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Pierrick Haffray

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Présentation

After 3 years as biologist in the INRA-Ifremer experimental station of marine salmonids (SEMII, Camaret, France) and in the rainbow trout companies Pisciculture Bellet (Angoulême, France) and Truite de Bretagne (Morlaix, France), I joined (1990) the French association of poultry and aquaculture breeders (SYSAAF, Rennes, France) to develop first commercial breeding programs in the French aquaculture, primarily in salmonids as rainbow trout or charrs, followed by marine fishes as sea bass, sea bream or meagre (1992), sturgeons (1996), Pacific or flat oyster and clam (2001) and shrimps (2009). I'm now managing a team of 6 geneticist and 3 PhD students at the Aquaculture section of SYSAAF that advise 25 breeding companies selecting 18 aquaculture species in France and in Madagascar, Mozambique, Mexico, Thailand and in the past in Indonesia. My main research interests were the adaptation of principles of domestication and genetic selection to aquaculture species in using DNA-parentage assignment in combining mass and sib-selection, the development of high through put technologies to phenotype quality traits (micro-wave, artificial vision, ultrasound, MRI, RMN), the optimisation of gametes collection and larval conservation and cryoconservation, the monosexing and the triploidisation and recently (since 2014) the improvement of disease resistances to nine different diseases based on challenge tests (OHsV1, IPN, VHS, VNN, F. psychrophilum, P. piscicidae, E. tarda, V. harveyi, V. tapetis) and sib selection. My current primary research interests are the development and the application of genomic tools in genomic selection in different species (rainbow trout, sea bass, sea bream, Pacific oyster, white leg shrimp), the application of spectrometry (NIR, Raman) to target new traits as fatty acid composition to improve aquaculture nutritional value and since the two years the breeding of pearl oyster. Past Board member of the European Forum for Farm Animal Breeders (EFFAB), the European platform on Farm Animal Breeding and REproduction (FABRE) and the Labogena genotyping laboratory, I'm co-authored over 100 scientific publications and I was awarded (2019) by the French Academy of Agriculture for my inputs in the development of breeding programs in aquaculture.

Publications

edwige-quillet

Genetic determinism of spontaneous masculinisation in XX female rainbow trout: new insights using medium throughput genotyping and whole-genome sequencing

Clémence Fraslin , Florence Phocas , Anastasia Bestin , Mathieu Charles , Maria Bernard
Scientific Reports, 2020, 10, pp.1-13. ⟨10.1038/s41598-020-74757-8⟩
Article dans une revue hal-02988446v1

Rainbow trout resistance to bacterial cold water disease: two new quantitative trait loci identified after a natural disease outbreak on a French farm

Clémence Fraslin , S. Brard‐fudulea , Jonathan d'Ambrosio , Anastasia Bestin , Mathieu Charles
Animal Genetics, 2019, 50 (3), pp.293-297. ⟨10.1111/age.12777⟩
Article dans une revue hal-02166481v1
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Genome-wide estimates of genetic diversity, inbreeding and effective size of experimental and commercial rainbow trout lines undergoing selective breeding

Jonathan D’ambrosio , Florence Phocas , Pierrick Haffray , Anastasia Bestin , Sophie Brard-Fudulea
Genetics Selection Evolution, 2019, 51 (1), pp.26. ⟨10.1186/s12711-019-0468-4⟩
Article dans une revue hal-02151750v1

Minimizing maternal effect in salmonid families mixed since eyed stage and a posteriori DNA-pedigreed

Pierrick Haffray , Marc Vandeputte , V. V. Petit , Cédric C. Pincent , Beatrice B. Chatain
Livestock Science, 2012, 150 (1-3), pp.170-178. ⟨10.1016/j.livsci.2012.08.017⟩
Article dans une revue hal-01000366v1

Successful production of monosex female brook trout Salvelinus fontinalis using gynogenetic sex reversed males by a combination of methyltestosterone immersion and oral treatments

Pierrick Haffray , Vincent Petit , Yann Guiguen , Edwige Quillet , Paul Rault
Aquaculture, 2009, 290 (1-2), pp.47-52. ⟨10.1016/j.aquaculture.2009.01.029⟩
Article dans une revue hal-02666332v1

Amélioration génétique des poissons : quelles réalisations et quels défis pour demain ?

