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Vincent Berry

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Publications

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On the inference of complex phylogenetic networks by Markov Chain Monte-Carlo

Charles-Elie Rabier , Vincent Berry , Marnus Stoltz , Joao D. Santos , Wensheng Wang
PLoS Computational Biology, 2021, 17 (9), pp.e1008380. ⟨10.1371/journal.pcbi.1008380⟩
Article dans une revue hal-03287030v2
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Three new genome assemblies support a rapid radiation in Musa acuminata (wild banana)

Gaëtan Droc , Julie Sardos , Alberto A. Cenci , Björn Geigle , Mark S. Hibbins
Genome Biology and Evolution, 2018, 10 (12), pp.3129-3140. ⟨10.1093/gbe/evy227⟩
Article dans une revue lirmm-02097189v1
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RecPhyloXML: a format for reconciled gene trees

Wandrille Duchemin , Guillaume Gence , Anne-Muriel Arigon Chifolleau , Lars Arvestad , Mukul Bansal
Bioinformatics, 2018, 34 (21), pp.3646-3652. ⟨10.1093/bioinformatics/bty389⟩
Article dans une revue lirmm-01800296v1
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A geography-aware reconciliation method to investigate diversification patterns in host/parasite interactions

Vincent Berry , François Chevenet , Jean-Philippe Doyon , Emmanuelle Jousselin
Molecular Ecology Resources, 2018, 18 (5), pp.1173-1184. ⟨10.1111/1755-0998.12897⟩
Article dans une revue hal-01942777v1
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SylvX: a viewer for phylogenetic tree reconciliations

François Chevenet , Jean-Philippe Doyon , Celine Scornavacca , Edwin Jacox , Emmanuelle Jousselin
Bioinformatics, 2016, 32 (4), pp.608-610. ⟨10.1093/bioinformatics/btv625⟩
Article dans une revue hal-01942605v1
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Inferring gene duplications, transfers and losses can be done in a discrete framework

Vincent Ranwez , Celine Scornavacca , Jean-Philippe Doyon , Vincent Berry
Journal of Mathematical Biology, 2016, 72 (7), pp.1811-1844. ⟨10.1007/s00285-015-0930-z⟩
Article dans une revue hal-01370854v1
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Ancestral gene synteny reconstruction improves extant species scaffolding

Yoann Anselmetti , Vincent Berry , Cedric Chauve , Annie Chateau , Eric Tannier
BMC Genomics, 2015, 16 (Suppl 10), pp.S11. ⟨10.1186/1471-2164-16-S10-S11⟩
Article dans une revue hal-01180303v2
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CompPhy: a web-based collaborative platform for comparing phylogenies

Nicolas Fiorini , Vincent Lefort , François Chevenet , Vincent Berry , Anne-Muriel Arigon Chifolleau
BMC Evolutionary Biology, 2014, 14 (1), pp.253-255. ⟨10.1186/s12862-014-0253-5⟩
Article dans une revue lirmm-01140756v1

Multiple nuclear genes stabilize the phylogenetic backbone of the genus Quercus

François Hubert , Guido W. Grimm , Emmanuelle Jousselin , Vincent Berry , Alain Franc
Systematics and Biodiversity, 2014, 12 (4), pp.405-423. ⟨10.1080/14772000.2014.941037⟩
Article dans une revue lirmm-01140770v1
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Support measures to estimate the reliability of evolutionary events predicted by reconciliation methods

Thi-Hau Nguyen , Vincent Ranwez , Vincent Berry , Celine Scornavacca
PLoS ONE, 2013, 8 (10), pp.e73667. ⟨10.1371/journal.pone.0073667⟩
Article dans une revue hal-01189798v1
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Genetic structure and evolution of the Leishmania genus in Africa and Eurasia: what does MLSA tell us

