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Guide pratique à destination des biologistes, bioinformaticiens et statisticiens qui souhaitent s’initier aux analyses métabarcoding

 Hélène Falentin , Lucas Auer , Mahendra Mariadassou , Géraldine Pascal , Olivier Rué , et al.
Le Cahier des Techniques de l'INRA, 2019, 2019 (97), pp.1-23
Article dans une revue hal-02311421v1
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BRC4Env, the Biological Resource Centres for the Environment of AgroBRC-RARe

 Sylvia Bruneau , Emmanuelle Artige , Céline Faivre-Primot , Frédéric Marchand , Samuel Mondy , et al.
Journées scientifiques du département ECODIV, Mar 2023, Lyon, France. 2023, ⟨10.15454/TRBJTB⟩
Poster de conférence hal-04104201v1
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Accessing the genomic information of unculturable oceanic picoeukaryotes by combining multiple single cells

 Jean-François Mangot , Ramiro Logares , Pablo Sánchez , Fran Latorre , Yoann 6 Seeleuthner , et al.
Scientific Reports, 2017, 7, pp.41498. ⟨10.1038/srep41498⟩
Article dans une revue hal-01466618v1
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Genomic and metabolic comparison with Dickeya dadantii 3937 reveals the emerging Dickeya solani potato pathogen to display distinctive metabolic activities and T5SS/T6SS-related toxin repertoire

 Jacques J. Pedron , Samuel Mondy , Yannick Raoul Des Essarts , Frederique F. van Gijsegem , Denis Faure
BMC Genomics, 2014, 15, ⟨10.1186/1471-2164-15-283⟩
Article dans une revue hal-02632855v1

T-DNA tagging in the model legume Medicago truncatula allows efficient gene discovery

 Marije Scholte , Isabelle d'Erfurth , Sonia Rippa , Samuel Mondy , Viviane Cosson , et al.
Molecular Breeding, 2002, pp.203-215. ⟨10.1023/A:1020564612093⟩
Article dans une revue istex hal-00147040v1
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BRC4Env, un réseau de Centres de Ressources Biologiques au service des recherches en environnement et en agronomie

 Christian Mougin , Emmanuelle Artige , Frédéric Marchand , Samuel Mondy , Céline Ratié , et al.
2017
Article de blog scientifique hal-02788363v1

Variable and core functional rhizosphere microbiota associated with seven Medicago truncatula genotypes

 Zhu, Liya , Olivier Rué , Florence Deau , Julie Cremaschi , Valentin Loux , et al.
Journée doctorants UMR Agroécologie, Nov 2023, Dijon, France
Communication dans un congrès hal-04317070v1
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BRC4Env, un réseau de Centres de Ressources Biologiques et de collections au service des dispositifs expérimentaux de longue durée

 Christian Mougin , Céline Faivre-Primot , Samuel Mondy , Céline Ratié , Philippe Berche , et al.
« Enjeux sur le sol : les dispositifs de longue durée pour répondre aux questions d’aujourd’hui et de demain », Nov 2018, Versailles, France. , 2018
Poster de conférence hal-02786159v1
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Le RMQS, une approche transposable à la caractérisation des sédiments ?

 Nathalie Cheviron , Samuel Mondy , Claudy C. Jolivet , Christian Mougin
Workshop Franco-Suisse SédiCommuTOX : comment améliorer la qualité écotoxicologique des sédiments dans les milieux aquatiques continentaux par l’étude des communautés benthiques ?, Apr 2017, Villié Morgon, France
Communication dans un congrès hal-01607192v1

Core genome and plasmidome of the quorum-quenching bacterium Rhodococcus erythropolis.

