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Thomas Schiex

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Publications

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Intracellular Salmonella Paratyphi A is motile and differs in the expression of flagella-chemotaxis, SPI-1 and carbon utilization pathways in comparison to intracellular S. Typhimurium

Helit Cohen , Claire Hoede , Felix Scharte , Charles Coluzzi , Emiliano Cohen
PLoS Pathogens, 2022, 18 (4), 35 p. ⟨10.1371/journal.ppat.1010425⟩
Article dans une revue hal-03690615v1
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Iterated local search with partition crossover for computational protein design

François Beuvin , Simon De Givry , Thomas Schiex , Sébastien Verel , David Simoncini
Proteins - Structure, Function and Bioinformatics, 2021, 89 (11), pp.1522-1529. ⟨10.1002/prot.26174⟩
Article dans une revue hal-03298736v1

A Comparative Study to Decipher the Structural and Dynamics Determinants Underlying the Activity and Thermal Stability of GH-11 Xylanases

Jelena Vucinic , Gleb Novikov , Cédric Montanier , Claire Dumon , Thomas Schiex
International Journal of Molecular Sciences, 2021, 22 (11), ⟨10.3390/ijms22115961⟩
Article dans une revue hal-03244138v1
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Seven Amino Acid Types Suffice to Create the Core Fold of RNA Polymerase

Sota Yagi , Aditya K Padhi , Jelena Vucinic , Sophie Barbe , Thomas Schiex
Journal of the American Chemical Society, In press, 143 (39), pp.15998-16006. ⟨10.1021/jacs.1c05367⟩
Article dans une revue hal-03360584v1
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Molecular flexibility in computational protein design: an algorithmic perspective

Younes Bouchiba , Juan Cortés , Thomas Schiex , Sophie Barbe
Protein Engineering, Design and Selection, 2021, 34, pp.gzab011. ⟨10.1093/protein/gzab011⟩
Article dans une revue hal-03221838v1
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Protein Design with Deep Learning

Marianne Defresne , Sophie Barbe , Thomas Schiex
International Journal of Molecular Sciences, 2021, 22 (21), ⟨10.3390/ijms222111741⟩
Article dans une revue hal-03602603v1

Guaranteed Diversity and Optimality in Cost Function Network Based Computational Protein Design Methods

Manon Ruffini , Jelena Vucinic , Simon De de Givry , George Katsirelos , Sophie Barbe
Algorithms, 2021, 14 (6), pp.168. ⟨10.3390/a14060168⟩
Article dans une revue hal-03244149v1
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Aide à la conception

Juan Cortés , Thomas Schiex
Le petit illustré, regards croisés de chercheur.es, 2020
Article dans une revue hal-03436420v1
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Positive multistate protein design

Jelena Vucinic , David Simoncini , Manon Ruffini , Sophie Barbe , Thomas Schiex
Article dans une revue hal-02625007v1
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Graphical Models: Queries, Complexity, Algorithms

Martin Cooper , Simon de Givry , Thomas Schiex
Leibniz International Proceedings in Informatics , 2020, 154, pp.4:1--4:22. ⟨10.4230/LIPIcs.STACS.2020.4⟩
Article dans une revue hal-02547692v1
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A structural homology approach for computational protein design with flexible backbone

David Simoncini , Kam y J Zhang , Thomas Schiex , Sophie Barbe
Bioinformatics, 2019, 35 (14), ⟨10.1093/bioinformatics/bty975⟩
Article dans une revue hal-02114756v1
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Variable Neighborhood Search with Cost Function Networks To Solve Large Computational Protein Design Problems

Antoine Charpentier , David Mignon , Sophie Barbe , Juan Cortés , Thomas Schiex
Journal of Chemical Information and Modeling, 2019, 59 (1), pp.127-136. ⟨10.1021/acs.jcim.8b00510⟩
Article dans une revue hal-01943616v1
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Computational design of symmetrical eight-bladed β-propeller proteins

Hiroki Noguchi , Christine Addy , David Simoncini , Staf Wouters , Bram Mylemans
International Union of Crystallography journal, 2019, 6 (1), pp.46-55. ⟨10.1107/S205225251801480X⟩
Article dans une revue hal-02154353v1

Exact or approximate inference in graphical models: why the choice is dictated by the treewidth, and how variable elimination can be exploited

Nathalie Dubois Peyrard Peyrard , Marie-Josée Cros , Simon de Givry , Alain Franc , Stephane S. Robin
Australian and New Zealand Journal of Statistics, 2019, 61 (2), pp.89-133. ⟨10.1111/anzs.12257⟩
Article dans une revue hal-02433018v1
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Contraintes, incertitudes et modèles graphiques

Thomas Schiex
Bulletin de l'Association Française pour l'Intelligence Artificielle, 2018, 100, pp.40-42
Article dans une revue hal-02617623v1

Cost function network-based design of protein–protein interactions: predicting changes in binding affinity

Clément Viricel , Simon de Givry , Thomas Schiex , Sophie Barbe
Bioinformatics, 2018, 34 (15), pp.2581-2589. ⟨10.1093/bioinformatics/bty092⟩
Article dans une revue hal-02154341v1
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Hybridization and polyploidy enable genomic plasticity without sex in the most devastating plant-parasitic nematodes

Romain Blanc-Mathieu , Laetitia Zurletto , Jean-Marc Aury , Martine da Rocha , Jerome Gouzy
PLoS Genetics, 2017, 13 (6), pp.e1006777. ⟨10.1371/journal.pgen.1006777⟩
Article dans une revue hal-01602779v1

The sunflower genome provides insights into oil metabolism, flowering and Asterid evolution

Hélène Badouin , Jerome Gouzy , Christopher Grassa , Florent Murat , S Evan Staton
Nature, 2017, 546 (7656), pp.148-152. ⟨10.1038/nature22380⟩
Article dans une revue hal-01603287v1
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Triangle-based consistencies for cost function networks


Christian Bessiere , Simon de Givry , Thomas Schiex , Thi Hông Hiêp Nguyên
Constraints, 2017, 22 (2), pp.230-264. ⟨10.1007/s10601-016-9250-1⟩
Article dans une revue lirmm-01374514v1

Balancing exploration and exploitation in population-based sampling improves fragment-based de novo protein structure prediction

David Simoncini , Thomas Schiex , Kam Y.J. Zhang
Proteins, 2017, 85 (5), pp.852-858. ⟨10.1002/prot.25244⟩
Article dans une revue hal-01607119v1

Multi-language evaluation of exact solvers in graphical model discrete optimization

Barry Hurley , Barry O'Sullivan , David Allouche , George Katsirelos , Thomas Schiex
Constraints, 2016, 21 (3), pp.413-434. ⟨10.1007/s10601-016-9245-y⟩
Article dans une revue hal-02633083v1
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Tractability-preserving Transformations of Global Cost Functions

David Allouche , Christian Bessiere , Patrice Boizumault , Simon de Givry , Patricia Gutierrez
Artificial Intelligence, 2016, 238, pp.166-189. ⟨10.1016/j.artint.2016.06.005⟩
Article dans une revue lirmm-01374533v1

Fast search algorithms for computational protein design

Seydou Traore , Kyle E. Roberts , David Allouche , Bruce R. Donald , Isabelle André
Journal of Computational Chemistry, 2016, 37 (12), pp.1048 - 1058. ⟨10.1002/jcc.24290⟩
Article dans une revue hal-01886385v1

Guaranteed Discrete Energy Optimization on Large Protein Design Problems

David Simoncini , David Allouche , Simon de Givry , Céline Delmas , Sophie Barbe
Journal of Chemical Theory and Computation, 2015, 11 (12), pp.5980 - 5989. ⟨10.1021/acs.jctc.5b00594⟩
Article dans une revue hal-02637306v1

Computational protein design as an optimization problem

David Allouche , Isabelle André , Sophie Barbe , Jessica Davies , Simon de Givry
Artificial Intelligence, 2014, 212, pp.59-79. ⟨10.1016/j.artint.2014.03.005⟩
Article dans une revue hal-01268554v1

EuGene-PP: a next generation automated annotation pipeline for prokaryotic genomes.

