Accéder directement au contenu

Vanina BENOIT

38
Documents

Présentation

A l’Inra depuis 2001, d’abord en CDD sur des projets scientifiques en rapport avec les biotechnologies, j’ai été recrutée en 2003. Je suis actuellement en charge des activités de **génotypage** conduites dans l’unité. A ce titre, je développe et mets au point les protocoles pour détecter plusieurs types de **marqueurs moléculaires** sur différentes espèces forestières et à partir de différents tissus. J’interviens également dans la coordination des activités de génotypage réalisées sur des plateformes externes pour le compte de l’UMR BioForA. En pratique, j’organise les campagnes de marquage réalisées dans l’unité. Avec l’aide d’une technicienne, [Corinne Buret](https://www6.val-de-loire.inra.fr/biofora/Personnel/Permanents/BURET-Corinne), nous récoltons sur le terrain les tissus à analyser, stockons et préparons les échantillons au laboratoire, réalisons les manipulations et validons les résultats obtenus. Ensuite, j’effectue les premières étapes d’analyse des données : **validation de génotypes, recherche de paternité, calculs de diversité génétique.** Les marqueurs moléculaires que nous utilisons en routine sont majoritairement des marqueurs de type **[microsatellites](https://www.gnis-pedagogie.org/biotechnologie-amelioration-marqueur-microsatellite.html)**. Après amplification de l’ADN, la détection de ces marqueurs est réalisée à l’aide d’un séquenceur Applied Biosystem 3500. Nous travaillons principalement sur le peuplier, le mélèze, le frêne, le pin sylvestre et le merisier. Nous avons obtenu pour ces espèces de nombreuses données de référence. Au laboratoire, j’encadre les stagiaires de tous niveaux : BTS, Master, thèse. Je suis aussi impliquée dans la mise en place d’un TD de génétique auprès des Master 1 Agrosciences de l’université d’Orléans. Je suis également la **personne référente qualité** de notre unité. Dans ce cadre, j’assure l’animation de groupes de travail, l’accès aux différents documents qualité et le suivi des appareils soumis à métrologie.

Publications

catherine-bastien
Image document

RNAseq based variant dataset in a black poplar association panel

Odile Rogier , Aurélien Chateigner , Marie-Claude Lesage-Descauses , Claire Mandin , Véronique Brunaud
BMC Research Notes, 2023, 16, pp.248. ⟨10.1186/s13104-023-06521-w⟩
Article dans une revue hal-04225417v1

New resources for genetic studies in Populus nigra: genome-wide SNP discovery and development of a 12k Infinium array

Patricia P. Faivre-Rampant , Giusi Zaina , Véronique V. Jorge , Stefania Giacomello , Vincent Segura
Molecular Ecology Resources, 2016, 16 (4), pp.1023-1036. ⟨10.1111/1755-0998.12513⟩
Article dans une revue hal-02636258v1

Post-pollination paternal reproductive success in [i]Populus nigra[/i]: a male affair

Arnaud Dowkiw , Nicolas Chenault , Vanina Guérin , Christophe Borel , Catherine Bastien
Tree Genetics and Genomes, 2014, 10 (3), pp.565-572. ⟨10.1007/s11295-014-0704-6⟩
Article dans une revue hal-01268713v1
Image document

Aptitude au contournement d’un gène majeur de résistance quantitative à Melampsora larici-populina : dispositif de criblage rapide, constitution de collections de souches et fréquence du phénomène

Arnaud A. Dowkiw , Pascal Frey , Virginie Diévart , Axelle Andrieux , Constance Xhaard
Innovations Agronomiques, 2014, 35, pp.39-47
Article dans une revue hal-02629623v1

Qualitative and quantitative resistances to leaf rust finely mapped within two nucleotide-binding site leucine-rich repeat (NBS-LRR)-rich genomic regions of chromosome 19 in poplar

Alois Bresson , Véronique V. Jorge , Arnaud A. Dowkiw , Vanina Guérin , Isabelle Bourgait
New Phytologist, 2011, 192 (1), pp.151-163. ⟨10.1111/j.1469-8137.2011.03786.x⟩
Article dans une revue hal-02652374v1
Image document

