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MolliGen 3.0, evolution of a database dedicated to the comparative genomics of mollicutes

 Aurélien Barré , Claire Lemaitre , Patricia Thebault , Antoine de Daruvar , Alain Blanchard , et al.
Congress of the International Organization for Mycoplasmology ; 2010/07/11-16 ; Chianciano Terme (ITA). IOM congress 2010., 2010, Italy
Communication dans un congrès hal-00649151v1
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Deciphering functional annotation of multiple gene sets with MOTVIS

 Aarón Ayllón-Benítez , Fleur Mougin , Manuel Quesada Martinez , Jesualdo Tomás Fernández Breis , Romain Bourqui , et al.
Jornées ouvertes de biologie informatique et matematiques, Jul 2018, Marseille, France
Poster de conférence hal-02401858v1
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Emergence of Atypical Mycoplasma agalactiae Strains Harboring a New Prophage and Associated with an Alpine Wild Ungulate Mortality Episode

 Florence Tardy , Eric Baranowski , Laurent-Xavier Nouvel , Virginie Mick , Lucia Manso-Silvan , et al.
Applied and Environmental Microbiology, 2012, 78 (13), pp.4659-4668. ⟨10.1128/AEM.00332-12⟩
Article dans une revue hal-00939842v1

An introduction to metabolic networks and their structural analysis.

 Vincent Lacroix , Ludovic Cottret , Patricia Thebault , Marie-France Sagot
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2008, 5 (4), pp.594-617. ⟨10.1109/TCBB.2008.79⟩
Article dans une revue hal-00355497v1

Towards the development of a new genetic tool based on Mycoplasma gallisepticum natural CRISPR/Cas9 system

 Iason Tsarmpopoulos , Thomas Ipoutcha , Géraldine Gourgues , Patricia Thébault , Alain Blanchard , et al.
European Mycoplasma Conference, Mar 2019, London, United Kingdom
Communication dans un congrès hal-02788982v1

Deciphering gene sets annotations with ontology based visualization

 Aarón Ayllón-Benítez , Fleur Mougin , Jesualdo Tomás Fernández-Breis , Manuel Quesada Martinez , Patricia Thebault , et al.
21 st International conference information visualisation, Jul 2017, London, United Kingdom
Communication dans un congrès hal-01524572v1
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Complete Genome Sequence of Mycoplasma putrefaciens Strain 9231, One of the Agents of Contagious Agalactia in Goats

 Virginie Dupuy , Pascal Sirand-Pugnet , Eric Baranowski , Aurélien Barré , Marc Breton , et al.
Genome Announcements, 2013, 1 (3), pp.e00354-13. ⟨10.1128/genomeA.00354-13⟩
Article dans une revue hal-00907450v1
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Combining constraint processing and pattern matching to describe and locate structured motifs in genomic sequences.

 Patricia Thebault , Simon de Givry , Thomas Schiex , Christine Gaspin
Fifth IJCAI-05 Workshop on Modelling and Solving Problems with Constraints, Edindurgh, Scotland, 2005., 2005, Edimbourg, United Kingdom. 8p
Communication dans un congrès hal-00362194v1
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A novel substitution matrix fitted to the compositional bias in Mollicutes improves the prediction of homologous relationships

 Claire Lemaitre , Aurélien Barré , Christine Citti , Florence Tardy , François Thiaucourt , et al.
BMC Bioinformatics, 2011, 12 (1), pp.457. ⟨10.1186/1471-2105-12-457⟩
Article dans une revue hal-00784414v1
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GSAn : An alternative to gene set enrichment analysis

 Aarón Ayllón-Benítez , Patricia Thébault , Fleur Mougin
Journées Ouvertes de Biologie Informatique et Matématiques, Jul 2019, Nantes, France
Poster de conférence hal-02401873v1

Identification d’ARN non codants

 Christine Gaspin , Patricia Thébault
Biofutur, 2005, 251, pp.33-36
Article dans une revue hal-02670095v1

Visualizing omics and clinical data: which challenges for dealing with their variety?

 Fleur Mougin , David Auber , Romain Bourqui , Gayo Diallo , Isabelle Dutour , et al.
Methods, 2018, 132, pp.3-18. ⟨10.1016/j.ymeth.2017.08.012⟩
Article dans une revue hal-03160796v2
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Multiple Origins and Specific Evolution of CRISPR/Cas9 Systems in Minimal Bacteria (Mollicutes)

 Thomas Ipoutcha , Iason Tsarmpopoulos , Vincent Talenton , Christine Gaspin , Annick Moisan , et al.
Frontiers in Microbiology, 2019, 10, pp.2701. ⟨10.3389/fmicb.2019.02701⟩
Article dans une revue hal-02373435v1

Shaping the surface proteome of minimal bacteria

 Laure Beven , Christine Citti , Pascal Sirand-Pugnet , Dubrana Marie-Pierre , Patricia Thebault , et al.
Congress of the International Organization for Mycoplasmology ; 2010/07/11-16 ; Chianciano Terme (ITA). IOM congress 2010, 2010, Chianciano Terme, Italy
Communication dans un congrès hal-00648772v1

The Cm56 tRNA modification in archaea is catalyzed either by a specific 2'-O-methylase, or a C/D sRNP.

