Vanina BENOIT
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Présentation
A l’Inra depuis 2001, d’abord en CDD sur des projets scientifiques en rapport avec les biotechnologies, j’ai été recrutée en 2003. Je suis actuellement en charge des activités de **génotypage** conduites dans l’unité. A ce titre, je développe et mets au point les protocoles pour détecter plusieurs types de **marqueurs moléculaires** sur différentes espèces forestières et à partir de différents tissus. J’interviens également dans la coordination des activités de génotypage réalisées sur des plateformes externes pour le compte de l’UMR BioForA.
En pratique, j’organise les campagnes de marquage réalisées dans l’unité. Avec l’aide d’une technicienne, [Corinne Buret](https://www6.val-de-loire.inra.fr/biofora/Personnel/Permanents/BURET-Corinne), nous récoltons sur le terrain les tissus à analyser, stockons et préparons les échantillons au laboratoire, réalisons les manipulations et validons les résultats obtenus. Ensuite, j’effectue les premières étapes d’analyse des données : **validation de génotypes, recherche de paternité, calculs de diversité génétique.**
Les marqueurs moléculaires que nous utilisons en routine sont majoritairement des marqueurs de type **[microsatellites](https://www.gnis-pedagogie.org/biotechnologie-amelioration-marqueur-microsatellite.html)**. Après amplification de l’ADN, la détection de ces marqueurs est réalisée à l’aide d’un séquenceur Applied Biosystem 3500. Nous travaillons principalement sur le peuplier, le mélèze, le frêne, le pin sylvestre et le merisier. Nous avons obtenu pour ces espèces de nombreuses données de référence.
Au laboratoire, j’encadre les stagiaires de tous niveaux : BTS, Master, thèse. Je suis aussi impliquée dans la mise en place d’un TD de génétique auprès des Master 1 Agrosciences de l’université d’Orléans.
Je suis également la **personne référente qualité** de notre unité. Dans ce cadre, j’assure l’animation de groupes de travail, l’accès aux différents documents qualité et le suivi des appareils soumis à métrologie.
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Genetic mapping of resistance factors to Melamspora sp in Populus sp: a reviewSéminaire interne de l'Université d'Helsinki, Apr 2018, Helsinki, Finland
Communication dans un congrès
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Survey of genetic diversity in European Populus breeding programsINUPRAG Meeting 2018, Jun 2018, Barcelone, Spain
Communication dans un congrès
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A new Genomic resource for Populus nigra and its deployment for genetic studiesIUFRO Genomics and Forest Tree Genetics, May 2016, Arcachon, France
Communication dans un congrès
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Napoleonian legacy in Populus nigra populationsIUFRO Genomics and Forest Tree Genetics, May 2016, Arcachon, France
Communication dans un congrès
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Intérêts d’approches génomiques complémentaires pour l’analyse de la diversité génétique fonctionnelle de populations naturelles de Peuplier NoirColloque EPGV 2014 "Détection, Gestion et Analyse du Polymorphisme des Génomes Végétaux", Jun 2014, Evry, France. 17 p
Communication dans un congrès
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Diversité moléculaire de la région chromosomique contrôlant la résistance à la rouille foliaire dans les collections de peupliersColloque FRB : Les Ressources Génétiques (RG) face aux nouveaux enjeux environnementaux, économiques et sociétaux, Sep 2011, Montpellier, France. 84 p
Communication dans un congrès
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Breeding poplars with durable resistance to Melampsora larici-populina leaf rust : a multidisciplinary approach to understand and delay pathogen adaptation4. International Workshop on the Genetics of Host-Parasite Interactions in Forestry : "Disease and Insect Resistance in Forest Trees", United States Department of Agriculture - USDA (USA) (USDA). Forest service, Ville service, USA., Jul 2011, Eugene, Oregon, United States. 112 p
Communication dans un congrès
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Towards broad-spectrum resistance to Melampsora larici-populina rust in poplar: new genetic constructions and potential adaptation of the pathogen5. International Poplar Symposium;IPS V, Sep 2010, Orvieto, Italy
Communication dans un congrès
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Flowering phenology as an essential parameter for pollen flow modelling in Populus nigra L.5. International Poplar Symposium;IPS V, Sep 2010, Orvieto, Italy
Communication dans un congrès
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Joint transcriptomic and proteomic approaches to precise the molecular basis of a major QTL (RUS) controlling quantitative rust resistance in poplarPlant genomics and beyond, Jul 2009, Evry, France
Communication dans un congrès
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Genetic and physical mapping of RUS, a major QTL controlling rust resistance in poplarPlant genomics and beyond, Jul 2009, Evry, France
Communication dans un congrès
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An integrated genetic and physical map of chromosome XIX in poplar2009 IUFRO Tree Biotechnology Conference, Jun 2009, Whistler, BC, Canada
Communication dans un congrès
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Association mapping of resistance to rust disease in poplarPopulation genetics and genomics of forest trees : from gene function to evolutionary dynamics and conservation; A joint conference of IUFRO working groups 2.04.01 (population, ecological and conservation genetics) and 2.04.10 (genomics), and COST Action E-28 (genosilva : european forest genomics network), Oct 2006, Madrid, Spain
Communication dans un congrès
hal-02758391v1
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Vers le clonage positionnel d'un facteur de résistance quantitative à Melampsora larici-populina chez le peuplier9. Journées du Groupe de Biologie Moléculaire des Ligneux, Mar 2006, Orléans, France
Communication dans un congrès
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Stratégies raisonnées d'échantillonnage pour capturer la diversité génétique et sa structuration dans les populations naturelles - Application aux mesures de gestion conservatoire.6. colloque national du BRG, Oct 2006, La Rochelle, France
Communication dans un congrès
