CV Accueil - Archive ouverte HAL

	A field guide for implementing a flipped classroom Pierre Poulain , Mickael Bertrand , Héloise Dufour , Antoine Taly Biochemistry and Molecular Biology Education, 2023, ⟨10.1002/bmb.21737⟩ Article dans une revue hal-04099156v2
	The five pillars of computational reproducibility: bioinformatics and beyond Mark Ziemann , Pierre Poulain , Anusuiya Bora Briefings in Bioinformatics, 2023, 24 (6), pp.1-13. ⟨10.1093/bib/bbad375⟩ Article dans une revue hal-04255776v1
	AutoClassWeb: a simple web interface for Bayesian clustering of omics data Pierre Poulain , Jean-Michel Camadro BMC Research Notes, 2022, 15 (1), pp.241. ⟨10.1186/s13104-022-06129-6⟩ Article dans une revue hal-03858142v1
	AutoClassWeb: a simple web interface for Bayesian clustering of omics data Pierre Poulain , Jean‐michel Camadro BMC Research Notes, 2022, 15 (1), pp.241. ⟨10.1186/s13104-022-06129-6⟩ Article dans une revue hal-03718406v1
	Novel Insights into Quantitative Proteomics from an Innovative Bottom-Up Simple Light Isotope Metabolic (bSLIM) Labeling Data Processing Strategy Nicolas Sénécaut , Gelio Alves , Hendrik Weisser , Laurent Lignières , Samuel Terrier Journal of Proteome Research, 2021, 20 (3), pp.1476-1487. ⟨10.1021/acs.jproteome.0c00478⟩ Article dans une revue hal-03266586v1
	BGC‐Argo Floats Observe Nitrate Injection and Spring Phytoplankton Increase in the Surface Layer of Levantine Sea (Eastern Mediterranean) Fabrizio d'Ortenzio , V. Taillandier , Hervé Claustre , Laurent Coppola , P. Conan Geophysical Research Letters, 2021, 48 (8), ⟨10.1029/2020GL091649⟩ Article dans une revue hal-03217440v1
	buildH: Build hydrogen atoms from united-atom molecular dynamics of lipids and calculate the order parameters Hubert Santuz , Amélie Bacle , Pierre Poulain , Patrick F J Fuchs Journal of Open Source Software, 2021, 6 (65), pp.3521. ⟨10.21105/joss.03521⟩ Article dans une revue hal-03481632v1
	Pixel: a content management platform for quantitative omics data Thomas Denecker , William Durand , Julien Maupetit , Charles Hébert , Jean-Michel Camadro PeerJ, 2019, 7, pp.e6623. ⟨10.7717/peerj.6623⟩ Article dans une revue hal-03100146v1
	AutoClassWrapper: a Python wrapper for AutoClass C classification Jean-Michel Camadro , Pierre Poulain Journal of Open Source Software, 2019, 4 (39), pp.1390. ⟨10.21105/joss.01390⟩ Article dans une revue hal-02389319v1
	Meet-U: educating through research immersion Nika Abdollahi , Alexandre Albani , Eric Anthony , Agnes Baud , Mélissa Cardon PLoS Computational Biology, 2018, 14 (3), pp.1-10. ⟨10.1371/journal.pcbi.1005992⟩ Article dans une revue hal-01722019v1
	An Integrative Approach to the Study of Filamentous Oligomeric Assemblies, with Application to RecA Benjamin Boyer , Johann Ezelin , Pierre Poulain , Adrien Saladin , Martin Zacharias PLoS ONE, 2015, 10 (3), pp.e0116414. ⟨10.1371/journal.pone.0116414⟩ Article dans une revue hal-01230983v1
	Tolérance du dispositif intra-utérin au cuivre chez les patientes nullipares : étude prospective unicentrique C. Guicheteau , L. Boyer , D. A. Somé , J. Leveque , P. Poulain Gynécologie Obstétrique & Fertilité, 2015, 43 (2), pp.144--150. ⟨10.1016/j.gyobfe.2015.01.003⟩ Article dans une revue hal-01147373v1
	Cis-trans isomerization of omega dihedrals in proteins. Pierrick Craveur , Agnel Praveen Joseph , Pierre Poulain , Joseph Rebehmed , Alexandre de Brevern Amino Acids, 2013, 45 (2), pp.279-89. ⟨10.1007/s00726-013-1511-3⟩ Article dans une revue inserm-00926521v1
	Modeling and molecular dynamics of HPA-1a and -1b polymorphisms: effects on the structure of the β3 subunit of the αIIbβ3 integrin. Vincent Jallu , Pierre Poulain , Patrick F. J. Fuchs , Cécile Kaplan , Alexandre de Brevern PLoS ONE, 2012, 7 (11), pp.e47304. ⟨10.1371/journal.pone.0047304⟩ Article dans une revue inserm-00926600v1
	Prostaglandin E2 release from astrocytes triggers gonadotropin-releasing hormone (GnRH) neuron firing via EP2 receptor activation. Jerome Clasadonte , Pierre Poulain , Naresh K. Hanchate , Gabriel Corfas , Sergio R. Ojeda Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2011, 108 (38), pp.16104-9. ⟨10.1073/pnas.1107533108⟩ Article dans une revue inserm-00626467v1
