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BlastGraph: intensive approximate pattern matching in string graphs and de-Bruijn graphs

 Guillaume Holley , Pierre Peterlongo
PSC 2012, Aug 2012, Prague, Czech Republic
Communication dans un congrès hal-00711911v1
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Genotyping Structural Variations using Long Read data

 Lolita Lecompte , Pierre Peterlongo , Dominique Lavenier , Claire Lemaitre
JOBIM 2019 - Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2019, Nantes, France. pp.1-8
Communication dans un congrès hal-02288091v1
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SVJedi : Structural variation genotyping using long reads

 Lolita Lecompte , Pierre Peterlongo , Dominique Lavenier , Claire Lemaitre
HiTSeq 2019 - Conference on High Throughput Sequencing, Jul 2019, Basel, Switzerland
Poster de conférence hal-02290884v1
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From genomics to metagenomics: benchmark of variation graphs

 Kévin da Silva , Nicolas Pons , Magali Berland , Florian Plaza Oñate , Mathieu Almeida , et al.
JOBIM 2019 - Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2019, Nantes, France
Poster de conférence hal-02284559v1
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Lossless filter for multiple repeats with bounded edit distance

 Pierre Peterlongo , Gustavo Akio Tominaga Sacomoto , Alair Pereira Do Lago , Nadia Pisanti , Marie-France Sagot
Algorithms for Molecular Biology, 2009, 4 (1), pp.3. ⟨10.1186/1748-7188-4-3⟩
Article dans une revue hal-00784457v1
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kmdiff, large-scale and user-friendly differential k-mer analyses

 Téo Lemane , Rayan Chikhi , Pierre Peterlongo
Bioinformatics, 2022, 38 (24), pp.5443-5445. ⟨10.1093/bioinformatics/btac689⟩
Article dans une revue hal-03885124v1
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Mapsembler, targeted assembly of larges genomes on a desktop computer

 Pierre Peterlongo , Rayan Chikhi
[Research Report] RR-7565, INRIA. 2011, pp.17
Rapport inria-00577218v1
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In-place update of suffix array while recoding words

 Matthias Gallé , Pierre Peterlongo , François Coste
International Journal of Foundations of Computer Science, 2009, 20 (6), pp.1025-1045. ⟨10.1142/S0129054109007029⟩
Article dans une revue inria-00471599v1
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metaVaR: introducing metavariant species models for reference-free metagenomic-based population genomics

 Romuald Laso-Jadart , Christophe Ambroise , Pierre Peterlongo , Mohammed-Amin Madoui
PLoS ONE, 2020, ⟨10.1371/journal.pone.0244637⟩
Article dans une revue hal-02464983v1
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GATB: Genome Assembly & Analysis Tool Box

 Erwan Drezen , Guillaume Rizk , Rayan Chikhi , Charles Deltel , Claire Lemaitre , et al.
Bioinformatics, 2014, 30, pp.2959 - 2961. ⟨10.1093/bioinformatics/btu406⟩
Article dans une revue hal-01088571v1
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fimpera: drastic improvement of Approximate Membership Query data-structures with counts

 Lucas Robidou , Pierre Peterlongo
Bioinformatics, 2023, 39 (5), pp.1-16. ⟨10.1101/2022.06.27.497694⟩
Article dans une revue hal-03912993v1

Toward perfect reads: self-correction of short reads via mapping on de Bruijn graphs

 Antoine Limasset , Jean-François Flot , Pierre Peterlongo
RECOMB 2018, Apr 2018, Paris, France
Communication dans un congrès hal-01644163v1
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c-GAMMA: Comparative Genome Analysis of Molecular Markers

 Pierre Peterlongo , Jacques Nicolas , Dominique Lavenier , Raoul Vorc'H , Joël Querellou
Pattern Recognition in Bioinformatics, Sep 2009, Sheffield, United Kingdom. pp.255-269, ⟨10.1007/978-3-642-04031-3_23⟩
Communication dans un congrès inria-00425373v1
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Pattern matching under DTW distance

 Garance Gourdel , Anne Driemel , Pierre Peterlongo , Tatiana Starikovskaya
SPIRE 2022 - 29th International Symposium on String Processing and Information Retrieval, Nov 2022, Concepción, Chile. pp.315--330
Communication dans un congrès hal-03763091v1
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A de novo approach to disentangle partner identity and function in holobiont systems

 Arnaud Meng , Camille Marchet , Erwan Corre , Pierre Peterlongo , Adriana A. Alberti , et al.
Microbiome, 2018, pp.1-35. ⟨10.1186/s40168-018-0481-9⟩
Article dans une revue hal-01643153v2
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Discovering Millions of Plankton Genomic Markers from the Atlantic Ocean and the Mediterranean Sea

