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The ReproGenomics Viewer: An integrative cross-species toolbox for the reproductive science community

 Thomas Alain Darde , Olivier Sallou , Becker Emmanuelle , Bertrand Evrard , Cyril Monjeaud , et al.
ReproScience, Apr 2015, Rennes, France
Poster de conférence hal-02445070v1
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Logol: Expressive Pattern Matching in sequences. Application to Ribosomal Frameshift Modeling

 Catherine Belleannée , Olivier Sallou , Jacques Nicolas
PRIB2014 - Pattern Recognition in Bioinformatics, 9th IAPR International Conference, Lukas KALL, Aug 2014, Stockholm, Sweden. pp.34-47, ⟨10.1007/978-3-319-09192-1_4⟩
Communication dans un congrès hal-01059506v1

The GAG database: A new resource to gather genomic annotation cross-references

 Thomas Obadia , Olivier Sallou , Marion Ouedraogo , Grégory Guernec , Frédéric Lecerf
Gene, 2013, 527 (2), pp.503-509. ⟨10.1016/j.gene.2013.06.063⟩
Article dans une revue hal-01207750v1
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AnnotQTL: a new tool to gather functional and comparative information on a genomic region

 Frédéric Lecerc , Anthony Bretaudeau , Olivier Sallou , Colette Désert , Yuna Blum , et al.
Nucleic Acids Research, 2011, 39 (Suppl 2), open access. ⟨10.1093/nar/gkr361⟩
Article dans une revue hal-00597398v1

An application suite based on the IFB Container as a Service platform

 François Moreews , Olivier Sallou , Olivier Collin
ECCB 2016 (Elixir Talks) , ISCB, Sep 2016, Den Haag, Netherlands
Communication dans un congrès hal-01394295v1
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A curated Domain centric shared Docker registry linked to the Galaxy toolshed

 François Moreews , Olivier Sallou , Yvan Le Bras , Grosjean Marie , Cyril Monjeaud , et al.
Galaxy Community Conference 2015, Jul 2015, Norwich, United Kingdom
Communication dans un congrès hal-01160514v1

SRD: a Staphylococcus regulatory RNA database.

 Mohamed Sassi , Yoann Augagneur , Tony Mauro , Lorraine Ivain , Svetlana Chabelskaya , et al.
RNA, 2015, RNA, 21 (5), pp.1005-1017. ⟨10.1261/rna.049346.114⟩
Article dans une revue inserm-01136506v1

e-Science in France, a Life science Western story

 Yvan Le Bras , Aurélien Roult , Cyril Monjoeaud , Bahin Mathieu , Olivier Quenez , et al.
Galaxy Community Conference (GCC2014), Jun 2014, Baltimore, United States
Poster de conférence hal-01102432v1
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Recommendations for the packaging and containerizing of bioinformatics software

 Bjorn Gruening , Olivier Sallou , Pablo Moreno , Felipe da Veiga Leprevost , Hervé Ménager , et al.
F1000Research, 2018, 7, pp.742. ⟨10.12688/f1000research.15140.2⟩
Article dans une revue pasteur-02769991v1
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GO-Docker: Batch scheduling with containers

 Olivier Sallou , Cyril Monjeaud
IEEE Cluster 2015, Sep 2015, CHICAGO, United States. , ⟨10.1109/CLUSTER.2015.89⟩
Poster de conférence hal-01213323v1
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TOXsIgN: a cross-species repository for toxicogenomic signatures

 Thomas A. Darde , Pierre Gaudriault , Rémi Béranger , Clement Lancien , Annaelle Caillarec-Joly , et al.
Bioinformatics, 2018, 34 (12), pp.2116-2122. ⟨10.1093/bioinformatics/bty040⟩
Article dans une revue hal-01863047v1
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AnnotQTL: a new tool to gather functional and comparative information on a genomic region

 Frédéric Lecerf , Anthony Bretaudeau , Olivier Sallou , Colette Désert , Yuna Blum , et al.
12. Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jun 2011, Paris, France. 2011, JOBIM 2011
Poster de conférence hal-02746728v1

TOXsIgN – un espace de dépôt publique dédié aux signatures toxicologiques

 Thomas Alain Darde , Pierre Gaudriault , Rémi Béranger , Lancien Clément , Annaelle Caillarec-Joly , et al.
10 ans PNREST, ANSES, Nov 2016, Paris, France
Poster de conférence hal-02445079v1