 Anthony Kwasiborski , Samuel Mondy , Teik-Min Chong , Kok-Gan Chan , Amélie Beury-Cirou , et al.
Genetica, 2015, 143 (2), pp.253-61. ⟨10.1007/s10709-015-9827-4⟩
Article dans une revue hal-01436077v1

L’holobionte « vigne » face au dépérissement ou quand le « vivre ensemble » n’est plus à l’équilibre

 Sophie Trouvelot , Héloise Mahé , Pauline Bettenfeld , Evert van Schaik , Marielle Adrian , et al.
La revue des œnologues et des techniques vitivinicoles et œnologiques, 2019, 173, pp.14-15
Article dans une revue hal-02624886v1
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BRC4Env, a network of Biological Resource Centres for research in environmental and agricultural sciences

 Christian Mougin , Emmanuelle Artige , Frédéric Marchand , Samuel Mondy , Céline Ratié , et al.
Environmental Science and Pollution Research, 2018, 25 (34), pp.33849-33857. ⟨10.1007/s11356-018-1973-7⟩
Article dans une revue hal-01774729v1
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BRC4Env : un réseau de Centres de Ressources Biologiques et de collections dédié aux ressources environnementales

 Christian Mougin , Emmanuelle Artige , Frédéric Marchand , Samuel Mondy , Céline Ratié , et al.
6ème Séminaire du réseau d’écotoxicologie terrestre et aquatique, 2017, Alixan, France
Communication dans un congrès hal-01652054v1

L’holobionte vigne, un levier biologique pour lutter contre les dépérissements ?

 Sophie Trouvelot , Héloise Mahé , Pauline Bettenfeld , Evert van Schaik , Marielle Adrian , et al.
La revue des œnologues et des techniques vitivinicoles et œnologiques, 2019, 172, pp.23-26
Article dans une revue hal-02620078v1

GOLLUM [FeFe]-hydrogenase-like proteins are essential for plant development in normoxic conditions and modulate energy metabolism

 Samuel Mondy , Aurore Lenglet , Viviane Cosson , Sandra S. Pelletier , Stephanie S. Pateyron , et al.
Plant, Cell and Environment, 2014, 37 (1), pp.54 - 69. ⟨10.1111/pce.12128⟩
Article dans une revue hal-03064587v1
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Les plateformes analytiques d’AnaEE-France : des outils au service de la connaissance de la biodiversité

 Christian Mougin , Nathalie Cheviron , Samuel Mondy , Pierre Taberlet , Philippe Vandenkoornhuyse
Séminaire Ecoscope : Données et évaluation de la biodiversité. Quels enjeux, quels défis ?, Dec 2017, Paris, France. 2017
Poster de conférence hal-01662242v1

BIOCOM-PIPE: a new user-friendly metabarcoding pipeline for the characterization of microbial diversity from 16S, 18S and 23S rRNA gene amplicons

 Christophe Djemiel , Samuel Dequiedt , Battle Karimi , Aurélien Cottin , Thibault Girier , et al.
BMC Bioinformatics, 2020, 21 (1), pp.1-21. ⟨10.1186/s12859-020-03829-3⟩
Article dans une revue hal-03014150v1
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Groupe de travail sur les Métiers de la Bioinformatique (MetBIF)

 Hélène Chiapello , Samuel Mondy , Morgane Thomas-Chollier
JOBIM 2018, Jul 2018, Marseille, France
Poster de conférence hal-03287534v1

Shotgun metagenomics sequencing of the rhizosphere microbiota associated to seven ecotypes of Medicago truncatula

 Julie Cremaschi , Olivier Rué , Florence Deau , Philippe Lemanceau , Valentin Loux , et al.
Rhizosphere 5, Jul 2019, Saskatoon, Saskatchewan, Canada
Communication dans un congrès hal-02735116v1
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Co-organisation de la journée annuelle ARVALIS Institut du Végétal

 Philippe Lemanceau , Daniel Wipf , Sandrine Petit , Nicolas Munier-Jolain , Christophe Salon , et al.
Journée Annuelle ARVALIS Institut du Végétal, ARVALIS - Institut du végétal [Paris]. FRA., Jun 2016, Dijon, France
Communication dans un congrès hal-02743624v1

Draft Genome Sequences of Pseudomonas fluorescens Strains PA4C2 and PA3G8 and Pseudomonas putida PA14H7, Three Biocontrol Bacteria against Dickeya Phytopathogens.

