Xavier Bailly

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	Genome-wide phylodynamic approach reveals the epidemic dynamics of the main Mycoplasma bovis subtype circulating in France Julien Thézé , Chloé Ambroset , Séverine Barry , Sébastien Masseglia , Adélie Colin Microbial Genomics, 2023, 9 (7), pp.mgen001067. ⟨10.1099/mgen.0.001067⟩ Article dans une revue hal-04181802v1
	Research perspectives on animal health in the era of artificial intelligence Pauline Ezanno , Sébastien Picault , Gaël Beaunée , Xavier Bailly , Facundo Muñoz Veterinary Research, 2021, 52 (40), ⟨10.1186/s13567-021-00902-4⟩ Article dans une revue hal-03161705v1
	Temporal patterns in Ixodes ricinus microbial communities: an insight into tick-borne microbe interactions E. Lejal , J. Chiquet , J. Aubert , S. Robin , A. Estrada-Peña Microbiome, 2021, 9 (1), pp.153. ⟨10.1186/s40168-021-01051-8⟩ Article dans une revue hal-03287263v1
	Characterization of internal ribosome entry sites according to secondary structure analysis to classify border disease virus strains Massimo Giangaspero , Falko Steinbach , Rebecca Strong , Nicola Decaro , Canio Buonavoglia Journal of Virological Methods, 2020, 275, pp.113704. ⟨10.1016/j.jviromet.2019.113704⟩ Article dans une revue hal-02937517v1
	Differential homotypic and heterotypic interactions of antigen 43 (Ag43) variants in autotransporter-mediated bacterial autoaggregation Valentin Ageorges , Marion Schiavone , Grégory Jubelin , Nelly Caccia , Philippe Ruiz Scientific Reports, 2019, 9 (1), pp.11100. ⟨10.1038/s41598-019-47608-4⟩ Article dans une revue hal-02335796v1
	Rarity of microbial species: In search of reliable associations Arnaud Cougoul , Xavier Bailly , Gwenaël Vourc’h , Patrick Gasqui PLoS ONE, 2019, 14 (3), pp.e0200458. ⟨10.1371/journal.pone.0200458⟩ Article dans une revue hal-02622688v1
	Phylogenetics of the Spiroplasma ixodetis endosymbiont reveals past transfers between ticks and other arthropods Florian Binetruy , Xavier Bailly , Christine Chevillon , Oliver Martin , Marco Bernasconi Ticks and Tick-borne Diseases, 2019, 10 (3), pp.575-584. ⟨10.1016/j.ttbdis.2019.02.001⟩ Article dans une revue hal-02151790v1
	Contribution of nitric oxide synthase from coagulase-negative staphylococci to the development of red myoglobin derivatives Geoffrey Ras , Xavier Bailly , Jean-Paul Chacornac , Véronique Zuliani , Patrick Derkx International Journal of Food Microbiology, 2018, 266, pp.310-316. ⟨10.1016/j.ijfoodmicro.2017.11.005⟩ Article dans une revue hal-02621244v1
	Identification of the Autochaperone Domain in the Type Va Secretion System (T5aSS): Prevalent Feature of Autotransporters with a β-Helical Passenger Maricarmen Rojas-Lopez , Mohamed Zorgani , Lawrence Kelley , Xavier Bailly , Andrey Kajava Frontiers in Microbiology, 2018, 8, ⟨10.3389/fmicb.2017.02607⟩ Article dans une revue hal-01968806v1
	Does the impact of biodiversity differ between emerging and endemic pathogens? The need to separate the concepts of hazard and risk Parviez R. Hosseini , James N. Mills , Anne-Hélène Prieur-Richard , Vanessa O. Ezenwa , Xavier Bailly Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, 2017, 372 (1722), pp.20160129. ⟨10.1098/rstb.2016.0129⟩ Article dans une revue hal-01608344v1
	Host specificity, pathogen exposure, and superinfections impact the distribution of Anaplasma phagocytophilum genotypes in ticks, roe deer, and livestock in a fragmented agricultural landscape Amélie Chastagner , Angélique Pion , Hélène Verheyden , Bruno Lourtet , Bruno Cargnelutti Infection, Genetics and Evolution, 2017, 55, pp.31-44. ⟨10.1016/j.meegid.2017.08.010⟩ Article dans une revue hal-01605600v1
	Molecular epidemiology of Coxiella burnetii in French livestock reveals the existence of three main genotype clusters and suggests species-specific associations as well as regional stability Aurélien Joulié , Karim Sidi-Boumedine , Xavier Bailly , Patrick Gasqui , Séverine Barry Infection, Genetics and Evolution, 2017, 48, pp.142-149. ⟨10.1016/j.meegid.2016.12.015⟩ Article dans une revue hal-01608895v1
	Hidden Markov phylogenetic models offer an interesting perspective to identify “high risk lineages” of environmental pathogens Xavier Bailly Infection, Genetics and Evolution, 2017, 55, pp.45-47. ⟨10.1016/j.meegid.2017.08.007⟩ Article dans une revue hal-01605601v1
	Mapping human risk of infection with Borrelia burgdorferi sensu lato, the agent of Lyme borreliosis, in a periurban forest in France Gwenaël Vourc’h , David Abrial , Séverine Bord , Maude Jacquot , Sébastien Masseglia Ticks and Tick-borne Diseases, 2016, 7, pp.644-652. ⟨10.1016/j.ttbdis.2016.02.008⟩ Article dans une revue hal-02641473v1
	Multiple independent transmission cycles of a tick-borne pathogen within a local host community Maude Jacquot , David Abrial , Patrick Gasqui , Severine Bord , Maude Marsot Scientific Reports, 2016, 6, pp.31273. ⟨10.1038/srep31273⟩ Article dans une revue hal-01365425v1
	Metacommunity and phylogenetic structure determine wildlife and zoonotic infectious disease patterns in time and space Gerardo Suzán , Gabriel García-Peña , Ivan Castro-Arellano , Oscar Rico , André Rubio Ecology and Evolution, 2015, 5 (4), pp.865-873. ⟨10.1002/ece3.1404⟩ Article dans une revue hal-02391093v1
	Circulation of Coxiella burnetii in a naturally infected flock of dairy sheep: shedding dynamics, environmental contamination, and genotype diversity Aurelien Joulie , K. Laroucau , Xavier Bailly , M. Prigent , Patrick Gasqui Applied and Environmental Microbiology, 2015, 81 (20), pp.7253-7260. ⟨10.1128/AEM.02180-15⟩ Article dans une revue hal-02635908v1
	Interdisciplinarity and Infectious Diseases: An Ebola Case Study Vanessa O. Ezenwa , Anne-Hélène Prieur-Richard , Benjamin Roche , Xavier Bailly , Pierre Becquart PLoS Pathogens, 2015, 11 (8), pp.e1004992. ⟨10.1371/journal.ppat.1004992⟩ Article dans une revue hal-01223813v1
	Bacterial genospecies that are not ecologically coherent: population genomics of Rhizobium leguminosarum Nitin Kumar , Ganesh Lad , Elisa Giuntini , Maria E Kaye , Piyachat Udomwong Open Biology, 2015, 5 (1), pp.14. ⟨10.1098/rsob.140133⟩ Article dans une revue hal-02638057v1
	Comparative population genomics of the Borrelia burgdorferi species complex reveals high degree of genetic isolation among species and underscores benefits and constraints to studying intra-specific epidemiological processes. Maude Jacquot , Mathieu Gonnet , Elisabeth Ferquel , David Abrial , Alexandre Claude PLoS ONE, 2014, 9 (4), pp.e94384. ⟨10.1371/journal.pone.0094384⟩ Article dans une revue pasteur-01054563v1
	Multilocus sequence analysis of Anaplasma phagocytophilum reveals three distinct lineages with different host ranges in clinically ill French cattle Amélie Chastagner , Thibaud Dugat , Gwenaël Vourc’h , Hélène Verheyden , Loïc Legrand Veterinary Research, 2014, 45 (1), pp.114. ⟨10.1186/s13567-014-0114-7⟩ Article dans une revue hal-01290617v1
	A perceptual hash function to store and retrieve large scale DNA sequences Jocelyn de Goër de Herve , Myoung-Ah Kang , Xavier Bailly , Engelbert Mephu Nguifo CoRR, 2014, abs/1412.5517 Article dans une revue hal-02082967v1
	High-throughput sequence typing reveals genetic differentiation and host specialization among populations of the Borrelia burgdorferi species complex that infect rodents Maude Jacquot , Maxime Bisseux , David Abrial , Maud Marsot , Elisabeth Ferquel PLoS ONE, 2014, 9 (2), pp.e88581. ⟨10.1371/journal.pone.0088581⟩ Article dans une revue hal-02635920v1
	A new multiple-locus variable-number tandem repeat analysis reveals different clusters for Anaplasma phagocytophilum circulating in domestic and wild ruminants Thibaud Dugat , Amélie Chastagner , Anne-Claire Lagrée , Benoit Durand , Simon Thierry Parasites & Vectors, 2014, 7, pp.439. ⟨10.1186/1756-3305-7-439⟩ Article dans une revue hal-02631660v1
	Single genotype of Anaplasma phagocytophilum identified from ticks, Camargue, France. Amélie Chastagner , Xavier Bailly , Agnès Leblond , Sophie Pradier , Gwenaël Vourc’h Emerging Infectious Diseases, 2013, 19 (5), pp.825-7. ⟨10.3201/eid1905.121003⟩ Article dans une revue hal-00972552v1
	La prévalence de l’anaplamose dans le sud de la France Agnès Leblond , Amélie Chastagner , Sophie Pradier , Xavier Bailly , Sébastien Masseglia Bulletin épidémiologique, 2012, 49, pp.30-31 Article dans une revue hal-02647400v1
	Population genomics of Sinorhizobium medicae based on low-coverage sequencing of sympatric isolates Xavier Bailly , Elisa Giuntini , Connor M Sexton , Ryan Pj Lower , Peter W Harrison The International Society of Microbiologial Ecology Journal, 2011, 5 (11), pp.1722-1734. ⟨10.1038/ismej.2011.55⟩ Article dans une revue hal-02652397v1
	Horizontal Gene Transfer and Homologous Recombination Drive the Evolution of the Nitrogen-Fixing Symbionts of Medicago Species Xavier Bailly , Isabelle Olivieri , Brigitte Brunel , Jean-Claude Cleyet-Marel , Gilles Bena Journal of Bacteriology, 2007, 189 (14), pp.5223-5236. ⟨10.1128/JB.00105-07⟩ Article dans une revue halsde-00322137v1
	Recombination and selection shape the molecular diversity pattern of nitrogen-fixing Sinorhizobium sp associated to Medicago Xavier Bailly , Isabelle Olivieri , Stéphane de Mita , Jean-Claude Cleyet-Marel , Gilles Béna Molecular Ecology, 2006, 15 (10), pp.2719-2734. ⟨10.1111/j.1365-294X.2006.02969.x⟩ Article dans une revue halsde-00261482v1

