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Text-mining needs of the food microbiology research community

 Estelle Chaix , Sophie Aubin , Louise Deleger , Claire Nédellec
2017 EFITA WCCA Congress, Jul 2017, Montpellier, France
Communication dans un congrès hal-01580677v1

Choix, évaluation et adaptation d'un analyseur syntaxique pour l'extraction d'information

 Sophie Aubin , Adeline Nazarenko
2004
Autre publication scientifique hal-00101493v1
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De TermSciences à Loterre : comment l’Inist-CNRS a rendu les terminologies ouvertes plus conformes aux principes FAIR

 Majid Khayari , Véronique Reszetko , Dominique Vachez , Nathalie Vedovotto , Jérémy Yon , et al.
2021, ⟨10.15454/djh8-yp20⟩
Article de blog scientifique hal-03176063v1
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Landscaping the use of semantics to enhance the interoperability of agricultural data

 Sophie Aubin , Caterina Caracciolo , Panagiotis Zervas , Pascal Aventurier , Patrice Buche , et al.
[Research Report] Research Data Alliance. 2017, pp.59
Rapport hal-02607815v1
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Projet VocInra. Spécifications fonctionnelles pour le référentiel, sa diffusion, sa maintenance et son utilisation dans HAL/Inra

 Pascale Karmasyn-Veyrines , Sophie Aubin
[Interne] 2019
Rapport hal-02789198v1

Deliverable D6.1: Requirement and training data for biological domain

 Sophie Aubin , Philippe Bessières , Thierry Hamon , Gaëtan Lehman , Alain-Pierre Manine , et al.
2004
Autre publication scientifique hal-00101592v1
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Event-based Information Extraction for the biomedical domain: the Caderige project

 Erick Alphonse , Sophie Aubin , Philippe Bessières , Gilles Bisson , Thierry Hamon , et al.
Proceedings of the International Joint Workshop on Natural Language Processing in Biomedicine and Its Applications (COLING'04), 2004, Geneva, Switzerland. pp.43-49
Communication dans un congrès hal-00098040v1
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Rédiger une définition, quelques clés

 Sophie Aubin
Institut National de Recherche pour l'Agriculture, l'Alimentation et l'Environnement (INRAE). 2021
Rapport hal-03153824v1

Le référentiel maladies animales : de CERISA au Linked Data

 Marie-Colette Faure , Etienne E. Zundel , Sophie Aubin , Mélina Millox
Journées d'Animation Scientifique du Département de Santé Animale, May 2011, Fréjus, France
Communication dans un congrès hal-02746898v1
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Intégrer des définitions textuelles à mon thésaurus ou à mon ontologie. Comment rester dans la légalité ?

 Sophie Aubin , Colette Cadiou , Magalie Weber
Inrae. 2020, pp.1-4
Rapport hal-02925102v2

Florilège: a database gathering microbial phenotypes of food interest

 Hélène Falentin , Estelle Chaix , Bedis Dridi , Philippe Bessieres , S Buchin , et al.
2017 Scientific MEM days: Journées scientifiques MEM (Métaomiques et écosystèmes microbiens), Jan 2017, Paris, France
Communication dans un congrès hal-01607327v1
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Text mining resources for the life sciences

 Piotr Przybyła , Matthew Shardlow , Sophie Aubin , Robert Bossy , Richard Eckart de Castilho , et al.
Database - The journal of Biological Databases and Curation, 2016, november (25), pp.1-30. ⟨10.1093/database/baw145⟩
Article dans une revue hal-01602241v1
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Extraction d'information appliquée au domaine biomédical : apprentissage et traitement automatique de la langue

 Erick Alphonse , Sophie Aubin , Philippe Bessières , Gilles Bisson , Thierry Hamon , et al.
Conférence internationale de fouille de texte, CIFT-04, Jun 2004, La Rochelle, France
Communication dans un congrès hal-02762525v1
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39 Hints to Facilitate the Use of Semantics for Data on Agriculture and Nutrition

 Caterina Caracciolo , Sophie Aubin , Clement Jonquet , Emna Amdouni , Romain David , et al.
CODATA Data Science Journal, 2020, 19 (1), ⟨10.5334/dsj-2020-047⟩
Article dans une revue hal-03059376v1
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Corpus Inra & Biocontrôle : Résultats d’analyses

 Anne-Sophie Grenier , Mathieu Andro , Sophie Aubin
2015, pp.30 slides
Autre publication scientifique hal-01208733v1
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Publication en Linked Open Data de données expérimentales sur la chenille processionnaire du pin

 Sophie Aubin , Pascal Aventurier , Sylvie S. Cocaud , Esther Dzale , Claudine Mader
Atelier IN-OVIVE INtégration de sources/masses de données hétérogènes et Ontologies, dans le domaine des sciences du VIVant et de l’Environnement, Jul 2013, Lille, France. 20 p
Communication dans un congrès hal-02811542v1
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Infodoc Express : Introduction au text mining

