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Sèverine Bérard

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Publications

	Evolutionary superscaffolding and chromosome anchoring to improve Anopheles genome assemblies Robert Waterhouse , Sergey Aganezov , Yoann Anselmetti , Jiyoung Lee , Livio Ruzzante BMC Biology, 2020, 18 (1), pp.1-20. ⟨10.1186/s12915-019-0728-3⟩ Article dans une revue hal-02455139v1
	Phylogenetic signal from rearrangements in 18 Anopheles species by joint scaffolding extant and ancestral genomes Yoann Anselmetti , Wandrille Duchemin , Eric Tannier , Cedric Chauve , Sèverine Bérard BMC Genomics, 2018, 19 (S2), pp.1-15. ⟨10.1186/s12864-018-4466-7⟩ Article dans une revue hal-01791884v1
	Efficient algorithms for Longest Common Subsequence of two bucket orders to speed up pairwise genetic map comparison Lisa de Mattéo , Yan Holtz , Vincent Ranwez , Sèverine Bérard PLoS ONE, 2018, 13 (12), pp.e0208838. ⟨10.1371/journal.pone.0208838⟩ Article dans une revue hal-02134202v1
	DeCoSTAR: Reconstructing the ancestral organization of genes or genomes using reconciled phylogenies Wandrille Duchemin , Yoann Anselmetti , Murray Patterson , Yann Ponty , Sèverine Bérard Genome Biology and Evolution, 2017, 9 (5), pp.1312-1319. ⟨10.1093/gbe/evx069⟩ Article dans une revue hal-01503766v2
	Aligning the unalignable: bacteriophage whole genome alignments Sèverine Bérard , Annie Chateau , Nicolas Pompidor , Paul Guertin , Anne Bergeron BMC Bioinformatics, 2016, 17 (1), pp.30-43. ⟨10.1186/s12859-015-0869-5⟩ Article dans une revue lirmm-01275670v1
	Ancestral gene synteny reconstruction improves extant species scaffolding Yoann Anselmetti , Vincent Berry , Cedric Chauve , Annie Chateau , Eric Tannier BMC Genomics, 2015, 16 (Suppl 10), pp.S11. ⟨10.1186/1471-2164-16-S10-S11⟩ Article dans une revue hal-01180303v2
	Evolution of gene neighborhoods within reconciled phylogenies Sèverine Bérard , Coralie Gallien , Bastien Boussau , Gergely J Szöllosi , Vincent Daubin Bioinformatics, 2012, 28 (18), pp.i382-i388. ⟨10.1093/bioinformatics/bts374⟩ Article dans une revue hal-00733178v1
	Equation or algorithm: differences and choosing between them Cédric Gaucherel , Sèverine Bérard , François Munoz Acta Biotheoretica, 2011, 59 (1), pp.67-79. ⟨10.1007/s10441-010-9119-4⟩ Article dans une revue halsde-00611729v1
	SimCT: a generic tool to visualize ontology-based relationships for biological objects. Carl Herrmann , Sèverine Bérard , Laurent Tichit Bioinformatics, 2009, 25 (23), pp.3197-8. ⟨10.1093/bioinformatics/btp553⟩ Article dans une revue halsde-00454253v1
	Computation of Perfect DCJ Rearrangement Scenarios with Linear and Circular Chromosomes Sèverine Bérard , Annie Chateau , Cedric Chauve , Christophe Paul , Eric Tannier Journal of Computational Biology, 2009, 16 (10), pp.1287-1309. ⟨10.1089/cmb.2009.0088⟩ Article dans une revue lirmm-00432670v1
	A More Efficient Algorithm for Perfect Sorting by Reversals Sèverine Bérard , Cedric Chauve , Christophe Paul Information Processing Letters, 2008, 106, pp.90-95. ⟨10.1016/j.ipl.2007.10.012⟩ Article dans une revue lirmm-00274051v1
	Perfect Sorting by Reversals is not Always Difficult Christophe Paul , Sèverine Bérard , Anne Bergeron , Cedric Chauve IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2007, 4 (1), pp.12. ⟨10.1109/TCBB.2007.1011⟩ Article dans une revue lirmm-00111979v1
	A Fast and Specific Alignment Method for Minisatellite Maps Sèverine Bérard , François Nicolas , Jérome Buard , Olivier Gascuel , Eric Rivals Evolutionary Bioinformatics, 2006, 2, pp.327-344. ⟨10.1177/117693430600200025⟩ Article dans une revue lirmm-00120145v1
	Comparison of Minisatellites Sèverine Bérard , Eric Rivals Journal of Computational Biology, 2003, 10 (3-4), pp. 357-372. ⟨10.1145/565196.565205⟩ Article dans une revue lirmm-00269555v1