Erika Sallet , Jerome Gouzy , Thomas Schiex
Bioinformatics, 2014, 30 (18), pp.2659-2661. ⟨10.1093/bioinformatics/btu366⟩
Article dans une revue hal-02632297v1
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Next-Generation Annotation of Prokaryotic Genomes with EuGene-P: Application to Sinorhizobium meliloti 2011

Erika Sallet , Brice Roux , Laurent Sauviac , M.-F. Jardinaud , S. Carrere
DNA Research, 2013, 20 (4), pp.339-353. ⟨10.1093/dnares/dst014⟩
Article dans une revue hal-03082947v1
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A new framework for computational protein design through cost function network optimization

Seydou Traore , David Allouche , Isabelle André , Simon de Givry , George Katsirelos
Bioinformatics, 2013, 29 (17), pp.2129-2136. ⟨10.1093/bioinformatics/btt374⟩
Article dans une revue hal-01268153v1

The tomato genome sequence provides insights into fleshy fruit evolution

Shusei Sato , Satoshi Tabata , Hideki Hirakawa , Erika Asamizu , Kenta Shirasawa
Nature, 2012, 485 (7400), pp.635-641. ⟨10.1038/nature11119⟩
Article dans une revue hal-04198562v1
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Detecting long tandem duplications in genomic sequences

Eric Audemard , Thomas Schiex , Thomas Faraut
BMC Bioinformatics, 2012, 13, online (may), Non paginé. ⟨10.1186/1471-2105-13-83⟩
Article dans une revue hal-02650334v1
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Le séquençage du génome humain

Thomas Schiex
Tangente (Paris), 2012, pp.104-109
Article dans une revue hal-02641811v1

The tomato genome sequence provides insights into fleshy fruit evolution

Shusei Sato , Satoshi Tabata , Hideki Hirakawa , Erika Asamizu , Kenta Shirasawa
Nature, 2012, 485 (7400), pp.635-641. ⟨10.1038/nature11119⟩
Article dans une revue hal-02651748v1
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Gene regulatory network reconstruction using Bayesian networks, the Dantzig selector, the Lasso and their meta-analysis

Matthieu Vignes , Jimmy Vandel , David Allouche , Nidal Ramadan-Alban , Christine Cierco-Ayrolles
PLoS ONE, 2011, 6 (12), pp.1-15. ⟨10.1371/journal.pone.0029165⟩
Article dans une revue hal-02649016v1

The Medicago genome provides insight into the evolution of rhizobial symbioses

Nevin D. Young , Frederic Debellé , Giles E. D. Oldroyd , Rene Geurts , Steven Cannon
Nature, 2011, 480 (7378), pp.520-524. ⟨10.1038/nature10625⟩
Article dans une revue hal-02652790v1

The genome of Theobroma cacao.

Xavier Argout , Jerome Salse , Jean-Marc Aury , Mark J Guiltinan , Gaetan Droc
Nature Genetics, 2011, 43 (2), pp.101-8. ⟨10.1038/ng.736⟩
Article dans une revue hal-00855922v1

Le cadre PFU, un modèle et des algorithmes génériques pour la décision séquentielle incluant incertitudes, faisabilités et utilités

Cédric Pralet , Gérard Verfaillie , Thomas Schiex
Revue des Sciences et Technologies de l'Information - Série TSI : Technique et Science Informatiques, 2010, 29 (1), pp.85-114. ⟨10.3166/tsi.29.85-114⟩
Article dans une revue hal-02661485v1

Soft arc consistency revisited

Martin Cooper , Simon de Givry , Marti Sanchez , Thomas Schiex , Matthias Zytnicki
Artificial Intelligence, 2010, 174, pp.449-478. ⟨10.1016/j.artint.2010.02.001⟩
Article dans une revue hal-02662237v1

Introduction to the special issue on constraint-based approaches to preference modelling and reasoning

Pedro Meseguer , Francesca Rossi , Thomas Schiex
Constraints, 2010, 15 (4), pp.453-455. ⟨10.1007/s10601-010-9096-x⟩
Article dans une revue hal-02657736v1
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FrameDP: sensitive peptide detection on noisy matured sequences

Jerome Gouzy , Sebastien Carrere , Thomas Schiex
Bioinformatics, 2009, 25 (5), pp.670-671. ⟨10.1093/bioinformatics/btp024⟩
Article dans une revue hal-02665259v1
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Bounds arc consistency for weighted CSPs

Matthias Zytnicki , Christine Gaspin , Simon de Givry , Thomas Schiex
Journal of Artificial Intelligence Research, 2009, 35, pp.593-621. ⟨10.1613/jair.2797⟩
Article dans une revue hal-02668467v1

Contribution of Radiation Hybrids to Genome Mapping in Domestic Animals.

Thomas Faraut , Simon de Givry , Christophe Hitte , Yvette Lahbib Mansais , Mireille Morisson
Cytogenetic and Genome Research, 2009, 126 (1-2), pp.21-33. ⟨10.1159/000245904⟩
Article dans une revue inserm-00442389v1
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LeARN : a platform for detecting, clustering and annotating non-coding RNAs

Céline Noirot , Christine Gaspin , Thomas Schiex , Jerome Gouzy
BMC Bioinformatics, 2008, 9 (21), pp.1-11. ⟨10.1186/1471-2105-9-21⟩
Article dans une revue hal-02661357v1

Genome sequence of the metazoan plant-parasitic nematode Meloidogyne incognita

Pierre Abad , Jerome Gouzy , Jean-Marc Aury , Philippe Castagnone-Sereno , Etienne Danchin
Nature Biotechnology, 2008, 26 (8), pp.909-915. ⟨10.1038/nbt.1482⟩
Article dans une revue hal-01189285v1

Genome annotation in plants and fungi: EuGène as a model platform

Sylvain Foissac , Jerome Gouzy , Stephane Rombauts , Catherine Mathé , Joelle J. Amselem
Current Bioinformatics, 2008, 3 (2), pp.87-97. ⟨10.2174/157489308784340702⟩
Article dans une revue hal-02658120v1
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2006 and 2007 Max-SAT evaluations: contributed instances

Federico Heras , Javier Larrosa , Simon de Givry , Thomas Schiex
Journal on Satisfiability, Boolean Modeling and Computation, 2008, 4, pp.239-250
Article dans une revue hal-02656247v1
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Analysis of CATMA transcriptome data identifies hundreds of novel functional genes and improves gene models in the Arabidopsis genome

Sebastien S. Aubourg , Marie-Laure Martin-Magniette , Veronique V. Brunaud , Ludivine Taconnat , Frederique Bitton
BMC Genomics, 2007, 8 (401), pp.1-9. ⟨10.1186/1471-2164-8-401⟩
Article dans une revue hal-02668276v1

A comparative genome approach to marker ordering

Thomas Faraut , Simon de Givry , Patrick P. Chabrier , Thomas Derrien , Francis Galibert
Bioinformatics, 2007, 23 (2), pp.E50-E56. ⟨10.1093/bioinformatics/btl321⟩
Article dans une revue hal-02667668v1

Searching RNA motifs and their intermolecular contacts with constraint networks

P. Thébault , S. de Givry , Thomas Schiex , C. Gaspin
Bioinformatics, 2006, 22, pp.2074-2080
Article dans une revue hal-00428036v1
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Searching RNA motifs and their intermolecular contacts with constraint networks.