	Influence of birth mode and pre- and post-biotic supplementation on the fecal microbiota: a randomized controlled trial in Charolais calves Melanie Save , Claire A.M. Becker , Anaïs Bompard , Bertrand Guin , Séverine Barry European Buiatrics Congress and ECBHM Jubilee Symposium 2023, Aug 2023, Berlin, Germany. pp.34-? Communication dans un congrès hal-04202057v1
	Des tiques dans les maisons ? Un faisceau de preuves et de nouvelles questions grâce aux citoyens Jonas Durand , Irene Carravieri , Sandrine Warion , Aloïs Chevalier , Julien Marchand 18. Réunion annuelle du groupe "Tiques et Maladies à Tiques" (TMT), Sep 2023, Strasbourg, France Communication dans un congrès hal-04217367v1
	Dynamiques des écosystèmes microbiens et gestion des mammites Anaïs Bompard , Hélène Lirot , Patrick Gasqui , Xavier Bailly 90e congrès de l'ACFAS, May 2023, Montréal, Canada Communication dans un congrès hal-04224085v1
	Implication du chevreuil dans le risque acarologique Florian Berland , Philippe Sarazin , Matthieu Bastien , Combes Benoit , Thierry Boulinier Journées Tiques et Maladies à Tiques, Mar 2022, Nancy, France Communication dans un congrès hal-03634383v1
	Influence du mode de naissance et de la complémentation en pré- et post-biotiques sur le microbiote intestinal : étude chez le veau charolais Melanie Save , Bertrand Guin , Anaïs Bompard , Emilie Bard , Bernard Schmitt Journée technique GTV BFC, Nov 2022, Beaune (Côte d'or, France), France Communication dans un congrès hal-04237925v1
	Impact des communautés bactériennes et de leur pilotage dans la gestion des mammites chez la vache laitière : présentation du projet « EcoSA » Hélène Lirot , Patrick Gasqui , Laurent Crespin , Xavier Bailly , Anaïs Bompard Glande mammaire lait / Glactinnov, INRAE; Galactinnov; L'institut agro Rennes Angers, Nov 2022, Rennes, France Communication dans un congrès hal-03845350v1
	Fièvre Q : état d'avancement du projet EXPAIRCOX sur les risques de transmission et la perception de ces risques Marc Tabouret , Michaël Treilles , Raphaël Lamothe , Karine Sommier , Racquel Ceniceros Comité Technique du Cluster REXCAP «Etat des lieux et enjeux sanitaires en filière caprine en Grand Ouest », Mar 2021, A distance, France Communication dans un congrès hal-03164663v1
	Limits of statistical detection of microbial associations from 29 metagenomic data Arnaud Cougoul , Xavier Bailly , Gwenaël Vourc’h , Patrick Gasqui Pathobiome 2018 "Pathogens in Microbiotas in Hosts", Mar 2018, Ajaccio, France Communication dans un congrès hal-02737255v1
	Why such a contrast between the low prevalence of zoonotic pathogens in questing ticks and the high prevalence in their vertebrate reservoir hosts? Suzanne Bastian , Albert Agoulon , Xavier Bailly , Alain Butet , Amélie Chastagner Pathobiome 2018, Mar 2018, Ajaccio, France. 55 p Communication dans un congrès hal-02737137v1
	Limits of statistical detection of microbial associations from metagenomic data Arnaud Cougoul , Patrick Gasqui , Gwenaël Vourc’h , Xavier Bailly Pathobiome 2018, Mar 2018, Ajaccio, France Communication dans un congrès hal-02737034v1
	Influence de la spécificité d’hôte, de l’expositon et des modalités de sur-infection sur la distribution des génotypes d’Anaplasma phagocytophilum dans les tiques et les chevreuils d’un paysage fragmenté Amélie Chastagner , Angélique Pion , Hélène Verheyden , Bruno Lourtet , Bruno Cargnelutti Réunion du groupe « Tiques et Maladies à Tiques » (TMT), Mar 2018, Laschamps - Saint Genes Champanelle, France Communication dans un congrès hal-02737908v1
	Taking into account the spatial heterogeneity of agricultural landscapes to explain densities and movements of Ixodes ricinus and prevalence of its associated pathogens Olivier Plantard , Albert Agoulon , Suzanne Bastian , Thierry Hoch , Elsa Quillery 9. Tick and Tick-borne Pathogen Conference & 1st Asia Pacific Rickettsia Conference, Aug 2017, Cairns, Australia. 140 p Communication dans un congrès hal-02737044v1
	PSH-DB, un système clé-valeur permettant l'indexation et la recherche de séquences ADN Jocelyn de Goër , Myoung-Ah Kang , Xavier Bailly , Engelbert Mephu-Nguifo BDAA 2017, 33ème conférence sur la Gestion de Données — Principes, Technologies et Applications,, Nov 2017, Nancy, France Communication dans un congrès hal-02089127v1
	16S rRNA amplicon sequencing for the surveillance of bacterial zoonoses in ticks and rodents, with potential interest for the discovery of new epidemiological cycles affecting animals and/or humans Jean-Francois J.-F. Cosson , Maxime Galan , Xavier Bailly , Sara Moutailler , Adrien Blisnick 6. Journées d’étude du pôle Santé et Société : Agents infectieux et vaccins chez l’homme et l’animal, Mar 2016, Ecole Nationale Vétérinaire d’Alfort, Maisons-Alfort, France Communication dans un congrès hal-02742768v1
	Plusieurs groupes génétiques d’Anaplasma phagocytophilum sont à l’origine de l’anaplasmose granulocytaire chez les animaux domestiques Amélie Chastagner , Thibaud Dugat , Gwenaël Vourc’h , Hélène Verheyden , Loïc Legrand 23. Rencontres autour des Recherches sur les Ruminants, Dec 2016, Paris, France. 376 p Communication dans un congrès hal-02743559v1
	Le projet Oscar : prendre en compte l'hétérogénéité spatiale du paysage pour comprendre les déterminants de la distribution du risque lié aux maladies à tiques Olivier Plantard , David Abrial , Albert Agoulon , Xavier Bailly , Suzanne Bastian 13. Journées d'Animation Scientifique du Département de Santé Animale (JAS), May 2016, Poitiers, France Communication dans un congrès hal-02800337v1
	Coxiella burnetii circulation in a naturally infected flock of dairy sheep: shedding dynamics, environmental contamination, and genotype diversity Aurélien Joulié , K. Sidi-Boumedine , Xavier Bailly , Patrick Gasqui , Séverine Barry MedVetNet sponsored Symposium: current findings in Q fever, Apr 2016, Brussels, Belgium. pp.16 slides Communication dans un congrès hal-02743290v1