Genetic mapping of resistance factors to Melamspora sp in Populus sp: a review

Véronique Jorge , Alois Bresson , Arnaud Dowkiw , Patricia Faivre-Rampant , Brigitte Viguier
Séminaire interne de l'Université d'Helsinki, Apr 2018, Helsinki, Finland
Communication dans un congrès hal-02787407v1
Image document

Survey of genetic diversity in European Populus breeding programs

Véronique Jorge , Arnaud Dowkiw , Patricia Faivre-Rampant , Marc Villar , Marie Pegard
INUPRAG Meeting 2018, Jun 2018, Barcelone, Spain
Communication dans un congrès hal-02789044v1
Image document

A new Genomic resource for Populus nigra and its deployment for genetic studies

Patricia P. Faivre-Rampant , Véronique V. Jorge , Giusi Zaina , Stefania Giacomello , Vincent Segura
IUFRO Genomics and Forest Tree Genetics, May 2016, Arcachon, France
Communication dans un congrès hal-02743801v1
Image document

Napoleonian legacy in Populus nigra populations

Véronique V. Jorge , Patricia P. Faivre-Rampant , Vanina Guérin , Marie-Christine Le Paslier , Aurélie A. Berard
IUFRO Genomics and Forest Tree Genetics, May 2016, Arcachon, France
Communication dans un congrès hal-02742776v1
Image document

Intérêts d’approches génomiques complémentaires pour l’analyse de la diversité génétique fonctionnelle de populations naturelles de Peuplier Noir

Catherine Bastien , Véronique V. Jorge , Vincent Segura , Christelle Aluome , Vanina Guérin
Colloque EPGV 2014 "Détection, Gestion et Analyse du Polymorphisme des Génomes Végétaux", Jun 2014, Evry, France. 17 p
Communication dans un congrès hal-02801095v1
Image document

Diversité moléculaire de la région chromosomique contrôlant la résistance à la rouille foliaire dans les collections de peupliers

Patricia P. Faivre-Rampant , Alois Bresson , Véronique V. Jorge , Arnaud A. Dowkiw , Redouane R. El-Malki
Colloque FRB : Les Ressources Génétiques (RG) face aux nouveaux enjeux environnementaux, économiques et sociétaux, Sep 2011, Montpellier, France. 84 p
Communication dans un congrès hal-02750107v1
Image document

Breeding poplars with durable resistance to Melampsora larici-populina leaf rust : a multidisciplinary approach to understand and delay pathogen adaptation

Arnaud A. Dowkiw , Catherine Bastien , Véronique V. Jorge , Marc M. Villar , Elodie Voisin
4. International Workshop on the Genetics of Host-Parasite Interactions in Forestry : "Disease and Insect Resistance in Forest Trees", United States Department of Agriculture - USDA (USA) (USDA). Forest service, Ville service, USA., Jul 2011, Eugene, Oregon, United States. 112 p
Communication dans un congrès hal-02748005v1
Image document

Towards broad-spectrum resistance to Melampsora larici-populina rust in poplar: new genetic constructions and potential adaptation of the pathogen

Catherine Bastien , Arnaud A. Dowkiw , Véronique V. Jorge , Elodie Voisin , Vanina Guérin
5. International Poplar Symposium;IPS V, Sep 2010, Orvieto, Italy
Communication dans un congrès hal-02753480v1
Image document

Flowering phenology as an essential parameter for pollen flow modelling in Populus nigra L.

Nicolas Chenault , Etienne K. Klein , Mary Juteau , Véronique V. Jorge , Marc M. Villar
5. International Poplar Symposium;IPS V, Sep 2010, Orvieto, Italy
Communication dans un congrès hal-02758137v1

Joint transcriptomic and proteomic approaches to precise the molecular basis of a major QTL (RUS) controlling quantitative rust resistance in poplar

Véronique V. Jorge , Sébastien Duplessis , Céline C. Lalanne , Alois Bresson , Arnaud A. Dowkiw
Plant genomics and beyond, Jul 2009, Evry, France
Communication dans un congrès hal-02756173v1

Genetic and physical mapping of RUS, a major QTL controlling rust resistance in poplar

Alois Bresson , Véronique V. Jorge , Arnaud A. Dowkiw , Isabelle Bourgait , Vanina Guérin
Plant genomics and beyond, Jul 2009, Evry, France
Communication dans un congrès hal-02758455v1

