New developments in KisSplice: Combining local and global transcriptome assemblers to decipher splicing in RNA-seq data
Alice Julien-Laferriere
,
Gustavo Sacomoto
,
Rayan Chikhi
,
Erwan Scaon
,
David P. Parsons
,
et al.
Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM) , Jul 2013, Toulouse, France
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Close 3D proximity of evolutionary breakpoints argues for the notion of spatial synteny
Amélie Véron
,
Claire Lemaitre
,
Christian Gautier
,
Vincent Lacroix
,
Marie-France Sagot
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Navigating in a Sea of Repeats in RNA-seq without Drowning
Gustavo Sacomoto
,
Blerina Sinaimeri
,
Camille Marchet
,
Vincent Miele
,
Marie-France Sagot
,
et al.
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Metabolic network visualization using constraint planar graph drawing algorithm
Romain Bourqui
,
D. Auber
,
Vincent Lacroix
,
F. Jourdan
incollection , 2006, --, pp.489-496
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Procédé de fabrication de Gaz Naturel de Synthèse par couplage d'une méthanation avec une électrolyse de vapeur d'eau à haute température
Myriam de Saint Jean
,
Vincent Lacroix
,
Pierre Baurens
,
Chakib Bouallou
XIVeme congrès SFGP , Oct 2013, Lyon, France. pp.2012214
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Identification of misexpressed genetic elements in hybrids between Drosophila-related species
Hélène Lopez-Maestre
,
Elias Alberto Gutierrez Carnelossi
,
Vincent Lacroix
,
Nelly Burlet
,
Bruno Mugat
,
et al.
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Absence of a core metabolic network common to symbiotic bacteria
Cecilia Coimbra Klein
,
Ludovic Cottret
,
Hubert Charles
,
Christian Gautier
,
Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos
,
et al.
6. Meeting GDRE-RA Comparative genomics , Nov 2011, Lyon, France. 33 diapositives
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Reaction Motifs in Metabolic Networks
Vincent Lacroix
,
Cristina Gomes Fernandes
,
Marie-France Sagot
RR-5563, INRIA. 2005, pp.14
Rapport
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A polynomial delay algorithm for the enumeration of bubbles with length constraints in directed graphs and its application to the detection of alternative splicing in RNA-seq data
Gustavo Akio Tominaga Sacomoto
,
Vincent Lacroix
,
Marie-France Sagot
Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI) , Sep 2013, Nice, France
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Motif search in graphs: application to metabolic networks.
Vincent Lacroix
,
C.G. Fernandes
,
M.-F. Sagot
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics , 2006, 3 - n°4, pp.360-368
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A polynomial delay algorithm for the enumeration of bubbles with length constraints in directed graphs
Gustavo Sacomoto
,
Vincent Lacroix
,
Marie‑france Sagot
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Splicing misregulation of SCN5A contributes to cardiac-conduction delay and heart arrhythmia in myotonic dystrophy
Fernande Freyermuth
,
Frédérique Rau
,
Yosuke Kokunai
,
Thomas Linke
,
Chantal Sellier
,
et al.
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Complementarity of assembly-first and mapping-first approaches for alternative splicing annotation and differential analysis from RNAseq data
Clara Benoit-Pilven
,
Camille Marchet
,
Emilie Chautard
,
Leandro Lima
,
Marie-Pierre Lambert
,
et al.
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New insights into minor splicing-a transcriptomic analysis of cells derived from TALS patients
Audric Cologne
,
Clara Benoit-Pilven
,
Alicia Besson
,
Audrey Putoux
,
Amandine Campan-Fournier
,
et al.
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Identification de motifs dans les réseaux métaboliques
Vincent Lacroix
incollection , 2008, --, pp.D1-D5
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Analysis of RNA Transcripts by High-Throughput RNA Sequencing
Paolo Ribeca
,
Vincent Lacroix
,
Michael Sammeth
,
Roderic Guigó
Stefan Stamm, Christopher W. J. Smith, Reinhard Lührmann.
Alternative pre-mRNA Splicing: Theory and Protocols , Wiley-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA, 2012, 9783527636778.
⟨10.1002/9783527636778.ch50⟩
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Evidence for transcript networks composed of chimeric RNAs in human cells
Sarah Djebali
,
Julien Lagarde
,
Philipp Kapranov
,
Vincent Lacroix
,
Christelle Borel
,
et al.
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RNA-seq without a reference genome: a comparison of the mapping and the assembly approaches
M.-C. Carpentier
,
J. Charif
,
Vincent Lacroix
,
Marie-France Sagot
,
Fabrice Vavre
JOBIM , 2011, Paris, France
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Reference-free detection of isolated SNPs
Raluca Uricaru
,
Guillaume Rizk
,
Vincent Lacroix
,
Elsa Quillery
,
Olivier Plantard
,
et al.
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Enumerating Chemical Organisations in Consistent Metabolic Networks: Complexity and Algorithms
Paulo Vieira Milreu
,
Vicente Acuña
,
Etienne E. Birmelé
,
Pierluigi Crescenzi
,
Alberto Marchetti-Spaccamela
,
et al.
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Influenza virus infection induces widespread alterations of host cell splicing
Usama Ashraf
,
Clara Benoit-Pilven
,
Vincent Navratil
,
Cécile Ligneau
,
Guillaume Fournier
,
et al.
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Metabolic network visualization eliminating node redundance and preserving metabolic pathways
Romain Bourqui
,
L. Cottret
,
Vincent Lacroix
,
D. Auber
,
P. Mary
,
et al.
Article dans une revue
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Minimum ratio cover of matrix columns by extreme rays of its induced cone
Alexandre da Silva Freire
,
Vicente Acuña
,
Pierluigi Crescenzi
,
Carlos Eduardo Ferreira
,
Vincent Lacroix
,
et al.
Proceedings of the Second international Symposium on Combinatorial Optimization (ISCO) , Apr 2012, Athens, Greece. pp.165--177,
⟨10.1007/978-3-642-32147-4_16⟩
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Assessing the exceptionality of coloured motifs in networks
Sophie S. Schbath
,
Vincent Lacroix
,
Marie-France Sagot
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Efficient Bubble Enumeration in Directed Graphs
Etienne E. Birmelé
,
Pierluigi Crescenzi
,
Rui Ferreira
,
Roberto Grossi
,
Vincent Lacroix
,
et al.
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Uncovering structure in biological networks
J.J. Daudin
,
Vincent Lacroix
,
M. Mariadassou
,
V. Miele
,
Franck Picard
,
et al.
incollection , 2006, --, pp.471-483
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Playing hide and seek with repeats in local and global de novo transcriptome assembly of short RNA-seq reads
Leandro Lima
,
Blerina Sinaimeri
,
Gustavo Sacomoto
,
Helene Lopez-Maestre
,
Camille Marchet
,
et al.
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Chimeras taking shape: potential functions of proteins encoded by chimeric RNA transcripts.
Milana Frenkel-Morgenstern
,
Vincent Lacroix
,
Iakes Ezkurdia
,
Yishai Levin
,
Alexandra Gabashvili
,
et al.
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Identification de motifs dans les réseaux métaboliques : définitions algorithmes et application au métabolisme d’Escherichia coli
Vincent Lacroix
Edilivre. 2008, 978-2-35607-642-7
Ouvrages
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Identification de motifs dans les réseaux métaboliques
Vincent Lacroix
Autre [cs.OH]. Université Claude Bernard - Lyon I, 2007. Français.
⟨NNT : ⟩
Thèse
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