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Samuel Alizon

Directeur de Recherche CNRS, responsable de l'équipe Écologie et évolution de la santé
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Affiliations actuelles
  • 139750
Identifiants chercheurs
Site web
  • https://www.college-de-france.fr/personne/samuel-alizon

Présentation

Je suis Directeur de recherche au CNRS, affecté au [Centre Interdisciplinaire de Recherches en Biologie (CIRB)](https://www.college-de-france.fr/site/en-cirb/center-for-interdisciplinary-research-in-biology.htm) au Collège de France à Paris. Mes travaux portent sur l'écologie et l'évolution de la santé, notamment les virus humains tels que les papillomavirus humains (HPV), le VIH ou le SARS-CoV-2. Je développe en particulier des modèles mathématiques et des simulations numériques. Je suis l'auteur d'un livre grand public intitulé [Évolution, écologie et pandémies](https://www.editionspoints.com/ouvrage/evolution-ecologie-et-pandemies-samuel-alizon/9782757887233), publié en 2020 au Points Seuil. Pour plus de détails, voir mon [site internet personnel](https://alizon.ouvaton.org/index_fr.html).
CNRS research director, based at the [Centre for Interdisciplinary Research in Biology (CIRB)](https://www.college-de-france.fr/site/en-cirb/center-for-interdisciplinary-research-in-biology.htm) in Paris. Theoretical evolutionary ecologist specialised in the study of infectious diseases, with a particular interest in human viruses such as HIV, HCV, SARS-CoV-2, or HPV. For further details, see my [personal](https://alizon.ouvaton.org/) website.

Publications

mircea-t-sofonea
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Within-host evolutionary dynamics of antimicrobial quantitative resistance

 Ramsès Djidjou-Demasse , Mircea T Sofonea , Marc Choisy , Samuel Alizon
Mathematical Modelling of Natural Phenomena, 2023, 18, pp.24. ⟨10.1051/mmnp/2023019⟩
Article dans une revue hal-03194023v4
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Variant‐specific SARS‐CoV‐2 within‐host kinetics

 Baptiste Elie , Bénédicte Roquebert , Mircea T Sofonea , Sabine Trombert-Paolantoni , Vincent Foulongne
Journal of Medical Virology, 2022, 94 (8), pp.3625-3633. ⟨10.1002/jmv.27757⟩
Article dans une revue hal-03651890v1
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Analyzing and Modeling the Spread of SARS-CoV-2 Omicron Lineages BA.1 and BA.2, France, September 2021–February 2022

 Mircea Sofonea , Bénédicte Roquebert , Vincent Foulongne , David Morquin , Laura Verdurme
Emerging Infectious Diseases, 2022, 28 (7), pp.1355-1365. ⟨10.3201/eid2807.220033⟩
Article dans une revue hal-03714983v1
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Epidemiological and clinical insights from SARS-CoV-2 RT-PCR crossing threshold values, France, January to November 2020

 Samuel Alizon , Christian Selinger , Mircea T Sofonea , Stéphanie Haim-Boukobza , Jean-Marc Giannoli
Eurosurveillance, 2022, 27 (6), pp.2100406. ⟨10.2807/1560-7917.ES.2022.27.6.2100406⟩
Article dans une revue hal-03175551v3

Corrigendum to: Analysing different exposures identifies that wearing masks and establishing COVID-19 areas reduce secondary-attack risk in aged-care facilities

 Bastien Reyné , Christian Selinger , Mircea Sofonea , Stéphanie Miot , Amandine Pisoni
International Journal of Epidemiology, 2022, 51 (2), pp.689-689. ⟨10.1093/ije/dyab269⟩
Article dans une revue hal-04056156v1
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Non-Markovian modelling highlights the importance of age structure on Covid-19 epidemiological dynamics

 Bastien Reyné , Quentin Richard , Christian Selinger , Mircea T Sofonea , Ramsès Djidjou-Demasse
Mathematical Modelling of Natural Phenomena, 2022, 17, pp.7. ⟨10.1051/mmnp/2022008⟩
Article dans une revue hal-03629334v1
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Detecting Rapid Spread of SARS-CoV-2 Variants, France, January 26–February 16, 2021

 Stéphanie Haim-Boukobza , Bénédicte Roquebert , Sabine Trombert-Paolantoni , Emmanuel Lecorche , Laura Verdurme
Emerging Infectious Diseases, 2021, 27 (5), pp.1496-1499. ⟨10.3201/eid2705.210397⟩
Article dans une revue hal-03150819v3
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Early phylodynamics analysis of the COVID-19 epidemic in France

 Gonché Danesh , Baptiste Elie , Yannis Michalakis , Mircea T Sofonea , Antonin Bal
Peer Community Journal, 2021, 1, pp.e45. ⟨10.24072/pcjournal.40⟩
Article dans une revue hal-03001114v2
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Emerging dynamics from high-resolution spatial numerical epidemics

