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Valérie LABAS
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Documents
Identifiants chercheurs
- valerie-labas
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Présentation
Après un parcours universitaire en physiologie animale, microbiologie et biochimie, j’ai obtenu un DEA « Structure et système biologique intégré » en1999 à l'Université d'Orsay (Paris XI).
J’ai intégré le CNRS en 1999 à l'ESPCI Paris Tech en tant qu’ingénieur d’Etudes en Protéomique. Après 6 ans, en 2005, j’ai engagé une mobilité pour intégrer l’UMR PRC du Centre de recherche INRAE Val de Loire. Par voie de concours interne en 2007, j’ai intégré l’INRA en tant qu’Ingénieur de Recherche et évolué à différents postes de responsabilité au sein des plates-formes (PPAF >PAIB2>CIRE>PIXANIM). Actuellement, je suis directrice adjointe de la plate-forme PIXANIM (certifiée ISO 9001 v 2015, labellisée IBiSa).
Mon domaine d'expertise est la spectrométrie de masse appliquée à la protéomique et plus récemment, depuis 2015, à la lipidomique. Mon activité porte sur la spectrométrie de masse en tandem à haute résolution couplée à la nano-chromatographie liquide (spectromètre de masse LTQ VelosPro Orbitrap, Thermofisher) et la spectrométrie de masse MALDI-TOF (RapifleX, Bruker daltonics).
En tant que responsable scientifique dans mon domaine d’expertise, je participe à la réalisation de ≈ 60 projets/an d’envergure régionale, nationale européenne et internationale dans le cadre de la recherche (projets Région Centre, ANR et Européens) et de l’innovation (2 projets de pré-maturation, projet de création d’une start-up).
Pour mener à bien ces projets, j’emploie différentes stratégies analytiques :
1\) phénotypage moléculaire par MALDI-TOF à partir de l’analyse directe protéomique/lipidomique de fluides biologiques ou de cellules entières eucaryotes supérieures en association avec du « machine learning » pour la création de tests diagnostics en intelligence artificielle ;
2\) le phénotypage tissulaire ou imagerie moléculaire par MALDI-TOF à partir de coupes de tissus ;
3\) les approches Top-down pour l’identification des molécules endogènes intactes et entières (analyse structurale des protéines ou lipides) et ;
4\) les approches classiques de protéomique qualitative et quantitative de type label-free par bottom-up.
After a university training in animal physiology, microbiology and biochemistry, I obtained a DEA (post-graduate diploma) in "Structure and integrated biological system" in 1999 at the University of Orsay (Paris XI).
I joined the CNRS in 1999 at the ESPCI Paris Tech as an engineer in Proteomics. After 6 years, in 2005, I moved to the UMR PRC of the INRAE Val de Loire Research Centre. In 2007, I joined INRAE as a Research Engineer and held various positions of responsibility within the platforms (PPAF >PAIB2>CIRE>PIXANIM). Currently, I am deputy director of the PIXANIM platform (ISO 9001 v 2015 certified, IBiSa labelled).
My field of expertise is mass spectrometry applied to proteomics and more recently, since 2015, to lipidomics. My activity focuses on high resolution tandem mass spectrometry coupled to liquid nano-chromatography (LTQ VelosPro Orbitrap mass spectrometer, Thermofisher) and MALDI-TOF mass spectrometry (RapifleX, Bruker daltonics).
I participate in the realization of ≈ 60 projects/year of regional, national, European and international scope in the framework of research (Région Centre, ANR and European projects) and innovation (2 pre-maturation projects, start-up project).
To carry out these projects, I use different analytical strategies:
1\) molecular phenotyping by MALDI-TOF from direct proteomic/lipidomic analysis of biological fluids or higher eukaryotic whole cells in combination with machine learning for the creation of diagnostic tests in artificial intelligence;
2\) Tissue phenotyping or molecular imaging by MALDI-TOF from tissue sections;
3\) Top-down approaches for the identification of intact and whole endogenous molecules (structural analysis of proteins or lipids) and
4\) classical bottom-up label-free qualitative and quantitative proteomics approaches.