 Mh Renalier , N. Joseph , Christine Gaspin , Patricia Thebault , A. Mougin
RNA, 2005, 22 (17), pp.1051-63
Article dans une revue hal-00355513v1
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Systrip: a visual environment for the investigation of time-series data in the context of metabolic networks

 Jonathan Dubois , Ludovic Cottret , Amine Ghozlane , David Auber , Frédéric Bringaud , et al.
16th International Conference on Information Visualization (IV'12), Jul 2012, Montpellier, France. pp.4771a204
Communication dans un congrès hal-00742176v1

CRISPR/Cas9 : From natural systems towards tools for genome engineering in Mollicutes

 Thomas Ipoutcha , Iason Tsarmpopoulos , Geraldine Gourgues , Patricia Thébault , Alain Blanchard , et al.
BioSynSys/MaxSynBio/SynBio Symposium, Nov 2019, Bordeaux, France. 2019
Poster de conférence hal-02737884v1

iRNA: Integrative pipeline for genome-wide detection of sRNA targets

 Amine Ghozlane , Jonathan Dubois , Isabelle Dutour , Romain Bourqui , Marc Breton , et al.
"Autour des ARNs non codant" - Rencontre bioinformatique 2012, Feb 2012, Toulouse, France
Communication dans un congrès hal-00695794v1

rNAV 2.0: a visualization tool for bacterial sRNA-mediated regulatory networks mining

 Romain Bourqui , Isabelle Dutour , Jonathan Dubois , William Benchimol , Patricia Thebault
BMC Bioinformatics, 2017, 18 (1), ⟨10.1186/s12859-017-1598-8⟩
Article dans une revue hal-01521081v1
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Visualizing RNA Secondary Structure Base Pair Binding Probabilities using Nested Concave Hulls

 Joris Sansen , Romain Bourqui , Patricia Thebault , Julien Allali , David Auber
5th Symposium on Biological Data Visualization, Jul 2015, Dublin, Ireland
Poster de conférence hal-01664524v1
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Searching RNA motifs and their intermolecular contacts with constraint networks.

 Patricia Thebault , Simon de Givry , Thomas Schiex , Christine Gaspin
Bioinformatics, 2006, 22 (17), pp.2074-80. ⟨10.1093/bioinformatics/btl354⟩
Article dans une revue hal-00355512v1

Molligen 3.0, evolution of a database dedicated to the comparative genomics of mollicutes

 Aurélien Barré , Claire Lemaitre , Patricia Thébault , Antoine de Daruvar , Alain A. Blanchard , et al.
18. Congress of the International Organization for Mycoplasmology, Jul 2010, Chianciano Terme, Italy
Communication dans un congrès hal-02756212v1
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A new method for evaluating the impacts of semantic similarity measures on the annotation of gene sets

 Aarón Ayllón-Benítez , Fleur Mougin , Julien Allali , Rodolphe Thiébaut , Patricia Thebault
PLoS ONE, 2018, 13 (11), pp.e0208037. ⟨10.1371/journal.pone.0208037⟩
Article dans une revue hal-01938961v1

Identification d'ARN non codants

 Christine Gaspin , Patricia Thebault
Biofutur, 2005, 251, pp.33-36
Article dans une revue hal-00362186v1

Evolutionary history of contagious bovine pleuropneumonia using Next generation sequencing of Mycoplasma mycoides subsp. mycoides “small colony

 Virginie Dupuy , Lucía Manso-Silván , Valérie Barbe , Patricia Thébault , Emilie Dordet Frisoni , et al.
IOM 2014 - 20. Congress of the International Organization for Mycoplasmology, Jun 2014, Blumenau, Brazil
Communication dans un congrès hal-02797899v1

Genome evolution and host specificity shape the surface proteome of mollicutes

 Laure Beven , Christine Citti , Pascal P. Sirand-Pugnet , Marie-Pierre Dubrana , Patricia Thébault , et al.
Journées des microbiologistes de l'INRA 2010, May 2010, Poitiers, France
Communication dans un congrès hal-02753432v1

Prédire et identifier le protéome de surface de bactéries pathogènes minimalistes : une étape clé dans la compréhension des interactions hôtes-mollicutes

 Pascal P. Sirand-Pugnet , Laure Beven , Colette Saillard , Patricia Thébault , Marie-Pierre Dubrana , et al.
AgroBI 2008, Dec 2008, Bordeaux, France
Communication dans un congrès hal-02758038v1

GSAn: an alternative to enrichment analysis for annotating gene sets

 Aarón Ayllón-Benítez , Romain Bourqui , Patricia Thebault , Fleur Mougin
NAR Genomics and Bioinformatics, 2020, 2 (2), ⟨10.1093/nargab/lqaa017⟩
Article dans une revue hal-02509842v1
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HDR Composition du jury Alain DeniseProfesseur LRI, ParisRapporteur Claudine MédigueDirecteur de recherche CNRS, UMR8030 GenoscopeRapporteur Mohamed ElatiMaitre de conférences, ISSB, ParisRapporteur Christine GaspinDirectrice de recherche, INRA ToulouseExaminateur Jean Christophe TaveauProfesseur Université, BordeauxExaminateur Rodolphe ThiébautPUPH, INSERM, CHU de Bordeaux Examinateur Guillaume BlinProfesseur Université de BordeauxExaminateur

 Patricia Thebault
Bio-Informatique, Biologie Systémique [q-bio.QM]. Ecole doctorale EDMI (ED Mathématiques et Informatique) Université de Bordeaux, 2017
HDR tel-02373438v1

A visualization approach to analyse bacterial sRNA-mediated regulatory networks

 Jonathan Dubois , Amine Ghozlane , Patricia Thébault , Isabelle Dutour , Romain Bourqui
Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques (JOBIM 2013), Jul 2013, France. pp.Poster
Communication dans un congrès hal-00838731v1
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