	Plusieurs cycles de l'agent de l'anaplasmose granucolcytaire (Anaplasma phagocytophilum) coexistent : apport des données de séquençage Amelie Chastagner , Thibaud Dugat , Gwenaël Vourc’h , Hélène Verheyden , Loïc Legrand Journées d'animation scientifique du département Santé Animale Edition 2016, May 2016, Poitiers, France Communication dans un congrès hal-02800790v1
	Les caractéristiques d'un paysage agricole influencent-elles la relation rongeur-tique ? Amélie Chastagner , Gwenaël Vourc’h , T. Dugat , Hélène Verheyden , Laurent Legrand Réunion annuel du groupe "Tiques et Maladies à Tiques" (TMT) du Réseau Ecologie des Interactions Durables (REID), Mar 2015, Montferrier sur Lez, France Communication dans un congrès hal-02417303v1
	Diversité génétique d’Anaplama phagocytophilum, agent de l’anaplasmose granulocytaire, - Conséquences épidémiologiques et implications pour le contrôle en France - Amélie Chastagner , Thibaud Dugat , Xavier Bailly , Gwenaël Vourc’h , Renaud Maillard Académie Vétérinaire de France, Jan 2015, Paris, France. pp.35 slides Communication dans un congrès hal-02795572v1
	A mapping tool to evaluate the impact of global change on tick-borne disease risk in European agricultural landscapes Olivier Plantard , Albert Agoulon , Suzanne Bastian , Laurence Malandrin , Thierry Hoch 3e Conférence « Global Climate Smart Agriculture », Mar 2015, Montpellier, France Communication dans un congrès hal-01169433v1
	Metagenomics reveals shared bacterial communities in ticks and rodents with potential interest for new epidemiological cycles affecting animals and/or humans Jean-François Cosson , Maxime Galan , Xavier Bailly , Nathalie Charbonnel , Maria Razzauti 2. Conference on Neglected Vectors and Vector-Borne Diseases (EurNegVec): with MC and WG Meeting of the COST Action TD1303, Mar 2015, Izmir, Turkey Communication dans un congrès hal-02740308v1
	Circulation de Coxiella burnetii dans un troupeau ovin lait naturellement infecté dynamiques d'excrétion, contamination environnementale et diversité génotypique Aurélien Joulié , K. Laroucau , Xavier Bailly , M. Prigent , E. Rousset 22. Rencontres autour des Recherches sur les Ruminants, Dec 2015, Paris, France. pp.143-146 Communication dans un congrès hal-02741957v1
	L’introduction de l’écureuil de Corée (Tamias sibiricus) en Ile-de-France : rôle dans le risque de transmission de la borreliose de Lyme en Forêt de Sénart Gwenaël Vourc’h , Maud Marsot , Maude Jacquot , Benoit Pisanu , Patrick Gasqui Colloque de lancement du GdR ‘INVASIONS BIOLOGIQUES’, Oct 2014, Rennes, France. pp.23 slides Communication dans un congrès hal-02793685v1
	Différenciation génétique entre les bactéries du complexe d'espèce Borrelia burgdorferi infectant trois espèces de petits mammifères en forêt péri-urbaine Maude Jacquot , Maxime Bisseux , Maud Marsot , Sébastien Masseglia , E. Ferquel Journées d'Animation Scientifique du département de Santé Animale, Oct 2013, Cap d'Agde, France Communication dans un congrès hal-02806537v1
	Indexation d'une grande quantité de séquences ADN dans une base de données NOSQL à l'aide d'algorithmes de hachage perceptuel Jocelyn de Goer de Herve , Myoung-Ah Kang , Xavier Bailly , Engelbert Mephu-Nguifo Journées d'animation scientifique du Département de Santé Animale, Oct 2013, Cap d'Agde, France Communication dans un congrès hal-02745443v1
	Indexation de séquences d'ADN dans une base de données NoSQL à l'aide d'algorithmes de hachage perceptuel Jocelyn de Goer de Herve , Myoung-Ah Kang , Xavier Bailly , Engelbert Mephu-Nguifo 12. Workshop SeqBio 2013, Nov 2013, Montpellier, France Communication dans un congrès hal-02748418v1
	Evolution of the tick-borne pathogen Borrelia burgdorferi Xavier Bailly NIH-RAPIDD workshops: Slow evolving pathogens, Sep 2013, Glasgow, United Kingdom. pp.18 slides Communication dans un congrès hal-02802409v1
	Différenciation génétique et circulation des bactéries du complexe d'espèces Borrelia burgdorferi Maude Jacquot , Maxime Bisseux , David Abrial , Maud Marsot , Sébastien Masseglia Journées d'Animation Scientifique du département de Santé Animale, Oct 2013, Cap d'Agde (France), 15-18/10/2013, France. pp.29 slides Communication dans un congrès hal-02806575v1
	Étude de la différenciation entre les populations du complexe d'espèce Borrelia burgdorferi infectant trois espèces de petits mammifères en forêt de Sénart Maude Pithon , Maxime Bisseux , Maud Marsot , Sébastien Masseglia , Jean - Louis Chapuis Réunion Tiques & Maladies à Tiques, Nov 2012, Laschamps - Saint Genès Champanelle, France. 1 p Communication dans un congrès hal-02809787v1
	Identification de gènes diagnostic chez les Rhizobium leguminosarum à l'aide de la grille informatique sous l'environnement WISDOM Sébastien Guizard , Matthieu Matthieu.Reichstadt@inrae.Fr Reichstadt , Xavier Bailly Rencontres Scientifiques France Grilles 2011, Sep 2011, Lyon, France. 5 p Communication dans un congrès hal-02802050v1
	Génomique des populations des bactéries du complexe Borrelia burgdorferi sl Mathieu Gonnet , David Abrial , Elisabeth Ferquel , Alexandre Claude , Patrick Gasqui Journées d'Animation Scientifique du Département Santé Animale, May 2011, Fréjus, France. pp.17 slides Communication dans un congrès hal-02806542v1
	Ecoepidemiology of Anaplasma phagocytophylum in horses in France Agnès Leblond , Amelie Chastagner , Sophie Pradier , Xavier Bailly , Sébastien Masseglia 12. Congrès de la WEVA (World Equine Veterinary Association), Nov 2011, Hyderabad, India. 2 p Communication dans un congrès hal-02803818v1
	Eco-epidemiology of Anaplasma phagocytophilum in horses in France Agnès Leblond , Amélie Pierrette Chastagner , Sophie Pradier , Xavier Bailly , Sébastien Masseglia 12. Congress of the WEVA (World Equine Veterinary Association), Nov 2011, Hyderabad, India Communication dans un congrès hal-04441342v1
	Dynamique temporelle de l’infection des petits rongeurs par Borrelia burgdorferi sl en forêt de Sénart Maud Marsot , Julie Marmet , Sébastien Masseglia , Patrick Gasqui , Xavier Bailly 6. Rencontre des Microbiologistes du pôle Clermontois : « Les microorganismes : de l'environnement à la santé », Mar 2009, Clermont-Ferrand, France. pp.19 slides Communication dans un congrès hal-02818945v1

