Stéphanie DAVAL

Analyses fonctionnelles des interactions "Microbiote / Plante / Bio-agresseur"

Les plantes hébergent des communautés microbiennes (microbiotes) composées de bactéries, champignons, oomycètes, virus, archae et protistes. Ces organismes se trouvent notamment dans les racines et la rhizosphère (région du sol directement formée et influencée par les racines), ainsi que dans les feuilles et les graines. Les microbes sont attirés par les nutriments fournis par la plante et sont sélectionnés à partir du milieu environnant (sol, eau et air), vraisemblablement par le système immunitaire de la plante, les exsudats que la plante sécrète dans le sol à proximité immédiate de la racine et leur capacité de compétition vis-à-vis d’autres microbes. La structure et la composition des communautés microbiennes associées aux plantes, ainsi que le réseau complexe d'interactions entre les espèces microbiennes, sont cruciaux pour la tolérance au stress, la dynamique de développement des plantes, le rendement, la nutrition mais aussi la santé. Afin de mieux comprendre les interactions complexes tripartites entre les plantes, les parasites des racines et les microbiotes associés aux plantes, et plus particulièrement les mécanismes par lesquels les microbes du sol stimulent la croissance et la défense des plantes et/ou modulent le développement et la pathogénicité des agents pathogènes, un défi majeur consiste à coupler les études descriptives à des études fonctionnelles. Dans ce cadre, mon projet de recherche vise à identifier les gènes et fonctions (du microbiote, du bioagresseur et/ou de la plante) impliqués dans cette modulation du dialogue tripartite, valider leur(s) rôle(s) fonctionnel(s), par des approches de (méta)-transcriptomique, et mobiliser ces connaissances en santé des cultures.