Patricia Thebault , Simon de Givry , Thomas Schiex , Christine Gaspin
Bioinformatics, 2006, 22 (17), pp.2074-80. ⟨10.1093/bioinformatics/btl354⟩
Article dans une revue hal-00355512v1

CAR(H)(T)AGene: multipopulation integrated genetic and radiation hybrid mapping

Simon de Givry , Martin Bouchez , Patrick P. Chabrier , Denis Milan , Thomas Schiex
Bioinformatics, 2005, 21 (5), pp.1703-1704. ⟨10.1093/bioinformatics/bti222⟩
Article dans une revue hal-02682633v1
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Integrating alternative splicing detection into gene prediction

Sylvain Foissac , Thomas Schiex
BMC Bioinformatics, 2005, 6, Non paginé. ⟨10.1186/1471-2105-6-25⟩
Article dans une revue hal-01417735v1

Rearranged gene order between pig and human in a QTL region on SSC 7

Olivier O. Demeure , Christine Renard , Martine M. Yerle , Thomas Faraut , Juliette Riquet
Mammalian Genome, 2003, 14, pp.71-80. ⟨10.1007/s00335-002-3034-1⟩
Article dans une revue hal-02679052v1
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EUGENE'HOM: a generic similarity-based gene finder using multiple homologous sequences

Sylvain Foissac , Philippe Bardou , Annick Moisan , Marie-Josée Cros , Thomas Schiex
Nucleic Acids Research, 2003, 31 (13), pp.3742-3745. ⟨10.1093/nar/gkg586⟩
Article dans une revue hal-02675508v1

Current methods of gene prediction their strengths and weaknesses

C. Mathé , M.-F. Sagot , Thomas Schiex , P. Rouzé
Nucleic Acids Research, 2002, 30, pp.4103-4117
Article dans une revue hal-00427288v1

Gene finding in eukaryotes

C. Mathé , Thomas Schiex , P. Rouzé , P. Blayo , M.-F. Sagot
incollection, 2002, --, pp.27-43
Article dans une revue hal-00427230v1

Exploring root symbiotic programs in the model legume Medicago truncatula using EST analysis

E.P. Journet , D. van Tuinen , J. Gouzy , H. Crespeau , V. Carreau
Nucleic Acids Research, 2002, 30, pp.5579-5592
Article dans une revue hal-00427223v1

Genome sequence of the plant pathogen Ralstonia solanacearum.

Marcel Salanoubat , S. Genin , François Artiguenave , J. Gouzy , S. Mangenot
Nature, 2002, 415 (6871), pp.497-502. ⟨10.1038/415497a⟩
Article dans une revue hal-00427300v2
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Exploring root symbiotic programs in the model legume Medicago truncatula using EST analysis

Etienne-Pascal Journet , Diederik van Tuinen , Jerome Gouzy , Hervé Crespeau , V. Carreau
Nucleic Acids Research, 2002, 30 (24), pp.5579-5592. ⟨10.1093/nar/gkf685⟩
Article dans une revue hal-02678310v1

Maintaining reversible DAC for Max-CSP

J. Larrosa , P. Meseguer , Thomas Schiex
Artificial Intelligence, 1999, 107, pp.149-163
Article dans une revue hal-02690806v1

Radio link frequency assignment

Bertrand Cabon , Simon de Givry , Lionel Lobjois , Thomas Schiex , Joost P. Warners
Constraints, 1999, 4 (1), pp.79-89. ⟨10.1023/A:1009812409930⟩
Article dans une revue hal-02695373v1

A composite genetic map of the parasitoid wasp Trichogramma brassicae based on RAPD markers

V. Laurent , Eric Wajnberg , Brigitte B. Mangin , Thomas Schiex , Christine Gaspin
Genetics, 1998, 150, pp.275-282
Article dans une revue hal-02687913v1
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Nonmonotonic Reasoning: from Complexity to Algorithms

Claudette Cayrol , Marie-Christine Lagasquie-Schiex , Thomas Schiex
Annals of Mathematics and Artificial Intelligence, 1998, 22 (3-4), pp.207-236. ⟨10.1023/A:1018939502485⟩
Article dans une revue hal-02908181v1

Problèmes de satisfaction de contraintes valués

Thomas Schiex , Hélène Fargier , Gérard Verfaillie
Revue des Sciences et Technologies de l'Information - Série RIA : Revue d'Intelligence Artificielle, 1997, 11 (2), pp.339-373
Article dans une revue hal-02689261v1

Traitement de problèmes de décision sous incertitude par des problèmes de satisfaction de contraintes

Hélène Fargier , Jérôme Lang , Roger Martin Clouaire , Thomas Schiex
Revue des Sciences et Technologies de l'Information - Série RIA : Revue d'Intelligence Artificielle, 1997, 11 (2), pp.375-398
Article dans une revue hal-02688777v1

Maintien de solution dans les problèmes dynamiques de satisfaction de contraintes : bilan de quelques approches

G. Verfaillie , Thomas Schiex
Revue des Sciences et Technologies de l'Information - Série RIA : Revue d'Intelligence Artificielle, 1995, 9 (3), pp.269-309
Article dans une revue hal-02703826v1

Nogood recording for static and dynamic constraint satisfaction problems

Thomas Schiex , G. Verfaillie
International Journal on Artificial Intelligence Tools, 1994, 3 (2), pp.187-207
Article dans une revue hal-02709865v1

A fixed point semantics for the ATMS

M. Cayrol , O. Palmade , Thomas Schiex
Journal of Logic and Computation, 1993, 3 (2), pp.115-130
Article dans une revue hal-02700521v1

Scalable Coupling of Deep Learning with Logical Reasoning

Marianne Defresne , Thomas Schiex , Sophie Barbe
PFIA'23, Jul 2023, Strasbourg, France
Communication dans un congrès hal-04223509v1
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Learning to Reason: Predict-then-Optimize vs Predict-and-Optimize

Marianne Defresne , Thomas Schiex , Sophie Barbe
AAAI 2023 Bridge on Constraint Programming and Machine Learning, Feb 2023, Washington, United States
Communication dans un congrès hal-04222883v1
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Scalable Coupling of Deep Learning with Logical Reasoning

Marianne Defresne , Sophie Barbe , Thomas Schiex
Thirty-Second International Joint Conference on Artificial Intelligence (IJCAI-23), Aug 2023, Macao, China. pp.3615-3623, ⟨10.24963/ijcai.2023/402⟩
Communication dans un congrès hal-04223210v1
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Scalable Coupling of Deep Learning with Logical Reasoning *