	Ten simple rules for getting help from online scientific communities. Giovanni M Dall'Olio , Jacopo Marino , Michael Schubert , Kevin L. Keys , Melanie I. Stefan PLoS Computational Biology, 2011, 7 (9), pp.e1002202. ⟨10.1371/journal.pcbi.1002202⟩ Article dans une revue inserm-00664605v1
	Detection and architecture of small heat shock protein monomers. Pierre Poulain , Jean-Christophe Gelly , Delphine Flatters PLoS ONE, 2010, 5 (4), pp.e9990. ⟨10.1371/journal.pone.0009990⟩ Article dans une revue inserm-00474076v1
	Modeling the early stage of DNA sequence recognition within RecA nucleoprotein filaments. Adrien Saladin , Christopher Amourda , Pierre Poulain , Nicolas Férey , Marc Baaden Nucleic Acids Research, 2010, 38 (19), pp.6313-23. ⟨10.1093/nar/gkq459⟩ Article dans une revue hal-00533099v1
	Transitions between secondary structures in isolated polyalanines Florent Calvo , Pierre Poulain The European Physical Journal D : Atomic, molecular, optical and plasma physics, 2009, 51 (1), pp.15-23. ⟨10.1140/epjd/e2008-00096-0⟩ Article dans une revue inserm-00320828v1
	PTools: an opensource molecular docking library. Adrien Saladin , Sébastien Fiorucci , Pierre Poulain , Chantal Prévost , Martin Zacharias BMC Structural Biology, 2009, 9, pp.27. ⟨10.1186/1472-6807-9-27⟩ Article dans une revue inserm-00474185v1
	Length of pushing efforts: pushing is not playing. Reply to the article of C. Le Ray and F. Audibert J.-P. Schaal , M. Dreyfus , F. Bretelle , B. Carbonne , O. Dupuis Journal de Gynécologie Obstétrique et Biologie de la Reproduction, 2008, 37 (7), pp.715-723. ⟨10.1016/j.jgyn.2008.08.001⟩ Article dans une revue hal-00493417v1
	Insights on protein-DNA recognition by coarse grain modelling. Pierre Poulain , Adrien Saladin , Brigitte Hartmann , Chantal Prévost Journal of Computational Chemistry, 2008, 29 (15), pp.2582-92. ⟨10.1002/jcc.21014⟩ Article dans une revue inserm-00320808v1
	Competition between secondary structures in gas phase polyalanines Pierre Poulain , Florent Calvo , Rodolphe Antoine , Michel Broyer , Philippe Dugourd EPL - Europhysics Letters, 2007, 79 (6), pp.66003. ⟨10.1209/0295-5075/79/66003⟩ Article dans une revue inserm-00264366v1
	Performances of Wang-Landau algorithms for continuous systems. Pierre Poulain , Florent Calvo , Rodolphe Antoine , Michel Broyer , Philippe Dugourd Physical Review E : Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics, 2006, 73 (5 Pt 2), pp.056704. ⟨10.1103/PhysRevE.73.056704⟩ Article dans une revue inserm-00264367v1
	Comparison of the fragmentation pattern induced by collisions, laser excitation and electron capture. Influence of the initial excitation. Rodolphe Antoine , Michel Broyer , Julia Chamot-Rooke , Claude Dedonder , Charles Desfrançois Rapid Communications in Mass Spectrometry, 2006, 20 (11), pp.1648-52. ⟨10.1002/rcm.2489⟩ Article dans une revue inserm-00264369v1
	Monte Carlo simulations of flexible molecules in a static electric field: electric dipole and conformation P. Poulain , R. Antoine , M. Broyer , P. Dugourd Chemical Physics Letters, 2005, 401, pp.1--6. ⟨10.1016/j.cplett.2004.11.025⟩ Article dans une revue hal-00018545v1
	Size distribution of fat globules in human colostrum, breast milk, and infant formula Marie-Caroline Michalski , Valérie Briard-Bion , F. Michel , F Tasson , P. Poulain Journal of Dairy Science, 2005, 88, pp.1927-1940 Article dans une revue hal-01453966v1
	Motor cortical control of cardiovascular bulbar neurones projecting to spinal autonomic areas. Odile Viltart , Olivia Mullier , François Bernet , Pierre Poulain , Saadia Ba-M'Hamed Journal of Neuroscience Research, 2003, 73 (1), pp.122-35. ⟨10.1002/jnr.10598⟩ Article dans une revue hal-00332926v1
	Cortical control of somato-cardiovascular integration: neuroanatomical studies. H. Sequeira , O. Viltart , S. Ba-M'Hamed , P. Poulain Brain Research Bulletin, 2000, 53 (1), pp.87-93 Article dans une revue hal-00332937v1