Fouad El Baidouri , Sylvain Brisse , Vincent Berry , François Chevenet , Laure Diancourt
PLoS Neglected Tropical Diseases, 2013, 7 (6), pp.e2255. ⟨10.1371/journal.pntd.0002255⟩
Article dans une revue lirmm-00818822v1
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Amalgamating Source Trees with Different Taxonomic Levels

Vincent Berry , Olaf Bininda-Emonds , Charles Semple
Systematic Biology, 2013, 62 (2), pp.231-249. ⟨10.1093/sysbio/sys090⟩
Article dans une revue lirmm-00804769v1
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Representing a set of reconciliations in a compact way

Celine Scornavacca , Wojciech Paprotny , Vincent Berry , Vincent Ranwez
Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2013, 11 (2), pp.1250025. ⟨10.1142/S0219720012500254⟩
Article dans une revue lirmm-00818801v1
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Reconciliation and local gene tree rearrangement can be of mutual profit

Thi Nguyen , Vincent Ranwez , Stéphanie Pointet , Anne-Muriel Arigon Chifolleau , Jean-Philippe Doyon
Algorithms for Molecular Biology, 2013, 8 (12), ⟨10.1186/1748-7188-8-12⟩
Article dans une revue lirmm-00812726v1
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Sequencing of the smallest apicomplexan genome from the human pathogen Babesia Microti

Emmanuel Cornillot , Kamel Hadj-Kaddour , Amina Dassouli , Benjamin Noel , Vincent Ranwez
Nucleic Acids Research, 2012, 40 (18), pp.9102-9114. ⟨10.1093/nar/gks700⟩
Article dans une revue lirmm-00818833v1
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Quartets and Unrooted Phylogenetic Networks

Philippe Gambette , Vincent Berry , Christophe Paul
Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2012, 10 (4), pp.1250004.1-1250004.23. ⟨10.1142/S0219720012500047⟩
Article dans une revue hal-00678046v1
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Building species trees from larger parts of phylogenomic databases

Celine Scornavacca , Vincent Berry , Vincent Ranwez
Information and Computation, 2011, 209 (3), pp.590-605. ⟨10.1016/j.ic.2010.11.022⟩
Article dans une revue lirmm-00825050v1
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Models, algorithms, and programs for phylogeny reconciliation

Jean-Philippe Doyon , Vincent Ranwez , Vincent Daubin , Vincent Berry
Briefings in Bioinformatics, 2011, 12 (5), pp.392-400. ⟨10.1093/bib/bbr045⟩
Article dans une revue lirmm-00825041v1

ScripTree: scripting phylogenetic graphics

François Chevenet , Olivier Croce , Maxime Hebrard , Richard Christen , Vincent Berry
Bioinformatics, 2010, 26 (8), pp.1125-1126. ⟨10.1093/bioinformatics/btq086⟩
Article dans une revue hal-00497209v1
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Linear time 3-approximation for MAST problem

Vincent Berry , Sylvain Guillemot , François Nicolas , Christophe Paul
ACM Transactions on Algorithms, 2009, 5 (2), pp.1-18. ⟨10.1145/1497290.1497299⟩
Article dans une revue lirmm-00324073v1
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PhyloExplorer: a web server to validate, explore and query phylogenetic trees

Vincent Ranwez , Nicolas Clairon , Frédéric Delsuc , Saeed Pourali , Nicolas Auberval
BMC Evolutionary Biology, 2009, 9, pp.108. ⟨10.1186/1471-2148-9-108⟩
Article dans une revue lirmm-00396040v1
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Computing Galled Networks from Real Data

Daniel Huson , Regula Rupp , Vincent Berry , Philippe Gambette , Christophe Paul
Bioinformatics, 2009, 25 (12), pp.i85-i93. ⟨10.1093/bioinformatics/btp217⟩
Article dans une revue lirmm-00368545v2

On the Approximability Results for Maximum Agreement Subtree and Maximum Compatible Tree Problems