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Linkage mapping and QTL analysis for growth of young Pseudotsuga menziesii plantsSustainable Forestry, Wood products and Biotechnology, BIOFOR 02, Nov 2002, Vitoria-Gasteiz, Spain
Communication dans un congrès
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BSA-Seq : An efficient tool to characterize loci involved in the Poplar leaf rust resistance.7. International Poplar Symposium (IPS VII), Oct 2018, Buenos Aires, Brazil. , 2018, IPS VII Poster Presentations
Poster de conférence
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BSA-Seq : an efficient method to decipher a complex trait on Poplar, a highly heterozygous diploid genomePoster de conférence hal-02736419v1 |
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A systems biology approach for identifying candidate genes involved in the natural variability of biomass yield and chemical properties in black poplarIUFRO Genomics and Forest Tree Genetics, May 2016, Arcachon, France. , 2016, IUFRO Genomics and Forest Tree Genetics. Book of Abstract
Poster de conférence
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Back to the wild: identification and genetic mapping of resistance factors to Melampsora larici-populina in Populus nigra5. International Workshop on the Genetics of Tree-Parasite Interactions, Aug 2015, Orléans, France. , 2015, 5th International Workshop on the Genetics of Tree-Parasite Interactions. Book of abstracts
Poster de conférence
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Are patterns of Populus nigra geographical differentiation for resistance to Melampsora larici-populina dependent of genetic variation of the pathogen populations?5. International Workshop on the Genetics of Tree-Parasite Interactions, Aug 2015, Orléans, France. , 2015, 5th International Workshop on the Genetics of Tree-Parasite Interactions. Book of abstracts
Poster de conférence
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Genetic architecture of quantitative Melampsora larici-populina leaf rust resistance in poplarsIUFRO Joint conference: Genetics of Five-Needle Pines, Rusts of Forest Trees, & Strobusphere, Jun 2014, Fort Collins, Colorado, United States. 2014
Poster de conférence
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Exploration of Populus nigra L. genetic variation for partial resistance against the co-adapted pathogen Melampsora larici-populinaInternational Poplar Symposium (IPS-VI), Jul 2014, Vancouver, British Columbia, Canada. , 2014, IPS VI
Poster de conférence
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Identification, cibles et diversité de régulateurs expressionnels majeurs impliqués dans la production de biomasse chez le peuplierSéminaire AIP Bio-ressources, Feb 2013, Paris, France. 2013, ⟨10.13140/RG.2.1.3449.0403⟩
Poster de conférence
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Development and validation of a 12K SNP chip genotyping array for association genetics in Populus nigra using genome‐wide resequencing dataFinal Conference Noveltree "Tree Breeding, Genomics and Evolutionary Biology", Oct 2012, Helsinki, Finland. , 2012, Final Conference Noveltree "Tree Breeding, Genomics and Evolutionary Biology : new synergies to tackle the impact of climate change in the 21st century"
Poster de conférence
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A case study in marker‐assisted breeding for disease resistanceFinal Conference Noveltree project "Tree Breeding, Genomics and Evolutionary Biology", Oct 2012, Helsinki, Finland. , 2012, Final Conference Noveltree "Tree Breeding, Genomics and Evolutionary Biology : new synergies to tackle the impact of climate change in the 21st century"
Poster de conférence
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Diversité moléculaire de la région chromosomique contrôlant la résistance à la rouille foliaire dans les collections de peupliersColloque FRB : Les Ressources Génétiques (RG) face aux nouveaux enjeux environnementaux, économiques et sociétaux, Sep 2011, Montpellier, France. Fondation pour la Recherche sur la Biodiversité, 84 p., 2011, Les ressources génétiques face aux nouveaux enjeux environnementaux, économiques et sociaux
Poster de conférence
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Les gènes supports de l’hérédité et mémoire de l’évolutionFête de la Science, Nov 2009, Orléans, France. 2009
Poster de conférence
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INTERPOPGER: Interactions between natural and artificial poplar stands and selection pressures associated with their management in French landscape. Poster.Population genetics and genomics of forest trees : from gene function to evolutionary dynamics and conservation; A joint conference of IUFRO working groups 2.04.01 (population, ecological and conservation genetics) and 2.04.10 (genomics), and COST Action E-28 (genosilva : european forest genomics network), Oct 2006, Madrid, Spain. 1 p., 2006, Population genetics and genomics of forest trees: from gene function to evolutionary dynamics and conservation. Programme and conference abstract book
Poster de conférence
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Candidate QTLs for durable resistance to Melampsora larici-populina leaf rust identified in hybrid poplars.10.Plant and Animal Genome (PAG), Jan 2002, San Diego, United States. 2002
Poster de conférence
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Préparation de la sortie variétale de 3 clones euraméricains et poursuite de l'évaluation de clones interaméricains, de clones P. trichocarpa et de nouveaux hybrides P. trichocarpa x P. maximowiczii. Rapport Final[Rapport Technique] INRAE; FCBA; ONF - PNRGF Guémené-Penfao. 2020
Rapport
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Evaluation avancée des hybrides euraméricains et interaméricains créés par le GIS et suivi des 4 variétés P. deltoides homologuées en 2013[Contrat] n° E 18 / 2014, Institut Technologique Forêt Cellulose Bois-Construction Ameublement (FCBA); Institut National de Recherche en Sciences et Technologies pour l'Environnement et l'Agriculture (IRSTEA); Office National des Forêts (ONF). 2015
Rapport
hal-02797289v1
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INTERPOPGER Interactions entre peupleraies naturelles et cultivées et pressions évolutives liées à leurs modes de gestion. Bilan scientifique 2005‐20082008
Rapport
hal-02824228v1
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