	Influence du mode de naissance et d’une complémentation en pré- et post-biotiques sur le microbiote intestinal du veau nouveau-né Mélanie Save , Bertrand Guin , Anaïs Bompard , Séverine Barry , Emilie Bard Journées nationales des GTV, May 2023, Poitiers, France Poster de conférence hal-04236595v1
	Characterization of the gene content of Coxiella burnetii from different lineages in Europe Aminah A. Keliet , Karim Sidi-Boumedine , Elsa Jourdain , Richard Thiéry , Elodie Rousset Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM), Jul 2022, Rennes, France. Poster de conférence hal-03767741v1
	qPCR- and genomic-based determination of IS1111 copy numbers suggests an impact of Coxiella burnetii genotypic diversity on Q fever diagnosis and epidemiological studies in ruminants Aminah A. Keliet , Xavier Bailly , Aurélien Joulié , Aurore Fourcot , Séverine Barry ESCCAR International congress on Rickettsiae and 9th Meeting of the European Society for Chlamydia Research (ESCR), Aug 2022, Lausanne, Switzerland. , pp.#160 Poster de conférence hal-03758053v1
	CiTIQUE : un programme de science et recherche participative pour caractériser et prévenir le risque tique en France Jonas Durand , Philippe Lecomte , Irene Carravieri , Clemence Galon , Julien Marchand Journées d’Animation Scientifique du Département Santé Animale, Oct 2022, Anglet, France. Poster de conférence hal-03837247v1
	Characterization of the gene content of Coxiella burnetii from different line ages in Europe Aminah A. Keliet , Karim Sidi-Boumedine , Elsa Jourdain , Richard Thiéry , Elodie Rousset Journées d’Animation Scientifique du Département Santé Animale, Oct 2022, Anglet, France. Poster de conférence hal-03845604v1
	Why such a contrast between the low prevalence of zoonotic pathogens in questing ticks and the high prevalence in their verterbrate reservoir hosts? Suzanne Bastian , Albert Agoulon , Xavier Bailly , Alain Butet , Amélie Chastagner Pathobiome 2018 “Pathogens in microbiota in hosts”, Mar 2018, Ajaccio, France Poster de conférence hal-02418162v1
	PSH-DB, a key-value system to index and retrieve biological DNA sequences Jocelyn de Goër de Herve , Myoung-Ah Kang , Xavier Bailly , Engelbert Mephu Nguifo 10th Extremely Large Databases Conference, Oct 2017, Clermont-Ferrand, France Poster de conférence hal-02082801v1
	Le projet "Britick Islands" : les îles bretonnes comme laboratoires naturels pour étudier l'influence de la composition des communautés d'hôtes-vertébrés sur celles des tiques et des microorganismes hébergés/transmis Olivier Plantard , Alain Butet , Albert Agoulon , Suzanne Bastian , Thierry Hoch 13ème réunion du GROUPE DE TRAVAIL "TIQUES ET MALADIES A TIQUES" AU SEIN DU "RESEAU ECOLOGIE DES INTERACTIONS DURABLES", Mar 2017, Nantes, France. 13ème ed., 17 p., 2017, 13ème réunion du GROUPE DE TRAVAIL "TIQUES ET MALADIES A TIQUES" AU SEIN DU "RESEAU ECOLOGIE DES INTERACTIONS DURABLES" Poster de conférence hal-01602786v1
	Molecular epidemiology of Coxiella burnetii reveals the circulation of three main genotype clusters in French ruminants farms Aurélien Joulié , K. Sidi-Boumedine , Xavier Bailly , Patrick Gasqui , Séverine Barry Society for Veterinary Epidemiology and Preventive Medicine (SVEPM), Mar 2016, Elsinore, Denmark. 2016 Poster de conférence hal-02800488v1
	Une nouvelle approche de comparaison de séquences ADN à l’aide d’une fonction de hachage perceptuel Jocelyn de Goër de Herve , Hayfa Azibi , Myoung-Ah Kang , Xavier Bailly , Engelbert Mephu Nguifo Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM), Jun 2016, Lyon, France. 2016 Poster de conférence hal-02082749v1
	Role of the introduced Siberian chipmunk (Tamias sibiricus) on the risk of exposure to Lyme borreliosis in a periurban forest (Sénart, Ile-de-France) Gwenaël Vourc’h , Maud Marsot , Maude Jacquot , Benoit Pisanu , Patrick Gasqui International conference 'Genes, Ecosystems and Risk of Infection' (GERI 2015), Apr 2015, Heraclion, Greece. 1 p., 2015 Poster de conférence hal-02792881v1
	Metagenomics highlights new epidemiological cycles between ticks and rodents Jean-Francois J.-F. Cosson , Maxime Galan , Xavier Bailly , Maria Razzauti , Emilie Bard International conference 'Genes, Ecosystems and Risk of Infection' (GERI 2015), Apr 2015, Heraclion, Greece. 1 p., 2015 Poster de conférence hal-02798965v1
	Indexation et comparaison de séquences ADN à partir d'une fonction de hachage perceptuel Jocelyn de Goer de Herve , Hayfa Azibi , Myoung-Ah Kang , Samir Zghal , Xavier Bailly 16. JournéesOuvertes en Biologie, Informatique & Mathématiques (JOBIM2015), Jul 2015, Clermont-Ferrand, France. 1 p., 2015 Poster de conférence hal-02800510v1