François Nicolas , Sylvain Guillemot , Vincent Berry , Christophe Paul
Discrete Applied Mathematics, 2009, 157 (7), pp.1555-1570. ⟨10.1016/j.dam.2008.06.007⟩
Article dans une revue lirmm-00371209v1
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Fixed-Parameter Tractability of the Maximum Agreement Supertree Problem

Sylvain Guillemot , Vincent Berry
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2009, 7 (2), pp.342-353. ⟨10.1109/TCBB.2008.93⟩
Article dans une revue lirmm-00324055v1
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PhySIC IST : cleaning source trees to infer more informative supertrees

Celine Scornavacca , Vincent Berry , Vincent Lefort , Emmanuel J.P. Douzery , Vincent Ranwez
BMC Bioinformatics, 2008, 9 (413), pp.1471-2105. ⟨10.1186/1471-2105-9-413⟩
Article dans une revue lirmm-00324069v1
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One fig to bind them all: host conservatism in a fig wasp community unraveled by cospeciation analyses among pollinating and nonpollinating fig wasps.

Emmanuelle Jousselin , Simon van Noort , Vincent Berry , Jean-Yves Rasplus , Nina Rønsted
Evolution - International Journal of Organic Evolution, 2008, 62 (7), pp.1777-1797. ⟨10.1111/j.1558-5646.2008.00406.x⟩
Article dans une revue lirmm-00324068v1
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From constrained to Unconstrained Maximum Agreement Subtree in Linear Time

Vincent Berry , Zeshan S. Peng , Hing-Fung Ting
Algorithmica, 2008, 50 (3), pp.369-385. ⟨10.1007/s00453-007-9084-8⟩
Article dans une revue lirmm-00324070v1
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PhySIC: A Veto Supertree Method with Desirable Properties

Vincent Ranwez , Vincent Berry , Alexis Criscuolo , Pierre-Henri Fabre , Sylvain Guillemot
Systematic Biology, 2007, 56 (5), pp.798-817. ⟨10.1080/10635150701639754⟩
Article dans une revue lirmm-00194235v1
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Maximum Agreement and Compatible Supertrees

Vincent Berry , François Nicolas
Journal of Discrete Algorithms, 2007, 5 (3), pp.564-591. ⟨10.1016/j.jda.2006.08.005⟩
Article dans une revue lirmm-00194239v1
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Fast Computation of Supertrees for Compatible Phylogenies with Nested Taxa

Vincent Berry , Charles Semple
Systematic Biology, 2006, 55 (2), pp.270-288. ⟨10.1080/10635150500541649⟩
Article dans une revue lirmm-00131854v1
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SDM : A Fast Distance-Based Approach for (Super)Tree Building in Phylogenomics

Alexis Criscuolo , Vincent Berry , Emmanuel J.P. Douzery , Olivier Gascuel
Systematic Biology, 2006, 55 (5), pp.740-755. ⟨10.1080/10635150600969872⟩
Article dans une revue lirmm-00136655v1
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Multipolar Consensus for Phylogenetic Trees

Cécile Bonnard , Vincent Berry , Nicolas Lartillot
Systematic Biology, 2006, 55 (5), pp.837-843. ⟨10.1080/10635150600969880⟩
Article dans une revue lirmm-00126475v1
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Improved Parametrized Complexity of Maximum Agreement Subtree and Maximum Compatible Tree problems

Vincent Berry , François Nicolas
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2006, 3 (3), pp.289-302. ⟨10.1109/TCBB.2006.39⟩
Article dans une revue lirmm-00131835v1
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Analyse des traces de consultations des ressources en ligne et de la réalisation des activité dans un module hybride en école d’ingénieur

Chrysta Pélissier , Vincent Berry , Jérôme Fortin
AIPU 2023 - 33e congrès de l'Association Internationale de Pédagogie Universitaire, Mar 2023, Perpignan, France
Communication dans un congrès lirmm-04027971v1
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Quand collaborer répond à une « urgence » : l'atout d'une structuration Réseau

