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34 résultats
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IWGSC Sequence repository : new data and browsers

 Michael Alaux , Loïc Couderc , Françoise Alfama Depauw , Véronique Jamilloux , Claire Guerche , et al.
12. IWGS (International Wheat Genetics Symposium), Kyoto University [Kyoto] (KU). JPN., Sep 2013, Yokohama, Japan
Communication dans un congrès hal-02806070v1
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PASTEC: an automatic transposable element classification tool

 Claire Hoede , Sandie Arnoux , Mark Moissette , Timothée Chaumier , Olivier Inizan , et al.
PLoS ONE, 2014, 9 (5), pp.e91929. ⟨10.1371/journal.pone.0091929⟩
Article dans une revue hal-02639360v1

Biodiversity of domestic birds

 Michèle Tixier-Boichard , Gérard Coquerelle , Marie-Hélène Durand Tardif , D. Planchenault , Véronique Jamilloux , et al.
British Poultry Science, 2001, 42 (sp.), pp.S29-S31
Article dans une revue hal-02673688v1
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De novo annotation of transposable elements : tackling the fat genome issue

 Véronique Jamilloux , Josquin Daron , Frédéric Choulet , Hadi Quesneville
Proceedings of the IEEE, 2017, 105 (3), pp.474-481. ⟨10.1109/JPROC.2016.2590833⟩
Article dans une revue hal-02622009v1
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CAULIFINDER

 Florian Maumus , Véronique Jamilloux , Héléna Vassilieff , Sana Haddad
2023, ⟨swh:1:dir:847d2324e957f8b013b184bc7e6f12ece8528c04;origin=https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03906699;visit=swh:1:snp:e421e307ac9e1511e9e38b6f711c136c654d4b7b;anchor=swh:1:rel:b66fda6313cdad30b851aba54df98fa7e88721e3;path=/⟩
Logiciel hal-03906699v1

IWGSC Sequence repository : Blast your favorite gene against the wheat survey sequence

 Michael Alaux , Françoise Alfama-Depauw , Véronique Jamilloux , Raphaël Flores , Daphné Verdelet , et al.
PAG XXI - Plant and Animal Genome, Jan 2013, San Diego, United States
Communication dans un congrès hal-02804578v1
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A transposable element annotation pipeline and expression analysis reveal potentially active elements in the microalga Tisochrysis lutea

 Jérémy Berthelier , Nathalie Casse , Nicolas Daccord , Véronique Jamilloux , Bruno Saint-Jean , et al.
BMC Genomics, 2018, 19 (1), pp.378. ⟨10.1186/s12864-018-4763-1⟩
Article dans une revue hal-02627049v1
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Design and production of a plug-in tool facilitating the submission of microbial meta-omics data to an international repository

 Baptiste Rousseau , Véronique Jamilloux , Thomas Denecker , Hélène Chiapello , Ariane Bize
JOBIM 2023, Jun 2023, Nancy, France.
Poster de conférence hal-04139284v1
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CAULIFINDER: a pipeline for the automated detection and annotation of caulimovirid endogenous viral elements in plant genomes

 Héléna Vassilieff , Sana Haddad , Véronique Jamilloux , Nathalie Choisne , Vikas Sharma , et al.
Mobile DNA, 2022, 13, pp.31. ⟨10.1186/s13100-022-00288-w⟩
Article dans une revue hal-03883611v1
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New tools and strategy for TE annotation in large genomes

 Véronique Jamilloux
18. Congrès National sur les Eléments Transposables (CNET 2013), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS). FRA., Jul 2013, Montpellier, France
Communication dans un congrès hal-02745773v1

IWGSC Sequence Repository: Moving towards tools to facilitate data integration for the reference sequence of wheat

 Michael Alaux , Thomas Letellier , Françoise Alfama-Depauw , Véronique Jamilloux , Jane Rogers , et al.
PAG XXIV - Plant and Animal Genome Conference, Jan 2016, San Diego, United States
Communication dans un congrès hal-01266518v1
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RepetDB: a unified resource for transposable element references

 Joëlle Amselem , Guillaume Cornut , Nathalie Choisne , Michael Alaux , Françoise Alfama Depauw , et al.
Mobile DNA, 2019, 10, pp.1-8. ⟨10.1186/s13100-019-0150-y⟩
Article dans une revue hal-02625212v1

De Novo Annotation of Transposable Elements: Tackling the Fat Genome Issue

 Véronique Jamilloux , Josquin Daron , Frédéric Choulet , Hadi Quesneville
Proceedings of the IEEE, 2017, 105 (5), pp.978-978. ⟨10.1109/JPROC.2017.2680218⟩
Article dans une revue hal-02618951v1

La biodiversité chez les oiseaux domestiques

 Michèle Tixier-Boichard , Gérard Coquerelle , Marie-Hélène Durand Tardif , Dominique Planchenault , Véronique Jamilloux , et al.
4. Journées de la Recherche Avicole, Mar 2001, Nantes, France
Communication dans un congrès hal-02760752v1
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The IWGSC Data repository and wheat data resources hosted at URGI: Overview and perspectives

 Michael Alaux , Jane Rogers , Thomas Letellier , Raphaël Flores , Cyril Pommier , et al.
PAG XXVI - Plant and Animal Genome Conference, Jan 2018, San Diego, United States. pp.32 slides
Communication dans un congrès hal-02788401v1

