillé dans les domaines de la biologie marine, de l'écologie, de la physiologie et de la bio-informatique à travers l'utilisation d'approches diverses parmi lesquelles le dénominateur commun était la génétique. Avec une volonté première d'utiliser cette discipline dans un but d'étude de la structure de populations chez les organismes aquatiques, et marins en particuliers, j'ai pu asseoir mes compétences à de nombreux niveaux (écologie, physiologie, statistiques, génétique des populations, génétique quantitative, génomique, biologie moléculaire et bio-informatique) lors de mes différentes expériences de recherche. Mes expériences d'enseignement en formation initiale et continue, de vulgarisation et d'encadrement, m'ont également fortement conforté dans mon envie de partager mes connaissances.


Spécialisations : écologie, génétique, statistique, génomique fonctionnelle, physiologie et bioinformatique


Journal articles4 documents

  • Thomas A Darde, Olivier Sallou, Emmanuelle Becker, Bertrand Evrard, Cyril Monjoeaud, et al.. The ReproGenomics Viewer: an integrative cross-species toolbox for the reproductive science community.. Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2015, 43 (W1), pp.8. ⟨10.1093/nar/gkv345⟩. ⟨hal-01146120⟩
  • Frédéric Boyer, Céline Mercier, Aurélie Bonin, Yvan Le Bras, Pierre Taberlet, et al.. OBITools: a Unix-inspired software package for DNA metabarcoding. Molecular Ecology Resources, Wiley/Blackwell, 2015, pp.10.1111/1755-0998.12428. ⟨10.1111/1755-0998.12428⟩. ⟨hal-01183582⟩
  • Laëtitia Le Texier, Justine Durand, Amélie Lavault, Philippe Hulin, Olivier Collin, et al.. LIME, a new molecule associated with cytoskeleton is involved in stimulatory properties of DC. PLoS ONE, Public Library of Science, 2014, pp.10. ⟨10.1371/journal.pone.0093894⟩. ⟨hal-01183591⟩
  • Laëtitia Le Texier, Justine Durand, Amélie Lavault, Philippe Hulin, Olivier Collin, et al.. LIMLE, a New Molecule Over-Expressed following Activation, Is Involved in the Stimulatory Properties of Dendritic Cells. PLoS ONE, Public Library of Science, 2014, pp.10. ⟨10.1371/journal.pone.0093894⟩. ⟨hal-01093223⟩

Conference papers8 documents

  • François Moreews, Olivier Sallou, Yvan Le Bras, Grosjean Marie, Cyril Monjeaud, et al.. A curated Domain centric shared Docker registry linked to the Galaxy toolshed. Galaxy Community Conference 2015, Jul 2015, Norwich, United Kingdom. ⟨hal-01160514⟩
  • Anthony Bretaudeau, Yvan Le Bras, Cyril Monjeaud, Olivier Collin. Automatic update of reference data in Galaxy using BioMAJ.. Galaxy Day 2014, Institut Français de Bioinformatique, Dec 2014, Paris, France. ⟨hal-01102421⟩
  • Francois Moreews, Yvan Le Bras, Olivier Dameron, Cyril Monjeaud, Olivier Collin. Integrating GALAXY workflows in a metadata management environment. Galaxy Community Conference, Jul 2014, Baltimore, United States. ⟨hal-01093058⟩
  • Yvan Le Bras, Aurélien Roult, Cyril Monjoeaud, Bahin Mathieu, Olivier Quenez, et al.. Towards a Life Sciences Virtual Research Environment. JOBIM 2013 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2013, Toulouse, France. ⟨hal-01102438⟩
  • Yvan Le Bras. QTL/eQTL identification for osmoregulation capacities in rainbow trout. 2. Journée des doctorants et post-doctorants en biologie santé en Bretagne, Jun 2011, Brest, France. ⟨hal-02806371⟩
  • Yvan Le Bras, Jérôme Montfort, Claudiane Valotaire, Patrick Prunet. Etude physiologique des conséquences d'un transfert d'eau douce en eau de mer chez la truite arc-en-ciel Oncorhynchus mykiss au niveau du transcriptome branchial. 4. Rencontres de l'Ichtyologie en France, Mar 2009, Paris, France. ⟨hal-02757372⟩
  • Yvan Le Bras, Jérôme Montfort, Patrick Prunet, Claudiane Valotaire. Effects of direct transfer to hyperosmotic environment on gill transcriptome in rainbow trout. Aquaculture Europe 09, Aug 2009, Trondheim, Norway. ⟨hal-02753055⟩
  • Yvan Le Bras, Patrick Prunet, Pascale Le Roy, Grégory Guernec. Recherche de gène(s) associé(s) au caractère de résistance à un stress de salinité par une approche de type QTL d'expression chez la truite arc-en-ciel Oncorhynchus mykiss. Journée des Doctorants en Biologie Animale du Centre INRA de Rennes, Jun 2008, Rennes, France. ⟨hal-02752532⟩

Poster communications2 documents

  • Thomas Alain Darde, Olivier Sallou, Becker Emmanuelle, Bertrand Evrard, Cyril Monjeaud, et al.. The ReproGenomics Viewer: An integrative cross-species toolbox for the reproductive science community. ReproScience, Apr 2015, Rennes, France. ⟨hal-02445070⟩
  • Yvan Le Bras, Aurélien Roult, Cyril Monjoeaud, Bahin Mathieu, Olivier Quenez, et al.. e-Science in France, a Life science Western story. Galaxy Community Conference (GCC2014), Jun 2014, Baltimore, United States. ⟨hal-01102432⟩

Preprints, Working Papers, ...1 document

  • Romain David, Laurence Mabile, Alison Specht, Stryeck, Sarah, Mogens Thomsen, et al.. FAIRness Literacy: the Achilles' Heel of applying FAIR Principles. 2020. ⟨hal-02483307⟩

Theses1 document

  • Yvan Le Bras. Étude génétique et génomique de la réponse à un changement de salinité chez la truite arc-en-ciel Oncorhynchus mykiss. Ecologie, Environnement. Université Rennes 1, 2010. Français. ⟨NNT : 2010REN1S198⟩. ⟨tel-00620203⟩