	Genetic diversity study of Anaplasma phagocytophilum circulating in domestic and wild ruminants in France by Multiple-Locus Variable-number tandem repeat Analysis Thibaud Dugat , Amelie Chastagner , Doria Haciane , Anne-Claire Lagrée , B. Durand 25. International Congress on Rickettsia and Other Intracellular Bacteria, Jun 2015, Lausanne, Switzerland. 2015 Poster de conférence hal-02799841v1
	Identifying the last bloodmeal of questing wood tick nymphs (Ixodes ricinus L.) by DNA amplification: three approaches tested M. Collini , H. C. Hauffe , Sébastien Masseglia , F. Albonico , D. Arnoldi International conference 'Genes, Ecosystems and Risk of Infection' (GERI 2015), Apr 2015, Heraclion, Greece. 1 p., 2015 Poster de conférence hal-02798877v1
	Several Anaplasma phagocytophilum epidemiological cycles in France revealed by sequencing Amélie Chastagner , Gwenaël Vourc’h , T. Dugat , Hélène Verheyden , Laurent Legrand Conference GERI Genes, Ecosystems and Risk of Infection, Apr 2015, Heraklion, Greece. , 2015 Poster de conférence hal-01169445v1
	Three clusters of Anaplasma phagocytophilum isolates from clinical cases of French domestic animals revealed by multi-locus sequence analysis Amélie Chastagner , Thibaud Dugat , Gwenaël Vourc’h , Hélène Verheyden , Loïc Legrand 8. International meeting of Ticks and tick-borne pathogens (TTP 8), Aug 2014, Cap Town, South Africa. 1 p., 2014 Poster de conférence hal-02796868v1
	A perceptual hash algorithm for indexing and similarity search in a database of DNA sequence Jocelyn de Goër de Herve , Myoung-Ah Kang , Xavier Bailly , Engelbert Mephu Nguifo ECCB'14, the 13th European Conference on Computational Biology, Sep 2014, Strasbourg, France Poster de conférence hal-02082793v1
	A perceptual hash algorithm for indexing and similarity search in a database of DNA sequence Jocelyn de Goer de Herve , Myoung-Ah Kang , Xavier Bailly , Engelbert Mephu-Nguifo 3. European Conference on Computational Biology, Sep 2014, Strasbourg, France. 2014 Poster de conférence hal-02795025v1
	Indexation d'une grande quantité de séquences ADN dans une base de données NoSQL à l'aide d'algorithmes de hachage perceptuel Jocelyn de Goer de Herve , Myoung-Ah Kang , Xavier Bailly , Engelbert Mephu-Nguifo 29. Journées "Bases de Données Avancées" (BDA), Oct 2013, Nantes, France. 1 p., 2013 Poster de conférence hal-02810171v1
	Genetic differentiation among the Borrelia burgdorferi species complex that infect small mammals in a peri-urban forest Maude Jacquot , Maxime Bisseux , David Abrial , Maud Marsot , Sébastien Masseglia 10. International Meeting on Microbial Epidemiological Markers (IMMEM), Oct 2013, Paris, France. 1 p., 2013 Poster de conférence hal-02806536v1
	Eco-epidemiology of Anaplasma phagocytophilum in the south of France Agnès Leblond , Amelie Chastagner , S. Pradier , Xavier Bailly , Sébastien Masseglia 6. International Meeting on Emerging Diseases (IMED), Feb 2013, Vienna, Austria. 1 p., 2013 Poster de conférence hal-02802260v1
	Eco-epidemiology of Anaplasma phagocytophilum in the south of France Agnès Leblond , Amélie Pierrette Chastagner , Sophie Pradier , Xavier Bailly , Sébastien Masseglia 6. International Meeting on Emerging Diseases, Feb 2013, Vienna, Austria. , 2013 Poster de conférence hal-04441636v1
	Approche métagénomique de la diversité des protozoaires ( Apicomplexa, Piroplasmidés) transmis par les tiques Ixodes ricinus dans une forêt urbaine Suzanne Bastian , Maggy Jouglin , Agnès Bouju-Albert , Xavier Bailly , Laurence Malandrin 2. Colloque de Génomique Environnementale (GE), Nov 2013, Rennes, France. 2013 Poster de conférence hal-02749944v1
	Development of new markers for the characterization of Anaplasma phagocytophilum by MLST Amelie Chastagner , Thibaud Dugat , Gwenaël Vourc’h , Hélène Verheyden , Loïc Legrand 10. International Meeting on Microbial Epidemiological Markers (IMMEM), Oct 2013, Paris, France. 1 p., 2013 Poster de conférence hal-02810017v1
	Development of a multiple locus VNTR analysis for Anaplasma phagocytophilum Thibaud Dugat , Amelie Chastagner , R. Maillard , Agnès Leblond , Gwenaël Vourc’h 10. International Meeting on Microbial Epidemiological Markers (IMMEM), Oct 2013, Paris, France. 1 p., 2013 Poster de conférence hal-02805917v1
	Stockage, indexation et comparaison d’une grande quantité de données génomiques à l’aide d’algorithmes de traitement d’images dans un environnement d’exécution NoSQL et GPU Jocelyn de Goer de Herve , Myoung-Ah Kang , Xavier Bailly , Engelbert Mephu-Nguifo Journées de l'Ecole Doctorale des Sciences Pour l’Ingénieur (EDSPI), Jun 2013, Fréjus, France. 1 p., 2013 Poster de conférence hal-02803574v1
	Caractérisation de cycles épidémiologiques de Borrelia burgdorferi sl par approche moléculaire Maude Pithon , Maxime Bisseux , Maud Marsot , Sébastien Masseglia , Jean - Louis Chapuis Journées des Microbiologistes de l'INRA, Nov 2012, L'Isle-sur-la-Sorgue, France. 1 p., 2012 Poster de conférence hal-02808737v1