IWGSC Sequence repository at URGI: New features and blast tool

 Michael Alaux , Françoise Alfama Depauw , Loïc Couderc , Véronique Jamilloux , Claire Guerche , et al.
PAG XXII - Plant and Animal Genome, Jan 2014, San Diego, United States
Communication dans un congrès hal-02801480v1
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Structural and Functional Partitioning of Bread Wheat Chromosome 3B

 Frédéric Choulet , Adriana A. Alberti , Sébastien Theil , Natasha Marie Glover , Valérie Barbe , et al.
Science, 2014, 345 (6194), ⟨10.1126/science.1249721⟩
Article dans une revue hal-02638189v1
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A reference sequence of wheat chromosome 3B

 Frédéric Choulet , Adriana A. Alberti , Sébastien Theil , Natasha Marie Glover , Valérie Barbe , et al.
22. Conference on Plant and Animal Genome, Jan 2014, San Diego, United States
Communication dans un congrès hal-02742303v1
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The role of transposable elements on gene expression regulation in maize and its response to drought

 Maud Fagny , Véronique Jamilloux , Johann Joets , Clémentine Vitte
22nd national congress on transposable elements, Jul 2019, Lyon, France
Poster de conférence hal-04330779v1
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URGI genome annotation system:an integrated system for structural and functional genome annotation

 Joelle J. Amselem , Michael Alaux , Nathalie Choisne , Nicolas Lapalu , Baptiste Brault , et al.
12. Edition du colloque JOBIM : Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jun 2011, Paris, France. 2 p
Communication dans un congrès hal-01019754v1

Genome interplay in the grain transcriptome of hexaploid bread wheat

 Matthias Pfeifer , Karl G. Kugler , Simen R. Sandve , Bujie Zhan , Heidi Rudi , et al.
Science, 2014, 345 (6194), pp.287-287. ⟨10.1126/science.1250091⟩
Article dans une revue hal-02889033v1

REPET v3.0

 Véronique Jamilloux , Françoise Alfama-Depauw , Johann Confais , Mariène Wan , Agnes Baud , et al.
2019
Logiciel hal-02790461v1
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IWGSC sequence repository : how to facilitate pseudomolecule assembly?

 Michael M. Alaux , Frédéric Choulet , Loïc Couderc , Françoise F. Alfama-Depauw , Véronique Jamilloux , et al.
PAG XXIII - Plant and Animal Genome Conference, Jan 2015, San Diego, United States
Communication dans un congrès hal-02741662v1

Ancient hybridizations among the ancestral genomes of bread wheat

 T. Marcussen , S. Sandve , L. Heier , M. Spannagl , M. Pfeifer , et al.
Science, 2014, 345 (6194), pp.1250092-1250092. ⟨10.1126/science.1250092⟩
Article dans une revue hal-02889053v1
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Mining plant genomic and genetic data using the GnpIS information system

 Anne-Francoise Adam-Blondon , Michael Alaux , Sophie Durand , Thomas Letellier , Guillaume Merceron , et al.
Aalt D.J van Dijk. Plant Genomics Databases. Methods and Protocols, 1533, Springer, 2017, Methods in Molecular Biology, 978-1-4939-6658-5. ⟨10.1007/978-1-4939-6658-5_5⟩
Chapitre d'ouvrage hal-03206731v1
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Population-scale long-read sequencing uncovers transposable elements associated with gene expression variation and adaptive signatures in Drosophila

 Gabriel Rech , Santiago Radío , Sara Guirao-Rico , Laura Aguilera , Vivien Horvath , et al.
Nature Communications, 2022, 13 (1), pp.1-16. ⟨10.1038/s41467-022-29518-8⟩
Article dans une revue hal-03807727v1

Transposable Elements in the Genome of the Lichen-Forming Fungus Umbilicaria pustulata and Their Distribution in Different Climate Zones along Elevation

 Francesco Dal Grande , Véronique Jamilloux , Nathalie Choisne , Anjuli Calchera , Gregor Rolshausen , et al.
Biology, 2022, 11 (1), pp.24. ⟨10.3390/biology11010024⟩
Article dans une revue hal-03508049v1

A chromosome-based draft sequence of the hexaploid bread wheat (Triticum aestivum) genome

 . International Wheat Genome Sequencing Consortium (iwgsc) , Michael M. Alaux , Françoise F. Alfama-Depauw , Frédéric Choulet , Loïc Couderc , et al.
Science, 2014, 345 (6194), pp.1251788. ⟨10.1126/science.1251788⟩
Article dans une revue hal-02640843v1
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Use cases and improvements of REPET package : pipeline and tools to identify and annotate TEs in genomic sequences

 Véronique Jamilloux , Olivier Inizan , Sandie Arnoux , Timothée Flutre , Claire Hoede , et al.
17. Congrès National des Elements Transposables, Jul 2011, Lyon, France. 2011
Poster de conférence hal-01190364v1

Development of genomic resources to study the structure, function and evolution of the oak genome

 Christophe Plomion , Joelle J. Amselem , Jean-Marc Aury , Catherine Bodenes , Emilie Chancerel , et al.
IUFRO working group "Genetics of Quercus and Nothofagus", Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UMR Biodiversité, Gènes et Communautés (1202)., Oct 2012, Bordeaux, France. 1 p
Communication dans un congrès hal-01019850v1
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