	Plasma : plateforme d'e-learning pour l'analyse interactive de données Jérémy Tuloup , Claire Vandiedonck , Sandrine Caburet , Pierre Poulain Journées Réseaux de l'Enseignement et de la Recherche (JRES), May 2022, Marseille, France Communication dans un congrès hal-03563658v2
	7 – Mastite du post-partum à streptocoque ß-hémolytique du groupe A : à propos d’un cas F. Desbrousses , S. Rouquette , J.M. Chapplain , P. Poulain 33° Journées de la Société Française de Sénologie et de Pathologie Mammaire (SFSPM), Marseille, 2011. Cancer du sein : surdiagnostic, surtraitement. A la recherche d'un nouvel équilibre, Nov 2011, Marseille, France. pp.248 Communication dans un congrès hal-03575862v1
	Hypothalamic astrocytes induce the neuronal maturation and function of GnRH-expressing GnV cells Sarah Geller , V. Mansuy , P. Poulain , J.P. Rey , M. Giacomini 7. International Congress of Neuroendocrinology - A Satellite Symposium "Plasticity of Neuroendocrine Systems", Jul 2010, Tours, France Communication dans un congrès hal-02754605v1
	Impact of hypothalamic astrocytes on GnV-3 GnRH secreting cells: functional and transcriptomic analysis V. Mansuy , Sarah Geller , J.P. Rey , P. Poulain , M. Giacomini 92. Annual Meeting & Expo of the Endocrine Society (ENDO 2010), Jun 2010, San Diego, United States Communication dans un congrès hal-02757522v1
	Rôle des astrocytes dans la maturation neuronale de la lignée hypothalamique adulte GnV sécrétant la GnRH Sarah Geller , P. Poulain , Nicolas Peineau , Anne Duittoz , V. Prevot 36. Colloque de la Société de Neuroendocrinologie, Sep 2009, Nice, France Communication dans un congrès hal-02753378v1

