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20 résultats
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Estimating the evolution history of species from genome sequences

Simon Boitard , Olivier Mazet , Bertrand Servin
Master. CIMI, Semestre mathématiques et informatique pour les sciences du vivant, 2017
Cours hal-02786126v1

Métodos para el analisis de datos genéticos obtenidos gracias a las nuevas técnicas de secuenciacion

Simon S. Boitard , Willy Rodríguez , Lounès Chikhi , Simona Grusea , Olivier Mazet
Compumat, Nov 2013, La Havane, Cuba
Communication dans un congrès hal-02808588v1
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Spontaneous Dynamics of Asymmetric Random Recurrent Spiking Neural Networks

Hédi Soula , Guillaume Beslon , Olivier Mazet
2004
Pré-publication, Document de travail hal-00003305v1
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Heterogeneity in effective size across the genome: effects on the Inverse Instantaneous Coalescence Rate (IICR) and implications for demographic inference under linked selection

Simon Boitard , Armando Arredondo , Lounès Chikhi , Olivier Mazet
Rencontres Alphy/AIEM, UMR6553 ECOBIO, Mar 2022, Rennes, France
Communication dans un congrès hal-03649541v1

Inferring population size history from NGS data: the pairwise sequentially markov coalescent

Simon S. Boitard , Willy Rodríguez , Lounès Chikhi , Simona Grusea , Olivier Mazet
Okinawa Integrative Biology Course (OIBC), 2013, Okinawa, Japan. 2013
Poster de conférence hal-02808720v1

The IICR (inverse instantaneous coalescence rate) as a summary of genomic diversity: insights into demographic inference and model choice

Lounès Chikhi , Willy Rodríguez , Simona Grusea , Patricia Santos , Simon Boitard , et al.
Heredity, 2017, 120 (120), pp.13-24. ⟨10.1038/s41437-017-0005-6⟩
Article dans une revue hal-01633154v1
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The IICR and the non-stationary structured coalescent: towards demographic inference with arbitrary changes in population structure

Willy Rodríguez , Olivier Mazet , Simona Grusea , Armando Arredondo , Josué Corujo , et al.
Heredity, 2018, 121 (6), pp.663-678. ⟨10.1038/s41437-018-0148-0⟩
Article dans une revue hal-02347366v1

Functional space approach for evolutionary algorithms

Guillaume Beslon , Hubert Charles , Jean-Michel Fayard , Olivier Gandrillon , Olivier Mazet , et al.
Journées de Post-Génomique de la Doua - JPGD'02, Mar 2002, Villeurbanne, France
Poster de conférence hal-03506453v1

Modélisation cellulaire pour l'émergence de structures multiprotéiques auto-organisées

Antoine Coulon , Hédi Soula , Olivier Mazet , Olivier Gandrillon , Guillaume Beslon
Revue des Sciences et Technologies de l'Information - Série TSI : Technique et Science Informatiques, 2007, 1-2, 26, pp.123-148. ⟨10.3166/tsi.26.123-148⟩
Article dans une revue istex hal-01613745v1

Modeling evolution through a genetic regulation network

Guillaume Beslon , Hubert Charles , Jean-Michel Fayard , Olivier Gandrillon , Olivier Mazet
Journées de Post-Génomique de la Doua - JPGD'02, Mar 2002, Villeurbanne, France
Poster de conférence hal-03506447v1
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Demographic inference using genetic data from a single individual: separating population size variation from population structure

Olivier Mazet , Willy Rodríguez , Lounès Chikhi
Theoretical Population Biology, 2015, 104, pp.46 - 58. ⟨10.1016/j.tpb.2015.06.003⟩
Article dans une revue hal-01087849v1
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Impact of model assumptions on demographic inferences: the case study of two sympatric mouse lemurs in northwestern Madagascar

Helena Teixeira , Jordi Salmona , Armando Arredondo , Beatriz Mourato , Sophie Manzi , et al.
BMC Ecology and Evolution, 2021, 21 (1), ⟨10.1186/s12862-021-01929-z⟩
Article dans une revue hal-03412689v1

Exploring the estimation quality of PSMC using different sizes of input sequences

Simon S. Boitard , Willy Rodríguez , Lounès Chikhi , Simona Grusea , Olivier Mazet
Mathematical and Computational Evolutionary Biology, Jun 2014, Montpellier, France. 2014
Poster de conférence hal-02799857v1
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Inferring number of populations and changes in connectivity under the n-island model

Armando Arredondo , Beatriz Mourato , Khoa Nguyen , Simon Boitard , Willy Rodríguez , et al.
Heredity, 2021, 126 (6), pp.896-912. ⟨10.1101/2020.09.03.282251⟩
Article dans une revue hal-03086685v1
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Introduction aux probabilités

Stéphane Balac , Olivier Mazet
École d'ingénieur. Probabilités et statistique, INSA de Lyon, France. 2004, pp.137
Cours hal-04522092v1

On the importance of being structured: instantaneous coalescence rates and human evolution-lessons for ancestral population size inference?

Olivier Mazet , Willy Rodríguez , Simona Grusea , Simon Boitard , L. Chikhi
Heredity, 2016, 116, pp.362 - 371. ⟨10.1038/hdy.2015.104⟩
Article dans une revue hal-02921808v1

Population genetics: coalescence rate and demographic parameters inference

Olivier Mazet , Camille Noûs
Peer Community Journal, 2023, 3, pp.e53. ⟨10.24072/pcjournal.285⟩
Article dans une revue hal-04285562v1
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Coalescence times for three genes provide sufficient information to distinguish population structure from population size changes

Simona Grusea , Willy Rodríguez , Didier Pinchon , Lounès Chikhi , Simon Boitard , et al.
Journal of Mathematical Biology, 2018, ⟨10.1007/s00285-018-1272-4⟩
Article dans une revue hal-01631938v1
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Impact of linked selection on demographic inference: insights from the Inverse Instantaneous Coalescence Rate (IICR)

Simon Boitard , Lounès Chikhi , Olivier Mazet
PROBABILISTIC MODELING IN GENOMICS, Apr 2021, Cold Spring Harbour, United States
Poster de conférence hal-03238279v1
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Heterogeneity in effective size across the genome: effects on the inverse instantaneous coalescence rate (IICR) and implications for demographic inference under linked selection

Simon Boitard , Armando Arredondo , Lounès Chikhi , Olivier Mazet
Genetics, 2022, 220 (3), pp.iyac008. ⟨10.1093/genetics/iyac008⟩
Article dans une revue hal-03649481v1