Odile ROGIER
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Documents
Affiliations actuelles
- 1007171
Identifiants chercheurs
- odilerogier
- 0000-0001-6879-364X
Présentation
Bioinformatique, Génomique, Transcriptomique
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Recrutée fin 2011 en tant qu’Ingénieure d’études (IE), ma mission principale est d’apporter mon expertise en **bioinformatique** pour aider les biologistes, généticiens et physiologistes de l’Unité à analyser un nombre croissant de **données « omiques »**. Issues des nouvelles technologies de **séquençage haut-débit** (Next Generation Sequencing ou NGS), ces données correspondent généralement :
- à des **séquences d’ADN génomique** obtenues en masse afin de couvrir totalement (Whole Genome Sequencing ou WGS) ou partiellement par « capture » (Exome Capture) les génomes de différents individus pour rechercher des différences au sein de leurs **génomes** (par ex. Single Nucleotide Polymorphism ou SNP). Ces variations pourront ensuite être reliées à des différences de phénotype (croissance, résistance, morphologie, ...) et servir de marqueurs dans des programmes de croisement.
- des séquences d’**ARN** (RNA-seq) représentatives de l’ensemble des gènes transcrits (**transcriptome**) dans des tissus ou individus donnés afin de comparer à terme des différences d’expression géniques.
D’autres outils de génotypage sont aussi utilisés au sein de l’unité : séquençage par GBS (Genotyping By Sequencing) et puces de génotypage.
Ma seconde mission est d’être le correspondant privilégié entre l’unité et les structures spécialisées en bioinformatique (plates-formes de bioinformatique, bioinformaticiens d’autres unités INRA, ...).
### Techniques mises en œuvre
- Analyse et annotation haut-débit de séquences génomiques et de données d'expression de gènes
- Reséquençage de génomes (WGS, capture de séquences, GBS)
- Transcriptome (RNA-seq)
- Analyse de données de polymorphismes et de variabilité allélique
- Détection de polymorphismes de séquences : SNP, insertions, délétions (indels)
- Intégration des données générées dans les bases de données
- Sauvegarde et archivage des données brutes et analysées
### Activités transversales et d’enseignement
#### Réseaux
- Co-animatrice avec [Nathalie Boizot](https://www6.val-de-loire.inra.fr/biofora/Personnel/Permanents/BOIZOT-Nathalie) du Conseil des Laboratoires de l’Unité (CLU) entre juillet 2014 et décembre 2018.
- Membre la Commission Locale des Systèmes d’Information (CLSI) de l’INRAE Val-de-Loire.
- Participation au [Centre Automatisé de Traitement de l'Information (CATI)](https://www.ingenum.inra.fr/cati) :
- CATI CGI (CATI en Génomique Info) de 2012 à 2018.
- CATI Bios4Biol (Bio-informatique et Statistiques pour la Biologie) depuis 2019.
- Participation au réseau de Partage d’Expérience et de Pratiques en Informatique (PEPI) [Ingénierie Bio-Informatique et Statistique pour les données haut-débit (IBIS)](https://pepi-ibis.inrae.fr/)
- [correspondante locale du PEPI pour le site d’Orléans](https://pepi-ibis.inrae.fr/correspondants-centre).
- Participation au groupe de travail visant à mettre en place un plan de gestion de données (PGD) de structure sous DMP Opidor (gestion des données).
#### Encadrement
- 2023 : Alae-Eddine Lekchiri, **Master 1 Bio-Informatique et Génomique (BIG)**, Université de Rennes. « Analyse bio-informatique de données issues de RNA-seq de populations naturelles de peupliers noirs »
- 2021 : Abdeljalil Senhaji Rachik , **Master 2 Bio-Informatique _Parcours DLAD (Développement Logiciel et Analyse des Données)_**, Université d'Aix-Marseille. « Mise au point d’un pipeline bioinformatique de détection de méthylation de l’ADN chez deux espèces d’arbres : le peuplier et le chêne »
- 2016 : Souhila Amanzougarene, **Master 2 Bio-Informatique et Génomique (BIG)**, Université de Rennes. « Étude de la diversité nucléotidique de séquences transcrites chez le peuplier noir »
- 2015 : Matthias Blanchandin, **DUT Informatique**, Université d’Orléans. « Test et adaptation d'une base de données "sélection participative" développée à l'INRA du Moulon »
#### Activités d’enseignement
- **Master 2 Biologie Intégrative et Changements Globaux (BICG)** de l’université d’Orléans :
- 4h (2018-2019)
- puis 8h de TD de Bioinformatique depuis 2020
#### Participation aux projets
J'ai participé et je participe actuellement à plusieurs projets :
- européens : [GenTree](http://www.gentree-h2020.eu/), [B4EST](http://b4est.eu/)
- nationaux : Sybiopop, [EpiTree](https://www6.inra.fr/epitree-project/Le-projet-EPITREE), DeOx
- metaprogrammes : Breed2Last, CNV4Sel, EpiNet, InfoSys4GS
- régionaux : SPEAL, [SPEAL2](https://www6.val-de-loire.inra.fr/biofora/Projets/SPEAL), WoodProActif
#### Valorisation
Mes publications se trouvent ci-dessous ou sur le site [ORCID](https://orcid.org/0000-0001-6879-364X).