Marianne Defresne , Sophie Barbe , Thomas Schiex
Thirty-Second International Joint Conference on Artificial Intelligence (IJCAI-23), Edith Elkind, University of Oxford, UK, Aug 2023, Macao, China. ⟨10.24963/ijcai.2023/402⟩
Communication dans un congrès hal-04222857v1
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Computational Protein Design with Artificial Intelligence

Marianne Defresne , Thomas Schiex , Sophie Barbe
GGMM 2023, May 2023, Toulouse, France
Communication dans un congrès hal-04223563v1
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Learning to Reason: Predict-then-Optimize vs Predict-and-Optimize

Marianne Defresne , Thomas Schiex , Sophie Barbe
AAAI 2023 Bridge on Constraint Programming and Machine Learning, Feb 2023, Washington DC, United States
Communication dans un congrès hal-04223570v1

Computational Design of miniprotein binders

Younes Bouchiba , Juan Cortés , Thomas Schiex , Sophie Barbe
Journées Scientifiques du GDR ChemBio, Jun 2022, Toulouse, France
Communication dans un congrès hal-04223586v1

Protein Design with Automated Reasoning and Deep Learning

Marianne Defresne , Delphine Dessaux , Thomas Schiex , Sophie Barbe
Symposium on Systems and Synthetic Biology (BioSynSys2022), Sep 2022, Paris, France
Communication dans un congrès hal-04223575v1

Computer-aided Protein Design (by combining automated reasoning and learning)

Thomas Schiex
Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM) 2021, Jul 2021, Paris (Colloque virtuel), France
Communication dans un congrès hal-03737198v1
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Constraint and Cost Function Networks: feasibility, optimization and learning.

Thomas Schiex
Journées francophones de programmation par contraintes (JFPC), Association Française pour la Programmation par Contraintes (AFPC), Jun 2021, Nice, France
Communication dans un congrès hal-03737195v1

Computational Design of miniprotein binders

Younes Bouchiba , Manon Ruffini , Juan Cortés , Thomas Schiex , Sophie Barbe
GGMM 2021, Sep 2021, Villeneuve d’Ascq, France
Communication dans un congrès hal-04223596v1
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Pushing Data into CP Models Using Graphical Model Learning and Solving

Celine Brouard , Simon de Givry , Thomas Schiex
International Conference on Principles and Practice of Constraint Programming, Sep 2020, Louvain La Neuve, Belgium
Communication dans un congrès hal-02942378v1

Intelligence Artificielle: entre logique et intuition

Thomas Schiex
Journée Science pour tous, Mar 2019, Castanet-Tolosan, France
Communication dans un congrès hal-02788712v1

Guaranteed Diversity & Quality for the Weighted CSP

Manon Ruffini , Jelena Vucinic , Simon de Givry , George Katsirelos , Sophie Barbe
2019 IEEE 31st International Conference on Tools with Artificial Intelligence (ICTAI), Nov 2019, Portland, United States. pp.18-25, ⟨10.1109/ICTAI.2019.00012⟩
Communication dans un congrès hal-03181764v1

Pushing the computational frontiers of multistate protein design

Jelena Vucinic , Manon Ruffini , David Simoncini , Thomas Schiex , Sophie Barbe
GGMM 2019, Apr 2019, Nice, France
Communication dans un congrès hal-04223606v1
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Recent algorithmic advances for combinatorial optimization in graphical models

David Allouche , Simon de Givry , Georgios Katsirelos , Thomas Schiex , Matthias Zytnicki
23rd International Symposium on Mathematical Programming (ISMP-18), Jul 2018, Bordeaux, France. 80 p
Communication dans un congrès hal-02785380v1
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Designing molecules with cost function networks - Bridging symbolic and numerical AI.

Thomas Schiex
Journées plénières du GDR IA du CNRS, Oct 2018, Paris, France
Communication dans un congrès hal-02785414v1
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Constraint Programming and Graphical models - Pushing data into your models, The protein design case.

Thomas Schiex , Sophie Barbe , David Simoncini , Jelena Vucinic , Manon Ruffini
23rd International Symposium on Mathematical Programming (ISMP-18), Jul 2018, Bordeaux, France
Communication dans un congrès hal-02154354v1
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Fitness Landscape Analysis around the Optimum in Computational Protein Design

David Simoncini , Sophie Barbe , Thomas Schiex , Sébastien Verel
Genetic and Evolutionary Computation Conference (GECCO) 2018, Jul 2018, Kyoto, Japan. pp.355-362
Communication dans un congrès hal-01823638v1
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How Computers Break (Serious) Puzzles with logic and (a different breed of) learning

Thomas Schiex
French Académie des sciences Symposium on « Machine Learning for Artificial Intelligence », Feb 2018, Paris, France
Communication dans un congrès hal-02786911v1
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Exact and approximate inference in graphical models

Régis Sabbadin , Nathalie Peyrard , Marie-Josée Cros , Simon de Givry , Alain Franc
10th International Conference on Scalable Uncertainty Management (SUM), Oct 2017, Granada, Spain
Communication dans un congrès hal-02116334v1

Removing Ded Ends in (re)search - Emeritate of Marc de Maeyer

Thomas Schiex
Eméritat de Marc de Maeyer, Sep 2016, Leuven, Belgium
Communication dans un congrès hal-01603888v1
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Optimization in Graphical Models - NP-complete optimization and its applications

Thomas Schiex
Assemblée générale de l'Association Française d'Intelligence Artificielle, Oct 2016, Paris, France
Communication dans un congrès hal-02794159v1
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Guaranteed Weighted Counting for Affinity Computation: Beyond Determinism and Structure

Clement Viricel , David Simoncini , Sophie Barbe , Thomas Schiex
CP16 - 22nd International Conference on the Principles and Practice of Constraint Programming, Sep 2016, Toulouse, France. pp.18, ⟨10.1007/978-3-319-44953-1_46⟩
Communication dans un congrès hal-01828389v1

Guaranteed Optimization on Large Protein Design Problems

Thomas Schiex
Séminaire au Baker Lab (Institute for Protein Design), Jul 2016, Seattle, United States
Communication dans un congrès hal-01603273v1

Guaranteed energetic optimization, exploration and counting of sequence-conformation in Computational Protein Design

Thomas Schiex
4th Prague Protein Spring Meeting 2016, May 2016, Prague, Czech Republic
Communication dans un congrès hal-01603552v1

Optimization in Graphical Models - Connecting NP-complete frameworks

Thomas Schiex
Séminaire Université Catholique de Louvain, Sep 2016, Louvain, Belgium
Communication dans un congrès hal-01603551v1

Computational Design as an Optimization Problem

Thomas Schiex
Séminaire INRIA-IRISA, May 2015, Rennes, France
Communication dans un congrès hal-01602148v1

Optimization in Graphical Models

Thomas Schiex
34e Journée Francilienne de Recherche Opérationnelle (JFRO), Sep 2015, Paris, France
Communication dans un congrès hal-01602147v1

Computational protein design as an optimization problem

Thomas Schiex
BAI 2015 : Advance in Bioinformatics and Artificial Intelligence, Jul 2015, Buenos Aires, Argentina
Communication dans un congrès hal-01603297v1
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Approximate counting with deterministic guarantees for affinity computation

