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PROTIC workshop: A bioinformatics environment for proteome data validation, analysis and integration

 Renaud Flores , Johann J. Joets , Olivier Langella , Benoit B. Valot , Michel M. Zivy , et al.
Plant Genomics seminar 2010, Mar 2010, Pont Royal en Provence, France
Communication dans un congrès hal-02758409v1
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Upgrading X!TandemPipeline and MassChroQ for fast and accurate timsTOF native raw data support for quantitative proteomics

 Olivier Langella , Thomas Renne , Thierry Balliau , Marlène Davanture , Sven Brehmer , et al.
ProteoVilamoura 2022, May 2022, Vilamoura, Portugal
Poster de conférence hal-03687443v1
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AgroDataRing: Une infrastructure partagée et mutualisée pour le stockage longue durée

 Pierre Adenot , Stéphane Bansard , David Benaben , Veronique Brunaud , Christophe Caron , et al.
Cahier des Techniques de l'INRA, 2018, pp.1-7
Article dans une revue hal-02097192v1

Critical Assessment of Metaproteome Investigation (CAMPI): A Multi-Lab Comparison of Established Workflows

 Tim van den Bossche , Benoit Kunath , Kay Schallert , Stephanie Schäpe , Paul Abraham , et al.
2024
Pré-publication, Document de travail hal-04468173v1

Critical Assessment of MetaProteome Investigation (CAMPI): a multi-laboratory comparison of established workflows

 Tim van den Bossche , Benoit Kunath , Kay Schallert , Stephanie Schäpe , Paul Abraham , et al.
Nature Communications, 2021, 12 (1), pp. 7305. ⟨10.1038/s41467-021-27542-8⟩
Article dans une revue hal-04460334v1
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Open Modification Search using SpecOMS and i2MassChroQ

 Olivier Langella , Luciana de Oliveira , Michel Zivy , Melisande Blein-Nicolas , Dominique Tessier
analytics 2022, Sep 2022, Nantes, France
Poster de conférence hal-03735820v1
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Sub optimal 15N metabolic labelling in plant: A new way to perform large scale protein turnovers determination using the peptides isotopic distribution.

 Willy Vincent Bienvenut , Olivier Langella , Thierry Balliau , Filippo Rusconi , Marlène Davanture , et al.
ProteoVilamoura, Spanish, French and Portuguese Proteomics Societies, May 2022, VilaMoura, Portugal
Communication dans un congrès hal-03815633v1

A two-dimensional proteome map of maize endosperm

 Valérie Méchin , Thierry Balliau , S. Chateau-Joubert , Marlène Davanture , Olivier Langella , et al.
Phytochemistry, 2004, 65 (11), pp.1609-1618. ⟨10.1016/j.phytochem.2004.04.035⟩
Article dans une revue istex hal-02675725v1
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MassChroQ: A versatile tool for mass spectrometry quantification

 Benoit Valot , Olivier Langella , Edlira Nano , Michel Zivy
Proteomics, 2011, 11 (17), pp.3572 - 3577. ⟨10.1002/pmic.201100120⟩
Article dans une revue hal-01481216v1

mineXpert2 : Full-Depth Visualization and Exploration of MS n Mass Spectrometry Data

 Olivier Langella , Filippo Rusconi
Journal of The American Society for Mass Spectrometry, In press, ⟨10.1021/jasms.0c00402⟩
Article dans une revue hal-03166825v1
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Logiciels libres : à la recherche du bien commun

 Edlira Nano , Olivier Langella , Filippo Rusconi
Journées Réseaux de l'Enseignement et de la Recherche JRES 2022, May 2022, Marseille, France
Communication dans un congrès hal-03663215v1

i2MassChroQ: a TimsTOF pro enhanced data processing solution

 Olivier Langella
Bruker PaSER and timsTOF Proteomics data processing, Nov 2022, Paris, France
Communication dans un congrès hal-03860048v1

X!TandemPipeline new version brings native support of timsTOF raw data

 Thomas Renne , Filippo Rusconi , Michel Zivy , Olivier Langella
JOBIM 2020, Jul 2020, Montpellier, France
Poster de conférence hal-03687673v1
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A combined test for feature selection on sparse metaproteomics data—an alternative to missing value imputation

 Sandra Plancade , Magali Berland , Mélisande Blein-Nicolas , Olivier Langella , Ariane Bassignani , et al.
PeerJ, 2022, 10, pp.e13525. ⟨10.7717/peerj.13525⟩
Article dans une revue hal-04146583v1

SpecOMS, an open search approach challenging the identification of peptides showing sequence polymorphism

 Luciana de Oliveira , Olivier Langella , Thierry Balliau , Dominique Tessier , Melisande Blein-Nicolas , et al.
Journées du Protéome Vert, Jun 2021, Visioconférence, France
Communication dans un congrès hal-03879748v1
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Critical Assessment of MetaProteome Investigation (CAMPI): a multi-laboratory comparison of established workflows

 Tim van den Bossche , Benoit Kunath , Kay Schallert , Stephanie Schäpe , Paul Abraham , et al.
Nature Communications, 2021, 12 (1), pp. 7305. ⟨10.1038/s41467-021-27542-8⟩
Article dans une revue hal-03533529v1
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MassChroQ : A versatile tool for mass spectrometry quantification