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Welfare barriers and levers for improvement in organic and low-input outdoor pig and poultry production systems74. Annual meeting of the european federation of animal science (EAAP 2023), EAAP, Aug 2023, Lyon, France. pp.731
Communication dans un congrès
hal-04198015v1
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Contrôle de la calcification de la coquille selon différentes sources de vitamine D3 : régulation des transferts de calcium et des protéines de la matrice organique dans l'uterus14. Journées de la Recherches Avicoles et Palmipèdes à Foie Gras, Mar 2022, Tours, France
Communication dans un congrès
hal-04217128v1
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The PPILOW project: Innovations improving welfare in low input and organic pig and poultry farms73. Annual meeting of the european federation of animal science (EAAP), EAAP, Sep 2022, Porto, Portugal. pp.350
Communication dans un congrès
hal-04128847v1
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PPILOW: innovations for improving animal welfare and human well-being in low-input outdoor and organic poultry and pig production systemsOne Welfare World Conference, 2021, One Welfare CIC, Sep 2021, Online meeting, Spain. pp.46
Communication dans un congrès
hal-03632430v1
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Identification of extracellular vesicles involved in chicken eggshell biomineralizationXVth Symposium on biomineralization, Sep 2019, Munich, Germany
Communication dans un congrès
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Guinea fowl eggshell structural organization and particular organic matrix protein patterns to decipher its exceptional biomechanical propertiesXVIII European on the quality of eggs and egg products and XXIV European symposium on the quality of poultry meat symposium, Jun 2019, Cezme, Turkey
Communication dans un congrès
hal-02734825v1
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Guinea fowl eggshell structural organization and particular organice matrix protein patterns to decipher its exceptional biomechanical propertiesJournées françaises de la biologie des tissus minéralisés, SFBTM, Jun 2019, Boulogne sur mer, France
Communication dans un congrès
hal-03254659v1
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Change in calcium carbonate mineralogy and in organic matrix proteins quantified by proteomic analysis during the early stages of egg shell mineralization in hens25. World's Poultry Congress 2016, World's Poultry Science Association (WPSA). INT., Sep 2016, Beijing, China
Communication dans un congrès
hal-02742876v1
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About the avian UF proteome: exosomes significance and biological processes in regard to eggshell mineralization, immunity and reproduction25. World's Poultry Congress 2016, World's Poultry Science Association (WPSA). INT., Sep 2016, Beijing, China
Communication dans un congrès
hal-02739212v1
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Sperm storage in female reproductive tract: study of molecules involved41. Annual Conference of the International Embryo Transfer Society, International Embryo Transfer Society (IETS). USA., Jan 2015, Versailles, France
Communication dans un congrès
hal-02741083v1
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Avian eggshell formation: Presence of amorphous calcium carbonate associated with changes in some organic matrix proteins during initiation of mineralisation22. European Symposium on the Quality of Poultry Meat - 16. European Symposium on the Quality of Eggs and Egg Products, May 2015, Nantes, France
Communication dans un congrès
hal-02738484v1
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L’ovalbumin-related protein X (OVAX) est une protéine apparentée à l'ovalbumine qui possède des activités antibactériennes11.Journées de la Recherche Avicole et Palmidèdes à Foie Gras, Apr 2015, Tours, France
Communication dans un congrès
hal-02740850v1
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Quantitative proteomics provides new insights into chicken eggshell matrix protein functions during pivotal stages of shell mineralization13. International Symposium on Biomineralization, Sep 2015, Granada, Spain. résumé 2 p
Communication dans un congrès
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Egg ovalbumins revisited: investigating the specificities of ovalbumin, ovalbumin-related protein X and ovalbumin-related protein YCongres Eggmeat, May 2015, Nantes, France
Communication dans un congrès
hal-02800219v1
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Formation de la coquille de l'oeuf de poule : présence d'une phase de carbonate de calcium amorphe et variation associées de protéines de la matrice organique lors de l'initiation de la minéralisation11. Journées de la Recherche Avicole et Palmipèdes à Foie Gras, Institut Technique de l'Aviculture et des Elevages de Petits Animaux (ITAVI). FRA. Institut National de la Recherche Agronomique (INRA). Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), FRA. World's Poultry Science Association (WPSA). Ecole Nationale Supérieure Agronomique de Toulouse (INPT - ENSAT)., Mar 2015, Tours, France
Communication dans un congrès
hal-02740279v1