Marc Vandeputte , Jean-François Baroiller , Pierrick Haffray , Edwige Quillet
Cahiers Agricultures, 2009, 18 (2-3), pp.262-269. ⟨10.1684/agr.2009.0291⟩
Article dans une revue hal-02666416v1

Masculinisation spontanée chez la truite arc-en-ciel : de nouvelles régions du génome identifiées

Clémence Fraslin , Anastasia Bestin , Nicolas Dechamp , Francine Krieg , Elodie Belmonte
6. Journées de la Recherche Filière Piscicole, Institut Technique de l'Aviculture et des Elevages de Petits Animaux (ITAVI). FRA., Jul 2019, Paris, France
Communication dans un congrès hal-02182569v1

GWAS reveals several genomic regions governing spontaneous XX-maleness in rainbow trout

Clémence Fraslin , Anastasia Bestin , Nicolas Dechamp , Jonathan d'Ambrosio , Francine Krieg
Aquaculture Europe 2019, European Aquaculture Society (EAS). BEL., Oct 2019, Berlin, Germany
Communication dans un congrès hal-02317177v1
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Heterogeneity of genetic diversity throughout the genome in rainbow trout populations

Jonathan d'Ambrosio , Florence Phocas , Pierrick Haffray , Edwige Quillet , Anastasia Bestin
International symposium of Genetics in Aquaculture, International Association for Genetics in Aquaculture (IAGA). INT., Jul 2018, Cairns, Australia
Communication dans un congrès hal-02735029v1

Genomic estimates of diversity between and within french rainbow trout populations

J. d'Ambrosio , Florence Phocas , Pierrick Haffray , Edwige Quillet , Anastasia Bestin
Aqua 2018 - World Aquaculture Society Meeting, Aug 2018, Montpellier, France
Communication dans un congrès hal-02193895v1

La sélection génétique : un outil pour diminuer l’empreinte écologique de la pisciculture

Marc Vandeputte , Béatrice Chatain , Pierrick Haffray , Edwige Quillet
5emes Journées Recherche Filière Piscicole, Jul 2016, Paris, France
Communication dans un congrès hal-03154837v1

Résistance génétique à l'entérite chez la truite ? Interaction avec la flavobactériose et les caractères de production

Anne-Sophie Tyran , Alexandre Desgranges , Anastasia Bestin , Florian Enez , François Allal
5. Journées de la Recherche Filière Piscicole, Institut Technique de l'Aviculture et des Elevages de Petits Animaux (ITAVI). FRA., Jul 2016, Paris, France
Communication dans un congrès hal-02743196v1
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Genotype by diet interactions on growth and processing traits in rainbow trout ([i]Oncorhynchus mykiss[/i]), European sea bass ([i]Dicentrarchus labrax[/i]), gilthead sea bream ([i]Sparus aurata[/i]) and meagre [i](Argyrosomus regius)[/i] fed diets with almost complete substitution of both fish meal and fish oil by vegetal ingredients

Anastasia Bestin , Mathilde Dupont-Nivet , Pierrick Haffray , Françoise Médale , Edwige Quillet
10. World Congress on Genetics Applied to Livestock Production (WCGALP), Aug 2014, Vancouver, Canada
Communication dans un congrès hal-01194150v1

SELTIC : SELection chez la Truite Arc-en-Ciel pour l'Indice de Conversion

Pierrick Haffray , Benjamin Quittet , Cédric Pincent , Jérôme Doerflinger , Benjamin Braud
20. Journées Techniques Piscicoles du SYSAAF, Mar 2013, Paris, France
Communication dans un congrès hal-01019175v1

Sterile rainbow trout - experience from France

Marc Vandeputte , Edwige Quillet , Pierrick Haffray
AQUANOR Industry day, Aug 2013, Trondheim, Norway
Communication dans un congrès hal-01019598v1
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Domestication and selection for growth induce a genetic sex-ratio shift towards females in a European sea bass (Dicentrarchus labrax) population

Marc Vandeputte , Mathilde Dupont-Nivet , Hervé Chavanne , Pierrick Haffray , Edwige Quillet
Aqua 2012, Sep 2012, Prague, Czech Republic
Communication dans un congrès hal-02803375v1

Remplacement des matières premières de l'aliment : conséquences sur la qualité de la chair de truite et de bar

Florence Lefèvre , Jérôme Bugeon , Mathilde Dupont-Nivet , Françoise Médale , Laurent Labbé
3. Journées de la Recherche Filière Piscicole, Jul 2012, Paris, France
Communication dans un congrès hal-01191201v1
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Bases génétiques et fonctionnelles de la résistance à la bactérie Flavobacterium psychrophilum chez la truite arc-en-ciel (O. mykiss)

Edwige Quillet , Christian Michel , Véronique Laurens , Marie-Paule Lefranc , Pierrick Haffray
Séminaire GENANIMAL, 2012, NA, France. pp.60-62
Communication dans un congrès hal-01190197v1

Origine des matières premières de l'aliment : conséquences sur la qualité des chairs de truite et de bar

Florence Lefèvre , Jérôme Bugeon , Mathilde Dupont-Nivet , Françoise Médale , Laurent Labbé
14. Journées Sciences du Muscle et Technologies des Viandes, Institut de l'Elevage (IDELE). FRA., Nov 2012, Caen, France
Communication dans un congrès hal-01190249v1

FILD'OR : Amélioration des programmes de sélection sur la croissance et la qualité chez la daurade

Pierrick Haffray , Edwige Quillet , Cédric C. Pincent , E. E. Servan , Sophie S. Cariou
Journées du SFAM, Mar 2012, Montpellier, France
Communication dans un congrès hal-01000630v1
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Can we obtain monosex sea bass populations through selective breeding?