	3D modeling of Hi-C contacts: seeing the spatial organization of fungal chromosomes Thibault Poinsignon , Mélina Gallopin , Pierre Grognet , Fabienne Malagnac , Gaëlle Lelandais 16th European Conference on Fungal Genetics, Mar 2023, Innsbruck, Austria. 2023 Poster de conférence hal-04041735v1
	The IFB e-Learning Working Group Hélène Chiapello , Thomas Denecker , Gildas Le Corguillé , Pierre Poulain , Denis Puthier JOBIM (Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques) 2021, Jul 2021, Paris, France. Poster de conférence hal-03296617v1

	Programmation en Python pour les sciences de la vie Patrick F J Fuchs , Pierre Poulain Dunod, 2019, 9782100796021 Ouvrages hal-03337954v1

	La classe inversée. Exemple 2 : Retour d'expérience sur une classe inversée en bio-informatique Pierre Poulain Jean-François Parmentier, Quentin Vicens. Enseigner et former - 2e édition Psychologie appliquée et pédagogies actives, secondaire, supérieur, formation professionnelle, Dunod, 2022 Chapitre d'ouvrage hal-03737367v1
	Working with omics data, an interdisciplinary challenge at the crossroads of biology and computer science Thibault Poinsignon , Pierre Poulain , Mélina Gallopin , Gaëlle Lelandais Machine Learning for Brain Disorders, inPress Chapitre d'ouvrage hal-03738102v1

	AutoClassWeb: a simple web interface for Bayesian clustering Pierre Poulain , Jean-Michel Camadro 2022 Autre publication scientifique hal-03580909v2

	Évaluation de l'utilisation d'un robot conversationnel comme assistant en accessibilité pour la lecture des articles scientifiques Gérard Uzan , Pierre Poulain , Fabrice Reby , Antoine Taly 2024 Pré-publication, Document de travail hal-04419718v1
	MDverse: Shedding Light on the Dark Matter of Molecular Dynamics Simulations Johanna K S Tiemann , Magdalena Szczuka , Lisa Bouarroudj , Mohamed Oussaren , Steven Garcia 2023 Pré-publication, Document de travail hal-04254566v1
	Le notebook. Une forme intelligible du numérique ? Un objet écosophique ? Raphaëlle Krummeich , Sébastien Rey-Coyrehourcq , Hugues Pecout , Konrad Hinsen , Pierre Poulain 2022 Pré-publication, Document de travail halshs-04019870v1

	Structure et dynamique de protéines isolées : approches statistiques Pierre Poulain Biophysique [physics.bio-ph]. Université Claude Bernard - Lyon I, 2006. Français. ⟨NNT : ⟩ Thèse tel-00094458v2

	Recyclage des données de la recherche en biologie : vers une bioinformatique écologique ? Pierre Poulain Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Paris Cité, 2022 HDR tel-03737350v1

	Introduction à la programmation Python pour la biologie Patrick F. J. Fuchs , Pierre Poulain Master. Programmation Python, Paris, France. 2023, pp.298 Cours hal-03264103v4
	Modélisation mathématique en biologie (MOMAB) Tamara Servi , Pierre Poulain Licence. Modélisation mathématique en biologie (MOMAB), Paris, France. 2020, pp.193 Cours hal-03263031v1

	AutoClassWeb Pierre Poulain , Jean-Michel Camadro 2021, ⟨swh:1:dir:960555205d58aaebf1a2ca75e89a5641f8b67adc;origin=https://github.com/pierrepo/autoclassweb;visit=swh:1:snp:197006701fbcadd62a36c64dcd154735f93114b3;anchor=swh:1:rev:b461fcd9b1640e3d26a39875d2549d8626cc2bf0⟩ Logiciel hal-03735964v1
	buildH Hubert Santuz , Amélie Bâcle , Pierre Poulain , Patrick Fuchs 2019, ⟨swh:1:dir:4c63d5ca3497726a1e54ac152ce1667d7c004d2b;origin=https://github.com/patrickfuchs/buildH/;visit=swh:1:snp:a63a8d07dbebeb442a06707be476817cec44ac72;anchor=swh:1:rev:9f05672515e1cdb0064eeb34f63844296193bc0d⟩ Logiciel hal-03467422v1