	Entretien spécial coronavirus : Comment démarre une épidémie ? Gwenaël Vourc’h , Karine Chalvet-Monfray , Xavier Bailly 2020 Autre publication scientifique hal-02952916v1
	Raw sequencing data of Anaplasma phagocytophilum loci (ankA, msp4, groEL) obtained from 454 and parameter files to clean these data using MOTHUR. Xavier Bailly , Amélie Chastagner 2017, ⟨10.15454/1.4869812271558027E12⟩ Autre publication scientifique hal-01608891v1

	Development and Validation of a multi-target TaqMan qPCR method for detection of Borrelia burgdorferi sensu lato Sébastien Masséglia , Magalie René-Martellet , Maxime Rates , Cecilia Hizo-Teufel , Volker Fingerle 2024 Pré-publication, Document de travail hal-04440497v1
	MAGMA: inference of sparse microbial association networks Arnaud Cougoul , Xavier Bailly , Ernst Wit 2020 Pré-publication, Document de travail hal-02961823v1

	Des études de diversité des bactéries d'intérêt agronomique, vétérinaire et médical aux perspectives de gestion Xavier Bailly Sciences du Vivant [q-bio]. Université Clermont Auvergne (UCA), Clermont-Ferrand, FRA., 2020 HDR tel-04127661v1