An integrated genetic and physical map of chromosome XIX in poplar

Alois Bresson , Frederique Bitton , Charlotte C. Renne , Serena Morcx , Véronique V. Jorge
2009 IUFRO Tree Biotechnology Conference, Jun 2009, Whistler, BC, Canada
Communication dans un congrès hal-02757493v1
Image document

Association mapping of resistance to rust disease in poplar

Patricia P. Faivre-Rampant , Alois Bresson , Nathalie N. Boudet , Louisa Bataille , Abdelhafid A. Bendahmane
Population genetics and genomics of forest trees : from gene function to evolutionary dynamics and conservation; A joint conference of IUFRO working groups 2.04.01 (population, ecological and conservation genetics) and 2.04.10 (genomics), and COST Action E-28 (genosilva : european forest genomics network), Oct 2006, Madrid, Spain
Communication dans un congrès hal-02758391v1

Vers le clonage positionnel d'un facteur de résistance quantitative à Melampsora larici-populina chez le peuplier

Véronique V. Jorge , Catherine Bastien , Louisa Bataille , Alois Bresson , Paul P. Chalhoub
9. Journées du Groupe de Biologie Moléculaire des Ligneux, Mar 2006, Orléans, France
Communication dans un congrès hal-02751192v1
Image document

Stratégies raisonnées d'échantillonnage pour capturer la diversité génétique et sa structuration dans les populations naturelles - Application aux mesures de gestion conservatoire.

Stéphanie Brachet , Catherine Bastien , Isabelle Bilger , Corinne Buret , Jean Dufour
6. colloque national du BRG, Oct 2006, La Rochelle, France
Communication dans un congrès hal-02757653v1
Image document

Linkage mapping and QTL analysis for growth of young Pseudotsuga menziesii plants

Kalashikam Rajender Rao , Virginie Acheré , Catherine Bastien , Jean-Charles Bastien , Vanina Guérin
Sustainable Forestry, Wood products and Biotechnology, BIOFOR 02, Nov 2002, Vitoria-Gasteiz, Spain
Communication dans un congrès hal-02762427v1
Image document

BSA-Seq : An efficient tool to characterize loci involved in the Poplar leaf rust resistance.

Aurelie Canaguier , Véronique Jorge , Vanina Guérin , Odile Rogier , Isabelle Le Clainche
7. International Poplar Symposium (IPS VII), Oct 2018, Buenos Aires, Brazil. , 2018, IPS VII Poster Presentations
Poster de conférence hal-02737648v1
Image document

BSA-Seq : an efficient method to decipher a complex trait on Poplar, a highly heterozygous diploid genome

Aurelie Canaguier , Véronique Jorge , Vanina Guérin , Odile Rogier , Vincent Segura
PAG XXVI - Plant and Animal Genome Conference, Jan 2018, San Diego, United States. , 1 p., 2018
Poster de conférence hal-02736419v1
Image document

A systems biology approach for identifying candidate genes involved in the natural variability of biomass yield and chemical properties in black poplar

Vincent Segura , Marie-Claude Lesage Descauses , Jean-Paul Charpentier , Kévin Kinkel , Claire Mandin
IUFRO Genomics and Forest Tree Genetics, May 2016, Arcachon, France. , 2016, IUFRO Genomics and Forest Tree Genetics. Book of Abstract
Poster de conférence hal-01456004v1
Image document

Back to the wild: identification and genetic mapping of resistance factors to Melampsora larici-populina in Populus nigra

Véronique Jorge , Arnaud Dowkiw , Redouane El Malki , Elise Albert , Marie Pégard
5. International Workshop on the Genetics of Tree-Parasite Interactions, Aug 2015, Orléans, France. , 2015, 5th International Workshop on the Genetics of Tree-Parasite Interactions. Book of abstracts
Poster de conférence hal-01269239v1
Image document

Are patterns of Populus nigra geographical differentiation for resistance to Melampsora larici-populina dependent of genetic variation of the pathogen populations?

