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OntoBiotope: une ontologie pour croiser les habitats microbiens avec les analyses de génomes.

 Robert Bossy , Estelle Chaix , Louise Deleger , Arnaud Ferré , Mouhamadou Ba , et al.
Les journées Bioinformatique de l'Inra, Mar 2016, Montpellier, France. pp.1
Communication dans un congrès hal-01455856v1
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Rapport de synthèse du chantier DOI

 Windpouire Esther Dzale Yeumo , Lydie Soler , Michael M. Alaux , Robert R. Bossy , Sebastien Carrere , et al.
[0] 2014, 47 p
Rapport hal-02801364v1
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Text-mining tools for extracting information about microbial biodiversity in food

 Estelle Chaix , Louise Deleger , Robert Bossy , Claire Nédellec
Food Microbiology, 2019, 81, pp.63-75. ⟨10.1016/j.fm.2018.04.011⟩
Article dans une revue hal-02628265v1
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Improving term extraction with linguistic analysis in the biomedical domain

 Wiktoria Golik , Robert R. Bossy , Zorana Ratkovic , Claire Nédellec
14th International Conference on Intelligent Text Processing and Computational Linguistics, Mar 2013, Samos, Greece
Communication dans un congrès hal-02748466v1

Integration of Alvis within the OpenMinTeD platform as Galaxy utilities

 Jean-Baptiste Bohuon , Mouhamadou Ba , Estelle Chaix , Robert Bossy , Claire Nédellec
Galaxy Community Conference, Jun 2017, Montpellier, France. pp.1, ⟨10.5281/zenodo.200370⟩
Communication dans un congrès hal-01556276v1
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Text-mining and ontologies: new approaches to knowledge discovery of microbial diversity

 Claire Nédellec , Robert Bossy , Estelle Chaix , Louise Deleger
4th International Conference on Microbial Diversity 2017, Oct 2017, Bari, Italy
Communication dans un congrès hal-02736151v1
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Overview of the regulatory network of plant seed development (SeeDev) task at the BioNLP shared task 2016

 Estelle Chaix , Bertrand Dubreucq , Abdelhak Fatihi , Dialekti Valsamou , Robert Bossy , et al.
BioNLP Shared Task, Aug 2016, Berlin, Germany. pp.113
Communication dans un congrès hal-01455854v1
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WTO, an ontology for wheat traits and phenotypes in scientific publications

 Claire Nédellec , Liliana Ibanescu , Robert Bossy , Pierre Sourdille
Genomics & Informatics, 2020, 18 (2), ⟨10.5808/GI.2020.18.2.e14⟩
Article dans une revue hal-02886745v1
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Construction d'un graphe de connaissances à partir des annotations d'articles scientifiques et de leur contenu en sciences de la vie

 Nadia Yacoubi Ayadi , Catherine Faron , Franck Michel , Robert Bossy , Arnaud Barbe
IC'2022 - PFIA 2022 Journées francophones d'Ingénierie des Connaissances, Jun 2022, Saint-Etienne, France
Communication dans un congrès hal-03889968v1
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Omnicrobe : une base de données d’habitats et de phénotypes microbiens

 Hélène Falentin , Olivier Harlé , Sandra Derozier , Louise Deléger , Estelle Chaix , et al.
23ème édition du colloque du Club des Bactéries Lactiques, Jun 2022, Rennes, France. , 2022
Poster de conférence hal-03694214v1
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BIBLIOME : Acquisition et Formalisation de Connaissances à partir de Textes

 Robert Bossy , Arnaud Ferré , Équipe Bibliome , Claire Nédellec , Louise Deleger
Bulletin de l'Association Française pour l'Intelligence Artificielle, 2020, Dossier « Technologies du Langage Humain », 107, pp.7-9
Article dans une revue hal-03025321v1

The complete genome sequence of the meat-borne lactic acid bacterium Lactobacillus sakei 23K

 Stephane S. Chaillou , Marie-Christine Champomier Verges , Monique Cornet , Anne-Marie Crutz-Le Coq , Anne-Marie Dudez , et al.
Nature Biotechnology, 2005, 23 (12), pp.1527-1533. ⟨10.1038/nbt1160⟩
Article dans une revue hal-02683108v1
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Does constituency analysis enhance domain-specific pre-trained BERT models for relation extraction?

 Anfu Tang , Louise Deléger , Robert Bossy , Pierre Zweigenbaum , Claire Nédellec
BioCreative VII Challenge Evaluation Workshop, Nov 2021, on-line, Spain
Communication dans un congrès hal-03447774v1

Information extraction from articles for the elaboration of the regulatory networks involved in Arabidopsis seed development

 Bertrand Dubreucq , Dialekti Valsamou , Abdelhak Fatihi , Estelle Chaix , Robert Bossy , et al.
26th International Conference on Arabidopsis Research, Jul 2015, Paris, France
Communication dans un congrès hal-01524850v1
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Getting the unknown from the known in bacteria, and the role of text mining

 Philippe Bessières , Robert R. Bossy , Alain-Pierre Manine , Erick Alphonse , Claire Nédellec
Data and Text Mining in Integrative Biology Workshop, associ ECML/PKDD, Sep 2006, Berlin, Germany
Communication dans un congrès hal-02750687v1

Building large lexicalized ontologies from text: a use case in automatic indexing of biotechnology patents

