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Exploring the potential of small RNA subunit and ITS sequences for resolving phylogenetic relationships within the phylum Ctenophora

 Paul Simion , Nicolas Bekkouche , Muriel Jager , Eric Queinnec , Michael Manuel
Zoology, 2015, 118 (2, SI), pp.102-114. ⟨10.1016/j.zool.2014.06.004⟩
Article dans une revue hal-01544475v1
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Convergent consequences of parthenogenesis on stick insect genomes

 Kamil Jaron , Darren Parker , Yoann Anselmetti , Patrick Tran Van , Jens Bast , et al.
Science Advances , 2022, 8 (8), ⟨10.1126/sciadv.abg3842⟩
Article dans une revue hal-03592524v1
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A software tool ‘CroCo’ detects pervasive cross-species contamination in next generation sequencing data

 Paul Simion , Khalid Belkhir , Clémentine François , Julien Veyssier , Jochen C Rink , et al.
BMC Biology, 2018, 16 (1), ⟨10.1186/s12915-018-0486-7⟩
Article dans une revue hal-02414546v1
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ANISEED 2019: 4D exploration of genetic data for an extended range of tunicates

 Justine Dardaillon , Delphine Dauga , Paul Simion , Emmanuel Faure , Takeshi Onuma , et al.
Nucleic Acids Research, 2020, 48 (D1), pp.D668-D675. ⟨10.1093/nar/gkz955⟩
Article dans une revue hal-02415680v1
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Les cténophores : de leur position dans l'arbre des métazoaires (approche phylogénomique) à leur diversité taxonomique (phylogénie moléculaire et anatomie comparée)

 Paul Simion
Zoologie des invertébrés. Université Pierre et Marie Curie - Paris VI, 2014. Français. ⟨NNT : 2014PA066448⟩
Thèse tel-01165014v1
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Convergent Acquisition of Nonembryonic Development in Styelid Ascidians

 Alexandre Alié , Laurel Sky Hiebert , Paul Simion , Marta Scelzo , Maria Mandela Prünster , et al.
Molecular Biology and Evolution, 2018, 35 (7), pp.1728 - 1743. ⟨10.1093/molbev/msy068⟩
Article dans une revue hal-01879150v1
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Is adaptation limited by mutation? A timescale-dependent effect of genetic diversity on the adaptive substitution rate in animals

 Marjolaine Rousselle , Paul Simion , Marie-Ka Tilak , Emeric Figuet , Benoit Nabholz , et al.
PLoS Genetics, 2020, 16 (4), pp.e1008668. ⟨10.1371/journal.pgen.1008668⟩
Article dans une revue hal-02955313v1
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Haplotype divergence supports long-term asexuality in the oribatid mite Oppiella nova

 Alexander Brandt , Patrick Tran Van , Christian Bluhm , Yoann Anselmetti , Zoé Dumas , et al.
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2021, 118 (38), pp.e2101485118. ⟨10.1073/pnas.2101485118⟩
Article dans une revue hal-03348950v1
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Skeletal Mineralization in Association with Type X Collagen Expression Is an Ancestral Feature for Jawed Vertebrates

 Mélanie Debiais-Thibaud , Paul Simion , Stéphanie Venteo , David Muñoz , Sylvain Marcellini , et al.
Molecular Biology and Evolution, 2019, 36 (10), pp.2265-2276. ⟨10.1093/molbev/msz145⟩
Article dans une revue hal-02386750v1
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To What Extent Current Limits of Phylogenomics Can Be Overcome?

 Paul Simion , Frédéric Delsuc , Herve Philippe
Scornavacca, Celine; Delsuc, Frédéric; Galtier, Nicolas. Phylogenetics in the Genomic Era, No commercial publisher | Authors open access book, pp.2.1:1--2.1:34, 2020
Chapitre d'ouvrage hal-02535366v1
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ANISEED 2015: a digital framework for the comparative developmental biology of ascidians

 Matija Brozovic , Cyril Martin , Christelle Dantec , Delphine Dauga , Mickäel Mendez , et al.
Nucleic Acids Research, 2016, 44 (D1), pp.D808-D818. ⟨10.1093/nar/gkv966⟩
Article dans une revue hal-01295171v1
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Horizontal acquisition of a DNA ligase improves DNA damage tolerance in eukaryotes

 Emilien Nicolas , Paul Simion , Marc Guérineau , Matthieu Terwagne , Mathilde Colinet , et al.
Nature Communications, 2023, Nature Communications, 14 (1), pp.7638. ⟨10.1038/s41467-023-43075-8⟩
Article dans une revue hal-04321606v1
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A phylogenomic framework and timescale for comparative studies of tunicates

 Frédéric Delsuc , Herve Philippe , Georgia Tsagkogeorga , Paul Simion , Marie-Ka Tilak , et al.
BMC Biology, 2018, 16 (1), ⟨10.1186/s12915-018-0499-2⟩
Article dans une revue hal-01879148v1
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Evolution of dental tissue mineralization: an analysis of the jawed vertebrate SPARC and SPARC-L families

 Sébastien Enault , David Muñoz , Paul Simion , Stéphanie Ventéo , Jean-Yves Sire , et al.
BMC Evolutionary Biology, 2018, 18 (1), pp.18:127. ⟨10.1186/s12862-018-1241-y⟩
Article dans une revue hal-01878485v1
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ANISEED 2017: extending the integrated ascidian database to the exploration and evolutionary comparison of genome-scale datasets

 Matija Brozovic , Christelle Dantec , Justine Dardaillon , Delphine Dauga , Emmanuel Faure , et al.
Nucleic Acids Research, 2018, 46 (D1), pp.D718-D725. ⟨10.1093/nar/gkx1108⟩
Article dans une revue hal-01636650v1
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A Large and Consistent Phylogenomic Dataset Supports Sponges as the Sister Group to All Other Animals

 Paul Simion , Herve Philippe , Denis Baurain , Muriel Jager , Daniel J. Richter , et al.
Current Biology - CB, 2017, 27 (7), pp.958-967. ⟨10.1016/j.cub.2017.02.031⟩
Article dans une revue hal-01681528v1
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First annotated draft genomes of nonmarine ostracods (Ostracoda, Crustacea) with different reproductive modes

 Patrick Tran Van , Yoann Anselmetti , Jens Bast , Zoé Dumas , Nicolas Galtier , et al.
G3, 2021, 11 (4), pp.jkab043. ⟨10.1093/g3journal/jkab043⟩
Article dans une revue hal-03328000v1
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A phylogenetic framework of the legume genus Aeschynomene for comparative genetic analysis of the Nod-dependent and Nod-independent symbioses

 Laurent Brottier , Clémence Chaintreuil , Paul Simion , Celine Scornavacca , Ronan Rivallan , et al.
BMC Plant Biology, 2018, 18 (1), ⟨10.1186/s12870-018-1567-z⟩
Article dans une revue hal-01961745v1
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