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Local Score Based Method On Pool-Sequenced Behavior-Divergent Quail Lines Precisely Detected Selection Signatures Related To Autism

 Maria Inès Fariello Rico , Cécile Arnould , Simon Boitard , Patrice Dehais , Thomas Faraut , et al.
Journée Régionale de Bioinformatique et Biostatistique, Génopole Toulouse, Jun 2014, Toulouse, France. 2014
Poster de conférence hal-01194044v1

An Approximate Bayesian Computation approach to reconstruct demography from sequence data

 Simon S. Boitard , Flora Jay , Frédéric Austerlitz
Annual Meeting Society for Molecular Biology and Evolution (SMBE), Jul 2015, Vienne, Austria
Communication dans un congrès hal-02799621v1

Muscle lipid composition in bulls from 15 European breeds

 Natalia Sevane , G. Nute , Carlos Sanudo , J. Cortes , J. Canon , et al.
Livestock Science, 2014, 160, pp.1-11. ⟨10.1016/j.livsci.2013.11.001⟩
Article dans une revue hal-02635841v1

Selection through haplotype differentiation in structured populations

 Simon S. Boitard , Maria Inès M. I. Fariello Rico , Magali San Cristobal , Bertrand Servin
Mathematical and Computational Evolutionary Biology, 2013, Montpellier, France
Communication dans un congrès hal-02803582v1
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Statistique exploratoire de données hétérogènes : la régression PLS (Partial Least Squares)

 Simon S. Boitard , Kim-Anh Lê Cao
3ème cycle. Statistique pour données post-génomiques (Statistique exploratoire de données hétérogènes : la régression PLS (Partial Least Squares)), 2012
Cours hal-02804058v1
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Détection de traces de sélection à l’aide de méthodes de génomique des populations

 Simon S. Boitard , Frederic F. Hospital
Journées Scientifiques du Département Génétique Animale, Apr 2014, Fréjus, France. pp.1-24
Communication dans un congrès hal-02792363v1
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Détection de locus sous sélection à l’aide de scans génomiques et application à des populations séquencées en pool

 Simon S. Boitard
Réunion du réseau de génétique du Département EFPA, Nov 2014, Nancy, France
Communication dans un congrès hal-02792033v1
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Estimating the evolution history of species from genome sequences

 Simon Boitard , Olivier Mazet , Bertrand Servin
Master. CIMI, Semestre mathématiques et informatique pour les sciences du vivant, 2017
Cours hal-02786126v1
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Inferring Population Size History from Large Samples of Genome-Wide Molecular Data - An Approximate Bayesian Computation Approach.

 Simon Boitard , Willy Rodríguez , Flora Jay , Stefano Mona , Frederic Austerlitz
conférence Jaques Monod "Coalescence des approches théoriques et expérimentales en génomique évolutive et biologie des systèmes", 2016, Roscoff, France
Communication dans un congrès hal-01604024v1

La combinaison de cartographie de signatures de sélection, de re-séquençage de génomes et d'analyses d'expression révèle PARK2 et JAG2 comme nouveaux genes candidats régulant l'adiposité

 Pierre-François Roux , Simon Boitard , Anne Blum , Brian Parks , Alexandra Montagner , et al.
11. Journées de la Recherche Avicole et Palmipèdes à Foie Gras, Mar 2015, Tours, France. ITAVI - Institut Technique de l'Aviculture, Journées de la Recherche Avicole et des Palmipèdes à Foie Gras, 2015, Journées de la Recherche Avicole et Palmipèdes à Foie Gras
Poster de conférence hal-01194116v1

Exploring the estimation quality of PSMC using different sizes of input sequences

 Simon S. Boitard , Willy Rodríguez , Lounès Chikhi , Simona Grusea , Olivier Mazet
Mathematical and Computational Evolutionary Biology, Jun 2014, Montpellier, France. 2014
Poster de conférence hal-02799857v1
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Inferring number of populations and changes in connectivity under the n-island model

 Armando Arredondo , Beatriz Mourato , Khoa Nguyen , Simon Boitard , Willy Rodríguez , et al.
Heredity, 2021, 126 (6), pp.896-912. ⟨10.1101/2020.09.03.282251⟩
Article dans une revue hal-03086685v1

Accounting for population structure and haplotype diversity in whole genome scans for selection signatures

 Simon S. Boitard , Bertrand Servin , Claude C. Chevalet , Maria Inès M. I. Fariello Rico , Florence Phocas , et al.
10. World Congress on Genetics Applied to Livestock Production (WCGALP), Aug 2014, Vancouver, Canada. American Society of Animal Science / American Dairy Science Association, 108 p, 2014, 10th World Congress on Genetics Applied to Livestock Production (WCGALP)
Poster de conférence hal-02740609v1

Probability distribution of haplotype frequencies under the two-locus Wright-Fisher model by diffusion approximation.