### Cursus
**2005** : Master Professionnel 2ème année Sciences de l’Information et des Systèmes. Université de Provence, Marseille.
**2004** : DEA Bioinformatique, Biologie Structurale et Génomique. Université Saint-Charles, Marseille.
**2003** : Maitrise d’Informatique et Mathématiques Appliquées. Université Joseph Fourier, Grenoble.
### Carrière
**Depuis 2018** : Ingénieur d’Études bioinformatique, BioForA, INRAE, Orléans, France.
**Du 11/2011 à 2017** : Ingénieur d’Études bioinformatique, Amélioration, Génétique et Physiologie Forestières (AGPF), INRA, Orléans, France.
**2011** : Ingénieur bioinformatique, Unité de Recherche Étude du Polymorphisme des Génomes Végétaux (EPGV), Institut de Génomique, CEA, Evry, France. Développement de procédures pour exploiter des données RNA-seq, en explorant les outils existants.
**2009-2010** : Ingénieur d’Études bioinformatique, Unité de Recherche en Génomique Végétale (URGV), INRA, Evry, France. Conception et réalisation d’une base de données ATOMEdb.
**2007-2008** : Ingénieur bioinformatique, Centre Nationale de Séquençage (CNS – Genoscope), Institut de Génomique, CEA, Evry, France. Conception et développement de protocoles informatiques d’analyse de séquences (automatisation des protocoles d’annotation) puis développement de procédures pour les nouvelles technologies de séquençage (NGS).
**2006-2007** : Ingénieur bioinformatique, Pôle Rhône-Alpes de Bioinformatique (PRABI), Lyon, France. Aide au développement d’un logiciel MOTUS (permettant la recherche de motifs dans les réseaux métaboliques) et de son interface Web.
Publications
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RNAseq based variant dataset in a black poplar association panelBMC Research Notes, 2023, 16, pp.248. ⟨10.1186/s13104-023-06521-w⟩
Article dans une revue
hal-04225417v1
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Gene expression predictions and networks in natural populations supports the omnigenic theoryBMC Genomics, 2020, 21 (1), pp.1-16. ⟨10.1186/s12864-020-06809-2⟩
Article dans une revue
hal-02902844v1
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Accuracy of RNAseq based SNP discovery and genotyping in Populus nigraBMC Genomics, 2018, 19, pp.909. ⟨10.1186/s12864-018-5239-z⟩
Article dans une revue
hal-02622249v1
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Epigenetics in forest trees : role in plasticity, adaptation and potential implications for breeding in a context of climate change (EPITREE).IUFRO Tree Biotechnology, Jun 2019, Raleigh NC, United States
Communication dans un congrès
hal-03523238v1
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Découverte de variants (SNPs) et génotypage à partir de données RNA-seq chez le peuplier noirColloque EPGV 2016 "Détection, Gestion et Analyse du Polymorphisme des Génomes Végétaux", Oct 2016, Angers, France
Communication dans un congrès
hal-01603542v1
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What epigenetics can bring to (plant) physiologists and ecologists in a climate change contextPoster de conférence hal-04283904v1 |
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Trees short-time and inter-annual epigenetic somatic memories in response to drought-rewatering cyclesPoster de conférence hal-04157492v1 |
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Development of a new tool (4TREE) for adapted genome selection in European tree speciesPoster de conférence hal-02928391v1 |
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BSA-Seq : an efficient method to decipher a complex trait on Poplar, a highly heterozygous diploid genomePoster de conférence hal-02736419v1 |
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BSA-Seq : An efficient tool to characterize loci involved in the Poplar leaf rust resistance.7. International Poplar Symposium (IPS VII), Oct 2018, Buenos Aires, Brazil. , 2018, IPS VII Poster Presentations
Poster de conférence
hal-02737648v1
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SNP discovery and validation from RNA-seq data in black poplarJOBIM 2017 - Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Jul 2017, Lille, France. 2017, JOBIM 2017 Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques. Actes
Poster de conférence
hal-02737565v1
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Prediction of black poplar biofuel production: disentangling omnigenics with transcriptomicsDetecting the Genomic Signal of Polygenic Adaptation and the Role of Epistasis in Evolution, Aug 2017, Zurich, Switzerland. , 45 p., 2017, Symposium: Detecting the Genomic Signal of Polygenic Adaptation and the Role of Epistasis in Evolution
Poster de conférence
hal-01607166v1
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A systems biology approach for identifying candidate genes involved in the natural variability of biomass yield and chemical properties in black poplarIUFRO Genomics and Forest Tree Genetics, May 2016, Arcachon, France. , 2016, IUFRO Genomics and Forest Tree Genetics. Book of Abstract
Poster de conférence
hal-01456004v1
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Nucleotide diversity of Populus nigra transcriptomesIUFRO Genomics and Forest Tree Genetics, May 2016, Arcachon, France. 2016, IUFRO Genomics and Forest Tree Genetics. Book of Abstracts
Poster de conférence
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Preliminary training of a genomic evaluation in a breeding pedigree of Populus nigra L.IUFRO Genomics and Forest Tree Genetics, May 2016, Arcachon, France. , 2016, Abstract Book. IUFRO Genomics and Forest Tree Genetics
Poster de conférence
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Identification, cibles et diversité de régulateurs expressionnels majeurs impliqués dans la production de biomasse chez le peuplierSéminaire AIP Bio-ressources, Feb 2013, Paris, France. 2013, ⟨10.13140/RG.2.1.3449.0403⟩
Poster de conférence
hal-02807304v1
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Epigenetic Variation in Tree Evolution: a case study in black poplar (Populus nigra)2023
Pré-publication, Document de travail
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The relationship between gene co-expression network connectivity and phenotypic prediction sheds light at the core of the omnigenic theory2019
Pré-publication, Document de travail
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