Recherche - Archive ouverte HAL Accéder directement au contenu

Filtrer vos résultats

56 résultats
Page :
triés par

BioBrowsing: Making the Most of the Data Available in Entrez

 Sarah Cohen-Boulakia , Kevin Masini
21st Int. Conf. in Scientific and Statistical Database Management (SSDBM), LNCS 5566, Springer, Jun 2009, New Orlean, United States. pp.283-291
Communication dans un congrès inria-00542344v1

Biological Metadata Management

 Zoé Lacroix , R. Cartik , Peter Mork , Mark Wilkinson , Sarah Cohen-Boulakia
Ling Liu and M. Tamer Özsu. Encyclopedia of Database Systems, Springer US, pp.215-219, 2009, 978-0-387-35544-3, 978-0-387-39940-9
Chapitre d'ouvrage hal-00785756v1
Image document

A Coq formalization of data provenance

 Véronique Benzaken , Sarah Cohen-Boulakia , Évelyne Contejean , Chantal Keller , Rébecca Zucchini
Certified Programs and Proofs, ACM, Jan 2021, Virtual Event, Denmark. ⟨10.1145/3437992.3439920⟩
Communication dans un congrès hal-03380459v1
Image document

Phenomenal: a software framework for model-assisted analysis of high throughput plant phenotyping data

 Christian Fournier , Simon Artzet , Jérôme Chopard , Michael Mielewczik , Nicolas Brichet , et al.
IAMPS 2015 (International Workshop on Image Analysis Methods for the Plant Sciences), Sep 2015, Louvain-la-Neuve, Belgium.
Poster de conférence hal-01253627v1
Image document

Selecting Biological Data Sources and Tools with XPR, a Path Language for RDF

 Sarah Cohen-Boulakia , Christine Froidevaux , Emmanuel Pietriga
Pacific Symposium on Biocomputing, Jan 2006, Maui, USA, United States. pp.116-127, ⟨10.1142/9789812701626_0012⟩
Communication dans un congrès inria-00125468v1

Scientific Workflow Rewriting while Preserving Provenance

 Sarah Cohen-Boulakia , Christine Froidevaux , Jiuqiang Chen
Proc. of the 8th IEEE International Conference in eScience, Oct 2012, Chicago, United States
Communication dans un congrès hal-00748032v1
Image document

ConQuR-Bio: Consensus Ranking with Query Reformulation for Biological Data

 Bryan Brancotte , Bastien Rance , Alain Denise , Sarah Cohen-Boulakia
10th International Conference, Data Integration in the Life Sciences, Jul 2014, Lisbon, Portugal. pp.128 - 142, ⟨10.1007/978-3-319-08590-6_13⟩
Communication dans un congrès hal-01091053v1
Image document

The CoLoMoTo Interactive Notebook: Accessible and Reproducible Computational Analyses for Qualitative Biological Networks

 Aurélien Naldi , Céline Hernandez , Nicolas Levy , Gautier Stoll , Pedro Monteiro , et al.
Frontiers in Physiology, 2018, 9, pp.n°680:1-13. ⟨10.3389/fphys.2018.00680⟩
Article dans une revue hal-01794294v2
Image document

Data Integration in the Life Sciences: Scientific Workflows, Provenance, and Ranking

 Sarah Cohen-Boulakia
Bioinformatics [q-bio.QM]. Université Paris-Sud, 2015
HDR tel-01245229v1
Image document

Vers une formalisation en Coq de la provenance de données

 Véronique Benzaken , Sarah Cohen-Boulakia , Évelyne Contejean , Chantal Keller , Rébecca Zucchini
31ème Journées Francophones des Langages Applicatifs, Jan 2020, Gruissan, France. pp.72-87
Communication dans un congrès hal-03080066v1

Interrogation et gestion de données bio-informatiques pour la biologie moléculaire

 Sarah Cohen-Boulakia , Patrick Valduriez
Techniques de l'Ingénieur, 2015, Interrogation et gestion de données bio-informatiques pour la biologie moléculaire, TIP140WEB, pp.BIO7055. ⟨10.51257/a-v1-bio7055⟩
Article dans une revue hal-01160897v1
Image document

NGPhylogeny.fr: new generation phylogenetic services for non-specialists

 Frédéric Lemoine , Damien Correia , Vincent Lefort , Olivia Doppelt-Azeroual , Fabien Mareuil , et al.
Nucleic Acids Research, 2019, 47 (W1), pp.W260-W265. ⟨10.1093/nar/gkz303⟩
Article dans une revue hal-02341225v1
Image document

Search, adapt, and reuse: the future of scientific workflows

 Sarah Cohen-Boulakia , Ulf Leser
SIGMOD record, 2011, ⟨10.1145/2034863.2034865⟩
Article dans une revue inria-00638043v1
Image document

DistillFlow: removing redundancy in scientific workflows

 Jiuqiang Chen , Sarah Cohen-Boulakia , Christine Froidevaux , Carole Goble , Paolo Missier , et al.
SSDBM '14 Proceedings of the 26th International Conference on Scientific and Statistical Database Management, Jun 2014, Aalborg, Denmark. ⟨10.1145/2618243.2618287⟩
Communication dans un congrès hal-01091033v1
Image document

Extraction d'informations sur les workflows scientifiques à partir de la littérature

 Clémence Sebe , Aurélie Névéol , Sarah Cohen-Boulakia , Alban Gaignard
23ème conférence francophone sur l'Extraction et la Gestion des Connaissances (EGC), Jan 2023, Lyon, France. pp.313-320
Communication dans un congrès hal-03991363v1
Image document