Marc Vandeputte , Mathilde Dupont-Nivet , Pierrick Haffray , H. H. Chavanne , A. A. Vergnet
62. Annual Meeting of the European Association for Animal Production (EAAP), Aug 2011, Stavanger, Norway. pp.328
Communication dans un congrès hal-01001399v1
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Selection for an improved disease resistance using factorial mating designs and molecular based pedigree in fish: a simulation study

Hervé Chapuis , Marc Vandeputte , Mathilde Dupont-Nivet , Pierrick Haffray , Edwige Quillet
9th World Congress on Genetics Applied to Livestock Production (WCGALP), Aug 2010, Leipzig, Germany
Communication dans un congrès hal-01193740v1

Maîtrise du sexe chez les salmonidés : ajustement de techniques et perspectives pour de nouvelles approches

Yann Guiguen , Pierrick Haffray , Vincent Petit , René Guyomard , Paul Rault
2. Journées de la Recherche Filière Piscicole, Jul 2009, Paris, France
Communication dans un congrès hal-01193483v1

Estimation de la diversité génétique entre et intra lignées françaises de truite arc en ciel

Jonathan d'Ambrosio , Florence Phocas , Pierrick Haffray , Edwige Quillet , Anastasia Bestin
6. Journées de la Recherche Filière Piscicole, Jul 2019, Paris, France. , 2019, Journées de la Recherche Filière Piscicole
Poster de conférence hal-02264930v1

Enquête sur la masculinisation spontanée dans les élevages français de truite arc-en-ciel monosexe femelle

Anastasia Bestin , Florian Enez , Francine Krieg , Catherine Denis , Robert Le Coat
6. Journées de la Recherche Filière Piscicole, Jul 2019, Paris, France. , 2019
Poster de conférence hal-02184266v1
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RAINBOW TROUT RESISTANCE TO Flavobacterium psychrophilum: A GENOME WIDE ASSOCIATION STUDY IN A FRENCH POPULATION AFTER A NATURAL DISEASE OUTBREAK

Clémence Fraslin , S. Brard-Fudulea , Jonathan d'Ambrosio , Anastasia Bestin , Mathieu Charles
AQUA 2018, Aug 2018, Montpellier, France. , 2018, AQUA 2018
Poster de conférence hal-01865605v1

Variabilité génétique de la capacité de quatre espèces piscicoles à utiliser de l'aliment à forts taux de végétaux

Anastasia Bestin , Mathilde Dupont-Nivet , Françoise Médale , Edwige Quillet , Marc Vandeputte
4. Journées de la Recherche Filière Piscicole, Jul 2014, Paris, France. , 2014, 4èmes Journées de la Recherche Filière Piscicole
Poster de conférence hal-01193851v1

Comparative additive genetic basis of high feed substitution by plant ingredients in four major fish species farmed in temperate and southern Europe

Anastasia Bestin , Mathilde Dupont-Nivet , Françoise Médale , Edwige Quillet , Marc Vandeputte
Aquaculture Europe 2014, Oct 2014, Saint Sébastien, Spain. , pp.136, 2014, Adding value. Abstracts
Poster de conférence hal-01193981v1
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Modélisation de l’efficacité d’une sélection contre la mortalité avec génotypage a posteriori des candidats et collatéraux soumis à un challenge

Hervé Chapuis , Mathilde Dupont-Nivet , Pierrick Haffray , Marc Vandeputte , Edwige Quillet
3. Journées de la Recherche Filière Piscicole, Jul 2012, Paris, France. pp.105-105, 2012, 3èmes Journées de la Recherche Filière Piscicole
Poster de conférence hal-01190198v1

Genetic parameters of indirect criteria for improving feed efficiency in rainbow trout: body weight variations during feed deprivation and refeeding periods

Mathilde Dupont-Nivet , Benjamin Braud , Benjamin Quittet , J. Doerflinger , V. Petit
11th International Symposium for Genetics in Aquaculture, Jun 2012, Auburn, United States. , 2012
Poster de conférence hal-01190256v1

Paramètres génétiques de critères indirects pour améliorer l’efficacité alimentaire chez la truite arc-en-ciel : variations du poids pendant le jeune et la croissance compensatrice

Mathilde Dupont-Nivet , Benjamin Braud , Benjamin Quittet , J. Doerflinger , V. Petit
3èmes Journées Recherche Filière Piscicole, Jul 2012, Paris, France. , 2012
Poster de conférence hal-01190255v1