Marion Rousseau , Nora Cherifa Abid , Vincent Berry
AIPU 2022 - 32e congrès de l'Association Internationale de Pédagogie Universitaire, May 2022, Rennes, France
Communication dans un congrès lirmm-04028069v1
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ShellOnYou : Learning by Doing Unix Command Line

Vincent Berry , Arnaud Castelltort , Chrysta Pélissier , Marion Rousseau , Chouki Tibermacine
ITiCSE 2022 - 27th ACM Conference on on Innovation and Technology in Computer Science Education, Jul 2022, Dublin, Ireland. pp.379-385, ⟨10.1145/3502718.3524753⟩
Communication dans un congrès halshs-03726175v1
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Stop Reinventing the Wheel! Promoting Community Software in Computing Education

Jeremiah Blanchard , John R. Hott , Vincent Berry , Rebecca Carroll , Bob Edmison
ITiCSE-WG 2022 - 27th ACM Conference on Innovation and Technology in Computer Science Education, Jul 2022, Dublin, Ireland. pp.261-292, ⟨10.1145/3571785.3574129⟩
Communication dans un congrès lirmm-04025606v1
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Scanning Phylogenetic Networks is NP-hard

Vincent Berry , Celine Scornavacca , Mathias Weller
SOFSEM 2020 - 46th International Conference on Current Trends in Theory and Practice of Informatics, Jan 2020, Limassol, Cyprus. pp.519-530, ⟨10.1007/978-3-030-38919-2_42⟩
Communication dans un congrès hal-02353161v2
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Comment la reconstruction de génomes ancestraux peut aider à l'assemblage de génomes actuels

Yoann Anselmetti , Vincent Berry , Cedric Chauve , Annie Chateau , Eric Tannier
Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, 2016, Lyon, France
Communication dans un congrès hal-01394409v1
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Accounting for gene tree uncertainty improves gene tree accuracy as well as duplications, transfers and losses predictions

Thi-Hau Nguyen , Jean-Philippe Doyon , Stéphanie Pointet , Anne-Muriel Arigon Chifolleau , Vincent Ranwez
12th International Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI 2012), Sep 2012, Ljubljana, Slovenia. pp.123-134, ⟨10.1007/978-3-642-33122-0_10⟩
Communication dans un congrès hal-00718347v3

Phylogenetic reconstruction in Quercus based on multiple nuclear genes

François Hubert , Alain Franc , Antoine Kremer , Vincent Berry
IUFRO working group “Genetics of Quercus and Nothofagus”, Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UMR Biodiversité, Gènes et Communautés (1202)., Oct 2012, Bordeaux, France
Communication dans un congrès hal-02804068v1
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Un algorithme de parcimonie efficace pour la réconciliation d'arbres de gènes/espèces avec pertes, duplications et transferts

Jean-Philippe Doyon , Celine Scornavacca , Gergely J. Szöllősi , Vincent Ranwez , Vincent Berry
Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Institut National d'Etudes Supérieures Agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro). Montpellier, FRA., Sep 2010, Montpellier, France. pp.8
Communication dans un congrès lirmm-00833164v1
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From Gene Trees to Species Trees Through a Supertree Approach

Celine Scornavacca , Vincent Berry , Vincent Ranwez
Language and Automata Theory and Applications : LATA 2009, Apr 2009, Tarragona, Spain. pp.10-19, ⟨10.1007/978-3-642-00982-2_60⟩
Communication dans un congrès lirmm-00367086v1
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The Structure of Level-k Phylogenetic Networks

Philippe Gambette , Vincent Berry , Christophe Paul
CPM: Combinatorial Pattern Matching, Jun 2009, Lille, France. pp.289-300, ⟨10.1007/978-3-642-02441-2_26⟩
Communication dans un congrès lirmm-00371485v1
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Fixed-parameter Tractability of the Maximum Agreement Supertree Problem