Clément Viricel , David Simoncini , David Allouche , Simon de Givry , Sophie Barbe
3. International Conference on Modelling, Computation and Optimization in Information Systems and Management Sciences - MCO 2015, Université de Lorraine (UL). FRA., May 2015, Metz, France. 500 p., ⟨10.1007/978-3-319-18167-7_15⟩
Communication dans un congrès hal-01269259v1

Computational Enzyme Design through deterministic optimization and counting

Thomas Schiex , Seydou Traoré , David Simoncini , Sophie Barbe , Simon de Givry
3DSig Structural Bioinformatics and Computational Biophysics 2015, Jul 2015, Dublin, Ireland
Communication dans un congrès hal-01605405v1

Anytime hybrid best-first search with tree decomposition for weighted CSP

David Allouche , Simon de Givry , George Katsirelos , Thomas Schiex , Matthias Zytnicki
CP 2015 - 21st International Conference on Principles and Practice of Constraint Programming, Aug 2015, Cork, Ireland. 17 p., ⟨10.1007/978-3-319-23219-5_2⟩
Communication dans un congrès hal-01198361v1
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Optimization in Graphical Models

Thomas Schiex
27th IEEE International Conference on Tools with Artificial Intelligence, Nov 2015, Vietri sul Mare, Italy
Communication dans un congrès hal-01602150v1
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Une comparaison de logiciels d'optimisation sur une large collection de modèles graphiques

David Allouche , Simon de Givry , Barry Hurley , George Katsirelos , Barry O'Sullivan
JFPC 2014 - Dixièmes Journées Francophones de Programmation par Contraintes, Jun 2014, Angers, France. 10 p
Communication dans un congrès hal-01198360v1
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An integer linear programming approach for genome scaffolding

Nicolas Briot , Annie Chateau , Remi Coletta , Simon de Givry , Philippe Leleux
WCB: Workshop on Constraint-Based Methods for Bioinformatics, Sep 2014, Lyon, France. 16 p
Communication dans un congrès hal-01198359v1

An Experimental Evaluation of CP/AI/OR Solvers for Optimization in Graphical Models

Simon de Givry , Barry Hurley , David Allouche , George Katsirelos , Thomas Schiex
ROADEF - 15ème congrès annuel de la Société française de recherche opérationnelle et d'aide à la décision, Société française de recherche opérationnelle et d'aide à la décision, Feb 2014, Bordeaux, France
Communication dans un congrès hal-00946323v1

An experimental evaluation of CP/AI/OR solvers for optimization in graphical models

Simon de Givry , Barry Hurley , David Allouche , Georgios Katsirelos , Barry O'Sullivan
Congrès ROADEF'2014, Feb 2014, Bordeaux, France. 1 p
Communication dans un congrès hal-02742905v1
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Maintaining Virtual Arc Consistency Dynamically during Search

Simon de Givry , Thomas Schiex , Christian Bessiere , Thi Hông Hiêp Nguyên
ICTAI: International Conference on Tools with Artificial Intelligence, Nov 2014, Limassol, Cyprus. pp.8-15, ⟨10.1109/ICTAI.2014.13⟩
Communication dans un congrès lirmm-01228369v1

Maintaining Virtual Arc Consistency Dynamically During Search

Thi Hông Hiêp Nguyên , Simon de Givry , Thomas Schiex , Christian Bessiere
ICTAI 2014 - 26th IEEE International Conference on Tools with Artificial Intelligence, Nov 2014, Limassol, Cyprus
Communication dans un congrès hal-02743901v1
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Dynamic Virtual Arc Consistency

Christian Bessiere , Thomas Schiex , Thi Hông Hiêp Nguyên
SAC: Symposium on Applied Computing, Mar 2013, Coimbra, Portugal. pp.098-103
Communication dans un congrès lirmm-00830307v1
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Dynamic virtual arc consistency

Thi Hông Hiêp Nguyên , Thomas Schiex , Christian Bessiere
28th Annual ACM Symposium on Applied Computing, Mar 2013, Coimbra, Portugal. pp.6, ⟨10.1145/2480362.2480384⟩
Communication dans un congrès hal-02745649v1

Computational protein design as a cost function network optimization problem

Thomas Schiex , David Allouche , Simon de Givry , George Katsirelos , Sophie Barbe
Séminaire MOGISA du LAAS/CNRS, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS). FRA., Jun 2013, Toulouse, France
Communication dans un congrès hal-01268632v1
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Cohérence d'arc virtuelle dynamique

Thi Hông Hiêp Nguyên , Christian Bessiere , Thomas Schiex
JFPC 2013 - Neuvièmes Journées Francophones de Programmation par Contraintes, Association Française pour la Programmation par Contraintes (AFPC). FRA., Jun 2013, Aix-en -Provence, France
Communication dans un congrès hal-02749182v1
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Cohérence d'arc virtuelle dynamique

Thomas Schiex , Christian Bessiere , Thi Hông Hiêp Nguyên
9èmes Journées Francophones de Programmation par Contraintes (JFPC 2013), Jun 2013, Aix-en-Provence, France. pp.249-258
Communication dans un congrès lirmm-00830411v1
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A new framework for computational protein design through cost function network optimization

Seydou Traore , David Allouche , Isabelle André , Simon de Givry , George Katsirelos
JOBIM 2013 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Société Française de Bio-Informatique (SFBI). FRA., Jul 2013, Toulouse, France. 2 p
Communication dans un congrès hal-01268555v1
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Filtering Decomposable Global Cost Functions

David Allouche , Christian Bessiere , Patrice Boizumault , Simon de Givry , Patricia Gutierrez
AAAI Conference on Artificial Intelligence, Jul 2012, Toronto, ON, Canada
Communication dans un congrès lirmm-00748187v1
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Filtrage de fonctions de coût globales décomposables

David Allouche , Christian Bessiere , Patrice Boizumault , Simon de Givry , Patricia Gutierrez
8èmes Journées Francophones de Programmation par Contraintes (JFPC 2012), May 2012, Toulouse, France
Communication dans un congrès hal-00809789v1

From hosts to symbionts: integrated gene prediction for prokaryotic genomes using EuGene

Erika Sallet , Jerome Gouzy , Brice Roux , Delphine Capela , Laurent Sauviac
XX. PAG Plant & Animal Genome, Jan 2012, San-Diego, United States
Communication dans un congrès hal-02807348v1
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Filtrage de fonctions de coût globales décomposables

David Allouche , Christian Bessiere , Patrice Boizumault , Simon de Givry , Patricia Gutierrez
Huitièmes Journées Francophones de Programmation par Contraintes (JFPC), Association Française de Programmation par Contraintes (AFPC). FRA., May 2012, Toulouse, France. pp.358
Communication dans un congrès hal-02747133v1

Genomic resources for functional analysis in Medicago truncatula and related crop species

Frederic Debellé , C. Belser , J.M. Aury , K. Labadie , Brice Roux
6. International Conference on Legume Genetics and Genomics, International Crops Research Institute for the Semi-Arid Tropics, CGIAR (ICRISAT). Patancheru, IND., Oct 2012, Hyderabad, India
Communication dans un congrès hal-02747944v1