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Insights into the structure-function relationship of egg defensinsXIVth European Poultry Conference, World's Poultry Science Association (WPSA). INT., Jun 2014, Stavanger, Norway
Communication dans un congrès
hal-02743609v1
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Sperm storage in female reproductive tract: study of molecules involved12. International Symposium on Spermatology, Association for Animal Andrology. AUS., Aug 2014, Newcastle, Australia
Communication dans un congrès
hal-02738618v1
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Chicken eggshell biomineralization; Structure, composition and role of the organic matrixBiomineralization short courses, Dec 2014, Paris, France. 24 diapositives
Communication dans un congrès
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Functional and structural characterization of egg defensinsBanff Egg Forum, Jun 2014, Wroclaw, Poland. 12 diapositives
Communication dans un congrès
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Quantification and characterization of proteins secreted by uterus during initiation, growth and arrest of eggshell biomineralisation15. European Symposium on the Qaulity og Eggs and Egg Products. 21. European Symposium on the Quality of Poultry Meat, Sep 2013, Bergamo, Italy. 124 p
Communication dans un congrès
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Characterization and quantification of proteins secreted by uterus during initiation, growth and arrest of eggshell biomineralisation12. International Symposium of Biomineralization, Institute of Experimental Physics. DEU., Aug 2013, Frieberg, Germany
Communication dans un congrès
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Analyse du fluide utérin de Gallus gallus par spectrométrie de masse ''bottom up'' : comparaison de deux lignées de poules et effet de l'insémination artificielle26. Colloque Biotechnocentre, Association pour le Développement des Biotechnologies en Région Centre (Biotechnocentre). FRA., Oct 2013, Seillac, France
Communication dans un congrès
hal-02749802v1
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Ovocalyxin-36 and other LBP/BPI/Plunc- like proteins as molecular actors of the mechanism of the avian egg natural defencesProteins with a BPI/LBP/Plunc-like domain: revisiting the old and characterizing the new, Jan 2011, Nottingham, United Kingdom
Communication dans un congrès
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Ovoinhibitor: Tissular specificity and biological activities6. International Symposium in Turquey Production, World's Poultry Science Association (WPSA). Labo/service de l'auteur, Berlin, INT., Jun 2011, Berlin, Germany
Communication dans un congrès
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Ovoinhibiteur : spécificité tissulaire et activités biologiques9. Journées de la Recherche Avicole, Mar 2011, Tours, France
Communication dans un congrès
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Identification de molécules participant à la protection antimicrobienne de l'œuf par analyse protéomique ou transcriptomiqueDemi-journée scientifique : La protéomique et Métabolomique au Service de la Recherche Biomédicale, Jun 2011, Tours, France
Communication dans un congrès
hal-02744556v1
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Identification, purification et caractérisation de la beta-defensine aviaire 11 dans l'oeuf de poule8. Journées de la Recherche Avicole, Mar 2009, Saint-Malo, France
Communication dans un congrès
hal-02753441v1
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Avian beta-defensin 11: Identification, purification and characterization25. Congrès de la Société Française d'Electrophorèse et d'Analyse Protéomique, Oct 2008, Tours, France
Communication dans un congrès
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Use of high-throughput methods to identify novel egg components25. Congrès de la Société d'Electrophorèse et d'Analyse Protéomique, Oct 2008, Tours, France
Communication dans un congrès
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Identification of putative functional proteins in chicken eggshell23. World's Poultry Congress, Jun 2008, Brisbane, Australia
Communication dans un congrès
hal-02757962v1
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Identification of the precursor form of chicken matrix metalloprotease 2 (pro-MMP-2) in hen egg18. European Symposium on the Quality of Poultry Meat, Sep 2007, Prague, Czech Republic
Communication dans un congrès
hal-02756540v1
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Influence of eggshell matrix proteins on the precipitation of calcium carbonate (CaCO3)15. International Conference on Crystal Growth (ICCG-15) in conjonction with the International Conference on Vapor Growth and Epitaxy and the US Biennial Workshop on Organometallic Vapor Phase Epitaxy, Aug 2007, Salt Lake City, United States
Communication dans un congrès
hal-02754060v1
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Identification et caractérisation de la métalloprotéase matricielle de type 2 (pro-MMP-2) dans l'oeuf de poule5. Colloque du groupe thématique "Protéolyse Cellulaire" SFBBM, Mar 2007, Seillac, France
Communication dans un congrès
hal-02752979v1
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Identification of matrix metalloprotease 2 (MMP-2) in unfertilized eggFinal Semilnar Cost 923: Multidisciplinary Hen Egg Reseach, Jun 2006, Turku, Finland