Representing bioinformatics Nextflow workflows in RO-Crate : challenges and opportunities

 George Marchment , Marie Schmit , Clémence Sebe , Frédéric Lemoine , Hervé Ménager , et al.
Semantic Web Applications and Tools for Health Care and Life Sciences, Feb 2024, Leiden, Netherlands. Zenodo, 2024, ⟨10.5281/zenodo.10822156⟩
Poster de conférence hal-04540040v1
Image document

OpenAlea: Scientific Workflows Combining Data Analysis and Simulation

 Christophe Pradal , Christian Fournier , Patrick Valduriez , Sarah Cohen-Boulakia
SSDBM: Scientific and Statistical Database Management, Jun 2015, San Diego, United States. ⟨10.1145/2791347.2791365⟩
Communication dans un congrès hal-01166298v1
Image document

Distilling structure in Taverna scientific workflows: a refactoring approach

 Sarah Cohen-Boulakia , Jiuqiang Chen , Paolo Missier , Carole Goble , Alan Williams , et al.
BMC Bioinformatics, 2014, 15 (Suppl 1), pp.S12
Article dans une revue hal-00926827v1
Image document

Distilling Structure in Scientific Workflows

 Jiuqiang Chen , Christine Froidevaux , Carole Goble , Alan Williams , Sarah Cohen-Boulakia
Proc. of the 12th International Workshop on Network Tools and Applications in Biology, Nettab 2012 (Poster), Nov 2012, Como, Italy. pp.10-102
Communication dans un congrès hal-00748035v1

Next Generation Data Integration for the Life Sciences

 Sarah Cohen-Boulakia , Ulf Leser
IEEE International Conference on Data Engineering (ICDE), Apr 2011, Hannover, Germany
Communication dans un congrès inria-00542359v1
Image document

Réécriture de workflows scientifiques et provenance

 Sarah Cohen-Boulakia , Christine Froidevaux , Jiuqiang Chen
Proc. of the 28th Journées de Bases de Données Avancées, Oct 2012, Clermont Ferrand, France
Communication dans un congrès hal-00748031v1

Privacy Issues in Scientific Workflow Provenance

 Susan Davidson , Sanjeev Khanna , Sudeepa Roy , Sarah Cohen-Boulakia , Zhuowei Bao , et al.
1st Int. Workshop on Workflow Approaches to New Data-centric Science (SIGMOD Workshop), Jun 2010, Indianapolis, United States
Communication dans un congrès inria-00542339v1
Image document

Représentation systémique multi-échelle des processus biologiques de la bactérie

 Vincent J. Henry , Arnaud Ferré , Christine Froidevaux , Anne Goelzer , Vincent V. Fromion , et al.
IC2016 - Ingénierie des Connaissances, Jun 2016, Montpellier, France
Communication dans un congrès hal-01442727v1

Provenance in Scientific Databases

 Sarah Cohen-Boulakia , Wang Chiew Tan
Ling Liu, M. Tamer Özsu. Encyclopedia of Database Systems, Springer US, pp.2202-2207, 2009
Chapitre d'ouvrage inria-00542347v1
Image document

FAIR Scientific Workflows: Status, Challenges and Research Opportunities

 Sarah Cohen-Boulakia
Revue des Nouvelles Technologies de l'Information, 2022, Extraction et Gestion des Connaissances, EGC 2022, RNTI-E-38, pp.7-8
Article dans une revue hal-04402300v1
Image document

Reprohackathons: promoting reproducibility in bioinformatics through training

 Thomas Cokelaer , Sarah Cohen-Boulakia , Frédéric Lemoine
Bioinformatics, 2023, 39 (Sup 1), pp.i11 - i20. ⟨10.1093/bioinformatics/btad227⟩
Article dans une revue hal-04402365v1
Image document

Une autocomplétion générique de SPARQL dans un contexte multi-services

 Karima Rafes , Sarah Cohen-Boulakia , Serge Abiteboul
BDA 2017 - 33ème conférence sur la «Gestion de Données — Principes, Technologies et Applications», Nov 2017, Nancy, France
Communication dans un congrès hal-01627760v1
Image document

Towards a logic-based method to infer provenance-aware molecular networks

 Zahira Aslaoui-Errafi , Sarah Cohen-Boulakia , Christine Froidevaux , Pauline Gloaguen , Anne Poupon , et al.
Proc. of the 1st ECML/PKDD International workshop on Learning and Discovery in Symbolic Systems Biology (LDSSB), Sep 2012, Bristol, United Kingdom. pp.103-110
Communication dans un congrès hal-00748041v1
Image document

Rank aggregation with ties: Experiments and Analysis

 Bryan Brancotte , Bo Yang , Guillaume Blin , Sarah Cohen-Boulakia , Alain Denise , et al.
Proceedings of the VLDB Endowment (PVLDB), 2015, Proceedings of the VLDB Endowment (PVLDB), 8 (11), pp.1202-1213. ⟨10.14778/2809974.2809982⟩
Article dans une revue hal-01165336v1

Review of the selected proceedings of the Fifth International Workshop on Data Integration in the Life Sciences 2008.

 Amos Bairoch , Sarah Cohen-Boulakia , Christine Froidevaux
BMC Bioinformatics, 2008, 9 Suppl 8, pp.S1. ⟨10.1186/1471-2105-9-S8-S1⟩
Article dans une revue inria-00542304v1
Page :