Filtering decomposable global cost functions

David Allouche , Christian Bessiere , Patrice Boizumault , Simon de Givry , Patricia Gutierrez
Twenty-Sixth Conference on Artificial Intelligence, Jul 2012, Toronto, Canada. pp.7
Communication dans un congrès hal-02747813v1

Combining exact WCSP techniques and VNS search for solving MPE

David Allouche , Aurélie Favier , Mathieu Fontaine , Simon de Givry , Jean-Philippe Metivier
Conference on Uncertainty in Artificial Intelligence (UAI'12), Aug 2012, Catalina Island, United States
Communication dans un congrès hal-01022649v1
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Computational protein design as a cost function network optimization problem

David Allouche , Seydou Traore , Isabelle André , Simon de Givry , George Katsirelos
CP 2012 - 18th International Conference on Principles and Practice of Constraint Programming, Oct 2012, Québec, Canada. pp.10, ⟨10.1007/978-3-642-33558-7_60⟩
Communication dans un congrès hal-01191320v1
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Decomposing global cost functions

Christian Bessiere , Patrice Boizumault , Simon de Givry , Patricia Gutierrez , Samir Loudini
11th Workshop on Preferences and Soft Contraints (Soft), Labo/service de l'auteur, Ville service, Pays service., Sep 2011, Perugia, Italy
Communication dans un congrès hal-02747863v1
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Decomposing Global Cost Functions

Christian Bessiere , Patrice Boizumault , Simon de Givry , Patricia Guttiriez , Samir Loudni
11th Workshop on Preferences and Soft Constraints (Soft'11) in 17th Int. Conf. on Principles and Practice of Constraint Programming, Sep 2011, Perugia, Italy. pp.16-30
Communication dans un congrès hal-01017977v1

Development of genomic resources for Medicago truncatula and related legume crops

Frederic Debellé , Marion Verdenaud , Anne-Marie Dudez , Nicolas Samson , Olivier Saurat
Model Legume Congress 2011, Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP). Castanet Tolosan, FRA., May 2011, Sainte Maxime, France
Communication dans un congrès hal-02746654v1
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Pairwise decomposition for combinatorial optimization in graphical models

Aurélie Favier , Simon de Givry , Andres Legarra , Thomas Schiex
IJCAI 2011 - Twenty-second International Joint Conference on Artificial Intelligence, Labo/service de l'auteur, Ville service, Pays service., 2011, Barcelona, Spain
Communication dans un congrès hal-02744861v1
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Décomposition par paire pour l'optimisation combinatoire dans les modèles graphiques

Aurélie Favier , Simon de Givry , Andres Legarra , Thomas Schiex
JFPC 2011 - Septièmes Journées Francophones de Programmation par Contraintes, Labo/service de l'auteur, Ville service, Pays service., 2011, Lyon, France
Communication dans un congrès hal-02744726v1
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Integrated gene prediction for prokaryotic genomes using EuGene

Erika Sallet , Jerome Gouzy , Brice Roux , Delphine Capela , Laurent Sauviac
JOBIM 2011 - 12e édition du Colloque - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Labo/service de l'auteur, Ville service, Pays service., Jun 2011, Paris, France
Communication dans un congrès hal-02748784v1
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An introduction to valued constraint satisfaction

Thomas Schiex
Workshop on Optimization in Markov Random Fields, Sep 2010, Koncha-Zaspa, Ukraine. 78 p
Communication dans un congrès hal-02812930v1
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Détection de régions génomiques homologues par un algorithme de flots avec coûts

Eric Audemard , Thomas Faraut , Thomas Schiex
Congrès ROADEF'2010, Société Française de Recherche Opérationnelle et d'Aide à la Décision (SFROAD). FRA., Feb 2010, Toulouse, France. 2 p
Communication dans un congrès hal-02752130v1
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Sélection de tagSNP: une approche PLNE

David Allouche , Simon de Givry , Thomas Schiex
Congrès ROADEF'2010, Feb 2010, Toulouse, France. pp.2
Communication dans un congrès hal-02812620v1

Towards parallel non serial dynamic programming for solving hard weighted CSP

David Allouche , Simon de Givry , Thomas Schiex
16th Annual International Conference on the Principles and Practice of Constraint Programming, Sep 2010, St. Andrews, Scotland, United Kingdom. pp.8, ⟨10.1007/978-3-642-15396-9_7⟩
Communication dans un congrès hal-02753702v1
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Algorithme des Poupées Russes exploitant une décomposition arborescente

M. Sanchez , David Allouche , Simon de Givry , Thomas Schiex
Cinquièmes Journées Francophones de Programmation par Contraintes, Orléans, juin 2009, Jun 2009, France. pp.15-25
Communication dans un congrès hal-00387845v1
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TagSNP selection using weighted CSP and russian doll search with tree decomposition

David Allouche , Thomas Schiex , Simon de Givry , Martin Sanchez
CP-09 workshop on Constraint Based Methods for Bioinformatics, Sep 2009, Lisbonne, Portugal. pp.9
Communication dans un congrès hal-02813239v1
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Russian doll search with tree decomposition

Marti Sanchez , David Allouche , Simon de Givry , Thomas Schiex
21st International Joint Conference on Artificial Intelligence, Jul 2009, Pasadena, United States. pp.6
Communication dans un congrès hal-02755904v1

Combinatorial optimization for graphical models

Rina Dechter , Radu Marinescu , Thomas Schiex , Simon de Givry
IJCAI 2009 - International Joint Conference on Artificial Intelligence, Jul 2009, Pasadena, United States. 196 p
Communication dans un congrès hal-02820716v1
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Virtual arc consistency for weighted CSP

Martin Cooper , Simon de Givry , Marti Sanchez , Thomas Schiex , Matthias Zytnicki
Twenty-third AAAI Conference on Artificial Intelligence, Jul 2008, Chicago, United States. pp.6
Communication dans un congrès hal-02752851v1
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Cohérence d'arc virtuelle pour les CSP pondérés

Martin Cooper , Simon de Givry , Marti Sanchez , Thomas Schiex , Matthias Zytnicki
JFPC 2008- Quatrièmes Journées Francophones de Programmation par Contraintes, LINA - Université de Nantes - Ecole des Mines de Nantes, Jun 2008, Nantes, France. pp.237-246
Communication dans un congrès inria-00292640v1
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Optimal soft arc consistency

Martin Cooper , Simon de Givry , Thomas Schiex
20th International Joint Conference on Artificial Intelligence - IJCAI 2007, Jan 2007, Hyderabad, India. pp.6
Communication dans un congrès hal-02754114v1
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Exploiting tree decomposition and soft local consistency in weighted CSP

Simon de Givry , Thomas Schiex , Gerard Verfaillie
Twenty-first National Conference on Artificial Intelligence - AAAI 2006, Jul 2006, Boston, United States. 1115 p
Communication dans un congrès hal-02755023v1

Mendelsoft: Mendelian error detection in complex pedigree using weighted constraint satisfaction techniques.

Simon de Givry , Zulma Vitezica , Isabelle Palhiere Palhière , Thomas Schiex
8. World Congress on Genetics Applied to Livestock Production, 2006, Belo Horizonte, Brazil
Communication dans un congrès hal-02813118v1
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Décomposition arborescente et cohérence locale souple dans les CSP pondérés

Simon de Givry , Thomas Schiex , Gérard Verfaillie
Deuxièmes Journées Francophones de Programmation par Contraintes (JFPC06), 2006, Nîmes - Ecole des Mines d'Alès / France, France
Communication dans un congrès inria-00085804v1

A new local consistency for weighted CSP applied to ncRNA detection.