Catherine Bastien , Arnaud Dowkiw , Patricia Faivre-Rampant , Elise Albert , Marc Villar
5. International Workshop on the Genetics of Tree-Parasite Interactions, Aug 2015, Orléans, France. , 2015, 5th International Workshop on the Genetics of Tree-Parasite Interactions. Book of abstracts
Poster de conférence hal-01269242v1

Genetic architecture of quantitative Melampsora larici-populina leaf rust resistance in poplars

Véronique Jorge , Arnaud Dowkiw , Redouane El Malki , Vincent Segura , Vanina Guérin
IUFRO Joint conference: Genetics of Five-Needle Pines, Rusts of Forest Trees, & Strobusphere, Jun 2014, Fort Collins, Colorado, United States. 2014
Poster de conférence hal-01268622v1
Image document

Exploration of Populus nigra L. genetic variation for partial resistance against the co-adapted pathogen Melampsora larici-populina

Catherine Bastien , Redouane El Malki , Arnaud Dowkiw , Patricia Faivre-Rampant , Elise Albert
International Poplar Symposium (IPS-VI), Jul 2014, Vancouver, British Columbia, Canada. , 2014, IPS VI
Poster de conférence hal-01268616v1
Image document

Identification, cibles et diversité de régulateurs expressionnels majeurs impliqués dans la production de biomasse chez le peuplier

Véronique V. Jorge , Jean-Charles Leplé , Vincent Segura , Marie-Claude Lesage Descauses , Redouane El Malki
Séminaire AIP Bio-ressources, Feb 2013, Paris, France. 2013, ⟨10.13140/RG.2.1.3449.0403⟩
Poster de conférence hal-02807304v1
Image document

Development and validation of a 12K SNP chip genotyping array for association genetics in Populus nigra using genome‐wide resequencing data

Patricia Faivre-Rampant , Giusi Zaina , Simone Scalabrin , Véronique Jorge , Vincent Segura
Final Conference Noveltree "Tree Breeding, Genomics and Evolutionary Biology", Oct 2012, Helsinki, Finland. , 2012, Final Conference Noveltree "Tree Breeding, Genomics and Evolutionary Biology : new synergies to tackle the impact of climate change in the 21st century"
Poster de conférence hal-01268730v1
Image document

A case study in marker‐assisted breeding for disease resistance

Helene Muranty , Véronique Jorge , Arnaud Dowkiw , Vanina Guérin , Patricia Faivre-Rampant
Final Conference Noveltree project "Tree Breeding, Genomics and Evolutionary Biology", Oct 2012, Helsinki, Finland. , 2012, Final Conference Noveltree "Tree Breeding, Genomics and Evolutionary Biology : new synergies to tackle the impact of climate change in the 21st century"
Poster de conférence hal-01268642v1
Image document

Diversité moléculaire de la région chromosomique contrôlant la résistance à la rouille foliaire dans les collections de peupliers

Alois Bresson , Véronique V. Jorge , Arnaud A. Dowkiw , Redouane R. El-Malki , Vincent Segura
Colloque FRB : Les Ressources Génétiques (RG) face aux nouveaux enjeux environnementaux, économiques et sociétaux, Sep 2011, Montpellier, France. Fondation pour la Recherche sur la Biodiversité, 84 p., 2011, Les ressources génétiques face aux nouveaux enjeux environnementaux, économiques et sociaux
Poster de conférence hal-02749127v1
Image document

Les gènes supports de l’hérédité et mémoire de l’évolution

Véronique Jorge , Catherine Bastien , Olivier Bertel , Vanina Guérin , Leopoldo Sanchez Rodriguez
Fête de la Science, Nov 2009, Orléans, France. 2009
Poster de conférence hal-02818609v1
Image document

INTERPOPGER: Interactions between natural and artificial poplar stands and selection pressures associated with their management in French landscape. Poster.

Véronique V. Jorge , Arnaud A. Dowkiw , Mary Juteau , Vanina Guérin , Patrick Poursat
Population genetics and genomics of forest trees : from gene function to evolutionary dynamics and conservation; A joint conference of IUFRO working groups 2.04.01 (population, ecological and conservation genetics) and 2.04.10 (genomics), and COST Action E-28 (genosilva : european forest genomics network), Oct 2006, Madrid, Spain. 1 p., 2006, Population genetics and genomics of forest trees: from gene function to evolutionary dynamics and conservation. Programme and conference abstract book
Poster de conférence hal-02755567v1
Image document

Candidate QTLs for durable resistance to Melampsora larici-populina leaf rust identified in hybrid poplars.

Arnaud Dowkiw , Véronique Jorge , Patricia Faivre-Rampant , Marie-Claude Lesage Descauses , Vanina Guérin
10.Plant and Animal Genome (PAG), Jan 2002, San Diego, United States. 2002
Poster de conférence hal-02762337v1