 Olivier Thomine , Samuel Alizon , Corentin Boennec , Marc Barthelemy , Mircea T Sofonea
eLife, 2021, 10, ⟨10.7554/elife.71417⟩
Article dans une revue hal-03415297v1
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Age-structured non-pharmaceutical interventions for optimal control of COVID-19 epidemic

 Quentin Richard , Samuel Alizon , Marc Choisy , Mircea T Sofonea , Ramsès Djidjou-Demasse
PLoS Computational Biology, 2021, ⟨10.1371/journal.pcbi.1008776⟩
Article dans une revue hal-02879512v3
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Two waves and a high tide: the COVID-19 epidemic in France

 Mircea T Sofonea , Corentin Boennec , Yannis Michalakis , Samuel Alizon
Anaesthesia Critical Care & Pain Medicine, 2021, 40 (3), pp.100881. ⟨10.1016/j.accpm.2021.100881⟩
Article dans une revue hal-03289626v2
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Within-host bacterial growth dynamics with both mutation and horizontal gene transfer

 Ramsès Djidjou-Demasse , Samuel Alizon , Mircea T Sofonea
Journal of Mathematical Biology, 2021, ⟨10.1007/s00285-021-01571-9⟩
Article dans une revue hal-02500420v1
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SARS‐CoV‐2 virulence evolution: Avirulence theory, immunity and trade‐offs

 Samuel Alizon , Mircea T Sofonea
Journal of Evolutionary Biology, 2021, 34 (12), pp.1867 - 1877. ⟨10.1111/jeb.13896⟩
Article dans une revue hal-03289628v1
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Episome partitioning and symmetric cell divisions: Quantifying the role of random events in the persistence of HPV infections

 Thomas Beneteau , Christian Selinger , Mircea T Sofonea , Samuel Alizon
PLoS Computational Biology, 2021, 17 (9), pp.e1009352. ⟨10.1371/journal.pcbi.1009352⟩
Article dans une revue hal-03357550v1
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SARS-CoV-2 variants of concern are associated with lower RT-PCR amplification cycles between January and March 2021 in France

 Benedicte Roquebert , Stéphanie Haim-Boukobza , Sabine Trombert-Paolantoni , Emmanuel Lecorche , Laura Verdurme
International Journal of Infectious Diseases, 2021, ⟨10.1016/j.ijid.2021.09.076⟩
Article dans une revue hal-03366559v1
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Estimating dates of origin and end of COVID-19 epidemics

 Thomas Bénéteau , Elie ` Baptiste , Mircea T Sofonea , Samuel Alizon
Peer Community Journal, 2021, 1, pp.e70. ⟨10.24072/pcjournal.63⟩
Article dans une revue hal-03120811v2
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Analysing different exposures identifies that wearing masks and establishing COVID-19 areas reduce secondary-attack risk in aged-care facilities

 Bastien Reyné , Christian Selinger , Mircea T Sofonea , Stéphanie Miot , Amandine Pisoni
International Journal of Epidemiology, 2021, 50 (6), pp.1788-1794. ⟨10.1093/ije/dyab121⟩
Article dans une revue hal-03289625v1
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Rapid spread of the SARS-CoV-2 Delta variant in some French regions, June 2021

 Samuel Alizon , Stéphanie Haim-Boukobza , Vincent Foulongne , Laura Verdurme , Sabine Trombert-Paolantoni
Eurosurveillance, 2021, 26 (28), ⟨10.2807/1560-7917.ES.2021.26.28.2100573⟩
Article dans une revue hal-03289622v1
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The SARS-CoV-2 B.1.351 lineage (VOC β) is outgrowing the B.1.1.7 lineage (VOC α) in some French regions in April 2021

 Bénédicte Roquebert , Sabine Trombert-Paolantoni , Stéphanie Haim-Boukobza , Emmanuel Lecorche , Laura Verdurme
Eurosurveillance, 2021, 26 (23), ⟨10.2807/1560-7917.es.2021.26.23.2100447⟩
Article dans une revue hal-03289627v1
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SARS-CoV-2 viral RNA levels are not 'viral load'

 Yannis Michalakis , Mircea T Sofonea , Samuel Alizon , Ignacio G. Bravo
Trends in Microbiology, 2021, 29 (11), pp.970-972. ⟨10.1016/j.tim.2021.08.008⟩
Article dans une revue hal-03419147v1
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Anticipating COVID-19 intensive care unit capacity strain: A look back at epidemiological projections in France

 Mircea T Sofonea , Samuel Alizon
Anaesthesia Critical Care & Pain Medicine, 2021, ⟨10.1016/j.accpm.2021.100943⟩
Article dans une revue hal-03366541v1
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Memory is key in capturing COVID-19 epidemiological dynamics

 Mircea T Sofonea , Bastien Reyné , Baptiste Elie , Ramsès Djidjou-Demasse , Christian Selinger
Epidemics, 2021, 35, pp.100459. ⟨10.1016/j.epidem.2021.100459⟩
Article dans une revue hal-03289624v1
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Detecting within-host interactions from genotype combination prevalence data

 Samuel Alizon , Carmen Lia Murall , Emma Saulnier , Mircea T Sofonea
Epidemics, 2019, 29, pp.100349. ⟨10.1016/j.epidem.2019.100349⟩
Article dans une revue hal-02387765v1
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Can Ebola Virus evolve to be less virulent in humans?