 Majda Arif , Jérémy Gauthier , Kevin Sugier , Daniele Iudicone , Olivier Jaillon , et al.
Molecular Ecology Resources, 2018, pp.1-24. ⟨10.1111/1755-0998.12985⟩
Article dans une revue hal-01987200v1
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Genomic evidence for global ocean plankton biogeography shaped by large-scale current systems

 Daniel Richter , Romain Watteaux , Thomas Vannier , Jade Leconte , Paul Frémont , et al.
eLife, 2022, 11, pp.e78129. ⟨10.7554/eLife.78129⟩
Article dans une revue hal-02399723v2

Multiple Comparative Metagenomics using Multiset k-mer Counting

 Gaëtan Benoit , Pierre Peterlongo , Mahendra Mariadassou , Erwan Drezen , Sophie Schbath , et al.
2016
Pré-publication, Document de travail hal-01300485v1
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In-place Update of Suffix Array while Recoding Words

 Matthias Gallé , Pierre Peterlongo , François Coste
Prague Stringology Conference 2008, Sep 2008, Prague, Czech Republic. pp.54--67
Communication dans un congrès inria-00327582v1

A first approach to finding common motifs with Gaps

 Costas S. Iliopoulos , James Mchugh , Pierre Peterlongo , Nadia Pisanti , Wojciech Rytter , et al.
Prague Stringology Conference 2004, Sep 2004, Czech Republic. pp.88-97
Communication dans un congrès hal-00620030v1
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Filtrage de séquences d'ADN pour la recherche de longues répétitions multiples

 Pierre Peterlongo
Interface homme-machine [cs.HC]. Université de Marne la Vallée, 2006. Français. ⟨NNT : ⟩
Thèse tel-00132300v1

Mutations and genomic islands can explain the strain dependency of sugar utilization in 21 strains of Propionibacterium freudenreichii

 Valentin Loux , Mahendra Mariadassou , Sintia Almeida da Silva , Hélène Chiapello , Amal Hammami , et al.
20. Colloque du Club des Bactéries Lactiques, Jun 2015, Lille, France. , 2015
Poster de conférence hal-01170054v1
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ELECTOR: EvaLuation of Error Correction Tools for lOng Reads

 Lolita Lecompte , Camille Marchet , Pierre Morisse , Antoine Limasset , Pierre Peterlongo , et al.
JOBIM 2018 - Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2018, Marseille, France. pp.1-2
Poster de conférence hal-01929900v1
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Colib’read on galaxy: a tools suite dedicated to biological information extraction from raw NGS reads

 Yvan Le Bras , Olivier Collin , Cyril Monjeaud , Vincent Lacroix , Eric Rivals , et al.
GigaScience, 2016, 5 (1), ⟨10.1186/s13742-015-0105-2⟩
Article dans une revue hal-01280238v1
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KISSPLICE: de-novo calling alternative splicing events from RNA-seq data

 Gustavo Sacomoto , Janice Kielbassa , Rayan Chikhi , Raluca Uricaru , Pavlos Antoniou , et al.
BMC Bioinformatics, 2012, 13 (Suppl 6), pp.S5. ⟨10.1186/1471-2105-13-S6-S5⟩
Article dans une revue hal-00784407v1
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kisSplice, détection d'évènements d'épissages alternatifs dans les données RNA-seq

 Gustavo Akio Tominaga Sacomoto , J. Kielbassa , Pavlos Antoniou , Rayan Chikhi , Raluca Uricaru , et al.
[Research Report] RR-7852, INRIA. 2011, pp.12
Rapport hal-00654249v2
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Mapsembler, targeted and micro assembly of large NGS datasets on a desktop computer

 Pierre Peterlongo , Rayan Chikhi
BMC Bioinformatics, 2012, 13 (1), pp.48. ⟨10.1186/1471-2105-13-48⟩
Article dans une revue hal-00784408v1
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Simka: fast kmer-based method for estimating the similarity between numerous metagenomic datasets

 Gaëtan Benoit , Pierre Peterlongo , Dominique Lavenier , Claire Lemaitre
JOBIM 2015, Jul 2015, Clermont-Ferrand, France. , ⟨10.1093/Bioinforma-cs/btu406⟩
Poster de conférence hal-01180603v1
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The K-mer File Format: a standardized and compact disk representation of sets of k-mers

 Yoann Dufresne , Teo Lemane , Pierre Marijon , Pierre Peterlongo , Amatur Rahman , et al.
Bioinformatics, 2022, 38 (18), pp.4423-4425. ⟨10.1093/bioinformatics/btac528⟩
Article dans une revue hal-03885245v1
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De Novo Clustering of Long Reads by Gene from Transcriptomics Data

 Camille Marchet , Lolita Lecompte , Corinne da Silva , Corinne Cruaud , Jean-Marc Aury , et al.
Nucleic Acids Research, In press, pp.1-12. ⟨10.1093/nar/gky834⟩
Article dans une revue hal-01643156v2
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