	Les données sur les tiques : Quelles données ? Quelle utilisation ? Quel devenir Isabelle Lebert , Philippe Lecomte , Xavier Bailly École thématique. En Ligne, France. 2023, 76 p Cours hal-03975408v1

Xavier Bailly

Présentation

Publications

Genome-wide phylodynamic approach reveals the epidemic dynamics of the main Mycoplasma bovis subtype circulating in France

Research perspectives on animal health in the era of artificial intelligence

Temporal patterns in Ixodes ricinus microbial communities: an insight into tick-borne microbe interactions

Characterization of internal ribosome entry sites according to secondary structure analysis to classify border disease virus strains

Differential homotypic and heterotypic interactions of antigen 43 (Ag43) variants in autotransporter-mediated bacterial autoaggregation

Rarity of microbial species: In search of reliable associations

Phylogenetics of the Spiroplasma ixodetis endosymbiont reveals past transfers between ticks and other arthropods

Contribution of nitric oxide synthase from coagulase-negative staphylococci to the development of red myoglobin derivatives

Identification of the Autochaperone Domain in the Type Va Secretion System (T5aSS): Prevalent Feature of Autotransporters with a β-Helical Passenger

Does the impact of biodiversity differ between emerging and endemic pathogens? The need to separate the concepts of hazard and risk

Host specificity, pathogen exposure, and superinfections impact the distribution of Anaplasma phagocytophilum genotypes in ticks, roe deer, and livestock in a fragmented agricultural landscape

Molecular epidemiology of Coxiella burnetii in French livestock reveals the existence of three main genotype clusters and suggests species-specific associations as well as regional stability

Hidden Markov phylogenetic models offer an interesting perspective to identify “high risk lineages” of environmental pathogens

Mapping human risk of infection with Borrelia burgdorferi sensu lato, the agent of Lyme borreliosis, in a periurban forest in France

Multiple independent transmission cycles of a tick-borne pathogen within a local host community

Metacommunity and phylogenetic structure determine wildlife and zoonotic infectious disease patterns in time and space

Circulation of Coxiella burnetii in a naturally infected flock of dairy sheep: shedding dynamics, environmental contamination, and genotype diversity

Interdisciplinarity and Infectious Diseases: An Ebola Case Study

Bacterial genospecies that are not ecologically coherent: population genomics of Rhizobium leguminosarum

Comparative population genomics of the Borrelia burgdorferi species complex reveals high degree of genetic isolation among species and underscores benefits and constraints to studying intra-specific epidemiological processes.

Multilocus sequence analysis of Anaplasma phagocytophilum reveals three distinct lineages with different host ranges in clinically ill French cattle

A perceptual hash function to store and retrieve large scale DNA sequences

High-throughput sequence typing reveals genetic differentiation and host specialization among populations of the Borrelia burgdorferi species complex that infect rodents

A new multiple-locus variable-number tandem repeat analysis reveals different clusters for Anaplasma phagocytophilum circulating in domestic and wild ruminants

Single genotype of Anaplasma phagocytophilum identified from ticks, Camargue, France.