 Mathieu Andro , Sophie Aubin
Infodoc Express (Introduction au text mining), 2016
Cours hal-02793404v1

Les ontologies et leurs applications

 Jérôme Bugeon , Catherine Hurtaud , Pierre-Yves Le Bail , Linh-Chi Nguyen , Marie-Christine Meunier-Salaün , et al.
Séminaire à l'UMR1348 PEGASE Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage, Sep 2020, Saint-Gilles, France
Communication dans un congrès hal-03198080v1

Ontology mapping for wheat trait information management

 Claire Nédellec , Sophie Aubin , Clara Sauvion , Sonia Bravo , Jacques Le Gouis , et al.
Séminaire résidentiel INRAE Semantic Linked Data, 2023
Autre publication scientifique hal-04420465v1
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M4.2 - Processes & tools to engineer FAIR semantic artefacts

 María Poveda-Villalon , Daniel Garijo , Alejandra Gonzalez-Beltran , Yann Le Franc , Clement Jonquet , et al.
MS4.2, FAIR-IMPACT. 2024
Rapport hal-04493130v1
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Plastics in a circular economy: Mitigating the ambiguity of widely-used terms from stakeholders consultation

 Sophie Aubin , Johnny Beaugrand , Marie Berteloot , Rachel Boutrou , Patrice Buche , et al.
Environmental Science & Policy, 2022, 134, pp.119 - 126. ⟨10.1016/j.envsci.2022.04.011⟩
Article dans une revue hal-03653723v1
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Reusing the NCBO BioPortal technology for agronomy to build AgroPortal

 Clement Jonquet , Anne Toulet , Elizabeth Arnaud , Sophie Aubin , Esther Dzalé-Yeumo , et al.
ICBO 2016 - 7th International Conference on Biomedical Ontologies, P. Jaiswal; R. Hoehndorf, Aug 2016, Corvallis, OR, United States
Communication dans un congrès hal-01398251v1

Named and specific entity detection in varied data: The Quaero Named Entity baseline evaluation

 Olivier Galibert , Ludovic Quintard , Sophie Rosset , Pierre Zweigenbaum , Claire Nédellec , et al.
Seventh International Language Resources and Evaluation (LREC'10), 2010, La Valette, Malta
Communication dans un congrès hal-02496836v1
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3 outils pour transformer du tabulé en SKOS

 Sophie Aubin , Jérémy Yon
2022
Article de blog scientifique hal-03852086v1

Creation of a semantic resource responding to the principles of open science for the meat sector

 Moise Kombolo , Sophie Aubin , Jerôme Yon , François Landrieu , Brigitte Richon , et al.
72th Annual Meeting of the European Federation of Animal Science (EAAP), Davos, Switzerland, August 30th - September 3rd, 2021., Aug 2021, Davos, Switzerland
Communication dans un congrès hal-03504347v1
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Developing data interoperability using standards: A wheat community use case

 Esther Dzale Yeumo , Michaël Alaux , Elizabeth Arnaud , Sophie Aubin , Ute Baumann , et al.
F1000Research, 2017, 6 (1843), pp.1843. ⟨10.12688/f1000research.12234.1⟩
Article dans une revue lirmm-01652022v2

Building large lexicalized ontologies from text: a use case in automatic indexing of biotechnology patents

 Claire Nédellec , Wiktoria Golik , Sophie Aubin , Robert R. Bossy
Lecture Notes in Computer Science, 2010, 6317, pp.514-523. ⟨10.1007/978-3-642-16438-5_41⟩
Article dans une revue hal-02661057v1
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Projet VisaTM : l’interconnexion OpenMinTeD – AgroPortal – ISTEX, un exemple de service de Text et Data Mining pour les scientifiques français

 Fabienne Kettani , Stéphane Schneider , Sophie Aubin , Robert Bossy , Claire François , et al.
IC 2018 - 29es journées francophones d'Ingénierie des Connaissances, Plateforme AFIA, Jul 2018, Nancy, France
Communication dans un congrès hal-04420482v1
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Lexical Adaptation of Link Grammar to the Biomedical Sublanguage: a Comparative Evaluation of Three Approaches

 Sampo Pyysalo , Tapio Salakoski , Sophie Aubin , Adeline Nazarenko
2006, pp.60-67
Communication dans un congrès hal-00082533v1
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AgroPortal: an open repository of ontologies and vocabularies for agriculture and nutrition data

 Clement Jonquet , Anne Toulet , Elizabeth Arnaud , Sophie Aubin , Esther Dzalé Yeumo , et al.
Ben Schaap. GODAN Summit, Sep 2016, New York, NY, United States. , 2016
Poster de conférence hal-01398252v1
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