 Simon Boitard , P. Loisel
Theoretical Population Biology, 2007, 71, pp.380-391
Article dans une revue hal-02654552v1

Transgenerational response to early microbial exposure in the oyster Crassostrea gigas and positive impact on survival capacities to juvenile mortality syndrome

 Manon Fallet , Bruno Petton , Julien de Lorgeril , Sébastien Comarmond , Cristian Chaparro , et al.
5. Journée d'Animation Scientifique du réseau épiPhase, Jun 2019, Toulouse, France. 35 p., 2019, épiPHASE
Poster de conférence hal-02736036v1

On the importance of being structured: instantaneous coalescence rates and human evolution-lessons for ancestral population size inference?

 Olivier Mazet , Willy Rodríguez , Simona Grusea , Simon Boitard , L. Chikhi
Heredity, 2016, 116, pp.362 - 371. ⟨10.1038/hdy.2015.104⟩
Article dans une revue hal-02921808v1
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Inferring the ancestral dynamics of population size from genome wide molecular data - an ABC approach

 Simon S. Boitard
Stochastic models in ecology, evolution and genetics (SMEEG), Dec 2013, Angers, France
Communication dans un congrès hal-02802676v1
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Inferring Population Size History from Large Samples of Genome-Wide Molecular Data - An Approximate Bayesian Computation Approach

 Simon Boitard , Willy Rodríguez , Flora Jay , Stefano Mona , Frédéric Austerlitz
PLoS Genetics, 2016, 12 (3), pp.e1005877. ⟨10.1371/journal.pgen.1005877⟩
Article dans une revue hal-01310742v1

Detecting Selection in Population Trees: The Lewontin and Krakauer Test Extended

 Maxime Bonhomme , Claude C. Chevalet , Bertrand Servin , Simon S. Boitard , Jihad Abdallah , et al.
Genetics, 2010, 186 (1), pp.241-262. ⟨10.1534/genetics.110.117275⟩
Article dans une revue hal-02655907v1

Annotation of selection signatures in the bovine breed Asturiana de Valles

 Cyriel Paris , Simon Boitard , Bertrand Servin , Natalia Sevane , Susana Dunner
70. Annual Meeting of the European Association for Animal Production (EAAP), Aug 2019, Ghent, Belgium. 717 p
Communication dans un congrès hal-02735190v1
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the hapFLK method

 Simon S. Boitard , Maria Inès M. I. Fariello Rico , Magali San Cristobal , Bertrand Servin
3rd cycle. Doctoral course “Environmental genomics” (the hapFLK method), 2016
Cours hal-02797002v1
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Comparison of differents models infering selection from genomic time series data

 Cyriel Paris , Simon Boitard , Bertrand Servin
2. Joint Congress on Evolutionary Biology (EVOLUTION 2018), Aug 2018, Montpellier, France. 2018
Poster de conférence hal-02788098v1

hapFLK: an haplotype test for detecting selection signatures using data from multiple populations

 Simon S. Boitard , Maria Inès M. I. Fariello Rico , Magali San Cristobal , Hugo Naja , Bertrand Servin
20. Annual Meeting of the Society for Molecular Biology and Evolution (SMBE), Jun 2012, Dublin, Ireland. 2012
Poster de conférence hal-02803564v1
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A guinea fowl genome assembly provides new evidence on evolution following domestication and selection in galliformes

 Alain Vignal , Simon Boitard , Noémie Thébault , Guiguigbaza‐kossigan Dayo , Valentine Yapi‐gnaore , et al.
Molecular Ecology Resources, 2019, 19 (4), pp.997-1014. ⟨10.1111/1755-0998.13017⟩
Article dans une revue hal-02617903v1

Mécanismes de l'adaptation locale dans les populations de téosintes

 Simon S. Boitard , Margaux-Alison Fustier , Jean-Tristan Brandenburg , Jason Lapeyronnie , Yves Vigouroux , et al.
Le Petit Pois Déridé, 2014, Orsay, France
Communication dans un congrès hal-02794933v1
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Linkage disequilibrium interval mapping of quantitative trait loci

 Simon S. Boitard , Jihad Abdallah , Hubert de Rochambeau , Christine Cierco-Ayrolles , Brigitte B. Mangin
BMC Genomics, 2006, 7 (54), pp.1-14
Article dans une revue hal-02665329v1

Uncovering Adaptation from Sequence Data : Lessons from Genome Resequencing of Four Cattle Breeds

 Simon Boitard , Mekki Boussaha , Aurelien Capitan , Dominique Rocha , Bertrand Servin
Genetics, 2016, 203 (1), pp.433-450. ⟨10.1534/genetics.115.181594⟩
Article dans une revue hal-01533825v1

Detecting Selective Sweeps: A New Approach Based on Hidden Markov Models

 Simon S. Boitard , Christian Schloetterer , Andreas Futschik
Genetics, 2009, 181 (4), pp.1567-1578. ⟨10.1534/genetics.108.100032⟩
Article dans une revue hal-02660430v1

Detecting selection from differentiation between populations: the FLK and hapFLK approach

 Simon S. Boitard , Bertrand Servin , Maria Inès M. I. Fariello Rico , Claude C. Chevalet , Magali San Cristobal , et al.
Software and statistical methods for population genetics, 2013, Aussois, France
Communication dans un congrès hal-02804684v1
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compareHMM

 Cyriel Paris , Bertrand Servin , Simon Boitard
2019
Logiciel hal-02920484v1
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