La prévalence de l’anaplamose dans le sud de la France

Population genomics of Sinorhizobium medicae based on low-coverage sequencing of sympatric isolates

Horizontal Gene Transfer and Homologous Recombination Drive the Evolution of the Nitrogen-Fixing Symbionts of Medicago Species

Recombination and selection shape the molecular diversity pattern of nitrogen-fixing Sinorhizobium sp associated to Medicago

Influence of birth mode and pre- and post-biotic supplementation on the fecal microbiota: a randomized controlled trial in Charolais calves

Des tiques dans les maisons ? Un faisceau de preuves et de nouvelles questions grâce aux citoyens

Dynamiques des écosystèmes microbiens et gestion des mammites

Implication du chevreuil dans le risque acarologique

Influence du mode de naissance et de la complémentation en pré- et post-biotiques sur le microbiote intestinal : étude chez le veau charolais

Impact des communautés bactériennes et de leur pilotage dans la gestion des mammites chez la vache laitière : présentation du projet « EcoSA »

Fièvre Q : état d'avancement du projet EXPAIRCOX sur les risques de transmission et la perception de ces risques

Limits of statistical detection of microbial associations from 29 metagenomic data

Why such a contrast between the low prevalence of zoonotic pathogens in questing ticks and the high prevalence in their vertebrate reservoir hosts?

Limits of statistical detection of microbial associations from metagenomic data

Influence de la spécificité d’hôte, de l’expositon et des modalités de sur-infection sur la distribution des génotypes d’Anaplasma phagocytophilum dans les tiques et les chevreuils d’un paysage fragmenté

Taking into account the spatial heterogeneity of agricultural landscapes to explain densities and movements of Ixodes ricinus and prevalence of its associated pathogens

PSH-DB, un système clé-valeur permettant l'indexation et la recherche de séquences ADN

16S rRNA amplicon sequencing for the surveillance of bacterial zoonoses in ticks and rodents, with potential interest for the discovery of new epidemiological cycles affecting animals and/or humans

Plusieurs groupes génétiques d’Anaplasma phagocytophilum sont à l’origine de l’anaplasmose granulocytaire chez les animaux domestiques

Le projet Oscar : prendre en compte l'hétérogénéité spatiale du paysage pour comprendre les déterminants de la distribution du risque lié aux maladies à tiques

Coxiella burnetii circulation in a naturally infected flock of dairy sheep: shedding dynamics, environmental contamination, and genotype diversity

Plusieurs cycles de l'agent de l'anaplasmose granucolcytaire (Anaplasma phagocytophilum) coexistent : apport des données de séquençage

Les caractéristiques d'un paysage agricole influencent-elles la relation rongeur-tique ?

Diversité génétique d’Anaplama phagocytophilum, agent de l’anaplasmose granulocytaire, - Conséquences épidémiologiques et implications pour le contrôle en France -

A mapping tool to evaluate the impact of global change on tick-borne disease risk in European agricultural landscapes

Metagenomics reveals shared bacterial communities in ticks and rodents with potential interest for new epidemiological cycles affecting animals and/or humans

Circulation de Coxiella burnetii dans un troupeau ovin lait naturellement infecté dynamiques d'excrétion, contamination environnementale et diversité génotypique

L’introduction de l’écureuil de Corée (Tamias sibiricus) en Ile-de-France : rôle dans le risque de transmission de la borreliose de Lyme en Forêt de Sénart

Différenciation génétique entre les bactéries du complexe d'espèce Borrelia burgdorferi infectant trois espèces de petits mammifères en forêt péri-urbaine

Indexation d'une grande quantité de séquences ADN dans une base de données NOSQL à l'aide d'algorithmes de hachage perceptuel

Indexation de séquences d'ADN dans une base de données NoSQL à l'aide d'algorithmes de hachage perceptuel

Evolution of the tick-borne pathogen Borrelia burgdorferi

Différenciation génétique et circulation des bactéries du complexe d'espèces Borrelia burgdorferi

Étude de la différenciation entre les populations du complexe d'espèce Borrelia burgdorferi infectant trois espèces de petits mammifères en forêt de Sénart

Identification de gènes diagnostic chez les Rhizobium leguminosarum à l'aide de la grille informatique sous l'environnement WISDOM

Génomique des populations des bactéries du complexe Borrelia burgdorferi sl

Ecoepidemiology of Anaplasma phagocytophylum in horses in France

Eco-epidemiology of Anaplasma phagocytophilum in horses in France

Dynamique temporelle de l’infection des petits rongeurs par Borrelia burgdorferi sl en forêt de Sénart

Influence du mode de naissance et d’une complémentation en pré- et post-biotiques sur le microbiote intestinal du veau nouveau-né

Characterization of the gene content of Coxiella burnetii from different lineages in Europe

qPCR- and genomic-based determination of IS1111 copy numbers suggests an impact of Coxiella burnetii genotypic diversity on Q fever diagnosis and epidemiological studies in ruminants

CiTIQUE : un programme de science et recherche participative pour caractériser et prévenir le risque tique en France

Characterization of the gene content of Coxiella burnetii from different line ages in Europe

Why such a contrast between the low prevalence of zoonotic pathogens in questing ticks and the high prevalence in their verterbrate reservoir hosts?

PSH-DB, a key-value system to index and retrieve biological DNA sequences

Le projet "Britick Islands" : les îles bretonnes comme laboratoires naturels pour étudier l'influence de la composition des communautés d'hôtes-vertébrés sur celles des tiques et des microorganismes hébergés/transmis

Molecular epidemiology of Coxiella burnetii reveals the circulation of three main genotype clusters in French ruminants farms

Une nouvelle approche de comparaison de séquences ADN à l’aide d’une fonction de hachage perceptuel

Role of the introduced Siberian chipmunk (Tamias sibiricus) on the risk of exposure to Lyme borreliosis in a periurban forest (Sénart, Ile-de-France)

Metagenomics highlights new epidemiological cycles between ticks and rodents

Indexation et comparaison de séquences ADN à partir d'une fonction de hachage perceptuel