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Samuel Alizon

Directeur de Recherche CNRS, responsable de l'équipe Écologie et évolution de la santé
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Affiliations actuelles
  • 139750
Identifiants chercheurs
Site web
  • https://www.college-de-france.fr/personne/samuel-alizon

Présentation

Je suis Directeur de recherche au CNRS, affecté au [Centre Interdisciplinaire de Recherches en Biologie (CIRB)](https://www.college-de-france.fr/site/en-cirb/center-for-interdisciplinary-research-in-biology.htm) au Collège de France à Paris. Mes travaux portent sur l'écologie et l'évolution de la santé, notamment les virus humains tels que les papillomavirus humains (HPV), le VIH ou le SARS-CoV-2. Je développe en particulier des modèles mathématiques et des simulations numériques. Je suis l'auteur d'un livre grand public intitulé [Évolution, écologie et pandémies](https://www.editionspoints.com/ouvrage/evolution-ecologie-et-pandemies-samuel-alizon/9782757887233), publié en 2020 au Points Seuil. Pour plus de détails, voir mon [site internet personnel](https://alizon.ouvaton.org/index_fr.html).
CNRS research director, based at the [Centre for Interdisciplinary Research in Biology (CIRB)](https://www.college-de-france.fr/site/en-cirb/center-for-interdisciplinary-research-in-biology.htm) in Paris. Theoretical evolutionary ecologist specialised in the study of infectious diseases, with a particular interest in human viruses such as HIV, HCV, SARS-CoV-2, or HPV. For further details, see my [personal](https://alizon.ouvaton.org/) website.

Publications

yannis-michalakis
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SARS-CoV-2 viral RNA levels are not 'viral load'

Yannis Michalakis , Mircea T Sofonea , Samuel Alizon , Ignacio G. Bravo
Trends in Microbiology, 2021, 29 (11), pp.970-972. ⟨10.1016/j.tim.2021.08.008⟩
Article dans une revue hal-03419147v1
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Memory is key in capturing COVID-19 epidemiological dynamics

Mircea T Sofonea , Bastien Reyné , Baptiste Elie , Ramsès Djidjou-Demasse , Christian Selinger
Epidemics, 2021, 35, pp.100459. ⟨10.1016/j.epidem.2021.100459⟩
Article dans une revue hal-03289624v1
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Detecting Rapid Spread of SARS-CoV-2 Variants, France, January 26–February 16, 2021

Stéphanie Haim-Boukobza , Bénédicte Roquebert , Sabine Trombert-Paolantoni , Emmanuel Lecorche , Laura Verdurme
Emerging Infectious Diseases, 2021, 27 (5), pp.1496-1499. ⟨10.3201/eid2705.210397⟩
Article dans une revue hal-03150819v3
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Two waves and a high tide: the COVID-19 epidemic in France

Mircea T Sofonea , Corentin Boennec , Yannis Michalakis , Samuel Alizon
Anaesthesia Critical Care & Pain Medicine, 2021, 40 (3), pp.100881. ⟨10.1016/j.accpm.2021.100881⟩
Article dans une revue hal-03289626v2
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Early phylodynamics analysis of the COVID-19 epidemic in France

Gonché Danesh , Baptiste Elie , Yannis Michalakis , Mircea T Sofonea , Antonin Bal
Peer Community Journal, 2021, 1, pp.e45. ⟨10.24072/pcjournal.40⟩
Article dans une revue hal-03001114v2
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Exposing the diversity of multiple infection patterns

Mircea T Sofonea , Samuel Alizon , Yannis Michalakis
Journal of Theoretical Biology, 2017, 419, pp.278 - 289. ⟨10.1016/j.jtbi.2017.02.011⟩
Article dans une revue hal-01567902v1
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Adaptive virulence evolution: the good old fitness-based approach

Samuel Alizon , Yannis Michalakis
Trends in Ecology & Evolution, 2015, 30 (5), pp.248-254. ⟨10.1016/j.tree.2015.02.009⟩
Article dans une revue hal-01567907v1

From within-host interactions to epidemiological competition: a general model for multiple infections

Mircea T Sofonea , Samuel Alizon , Yannis Michalakis
Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, 2015, 370 (1675), pp.20140303. ⟨10.1098/rstb.2014.0303⟩
Article dans une revue hal-01571806v1
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Multiple infections and the evolution of virulence

Samuel Alizon , Jacobus C De Roode , Yannis Michalakis
Ecology Letters, 2013, 16 (4), pp.556-567. ⟨10.1111/ele.12076⟩
Article dans une revue hal-01567918v1

Inclusive fitness theory and eusociality

Patrick Abbot , Jun Abe , John Alcock , Samuel Alizon , Joao a C Alpedrinha
Nature, 2011, 471 (7339), pp.E1-4. ⟨10.1038/nature09831⟩
Article dans une revue hal-01567932v1

The transmission-virulence trade-off and superinfection: comments to smith

Samuel Alizon , Yannis Michalakis
Evolution - International Journal of Organic Evolution, 2011, 65 (12), pp.3633-8. ⟨10.1111/j.1558-5646.2011.01432.x⟩
Article dans une revue hal-01567930v1

The virulence-transmission trade-off in vector-borne plant viruses: a review of (non-)existing studies

R Froissart , J Doumayrou , F Vuillaume , Samuel Alizon , Y Michalakis
Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, 2010, 365 (1548), pp.1907-18. ⟨10.1098/rstb.2010.0068⟩
Article dans une revue hal-01567933v1
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Les effets sexe spécifiques de COVID-19 en France pourraient-ils être expliqués par des comorbidités ?

Yannis Michalakis , Mircea T Sofonea , Samuel Alizon
[Rapport de recherche] 10, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS); Institut de recherche pour le développement (IRD); Université de Montpellier (UM), FRA. 2020
Rapport hal-02950676v1
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Évolution de la virulence et COVID-19

Samuel Alizon , Yannis Michalakis , Mircea T Sofonea
[Rapport de recherche] 12, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS); Institut de recherche pour le développement (IRD); Université de Montpellier (UM), FRA. 2020
Rapport hal-02950712v1
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Les effets sexe spécifiques de COVID-19 en France et l’implication potentielle des déficits en G6PD

Yannis Michalakis , Mircea T Sofonea , Samuel Alizon
[Rapport de recherche] 11, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS); Institut de recherche pour le développement (IRD); Université de Montpellier (UM), FRA. 2020
Rapport hal-02950702v1
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Modéliser l'épidémie de COVID-19 (résumé)

Samuel Alizon , Mircea T Sofonea , Yannis Michalakis
[Rapport de recherche] 7, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS); Institut de recherche pour le développement (IRD); Université de Montpellier (UM), FRA. 2020
Rapport hal-02950651v1