	Comment la reconstruction de génomes ancestraux peut aider à l'assemblage de génomes actuels Yoann Anselmetti , Vincent Berry , Cedric Chauve , Annie Chateau , Eric Tannier Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, 2016, Lyon, France Communication dans un congrès hal-01394409v1
	Comparaison de Minisatellites Sèverine Bérard , Eric Rivals JOBIM'02 : Journées Ouvertes Biologie, Informatique, Mathématiques, St Malo, France, pp.261-262 Communication dans un congrès lirmm-00268469v1
	Perfect DCJ rearrangement Annie Chateau , Cedric Chauve , Sèverine Bérard , Eric Tannier , Christophe Paul RECOMB-CG: Comparative Genomics, Oct 2008, Paris, France. pp.158-169, ⟨10.1007/978-3-540-87989-3_12⟩ Communication dans un congrès lirmm-00327258v1
	ClusterInspector: a tool to visualize ontology-based relationships between biological entities Sèverine Bérard , Laurent Tichit , Carl Herrmann Les Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques Actes de {JOBIM}' 2005, Jul 2005, Lyon, France Communication dans un congrès hal-04145768v1
	Perfect Sorting by Reversal is not Always Difficult Sèverine Bérard , Anne Bergeron , Cédric Chauve , Christophe Paul WABI: Workshop on Algorithms in Bioinformatics, Oct 2005, Mallorca, Spain. pp.228-238, ⟨10.1007/11557067_19⟩ Communication dans un congrès lirmm-00106465v1
	Alignement de Séquences avec des Opérations non-Communicatives Sèverine Bérard Francoro IV: 4ième Conférence Internationale en Recherche Opérationnelle, Aug 2004, Fribourg, Suisse Communication dans un congrès lirmm-00109129v1
	Conservation of Combinatorial Structures in Evolution Scenarios Sèverine Bérard , Anne Bergeron , Cedric Chauve RECOMB-CG: Comparative Genomics, Oct 2004, Bertinoro, Italy. pp.1-14, ⟨10.1007/978-3-540-32290-0_1⟩ Communication dans un congrès lirmm-00108819v1
	Comparaison de Séquences avec Amplifications et Contractions Sèverine Bérard , Eric Rivals ROADEF 2003 - 4e Congrès de la Société Française de Recherche Opérationnelle et d'Aide à la Décision, 2003, Avignon, France. pp.169-170 Communication dans un congrès lirmm-00269459v1
	Comparison of Minisatellites Sèverine Bérard , Eric Rivals RECOMB 2002 - 6th International Conference on Computational Molecular Biology, Apr 2002, Whashington, DC, United States. pp.67-76, ⟨10.1145/565196.565205⟩ Communication dans un congrès lirmm-00090351v1
	Comparaison de Minisatellites Sèverine Bérard , Eric Rivals Réunion Annuelle du Groupe de Génétique et Biologie des Populations, Aug 2002, Montpellier, France. pp.128 Communication dans un congrès lirmm-00269317v1

	Ancestral Genome Organization as a Diagnosis Tool for Phylogenomics Eric Tannier , Adelme Bazin , Adrián Davín , Laurent Guéguen , Sèverine Bérard Scornavacca, Celine; Delsuc, Frédéric; Galtier, Nicolas. Phylogenetics in the Genomic Era, No commercial publisher \| Authors open access book, pp.2.5:1--2.5:19, 2020 Chapitre d'ouvrage hal-02535466v1
	Comparative Methods for Reconstructing Ancient Genome Organization Yoann Anselmetti , Nina Luhmann , Sèverine Bérard , Eric Tannier , Cedric Chauve Comparative Genomics: Methods and Protocols, pp.343 - 362, 2017, ⟨10.1007/978-1-4939-7463-4_13⟩ Chapitre d'ouvrage hal-03192460v1

	A bird’s white-eye view on neosex chromosome evolution Thibault Leroy , Yoann Anselmetti , Marie-Ka Tilak , Sèverine Bérard , Laura Csukonyi 2019, ⟨10.1101/505610⟩ Autre publication scientifique hal-02155307v1

	Comparaison de séquences répétées en tandem et application à la génétique Sèverine Bérard Autre [cs.OH]. Université Montpellier II - Sciences et Techniques du Languedoc, 2003. Français. ⟨NNT : ⟩ Thèse tel-00005930v1

	Histoires évolutives et autres comptes. Algorithmes et graphes pour la bioinformatique Sèverine Bérard Bio-informatique [q-bio.QM]. Université de Montpellier, 2016 HDR tel-02144135v1