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Victor Epain
Chercheur indépendant en informatique appliqué en biologie.
Disponible pour un post-doc.
Intéressé par la théorie/algorithmique des graphes, programmation linéaire/par contraintes, génomique, écologie ou recherche clinique.
100%
Libre accès
8
Documents
Affiliations actuelles
- 419153
- 105160
Identifiants chercheurs
- victor-epain
- 0000-0003-0049-0954
Site web
- https://vepain.gitlab.io/
- https://social.sciences.re/@vepain
Présentation
I am a 3rd year PhD student at [Inria Rennes laboratory](https://www.inria.fr/en/inria-centre-rennes-university) (FR), at the [GenScale team](https://team.inria.fr/genscale/). I am working on genome assembly and scaffolding. For this purpose, I am implementing graphs’ algorithms and graphs’ structures, and formalise these problems thanks to linear programming. I also play the piano. You can find [here](https://www.youtube.com/@professeurchep) some improvisations ;)
[](https://social.sciences.re/@vepain)
Domaines de recherche
Informatique [cs]
Bio-informatique [q-bio.QM]
Publications
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Overlap Graphs for Assembling and Scaffolding Algorithms: Paradigm Review and Implementation Proposals2022
Pré-publication, Document de travail
hal-03878293v1
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Inverted Repeats Scaffolding for a Dedicated Chloroplast Genome Assembler2022
Pré-publication, Document de travail
hal-03684406v1
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Integer Programming Approach for Nested Pairs Genome Scaffolding2022
Pré-publication, Document de travail
hal-03613353v1
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Assemblage de Novo de Longues Lectures Par Programmation Linéaire2020
Pré-publication, Document de travail
hal-03007132v1
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Linear integer programming approach for chloroplast genome scaffolding23ème congrès annuel de la Société Française de Recherche Opérationnelle et d'Aide à la Décision, INSA Lyon, Feb 2022, Lyon, France
Communication dans un congrès
hal-03558978v1
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Optimal Scaffolding for Chloroplasts' Inverted RepeatsJOBIM2022, Jul 2022, Rennes, France
Communication dans un congrès
hal-03625229v1
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Optimal de novo assemblies for chloroplast genomes based on inverted repeats patternsBiATA 2021 - 4th International conference Bioinformatics: from Algorithms to Applications, Jul 2021, St. Petersbourg, Russia. pp.1-2
Communication dans un congrès
hal-03534195v1
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Global exact optimisations for chloroplast structural haplotype scaffoldingAlgorithms for Molecular Biology, 2024, 19 (5), pp.1-35. ⟨10.1186/s13015-023-00243-1⟩
Article dans une revue
hal-04134429v3
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