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New chimeric RNAs in acute myeloid leukemia

 Florence Ruffle , Jérôme Audoux , Anthony Boureux , Sacha Beaumeunier , Jean-Baptiste Gaillard , et al.
F1000Research, 2017, 6, ⟨10.12688/f1000research.11352.2⟩
Article dans une revue hal-01840091v1

Transcriptome Analysis of Monocytic Leukemia Cell Differentiation

 David Piquemal , Thérèse Commes , Laurent Manchon , Mireille Lejeune , Conchita Ferraz , et al.
Genomics, 2002, 80 (3), pp.361-371. ⟨10.1006/geno.2002.6836⟩
Article dans une revue istex hal-02867269v1
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Kmerator Suite: design of specific k -mer signatures and automatic metadata discovery in large RNA-seq datasets

 Sébastien Riquier , Chloé Bessiere , Benoit Guibert , Anne-Laure Bouge , Anthony Boureux , et al.
NAR Genomics and Bioinformatics, 2021, 3 (3), pp.lqab058. ⟨10.1093/nargab/lqab058⟩
Article dans une revue hal-04147535v1

RNA-Seq Analysis to Detect Abnormal Fusion Transcripts Linked to Chromothripsis

 Anne-Laure Bouge , Florence Ruffle , Sébastien Riquier , Benoît Guibert , Jérôme Audoux , et al.
Franck Pellestor. Chromothripsis-Methods and Protocols, Humana Press, New York, NY -, pp.133-156, 2018, Hardcover ISBN 978-1-4939-7779-6 ; Softcover ISBN 978-1-4939-9283-6 ; eBook ISBN 978-1-4939-7780-2. ⟨10.1007/978-1-4939-7780-2_9⟩
Chapitre d'ouvrage hal-02503709v1
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Recurrent Genetic Abnormalities in Human Pluripotent Stem Cells: Definition and Routine Detection in Culture Supernatant by Targeted Droplet Digital PCR

 Said Assou , Nicolas Girault , Mathilde Plinet , Julien Bouckenheimer , Caroline Sansac , et al.
Stem Cell Reports, 2020, 14 (1), pp.1-8. ⟨10.1016/j.stemcr.2019.12.004⟩
Article dans une revue hal-03396129v1
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CRAC: an integrated approach to the analysis of RNA-seq reads

 Nicolas Philippe , Mikaël Salson , Thérèse Commes , Eric Rivals
Genome Biology, 2013, 14 (3), pp.R30. ⟨10.1186/gb-2013-14-3-r30⟩
Article dans une revue inserm-00850972v1
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Digital gene expression data, cross-species conservation and noncoding RNA

 Nicolas Philippe , Florence Ruffle , Elias Bou Samra , Anthony Boureux , Thérèse Commes , et al.
EMBnet.journal, 2011, 17 (Supplement B), pp.1. ⟨10.14806/ej.17.B.288⟩
Article dans une revue lirmm-00757989v1
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Using reads to annotate the genome: influence of length, background distribution, and sequence errors on prediction capacity

 Nicolas Philippe , Anthony Boureux , Laurent Brehelin , Jorma Tarhio , Thérèse Commes , et al.
Nucleic Acids Research, 2009, 37 (15 e104), pp.11. ⟨10.1093/nar/gkp492⟩
Article dans une revue lirmm-00415899v1
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On the evaluation of the fidelity of supervised classifiers in the prediction of chimeric RNAs

 Sacha Beaumeunier , Jérôme Audoux , Anthony Boureux , Florence Ruffle , Thérèse Commes , et al.
BioData Mining, 2016, 9 (1), pp.34. ⟨10.1186/s13040-016-0112-6⟩
Article dans une revue inserm-01390470v1
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Read indexing

 Nicolas Philippe , Mikael Salson , Thérèse Commes , Thierry Lecroq , Martine Léonard , et al.
EMBnet.journal, 2011, 17 (Supplement B), pp.1. ⟨10.14806/ej.17.B.289⟩
Article dans une revue lirmm-00757983v1
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Transcriptome annotation using tandem SAGE tags

 Eric Rivals , Anthony Boureux , Mireille Lejeune , Florence Ottones , Oscar Pecharromàn Pérez , et al.
Réunion satellite "Transcriptome et bioinformatique", Jul 2007, Marseille, France. pp.8
Communication dans un congrès lirmm-00203923v1

Correlation of N-myc Downstream-Regulated Gene 1 Expression with Clinical Outcomes of Colorectal Cancer Patients of Different Race/Ethnicity.

 M. Koshiji , K. Kumamoto , K. Morimura , Y. Utsumi , M. Aizawa , et al.
World Journal of Gastroenterology, 2007, 13 (20), pp.2803-2810. ⟨10.3748/wjg.v13.i20.2803⟩
Article dans une revue hal-00160879v1

A solution to index large set of short reads

 Nicolas Philippe , Mikael Salson , Thierry Lecroq , Martine Léonard , Thérèse Commes , et al.
seqBi11 - Workshop Algorithmique, combinatoire du texte et applications en bio-informatique, 2011, Rennes, France
Communication dans un congrès hal-00560731v1

Human Transcriptome Annotation using Tandem SAGE Tags

 Eric Rivals , Anthony Boureux , Mireille Lejeune , Florence Ottones , Oscar Pecharromàn Pérez , et al.
Integrative Post-Genomics, Nov 2006, Lyon, France. pp.39
Communication dans un congrès lirmm-00120164v1
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Genome Sequencer System Rapid and Accurate Pyrosequencing of Serial Analysis of Gene Expression Ditags