Communication dans un congrès
hal-02751278v1
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Guinea fowl eggshell quantitative proteomics yield new findings related to its unique structural characteristics and superior mechanical propertiesXVth Symposium on biomineralization, Sep 2019, Munich, Germany. 2019
Poster de conférence
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Projet PPILOW : des innovations pour améliorer le bien-être des porcs et volailles en élevage et expérimentation en systèmes de production plein air et biologiques à bas intrants (2019-2024)Défis scientifiques Phase, Nov 2019, Rennes, France. pp.83, Recueil des résumés
Poster de conférence
hal-03502878v1
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About the avian UF proteome: exosomes significance and biological processes in regard to eggshell mineralization, immunity and reproduction2. Journées du GdR 3606 Repro, Apr 2017, Tours, France. 75 p., 2017, 2èmes Journées Scientifiques du GdR Repro
Poster de conférence
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Sperm storage in hens: comprehensive proteomic analysis of uterine fluid and SST in relation to fertility lenght2016 Meeting WPSA "Incubation and Fertility Research Group", Dec 2016, Brugge, Belgium. 2016, 2016 Meeting WPSA "Incubation and Fertility Research Group"
Poster de conférence
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Projet OVISPERM : conservation des gamètes mâles dans l'oviducte de poule29e Colloque Biotechnocentre, Oct 2016, Seillac, France. , 97 p., 2016, 29e Colloque Biotechnocentre
Poster de conférence
hal-01602196v1
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About the avian UF proteome: exosomes significance and biological processes in regard to eggshell mineralization, immunity and reproduction2016 Meeting WPSA "Incubation and Fertility Research Group", Dec 2016, Brugge, Belgium. 2016, 2016 Meeting WPSA "Incubation and Fertility Research Group"
Poster de conférence
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Identification de la β-défensine 11 aviaire (AvBD11) dans l’oeuf de cane (Anas platyrhynchos)2. Journées du GDR MuFoPAM « MultiFonction des Peptides antimicrobiens », Oct 2015, Orléans, France. , 2015
Poster de conférence
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Sperm storage in female reproductive tract: study of molecules involved1 Journées du GdR 3606 Repro, Apr 2015, Rennes, France. 105 p., 2015, 1ères Journées Scientifiques du GdR Repro
Poster de conférence
hal-02739803v1
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Proteomic and bioinformatic analysis of avian uterine fluidCongrès français de Spectrométrie de Masse et d'Analyse Protéomique (SMAP 2015), Sep 2015, Ajaccio, France. , 2015, SMAP 2015
Poster de conférence
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Comprehensive proteomic analysis of Gallus gallus uterine fluid31. Scientific Meeting of the AETE, Sep 2015, Ghent, Belgium. Brazilian College of Animal Reproduction, Animal Reproduction, 12 (3), 2015, 31st Scientific Meeting of the AETE
Poster de conférence
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Gallin is a chicken egg beta-defensin with a narrow antibacterial spectrum4. International Symposium on Antimicrobial Peptides, Jun 2014, Lorient, France. 1 p., 2014
Poster de conférence
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Eggshell mineralisation: relationship between in situ observations and organic matrix composition14. European Poultry Conference, Jun 2014, Stavanger, Norway. WPSA, Branche Norvégienne, 2014, XIVth European Poultry Conference
Poster de conférence
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Quantification et caractérisation des protéines sécrétées par l'utérus lors de l'initiation, de la croissance et de l'arrêt de la minéralisation de la coquille d'oeuf de poule10. Journées de la Recherche Avicole et Palmipèdes à Foie Gras, Mar 2013, La Rochelle, France. Journées de la Recherche Avicole, 2013, 10èmes Journées de la Recherche Avicole et Palmipèdes à Foie Gras
Poster de conférence
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Bottom-up analysis of Gallus gallus uterine fluid: comparison of two lines of hens and effect of artificial insemination7. European Proteomics Association Eupa 2013, Oct 2013, Saint Malo, France. 2013, EuPA 2013. Scientific Meeting
Poster de conférence
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Quantification et caractérisation des protéines sécrétées par l'utérus lors de l'initiation, de la croissance et de l'arrêt de la minéralisation de la coquille d'oeuf de poule15. Journées de la Société Française de Biologie des Tissus Minéralisés, May 2013, Poitiers, France. 2013
Poster de conférence
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Utilization of label free spectral counting to quantify the proteins involved in the various phases of chicken eggshell mineralisation29. Journées Françaises de Spectrométrie de Masse (JFSM), Sep 2012, Orléans (FRA), France. , 256 p., 2012, JFSM Orléans 2012
Poster de conférence
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Fraction de protéines et peptides issus du blanc d'oeuf et protéine issue du blanc d'oeuf et leur utilisation comme agent anti-listeriaN° de brevet: WO 2011151407 A1. 2011, 28 p. + annexes
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