PepPSy: a web server to prioritize gene products in experimental and biocuration workflows

 Olivier Sallou , Paula D. Duek , Thomas A. Darde , Olivier Collin , Lydie Lane , et al.
Database - The journal of Biological Databases and Curation, 2016, 2016, pp.baw070. ⟨10.1093/database/baw070⟩
Article dans une revue hal-01342472v1
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IFB-Biosphère : Services cloud pour l'analyse des données des sciences de la vie

 Christophe Blanchet , Olivier Collin , Matéo Boudet , Stéphane Delmotte , Hervé Gilquin , et al.
Journées RESeaux - JRES 2019, Dec 2019, Dijon, France
Communication dans un congrès hal-03297018v1

Seqcrawler: biological data indexing and browsing platform.

 Olivier Sallou , Anthony Bretaudeau , Aurelien Roult
BMC Bioinformatics, 2012, 13 (1), pp.175. ⟨10.1186/1471-2105-13-175⟩
Article dans une revue hal-00728279v1

Towards a Life Sciences Virtual Research Environment

 Yvan Le Bras , Aurélien Roult , Cyril Monjoeaud , Bahin Mathieu , Olivier Quenez , et al.
JOBIM 2013 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2013, Toulouse, France
Communication dans un congrès hal-01102438v1
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Hadoopizer : a cloud environment for bio-informatics data analysis

 Anthony Bretaudeau , Olivier Sallou , Olivier Collin
journées scientifiques mésocentres et France Grilles 2012, Oct 2012, Paris, France
Communication dans un congrès hal-00766066v1

AnnotQTL: a new tool to gather functional and comparative information on a genomic region

 Frédéric Lecerf , Anthony Bretaudeau , Olivier Sallou , Colette Désert , Anne Blum , et al.
15th QTLMAS, Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UMR Génétique Animale (0598)., May 2011, Rennes, France
Communication dans un congrès hal-02746678v1
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BioShaDock: a community driven bioinformatics shared Docker-based tools registry

 François Moreews , Olivier Sallou , Hervé Ménager , Yvan Le Bras , Cyril Monjeaud , et al.
F1000Research, 2015, ⟨10.12688/f1000research.7536.1⟩
Article dans une revue hal-01243520v1
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GPSy: a cross-species gene prioritization system for conserved biological processes--application in male gamete development.

 Ramona Britto , Olivier Sallou , Olivier Collin , Grégoire Michaux , Michael Primig , et al.
Nucleic Acids Research, 2012, 40 (W1), pp.W458-W465. ⟨10.1093/nar/gks380⟩
Article dans une revue inserm-00696905v1
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Recherche d'instances de motifs expressifs avec Logol. Application à la modélisation d'événements de frameshift -1

 Catherine Belleannée , Olivier Sallou , Jacques Nicolas
JOBIM 2012- 13e Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2012, Rennes, France. pp.5-14
Communication dans un congrès hal-00726791v1

OBIWEE : an open source bioinformatics cloud environment

 François Moreews , Jonathan Piat , Olivier Sallou
BOSC 2011 - 12th Annual Bioinformatics Open Source Conference, Jul 2011, Vienne, Austria
Communication dans un congrès inria-00638715v1
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The BioMart community portal: an innovative alternative to large, centralized data repositories

 Damian Smedley , Syed Haider , Steffen Durinck , Luca Pandini , Paolo Provero , et al.
Nucleic Acids Research, 2015, 43 (W1), pp.W589-W598. ⟨10.1093/nar/gkv350⟩
Article dans une revue hal-01146849v1

High-resolution profiling of novel transcribed regions during rat spermatogenesis

 Frédéric Chalmel , Aurélie Lardenois , Bertrand Evrard , Antoine D. Rolland , Olivier Sallou , et al.
Biology of Reproduction, 2014, 91 (1), pp.5. ⟨10.1095/biolreprod.114.118166⟩
Article dans une revue hal-01063924v1
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The ReproGenomics Viewer: an integrative cross-species toolbox for the reproductive science community.

 Thomas A Darde , Olivier Sallou , Emmanuelle Becker , Bertrand Evrard , Cyril Monjoeaud , et al.
Nucleic Acids Research, 2015, 43 (W1), pp.8. ⟨10.1093/nar/gkv345⟩
Article dans une revue hal-01146120v1
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