 Ronan Quéré , Laurent Manchon , Fabien Pierrat , Ulricke Ludewig , Georg Nesch , et al.
Bioinformatics Application note, 2006
Article dans une revue hal-02867272v1
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Gene Expression Signature Associated with Clinical Outcome in ALK-Positive Anaplastic Large Cell Lymphoma

 Daugrois Camille , Bessiere Chloé , Dejean Sébastien , Anton Leberre Véronique , Commes Thérèse , et al.
Cancers, 2021, 13 (21), ⟨10.3390/cancers13215523⟩
Article dans une revue hal-03450450v1
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A combinatorial and integrated method to analyse RNA-seq reads

 Nicolas Philippe , Mikael Salson , Thérèse Commes , Eric Rivals
EMBnet.journal, 2011, 17 (Supplement B), pp.1. ⟨10.14806/ej.17.B.290⟩
Article dans une revue lirmm-00757979v1
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New prognostic markers, determined using gene expression analyses, reveal two distinct subtypes of chronic myelomonocytic leukaemia patients.

 Elias Bou Samra , Jérôme Moreaux , Fabienne Vacheret , Ken Mills , Florence Rufflé , et al.
British Journal of Haematology, 2012, 157 (3), pp.347-56. ⟨10.1111/j.1365-2141.2012.09069.x⟩
Article dans une revue inserm-00681007v1
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Differential long non-coding RNA expression profiles in human oocytes and cumulus cells

 Julien Bouckenheimer , Patricia Fauque , Charles-Henri Lecellier , Céline Bruno , Thérèse Commes , et al.
Scientific Reports, 2018, 8 (1), ⟨10.1038/s41598-018-20727-0⟩
Article dans une revue hal-01840077v1

Long non-coding RNAs in human early embryonic development and their potential in ART

 Julien Bouckenheimer , Said Assou , Sébastien Riquier , Cyrielle Hou , Nicolas Philippe , et al.
Human Reproduction Update, 2016, 23 (1), pp.19 - 40. ⟨10.1093/humupd/dmw035⟩
Article dans une revue hal-01819458v1
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DE-kupl: exhaustive capture of biological variation in RNA-seq data through k-mer decomposition

 Jérôme Audoux , Nicolas Philippe , Rayan Chikhi , Mikael Salson , Mélina Gallopin , et al.
Genome Biology, 2017, 18 (1), pp.1-15. ⟨10.1186/s13059-017-1372-2⟩
Article dans une revue hal-01728770v1

Estimation of sequence errors and capacity of genomic annotation in transcriptomic and DNA-protein interaction assays based on next generation sequencers

 Nicolas Philippe , Anthony Boureux , Laurent Brehelin , Jorma Tarhio , Thérèse Commes , et al.
Cellular Oncology, 2009, 31 (2), pp.145-146
Article dans une revue lirmm-00416012v1

[Transcriptomes for serial analysis of gene expression].

 Jacques Marti , David Piquemal , Laurent Manchon , Thérèse Commes
Journal de la Société de Biologie, 2020, 196 (4), pp.303-7
Article dans une revue hal-02867270v1
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Simultaneous gene expression profiling in human macrophages infected with Leishmania major parasites using SAGE

 Fatma Guerfali , Dhafer Laouini , Lamia Guizani-Tabbane , Florence Ottones , Khadija Ben-Aissa , et al.
BMC Genomics, 2008, 9 (1), pp.238. ⟨10.1186/1471-2164-9-238⟩
Article dans une revue hal-02867264v1

Serial analysis of gene expression adapted for downsized extracts (SAGE/SADE) analysis in reticulocytes

 B. Bonafoux , T. Commes
Methods in Molecular Biology, 2009, 496, pp.299-311. ⟨10.1007/978-1-59745-553-4_20⟩
Article dans une revue hal-00399017v1
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Mutation allele burden remains unchanged in chronic myelomonocytic leukaemia responding to hypomethylating agents

 Jane Merlevede , Nathalie Droin , Tingting Qin , Kristen Meldi , Kenichi Yoshida , et al.
Nature Communications, 2016, 7 (1), ⟨10.1038/ncomms10767⟩
Article dans une revue hal-03130526v1
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Transformation Foci in IDH1-mutated Gliomas Show STAT3 Phosphorylation and Downregulate the Metabolic Enzyme ETNPPL, a Negative Regulator of Glioma Growth

 Nicolas Leventoux , Meera Augustus , Safa Azar , Sébastien Riquier , Jean-Philippe Villemin , et al.
Scientific Reports, 2020, 10 (1), pp.5504. ⟨10.1038/s41598-020-62145-1⟩
Article dans une revue inserm-02540074v1
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Long non-coding RNA exploration for mesenchymal stem cell characterisation

 Sébastien Riquier , Marc Mathieu , Chloé Bessiere , Anthony Boureux , Florence Rufflé , et al.
BMC Genomics, 2021, 22 (1), pp.412. ⟨10.1186/s12864-020-07289-0⟩
Article dans une revue inserm-03251471v1
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SimBA: A methodology and tools for evaluating the performance of RNA-Seq bioinformatic pipelines

 Jérôme Audoux , Mikaël Salson , Christophe Grosset , Sacha Beaumeunier , Jean-Marc Holder , et al.
BMC Bioinformatics, 2017, 18 (1), pp.428. ⟨10.1186/s12859-017-1831-5⟩
Article dans une revue inserm-02437931v1
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A Scalable Indexing Solution to Mine Huge Genomic Sequence Collections

 Eric Rivals , Nicolas Philippe , Mikael Salson , Martine Léonard , Thérèse Commes , et al.
ERCIM News, 2012, 2012 (89), pp.20-21
Article dans une revue lirmm-00712653v1
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