Sylvain Guillemot , Vincent Berry
CPM: Combinatorial Pattern Matching, 2007, Montpellier, France. pp.274-285
Communication dans un congrès lirmm-00130406v2
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Votez veto pour l'Arbre de la Vie

Vincent Berry , Vincent Ranwez , Pierre-Henri Fabre , Emmanuel J.P. Douzery
JOBIM'06 : Journées Ouvertes Biologie, Informatique, Mathématiques, Jul 2006, Bordeaux, France, pp.251-263
Communication dans un congrès lirmm-00131866v1
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On the Approximation of Computing Evolutionary Trees

Vincent Berry , Sylvain Guillemot , Nicolas François , Christophe Paul
COCOON: Computing and Combinatorics Conference, Aug 2005, Kunming, China. pp.115-125, ⟨10.1007/11533719_14⟩
Communication dans un congrès lirmm-00106451v1
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SDM: Une Méthode de Distance Rapide pour les Etudes de Phylogénomique

Alexis Criscuolo , Vincent Berry , Emmanuel J.P. Douzery , Olivier Gascuel
JOBIM: Journées Ouvertes Biologie, Informatique, Mathématiques, Jul 2005, Lyon, France. pp.231-244
Communication dans un congrès lirmm-00106495v1
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Maximum Agreement and Compatible Supertrees

Vincent Berry , François Nicolas
CPM: Combinatorial Pattern Matching, 2004, Istanbul, Turkey. pp.205-219, ⟨10.1007/978-3-540-27801-6_15⟩
Communication dans un congrès lirmm-00108782v1
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On the inference of complex phylogenetic networks by Markov Chain Monte-Carlo

Charles-Elie Rabier , Vincent Berry , Jean-Christophe Glaszmann , Fabio Pardi , Celine Scornavacca
JOBIM 2020 - 20e Journées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématique, Jun 2020, Montpellier, France.
Poster de conférence lirmm-04027842v1

CompPhy v2 : une plate-forme collaborative pour visualiser et comparer des phylogénies

Floréal Cabanettes , Marc Chakiachvili , Vincent Lefort , Jean-François Dufayard , Frédéric F. de Lamotte
JOBIM: Journées ouvertes de biologie informatique et mathématiques, Jun 2016, Lyon, France. , 437 p., 2016, JOBIM 2016
Poster de conférence hal-01594479v1

Maximum Compatible Tree

Vincent Berry
Ming-Yang Kao. Encyclopedia of Algorithms, Springer, 2016, Foundations of Computing, 978-1-4939-2863-7. ⟨10.1007/978-1-4939-2864-4⟩
Chapitre d'ouvrage lirmm-01264556v1
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An Efficient Algorithm for Gene/Species Trees Parsimonious Reconciliation with Losses, Duplications and Transfers

Jean-Philippe Doyon , Celine Scornavacca , Yu Gorbunov , Gergely J. Szöllősi , Vincent Ranwez
Eric Tannier. Comparative Genomics. RECOMB-CG 2010, LNCS (6398), Springer Berlin Heidelberg, pp.93-108, 2010, 978-3-642-16181-0. ⟨10.1007/978-3-642-16181-0_9⟩
Chapitre d'ouvrage lirmm-00818889v1
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Maximum Compatible Tree

Vincent Berry
Ming-Yang Kao. Encyclopedia of Algorithms, Springer, pp.499-502, 2008, Foundations of Computing, 978-0-387-30770-1. ⟨10.1007/978-0-387-30162-4_223⟩
Chapitre d'ouvrage lirmm-00324061v1
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On building and comparing trees
Application to supertrees in phylogenetics

Vincent Berry
Informatique [cs]. Université Montpellier II - Sciences et Techniques du Languedoc, 2008
HDR tel-00360926v1