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One model fits all: Combining inference and simulation of gene regulatory networks

 Elias Ventre , Ulysse Herbach , Thibault Espinasse , Gérard Benoit , Olivier Gandrillon
PLoS Computational Biology, 2023, 19 (3), pp.e1010962. ⟨10.1371/journal.pcbi.1010962⟩
Article dans une revue hal-04071033v1
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Modélisation stochastique de l’expression des gènes et inférence de réseaux de régulation

 Ulysse Herbach
Mathématiques [math]. Université de Lyon, 2018. Français. ⟨NNT : 2018LYSE1155⟩
Thèse tel-01930398v1

Gene regulatory network inference from single-cell data using a self-consistent proteomic field

 Ulysse Herbach
2021
Pré-publication, Document de travail hal-03370228v1
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Inferring gene regulatory networks from single-cell data: a mechanistic approach

 Ulysse Herbach , Arnaud Bonnaffoux , Thibault Espinasse , Olivier Gandrillon
BMC Systems Biology, 2017, 11 (1), pp.105. ⟨10.1186/s12918-017-0487-0⟩
Article dans une revue hal-01646910v1

Mechanistic modelling of daphnid-algae dynamics within a laboratory microcosm

 Dominique Lamonica , Ulysse Herbach , Frédéric Orias , Bernard Clément , Sandrine Charles , et al.
Ecological Modelling, 2016, 320, pp.213-230. ⟨10.1016/j.ecolmodel.2015.09.020⟩
Article dans une revue hal-01281672v1

Stochastic Gene Expression with a Multistate Promoter: Breaking Down Exact Distributions

 Ulysse Herbach
SIAM Journal on Applied Mathematics, 2019, 79 (3), pp.1007-1029. ⟨10.1137/18M1181006⟩
Article dans une revue hal-02159699v1

WASABI: a dynamic iterative framework for gene regulatory network inference

 Arnaud Bonnaffoux , Ulysse Herbach , Angélique Richard , Anissa Guillemin , Sandrine Gonin-Giraud , et al.
BMC Bioinformatics, 2019, 20 (1), pp.1-19. ⟨10.1186/s12859-019-2798-1⟩
Article dans une revue hal-02159694v1

Single-cell transcriptional uncertainty landscape of cell differentiation

 Nan Papili Gao , Olivier Gandrillon , András Páldi , Ulysse Herbach , Rudiyanto Gunawan
F1000Research, 2023, 12, pp.426. ⟨10.12688/f1000research.131861.2⟩
Article dans une revue hal-04082461v1

Single-Cell-Based Analysis Highlights a Surge in Cell-to-Cell Molecular Variability Preceding Irreversible Commitment in a Differentiation Process

 Angélique Richard , Loïs Boullu , Ulysse Herbach , Arnaud Arnaud , Valérie Morin , et al.
PLoS Biology, 2016, 14 (12), ⟨10.1371/journal.pbio.1002585⟩
Article dans une revue hal-01934489v1

Effects of a physical activity and endometriosis-based education program delivered by videoconference on endometriosis symptoms: the CRESCENDO program (inCRease physical Exercise and Sport to Combat ENDOmetriosis) protocol study

 Géraldine Escriva-Boulley , Charles-André Philip , Sophie Warembourg , Lionel Lenôtre , Patrice Flore , et al.
Trials, 2023, 24 (1), pp.759. ⟨10.1186/s13063-023-07792-1⟩
Article dans une revue hal-04365506v1

Harissa: tools for mechanistic gene network inference from single-cell data

 Ulysse Herbach
2023, ⟨swh:1:dir:315fa8cdb8abd2801f545dca59dd136584572a3d⟩
Logiciel hal-03370296v2

Harissa: Stochastic Simulation and Inference of Gene Regulatory Networks Based on Transcriptional Bursting

 Ulysse Herbach
Computational Methods in Systems Biology, 14137, Springer, pp.97-105, 2023, Lecture Notes in Computer Science, ⟨10.1007/978-3-031-42697-1_7⟩
Chapitre d'ouvrage hal-04208601v1
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