 Claire Nédellec , Wiktoria Golik , Sophie Aubin , Robert R. Bossy
Lecture Notes in Computer Science, 2010, 6317, pp.514-523. ⟨10.1007/978-3-642-16438-5_41⟩
Article dans une revue hal-02661057v1
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Projet VisaTM : l’interconnexion OpenMinTeD – AgroPortal – ISTEX, un exemple de service de Text et Data Mining pour les scientifiques français

 Fabienne Kettani , Stéphane Schneider , Sophie Aubin , Robert Bossy , Claire François , et al.
IC 2018 - 29es journées francophones d'Ingénierie des Connaissances, Plateforme AFIA, Jul 2018, Nancy, France
Communication dans un congrès hal-04420482v1

Improving term extraction with linguistic analysis in the biomedical domain

 Wiktoria Golik , Robert R. Bossy , Zorana Ratkovic , Claire Nédellec
Research in Computing Science, 2013, 70, pp.129-143
Article dans une revue hal-02643516v1
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BioNLP Shared Task - The Bacteria Track

 Robert Bossy , Julien Jourde , Alain-Pierre Manine , Philippe Veber , Erick Alphonse , et al.
BMC Bioinformatics, 2012, 13, ⟨10.1186/1471-2105-13-S11-S3⟩
Article dans une revue hal-01190775v1
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AlvisAE: a collaborative Web text annotation editor for knowledge acquisition

 Frederic Papazian , Robert R. Bossy , Claire Nédellec
LAW VI '12 - Sixth Linguistic Annotation Workshop, Jul 2012, Jeju, South Korea. pp.184
Communication dans un congrès hal-02748212v1
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BioNLP shared tasks 2011 - Bacteria Biotope

 Robert R. Bossy , Julien Jourde , Philippe Bessières , Maarten van de Guchte , Claire Nédellec
The 49th Annual Meeting of the Association for Computational Linguistics:Human Language Technologies, Jun 2011, Portland, Oregon, United States. pp.56-64
Communication dans un congrès hal-01000519v1
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Bacteria Biotope at BioNLP Open Shared Tasks 2019

 Robert Bossy , Louise Deleger , Estelle Chaix , Mouhamadou Ba , Claire Nédellec
5th Workshop on BioNLP Open Shared Tasks BioNLP-OST@EMNLP-IJCNLP 2019, Association for Computational Linguistics, Jin-Dong Kim; Claire Nédellec; Robert Bossy; Louise Deléger, Nov 2019, Hong-Kong, Hong Kong SAR China. ⟨10.18653/v1/D19-5719⟩
Communication dans un congrès hal-02437609v1

La séquence complète du génome de la bactérie de la viande Lactobacillus sakei

 Stephane S. Chaillou , Monique Cornet , Anne-Marie A.-M. Le Coq , Anne-Marie Loustau , Robert R. Bossy , et al.
Symposium SFM, Interactions Bactériennes dans les Environnements Agroalimentaires : Apport des Nouvelles Approches., Société Française de Microbiologie (SFM). FRA., Nov 2006, Paris, France
Communication dans un congrès hal-02816850v1
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Projet VisaTM : l'interconnexion OpenMinTeD – AgroPortal – ISTEX, un exemple de service de Text et Data Mining pour les scientifiques français

 Fabienne Kettani , Stéphane Schneider , Sophie Aubin , Robert Bossy , Claire François , et al.
IC 2018 - 29es Journées francophones d'Ingénierie des Connaissances, PFIA, Jul 2018, Nancy, France. pp.247-249
Communication dans un congrès hal-01839626v2
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Florilege : a database gathering microbial phenotypes of food interest

 Hélène Falentin , Estelle Chaix , Bedis Dridi , Philippe Bessieres , S Buchin , et al.
4th International Conference on Microbial Diversity 2017, Oct 2017, Bari, Italy. , 2017
Poster de conférence hal-01651302v1

Combining String-based and Embeddings-based Methods for Medical Concept Normalization: LIMSI-CEA-INRA@n2c2 2019

 Mohamadou Ba , Robert Bossy , Pauline Brunet , Louise Deleger , Hicham El Boukkouri , et al.
2019 n2c2/OHNLP Shared-Task and Workshop, Nov 2019, Washington, D.C., United States. 2019
Poster de conférence cea-04363093v1
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Global alignment for relation extraction in Microbiology

 Anfu Tang , Claire Nédellec , Pierre Zweigenbaum , Louise Deléger , Robert Bossy
Junior Conference on Data Science and Engineering, Feb 2021, Orsay, France
Communication dans un congrès hal-03447763v1

Premiers regards sur le génome d’une bactérie lactique originale : structure, polymorphisme et analyse génétique ciblée du chromosome de Lactobacillus sakei 23K

 Stephane S. Chaillou , Monique Cornet , Anne-Marie Loustau , Robert R. Bossy , Valentin Loux , et al.
13. Colloque du Club des Bactéries Lactiques, Sep 2004, Nantes, France. 142 p
Communication dans un congrès hal-02759825v1
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BioAlvis II, NLP-based semantic mining of literature on molecular biology of bacteria

 Sophie Aubin , Philippe Bessières , Robert R. Bossy , Laurent Gillard , Julien Jourde , et al.
BioCreative II.5 workshop 2009: special session on digital annotations, Oct 2009, Madrid, Spain
Communication dans un congrès hal-02753174v1

Final report on NLP analysis and normalization

 Adeline Nazarenko , Sophie Aubin , Robert Bossy , Tomaz Erjavec , Thierry Hamon , et al.
2007, pp.118
Autre publication scientifique hal-00711871v1
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