Christine Gaspin , Simon de Givry , Thomas Schiex , Patricia Thebault , Matthias Zytnicki
Workshop on Constraint Based Methods for Bioinformatics October 5, 2005, Sitges (Spain), May 2005, Sitges, Spain
Communication dans un congrès hal-00362190v1

Mendelian error detection in complex pedigree using weighted constraint satisfaction techniques

Simon de Givry , Isabelle Palhiere , Z. Vitezica , Thomas Schiex
Workshop on constraint based methods for bioinformatics, Oct 2005, Sitges, Spain
Communication dans un congrès hal-02760634v1
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Combining constraint processing and pattern matching to describe and locate structured motifs in genomic sequences.

Patricia Thebault , Simon de Givry , Thomas Schiex , Christine Gaspin
Fifth IJCAI-05 Workshop on Modelling and Solving Problems with Constraints, Edindurgh, Scotland, 2005., 2005, Edimbourg, United Kingdom. 8p
Communication dans un congrès hal-00362194v1
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Requêtes complexes sur des réseaux de Croyance-Faisabilité-Désir

Cédric Pralet , Gerard Verfaillie , Thomas Schiex
Premières Journées Francophones de Programmation par Contraintes, CRIL - CNRS FRE 2499, Jun 2005, Lens, France. pp.129-138
Communication dans un congrès inria-00000053v1

Integration of genetic and radiation hybrid maps of the pig: The second generation IMpRH maps

Denis Milan , Thomas Schiex , Martine M. Yerle , A. Rink , C. Beattie
Plant and Animal Genome Conference XII, 2004
Communication dans un congrès hal-02829410v1

Solving Max-SAT as weighted CSP

Simon de Givry , Javier Larrosa , Pedro Meseguer , Thomas Schiex
9th International Conference on Principles and Practice of Constraint Programming - CP2003, Sep 2003, Kinsale, Ireland. pp.14, ⟨10.1007/978-3-540-45193-8_25⟩
Communication dans un congrès hal-02763945v1

Cohérence d'arc pour contraintes molles

Thomas Schiex
Journées Nationales pour la Résolution Pratique des Problèmes, 2000, Marseille, France
Communication dans un congrès hal-02765509v1

EuGene an eurocaryotic gene finder that combines several sources of evidence

Thomas Schiex , A. Moisan , L. Duret , Pierre Rouzé
Journées ouvertes biologie informatique mathématiques, May 2000, Montpellier, France
Communication dans un congrès hal-02770502v1

Genetic algorithms for genetic mapping

Christine Gaspin , Thomas Schiex
3. Conference on Evolutionary Algorithms, 1997, Nîmes, France
Communication dans un congrès hal-02765613v1

CARTHAGENE : Constructing and joining maximum likelihood genetic maps

Thomas Schiex , Christine Gaspin
Intelligent Systems in Molecular Biology, Jun 1997, Halkidiki, Greece
Communication dans un congrès hal-02765754v1

Bounding the optimum of constraint optimization problems

Simon de Givry , G. Verfaillie , Thomas Schiex
International Conference on Principles and Practice of Constraint Programming, 1997, Schloss Hagenberg, Austria
Communication dans un congrès hal-02768589v1

Décision et représentation des connaissances

C. da Costa Pereira , F. Garcia , Roger Martin Clouaire , Sidy Ndiaye , Thomas Schiex
6. Journées Nationales du PRC-GDR Intelligence Artificielle Pôle de Recherches Coordonnées-Groupe de Recherche Intelligence Artificielle, Mar 1997, Grenoble, France
Communication dans un congrès hal-02769900v1
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Mixed constraint satisfaction : a framework for decision problems under incomplete knowledge

Hélène Fargier , Jérôme Lang , Thomas Schiex
National American Conference on Artificial Intelligence (AAAI 1996), Association for the Advancement of Artificial Intelligence, Aug 1996, Portland, United States. pp.175-180
Communication dans un congrès hal-02770543v1

Lazy arc consistency

Thomas Schiex , J.C. Régin , Christine Gaspin , G. Verfaillie
National American Conference on Artificial Intelligent, 1996, Portland, United States
Communication dans un congrès hal-02771457v1

Russian doll search for solving constraint optimization problems

G. Verfaillie , M. Lemaitre , Thomas Schiex
National American Conference on Artificial Intelligence, 1996, Portland, United States
Communication dans un congrès hal-02766400v1
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A constraint satisfaction framework for decision under uncertainty

Hélène Fargier , Jérôme Lang , Roger Martin Clouaire , Thomas Schiex
11th Annual Conference on Uncertainty in Artificial Intelligence (UAI 1995), Aug 1995, Montreal, Canada. pp.167-174
Communication dans un congrès hal-02774878v1
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Valued constraint satisfaction problems : hard and easy problems

Thomas Schiex , Hélène Fargier , Gérard Verfaillie
14th International joint conference on artificial intelligence (IJCAI 1995), International Joint Conferences on Artificial Intelligence Organization, Aug 1995, Montreal, Canada. pp.631-637
Communication dans un congrès hal-02778456v1

Semiring-based CSPs and valued CSPs: basic properties and comparison

Stefano Bistarelli , Hélène Fargier , Ugo Montanari , Francesca Rossi , Thomas Schiex
International Workshop on Over-Constrained Systems (OCS 1995), Sep 1995, Cassis, France. pp.111-150, ⟨10.1007/3-540-61479-6_19⟩
Communication dans un congrès hal-02838379v1

Autour du problème de satisfaction de contraintes

Christine Gaspin , Jean-Pierre Rellier , Roger Martin Clouaire , Thomas Schiex
5e Journées nationales du PRC GDR intelligence artificielle, Nov 1994, Paris, France
Communication dans un congrès hal-02774000v1

Gestion de l'inconsistance dans les bases de connaissances : une approche syntaxique basée sur la logique des pénalités

Florence Dupin de Saint-Cyr , Jérôme Lang , Thomas Schiex
9ème Congrès "Reconnaissance des Formes et Intelligence Artificielle" (RFIA 1994), Association française pour la cybernétique économique et technique; Association française pour l'intelligence artificielle, 1994, Toulouse, France. pp.507-518
Communication dans un congrès hal-02778823v1

Stubbornness : a possible enhancement for backjumping and nogood recording

Thomas Schiex , G. Verfaillie
11. European Conference on Artificial Intelligence, 1994, Toulouse, France
Communication dans un congrès hal-02774709v1

Solution reuse in dynamic constraint satisfaction problems

G. Verfaillie , Thomas Schiex
American Association for Artificial Intelligence (AAAI), 1994, Seattle, United States
Communication dans un congrès hal-02775349v1

Nogood recording for static and dynamic constraint satisfaction problems

Thomas Schiex , G. Verfaillie
5. International Conference on Tools with Artificial Intelligence, 1993, Boston, United States
Communication dans un congrès hal-02847674v1

Possibilistic constraint satisfaction problems or "How to handle soft constraints ?"

