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Vincent Berry

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Documents

Publications

celine-scornavacca
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On the inference of complex phylogenetic networks by Markov Chain Monte-Carlo

Charles-Elie Rabier , Vincent Berry , Marnus Stoltz , Joao D. Santos , Wensheng Wang
PLoS Computational Biology, 2021, 17 (9), pp.e1008380. ⟨10.1371/journal.pcbi.1008380⟩
Article dans une revue hal-03287030v2
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RecPhyloXML: a format for reconciled gene trees

Wandrille Duchemin , Guillaume Gence , Anne-Muriel Arigon Chifolleau , Lars Arvestad , Mukul Bansal
Bioinformatics, 2018, 34 (21), pp.3646-3652. ⟨10.1093/bioinformatics/bty389⟩
Article dans une revue lirmm-01800296v1
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Inferring gene duplications, transfers and losses can be done in a discrete framework

Vincent Ranwez , Celine Scornavacca , Jean-Philippe Doyon , Vincent Berry
Journal of Mathematical Biology, 2016, 72 (7), pp.1811-1844. ⟨10.1007/s00285-015-0930-z⟩
Article dans une revue hal-01370854v1
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SylvX: a viewer for phylogenetic tree reconciliations

François Chevenet , Jean-Philippe Doyon , Celine Scornavacca , Edwin Jacox , Emmanuelle Jousselin
Bioinformatics, 2016, 32 (4), pp.608-610. ⟨10.1093/bioinformatics/btv625⟩
Article dans une revue hal-01942605v1
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Representing a set of reconciliations in a compact way

Celine Scornavacca , Wojciech Paprotny , Vincent Berry , Vincent Ranwez
Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2013, 11 (2), pp.1250025. ⟨10.1142/S0219720012500254⟩
Article dans une revue lirmm-00818801v1
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Support measures to estimate the reliability of evolutionary events predicted by reconciliation methods

Thi-Hau Nguyen , Vincent Ranwez , Vincent Berry , Celine Scornavacca
PLoS ONE, 2013, 8 (10), pp.e73667. ⟨10.1371/journal.pone.0073667⟩
Article dans une revue hal-01189798v1
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Building species trees from larger parts of phylogenomic databases

Celine Scornavacca , Vincent Berry , Vincent Ranwez
Information and Computation, 2011, 209 (3), pp.590-605. ⟨10.1016/j.ic.2010.11.022⟩
Article dans une revue lirmm-00825050v1
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PhySIC IST : cleaning source trees to infer more informative supertrees

Celine Scornavacca , Vincent Berry , Vincent Lefort , Emmanuel J.P. Douzery , Vincent Ranwez
BMC Bioinformatics, 2008, 9 (413), pp.1471-2105. ⟨10.1186/1471-2105-9-413⟩
Article dans une revue lirmm-00324069v1
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PhySIC: A Veto Supertree Method with Desirable Properties

Vincent Ranwez , Vincent Berry , Alexis Criscuolo , Pierre-Henri Fabre , Sylvain Guillemot
Systematic Biology, 2007, 56 (5), pp.798-817. ⟨10.1080/10635150701639754⟩
Article dans une revue lirmm-00194235v1
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Scanning Phylogenetic Networks is NP-hard

Vincent Berry , Celine Scornavacca , Mathias Weller
SOFSEM 2020 - 46th International Conference on Current Trends in Theory and Practice of Informatics, Jan 2020, Limassol, Cyprus. pp.519-530, ⟨10.1007/978-3-030-38919-2_42⟩
Communication dans un congrès hal-02353161v2
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Un algorithme de parcimonie efficace pour la réconciliation d'arbres de gènes/espèces avec pertes, duplications et transferts

Jean-Philippe Doyon , Celine Scornavacca , Gergely J. Szöllősi , Vincent Ranwez , Vincent Berry
Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Institut National d'Etudes Supérieures Agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro). Montpellier, FRA., Sep 2010, Montpellier, France. pp.8
Communication dans un congrès lirmm-00833164v1
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From Gene Trees to Species Trees Through a Supertree Approach

Celine Scornavacca , Vincent Berry , Vincent Ranwez
Language and Automata Theory and Applications : LATA 2009, Apr 2009, Tarragona, Spain. pp.10-19, ⟨10.1007/978-3-642-00982-2_60⟩
Communication dans un congrès lirmm-00367086v1
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On the inference of complex phylogenetic networks by Markov Chain Monte-Carlo

Charles-Elie Rabier , Vincent Berry , Jean-Christophe Glaszmann , Fabio Pardi , Celine Scornavacca
JOBIM 2020 - 20e Journées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématique, Jun 2020, Montpellier, France.
Poster de conférence lirmm-04027842v1