Pierre Poulain

Publications

A field guide for implementing a flipped classroom

The five pillars of computational reproducibility: bioinformatics and beyond

AutoClassWeb: a simple web interface for Bayesian clustering of omics data

AutoClassWeb: a simple web interface for Bayesian clustering of omics data

Novel Insights into Quantitative Proteomics from an Innovative Bottom-Up Simple Light Isotope Metabolic (bSLIM) Labeling Data Processing Strategy

BGC‐Argo Floats Observe Nitrate Injection and Spring Phytoplankton Increase in the Surface Layer of Levantine Sea (Eastern Mediterranean)

buildH: Build hydrogen atoms from united-atom molecular dynamics of lipids and calculate the order parameters

Pixel: a content management platform for quantitative omics data

AutoClassWrapper: a Python wrapper for AutoClass C classification

Meet-U: educating through research immersion

An Integrative Approach to the Study of Filamentous Oligomeric Assemblies, with Application to RecA

Tolérance du dispositif intra-utérin au cuivre chez les patientes nullipares : étude prospective unicentrique

Cis-trans isomerization of omega dihedrals in proteins.

Modeling and molecular dynamics of HPA-1a and -1b polymorphisms: effects on the structure of the β3 subunit of the αIIbβ3 integrin.

Prostaglandin E2 release from astrocytes triggers gonadotropin-releasing hormone (GnRH) neuron firing via EP2 receptor activation.

Ten simple rules for getting help from online scientific communities.

Detection and architecture of small heat shock protein monomers.

Modeling the early stage of DNA sequence recognition within RecA nucleoprotein filaments.

Transitions between secondary structures in isolated polyalanines

PTools: an opensource molecular docking library.

Length of pushing efforts: pushing is not playing. Reply to the article of C. Le Ray and F. Audibert

Insights on protein-DNA recognition by coarse grain modelling.

Competition between secondary structures in gas phase polyalanines

Performances of Wang-Landau algorithms for continuous systems.

Comparison of the fragmentation pattern induced by collisions, laser excitation and electron capture. Influence of the initial excitation.

Monte Carlo simulations of flexible molecules in a static electric field: electric dipole and conformation

Size distribution of fat globules in human colostrum, breast milk, and infant formula

Motor cortical control of cardiovascular bulbar neurones projecting to spinal autonomic areas.

Cortical control of somato-cardiovascular integration: neuroanatomical studies.

Plasma : plateforme d'e-learning pour l'analyse interactive de données

7 – Mastite du post-partum à streptocoque ß-hémolytique du groupe A : à propos d’un cas

Hypothalamic astrocytes induce the neuronal maturation and function of GnRH-expressing GnV cells

Impact of hypothalamic astrocytes on GnV-3 GnRH secreting cells: functional and transcriptomic analysis

Rôle des astrocytes dans la maturation neuronale de la lignée hypothalamique adulte GnV sécrétant la GnRH

3D modeling of Hi-C contacts: seeing the spatial organization of fungal chromosomes

The IFB e-Learning Working Group

Programmation en Python pour les sciences de la vie

La classe inversée. Exemple 2 : Retour d'expérience sur une classe inversée en bio-informatique

Working with omics data, an interdisciplinary challenge at the crossroads of biology and computer science

AutoClassWeb: a simple web interface for Bayesian clustering

Évaluation de l'utilisation d'un robot conversationnel comme assistant en accessibilité pour la lecture des articles scientifiques

MDverse: Shedding Light on the Dark Matter of Molecular Dynamics Simulations

Le notebook. Une forme intelligible du numérique ? Un objet écosophique ?

Structure et dynamique de protéines isolées : approches statistiques

Recyclage des données de la recherche en biologie : vers une bioinformatique écologique ?

Introduction à la programmation Python pour la biologie

Modélisation mathématique en biologie (MOMAB)

AutoClassWeb

buildH