 Edlira Nano , Benoit Valot , Olivier Langella , Ludovic Bonhomme , Mélisande Blein , et al.
Final COST meeting : Plant Proteomics in Europe, 2011, May 2011, Dijon, France
Poster de conférence hal-03663220v1
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Modern Metaproteomics: A Unique Tool to Characterize the Active Microbiome in Health and Diseases, and Pave the Road towards New Biomarkers—Example of Crohn’s Disease and Ulcerative Colitis Flare-Ups

 Céline Henry , Ariane Bassignani , Magali Berland , Olivier Langella , Harry Sokol , et al.
Cells, 2022, 11 (8), pp.1340. ⟨10.3390/cells11081340⟩
Article dans une revue hal-04007371v1

Développements pour la protéomique végétale à haut-débit

 Melisande Blein-Nicolas , Olivier Langella , Thomas Renne , Thierry Balliau , Marlène Davanture , et al.
Journées du Protéome Vert, Jun 2022, Gif-sur-Yette, France
Communication dans un congrès hal-03878360v1

Linking post-translational modifications and variation of phenotypic traits

 Warren Albertin , Philippe Marullo , Marina Bely , Michel Aigle , Aurelie Bourgais , et al.
Molecular and Cellular Proteomics, 2013, 12 (3), pp.720 - 735. ⟨10.1074/mcp.M112.024349⟩
Article dans une revue hal-01003318v1
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(p)ppGpp modifies RNAP function to confer β-lactam resistance in a peptidoglycan-independent manner

 Henri Voedts , Constantin Anoyatis-Pelé , Olivier Langella , Filippo Rusconi , Jean-Emmanuel Hugonnet , et al.
Nature Microbiology, 2024, 9 (3), pp.647-656. ⟨10.1038/s41564-024-01609-w⟩
Article dans une revue hal-04492929v1

Benefits of Iterative Searches of Large Databases to Interpret Large Human Gut Metaproteomic Data Sets

 Ariane Bassignani , Sandra Plancade , Magali Berland , Melisande Blein-Nicolas , Alain Guillot , et al.
Journal of Proteome Research, 2021, 20 (3), pp.1522-1534. ⟨10.1021/acs.jproteome.0c00669⟩
Article dans une revue hal-03135575v1
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X!TandemPipeline++: Software for Ion Mobility-Enabled Quantitative Proteomics in timsTOF Data Format

 Olivier Langella , Thomas Renne , Thierry Balliau , Marlène Davanture , Sven Brehmer , et al.
70th ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics ( ASMS 2022 ), Jun 2022, Minneapolis, United States.
Poster de conférence hal-03687564v1
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O-Glycosylation of the N-terminal region of the serine-rich adhesin Srr1 of Streptococcus agalactiae explored by mass spectrometry.

 Thibault Chaze , Alain Guillot , Benoît Valot , Olivier Langella , Julia Chamot-Rooke , et al.
Molecular and Cellular Proteomics, 2014, 13 (9), pp.2168-82. ⟨10.1074/mcp.M114.038075⟩
Article dans une revue hal-01204448v1

Interactions between genotype and environment drive the metabolic phenotype within Escherichia coli isolates

 Victor Sabarly , Claire Aubron , Jérémy Glodt , Thierry Balliau , Olivier Langella , et al.
Environmental Microbiology, 2016, 18 (1), pp.100-117. ⟨10.1111/1462-2920.12855⟩
Article dans une revue istex hal-01506467v1

Comparative proteomics of leaf, stem, and root tissues of synthetic Brassica napus

 Warren Albertin , Olivier Langella , Johann Joets , Luc Negroni , Michel Zivy , et al.
Proteomics, 2009, 9 (3), pp.793-799. ⟨10.1002/pmic.200800479⟩
Article dans une revue istex hal-01608289v1

X!TandemPipeline: a tool to manage sequence redundancy for protein inference and phosphosite identification

 Olivier Langella , Benoît Valot , Thierry Balliau , Mélisande Blein-Nicolas , Ludovic Bonhomme , et al.
Journal of Proteome Research, 2017, 16 (2), pp.494-503. ⟨10.1021/acs.jproteome.6b00632⟩
Article dans une revue hal-01484169v1

PROTICdb: a web-based application to store, track, query, and compare plant proteome data

 Hélène Ferry-Dumazet , Gwenn Houel , Pierre Montalent , Luc Moreau , Olivier Langella , et al.
Proteomics, 2005, 5, pp.2069-2081
Article dans une revue hal-00306584v1
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Plateforme d'Analyse Protéomique de Paris Sud-Ouest (PAPPSO)

 Céline Henry , Thierry Balliau , Willy Vincent Bienvenut , Marlène Davanture , Olivier Langella , et al.
Journées scientifiques Biosphera, Oct 2022, Palaiseau, France
Poster de conférence hal-03878417v1

SpecOMS, an open modification search approach challenging high-throughput single amino acid variations identification

 Luciana de Oliveira , Olivier Langella , Thierry Balliau , Dominique Tessier , Melisande Blein-Nicolas , et al.
4th INPPO Conference, Mar 2021, Visioconférence, France
Communication dans un congrès hal-03879763v1
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