Thomas Schiex
8. Conference of Uncertainty in Artificial Intelligence, Jul 1992, Stanford, United States
Communication dans un congrès hal-02773457v1

Représentation et traitement pratique de la flexibilité dans les problèmes sous contraintes

Gérard Bel , Eric Bensana , Khaled Ghédira , David Lesaint , Thomas Schiex
4èmes Journées du PRC-Intelligence Artificielle 1992, PRC-IA : Pôle de Recherches Coordonnées - Intelligence Artificielle, Oct 1992, Marseille, France
Communication dans un congrès hal-02778063v1

Satisfaction de contraintes souples

Hélène Fargier , Roger Martin Clouaire , Thomas Schiex
Journées nationales sur les Applications des Ensembles Flous (AEF 1992), Nov 1992, Nimes, France
Communication dans un congrès hal-02774966v1

Scalable Coupling of Deep Learning with Logical Reasoning

Marianne Defresne , Sophie Barbe , Thomas Schiex
Thirty-Second International Joint Conference on Artificial Intelligence (IJCAI-23), Aug 2023, Macao, China. 2023
Poster de conférence hal-04223508v1

Computational strategy for protein design based on structure-dynamics-activity relationship insights: GH11Xylanases as a casestudy

Gleb Novikov , Jelena Vucinic , Cedric Montanier , Thomas Schiex , Claire Dumon
13. Carbohydrate Bioengineering Meeting, May 2019, Toulouse, France
Poster de conférence hal-02928929v1

Fitness landscape analysis to improve computational protein design

David Simoncini , Thomas Schiex , Sophie Barbe , Sébastien Verel
GGMM 2019, Apr 2019, Nice, France
Poster de conférence hal-04225651v1

New computational methods and tools for structure-based protein design

Clement Viricel , David Simoncini , Simon De Givry , Thomas Schiex , Sophie Barbe
GGMM 2019, Apr 2019, Nice, France
Poster de conférence hal-04225657v1
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Variable Neighborhood Search with Cost Function Networks to Solve Large Computational Protein Design Problems

David Allouche , Antoine Charpentier , Thomas Schiex , Thomas Simonson
Rencontre des Chimistes Théoriciens Francophones, Oct 2018, Toulouse, France. 2018
Poster de conférence hal-02733727v1
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Host tropism and host-pathogen interplay of typhoidal Salmonella enterica

Ludovic Mallet , Claire Hoede , Franck Cerruti , Annick Moisan , Christine Gaspin
JOBIM 2017 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2017, Lille, France. , 2017, Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques. JOBIM 2017
Poster de conférence hal-01603254v1
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EU COST Action TD0801: statistical challenges on the 1000 euro genome sequences in plants

Marco Bink , Thomas Schiex
SeqAhead Scientific Meeting (COST Action BM1006), Nov 2011, Bruxelles, Belgium. EMBnet journal, 17 (Suppl. B), 2012, Proceedings SeqAhead Scientific Meeting (COST Action BM1006). ⟨10.14806/ej.17.B.280⟩
Poster de conférence hal-02747129v1

MENDELSOFT : Mendelian error detection in complex pedigree using weighted constraint satisfaction techniques.

Simon de Givry , M. Sanchez , Zulma Vitezica , Isabelle Palhiere Palhière , Thomas Schiex
GénoToul 2006, Nov 2006, Toulouse, France. 2006, GénoToul 2006, Bioinformatique, Recueil des Posters
Poster de conférence hal-02750733v1
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Cost Function Networks to Solve Large Computational Protein Design Problems

David Allouche , Sophie Barbe , Simon de Givry , George Katsirelos , Yahia Lebbah
Malek Masmoudi, Bassem Jarboui, Patrick Siarry. Operations Research and Simulation in healthcare, Springer, pp.81-102, 2021, 978-3-030-45223-0. ⟨10.1007/978-3-030-45223-0_4⟩
Chapitre d'ouvrage hal-02177634v1

Valued Constraint Satisfaction Problems

Martin Cooper , Simon de Givry , Thomas Schiex
A Guided Tour of Artificial Intelligence Research, 2, Springer International Publishing, pp.185-207, 2020, AI Algorithms, 978-3-030-06167-8. ⟨10.1007/978-3-030-06167-8_7⟩
Chapitre d'ouvrage hal-02942366v1

EuGene: An Automated Integrative Gene Finder for Eukaryotes and Prokaryotes

Erika Sallet , Thomas Schiex , Jerome Gouzy
Gene Prediction : Methods and Protocols, Humana Press INC., Springer Science, 2019, Methods in Molecular Biology, 978-1-4939-9173-0. ⟨10.1007/978-1-4939-9173-0_6⟩
Chapitre d'ouvrage hal-02790731v1

Deterministic search methods for computational protein design

Seydou Traore , David Allouche , Isabelle André , Thomas Schiex , Sophie Barbe
Computational Protein Design, Chapter 4, Editions Springer, 2017, Methods in Molecular Biology, 978-1-4939-6635-6. ⟨10.1007/978-1-4939-6637-0_4⟩
Chapitre d'ouvrage hal-01605191v1

Réseaux de contraintes valués

Thomas Schiex , Simon de Givry , Martin Cooper
Panorama de l'intelligence artificielle : Vol 2 : Algorithmes pour l'intelligence artificielle, Cepaduès Editions, 364 p., 2014, 9782364930421
Chapitre d'ouvrage hal-02795963v1

Bioinformatique

François Coste , Claire Nédellec , Thomas Schiex , Jean-Philippe Vert
Pierre Marquis and Odile Papini and Henri Prade. Panorama de l'intelligence artificielle Ses bases méthodologiques, ses développements, 3, Cépaduès, 374 p., 2014, 9782364930438
Chapitre d'ouvrage hal-00857379v1

A panel of learning methods for the reconstruction of gene regulatory networks in a systems genetics

David Allouche , Christine Cierco-Ayrolles , Simon de Givry , Gérald Guillermin , Brigitte B. Mangin
Gene network inference, verification of methods for systems genetics data, Editions Springer, 130 p., 2013, 978-3-642-45161-4. ⟨10.1007/978-3-642-45161-4⟩
Chapitre d'ouvrage hal-02808635v1
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Mendelian error detection in complex pedigrees using weighted constraint satisfaction techniques

Marti Sanchez , Simon de Givry , Thomas Schiex
Artificial Intelligence Research and Development, 163, IOS Press, pp.22, 2007, Frontiers in Artificial Intelligence and Applications, 978-1-60750-285-2 978-1-58603-798-7
Chapitre d'ouvrage hal-02814634v1

Gene finding in eukaryotes

C. Mathé , Thomas Schiex , Pierre Rouzé , Philippe Blayo , Marie-France Sagot
Lu Q., Weiner M. Cloning and expression technologies, Eaton Publishing, pp.27-43, 2002
Chapitre d'ouvrage hal-00620804v1
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Non-monotonic reasoning: from complexity to algorithms

Claudette Cayrol , Marie-Christine Lagasquie-Schiex , Thomas Schiex
[Research Report] Rapport IRIT--96.07R, IRIT : Institut de recherche en informatique de Toulouse; Toulouse 3 Paul Sabatier. 1996
Rapport hal-02842327v1
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Algorithms for Computational Protein Design

Thomas Schiex
3rd cycle. International Winter School on “Algorithms in Structural Bioinformatics – Computational Protein Design" (Algorithms for Computational Protein Design), 2017
Cours hal-02786907v1