 Mircea T Sofonea , L. Aldakak , Luis F. V. V. Boullosa , Samuel Alizon
Journal of Evolutionary Biology, 2018, 31 (3), pp.382 - 392. ⟨10.1111/jeb.13229⟩
Article dans une revue hal-01897077v1
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Exposing the diversity of multiple infection patterns

 Mircea T Sofonea , Samuel Alizon , Yannis Michalakis
Journal of Theoretical Biology, 2017, 419, pp.278 - 289. ⟨10.1016/j.jtbi.2017.02.011⟩
Article dans une revue hal-01567902v1

From within-host interactions to epidemiological competition: a general model for multiple infections

 Mircea T Sofonea , Samuel Alizon , Yannis Michalakis
Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, 2015, 370 (1675), pp.20140303. ⟨10.1098/rstb.2014.0303⟩
Article dans une revue hal-01571806v1
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Épidémiologie et évolution du SARS-CoV-2

 Samuel Alizon , Mircea T Sofonea
Les années COVID : comment y survivre, , pp.65-74, 2023, 978-2-493270-69-6
Chapitre d'ouvrage hal-04184205v1
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Rt2: computing and visualising COVID-19 epidemics temporal reproduction number

 Bastien Reyné , Gonché Danesh , Samuel Alizon , Mircea T Sofonea
2020
Pré-publication, Document de travail hal-03045490v1
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Epidemiological monitoring and control perspectives: application of a parsimonious modelling framework to the COVID-19 dynamics in France

 Mircea T Sofonea , Bastien Reyné , Baptiste Elie , Ramsès Djidjou-Demasse , Christian Selinger
2020
Pré-publication, Document de travail hal-02619546v1
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De Delta à Omicron, scénarios de tendances hospitalières pour l'hiver 2021-2022

 Samuel Alizon , Mircea T Sofonea
[Rapport de recherche] 16, CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique; IRD - Institut de recherche pour le developpement; Université de Montpellier. 2021
Rapport hal-03502127v1
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Évolution de la virulence et COVID-19

 Samuel Alizon , Yannis Michalakis , Mircea T Sofonea
[Rapport de recherche] 12, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS); Institut de recherche pour le développement (IRD); Université de Montpellier (UM), FRA. 2020
Rapport hal-02950712v1
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Immunité de groupe et contrôle de l’épidémie de COVID-19

 Mircea T Sofonea , Samuel Alizon
[Rapport Technique] 2, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS); Institut de Recherche pour le Développement (IRD); Université de Montpellier (UM), FRA. 2020
Rapport hal-02882682v1
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Stochasticité et épidémie de COVID-19

 Thomas Bénéteau , Baptiste Elie , Samuel Alizon , Mircea T Sofonea
[Rapport de recherche] 8, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS); Institut de Recherche pour le Développement (IRD); Université de Montpellier (UM), FRA. 2020
Rapport hal-02950660v1
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Limites et délais dans l’estimation du nombre de reproduction

 Samuel Alizon , Bastien Reyné , Mircea T Sofonea
[Rapport de recherche] 5, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS); Institut de recherche pour le développement (IRD); Université de Montpellier (UM), FRA. 2020
Rapport hal-02882697v1
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Analyse de l’épidémie de COVID-19 en France et scénarios de contrôle

 Samuel Alizon , Mircea T Sofonea
[Rapport de recherche] 9, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS); Institut de recherche pour le développement (IRD); Université de Montpellier (UM), FRA. 2020
Rapport hal-02950665v1
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Les effets sexe spécifiques de COVID-19 en France et l’implication potentielle des déficits en G6PD

 Yannis Michalakis , Mircea T Sofonea , Samuel Alizon
[Rapport de recherche] 11, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS); Institut de recherche pour le développement (IRD); Université de Montpellier (UM), FRA. 2020
Rapport hal-02950702v1
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Modéliser l'épidémie de COVID-19 (résumé)

 Samuel Alizon , Mircea T Sofonea , Yannis Michalakis
[Rapport de recherche] 7, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS); Institut de recherche pour le développement (IRD); Université de Montpellier (UM), FRA. 2020
Rapport hal-02950651v1
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Les effets sexe spécifiques de COVID-19 en France pourraient-ils être expliqués par des comorbidités ?

 Yannis Michalakis , Mircea T Sofonea , Samuel Alizon
[Rapport de recherche] 10, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS); Institut de recherche pour le développement (IRD); Université de Montpellier (UM), FRA. 2020
Rapport hal-02950676v1