 Jeremy Cigna , Yannick Raoul Des Essarts , Samuel Mondy , Valérie Hélias , Amélie Beury-Cirou , et al.
Genome Announcements, 2015, 3 (1), pp.e01503-14. ⟨10.1128/genomeA.01503-14⟩
Article dans une revue hal-01436131v1

BRC4Env, le réseau de Centres de Ressources Biologiques agro-environnementales de l’infrastructure AgroBRC-RARe pour vos recherches en écotoxicologie et agroécologie

 Sylvia Bruneau , Emmanuelle Artige , Céline Faivre-Primot , Frédéric Marchand , Samuel Mondy , et al.
8ème Séminaire du réseau d’écotoxicologie terrestre et aquatique, INRAE, Nov 2023, La Rochelle & online, France
Communication dans un congrès hal-04293436v1
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One green roof type, one Technosol, one ecological community

 Sophie S. Joimel , Baptiste Grard , Claire Chenu , Pénélope Cheval , Samuel Mondy , et al.
Ecological Engineering, 2022, 175, pp.106475. ⟨10.1016/j.ecoleng.2021.106475⟩
Article dans une revue hal-03665415v1
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Survey of the green picoalga Bathycoccus genomes in the global ocean

 Thomas Vannier , Jade Leconte , Yoann Seeleuthner , Samuel Mondy , Eric Pelletier , et al.
Scientific Reports, 2016, 6, pp.37900. ⟨10.1038/srep37900⟩
Article dans une revue hal-01410203v1
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Genome Sequence of the Potato Plant Pathogen Dickeya dianthicola Strain RNS04.9.

 Yannick Raoul Des Essarts , Samuel Mondy , Valérie Hélias , Denis Faure
Genome Announcements, 2015, 3 (3), pp.e00581-15. ⟨10.1128/genomeA.00581-15⟩
Article dans une revue hal-01433048v1

The holobiont, a biological lever to manage some declines of grapevine

 Sophie Trouvelot , Florence Fontaine , Héloise Mahé , Pauline Bettenfeld , Evert van Schaik , et al.
11. th International Workshop on Grapevine Trunk Diseases, Jul 2019, Penticton, Canada. , 2019
Poster de conférence hal-02734820v1

Influence of the FanLeaf Virus on the grapevine holobiont : a study from the soil to the leaves

 Pierre-Emmanuel Courty , Anthony Auclair , Célien Durney , Lucile Jacquens , Daniel Wipf , et al.
10th Congress of the International Symbiosis Society et 3rd International Conference on Holobionts (Symbiosis in the anthropocene era), Jul 2022, Lyon, France
Poster de conférence hal-03888408v1

The “biased rhizosphere” concept and advances in the omics era to study bacterial competitiveness and persistence in the phytosphere

 Michael Savka , Yves Dessaux , Brian B Mcspadden Gardener , Samuel Mondy , Petra Kohler , et al.
Molecular Microbial Ecology of the Rhizosphere, Wiley-Blackwell, pp.1147-1161, 2013
Chapitre d'ouvrage hal-02809714v1
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BRC4Env, un réseau de Centres de Ressources Biologiques et de collections dédié aux ressources environnementales

 Christian Mougin , Emmanuelle Artige , Céline Faivre-Primot , Frédéric Marchand , Samuel Mondy , et al.
Le SEM 2018, Forum Santé, Environnement & Molécules, Oct 2018, Alixan, France. 2018
Poster de conférence hal-02786220v1

The low level of activity of Arabidopsis thaliana Tag1 transposon correlates with the absence of two minor transcripts in Medicago truncatula.

 Isabelle Erfurth , Viviane Cosson , Samuel Mondy , Lysiane Brocard , Adam Kondorosi , et al.
Molecular Breeding, 2006, 17 (4), pp.317-328. ⟨10.1007/s11032-006-9003-8⟩
Article dans une revue istex hal-00118521v1
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