Odile ROGIER

Bioinformatique, Génomique, Transcriptomique -------------------------------------------- Recrutée fin 2011 en tant qu’Ingénieure d’études (IE), ma mission principale est d’apporter mon expertise en **bioinformatique** pour aider les biologistes, généticiens et physiologistes de l’Unité à analyser un nombre croissant de **données « omiques »**. Issues des nouvelles technologies de **séquençage haut-débit** (Next Generation Sequencing ou NGS), ces données correspondent généralement : - à des **séquences d’ADN génomique** obtenues en masse afin de couvrir totalement (Whole Genome Sequencing ou WGS) ou partiellement par « capture » (Exome Capture) les génomes de différents individus pour rechercher des différences au sein de leurs **génomes** (par ex. Single Nucleotide Polymorphism ou SNP). Ces variations pourront ensuite être reliées à des différences de phénotype (croissance, résistance, morphologie, ...) et servir de marqueurs dans des programmes de croisement. - des séquences d’**ARN** (RNA-seq) représentatives de l’ensemble des gènes transcrits (**transcriptome**) dans des tissus ou individus donnés afin de comparer à terme des différences d’expression géniques. D’autres outils de génotypage sont aussi utilisés au sein de l’unité : séquençage par GBS (Genotyping By Sequencing) et puces de génotypage. Ma seconde mission est d’être le correspondant privilégié entre l’unité et les structures spécialisées en bioinformatique (plates-formes de bioinformatique, bioinformaticiens d’autres unités INRA, ...). ### Techniques mises en œuvre - Analyse et annotation haut-débit de séquences génomiques et de données d'expression de gènes - Reséquençage de génomes (WGS, capture de séquences, GBS) - Transcriptome (RNA-seq) - Analyse de données de polymorphismes et de variabilité allélique - Détection de polymorphismes de séquences : SNP, insertions, délétions (indels) - Intégration des données générées dans les bases de données - Sauvegarde et archivage des données brutes et analysées ### Activités transversales et d’enseignement #### Réseaux - Co-animatrice avec [Nathalie Boizot](https://www6.val-de-loire.inra.fr/biofora/Personnel/Permanents/BOIZOT-Nathalie) du Conseil des Laboratoires de l’Unité (CLU) entre juillet 2014 et décembre 2018. - Membre la Commission Locale des Systèmes d’Information (CLSI) de l’INRAE Val-de-Loire. - Participation au [Centre Automatisé de Traitement de l'Information (CATI)](https://www.ingenum.inra.fr/cati) : - CATI CGI (CATI en Génomique Info) de 2012 à 2018. - CATI Bios4Biol (Bio-informatique et Statistiques pour la Biologie) depuis 2019. - Participation au réseau de Partage d’Expérience et de Pratiques en Informatique (PEPI) [Ingénierie Bio-Informatique et Statistique pour les données haut-débit (IBIS)](https://pepi-ibis.inrae.fr/) - [correspondante locale du PEPI pour le site d’Orléans](https://pepi-ibis.inrae.fr/correspondants-centre). - Participation au groupe de travail visant à mettre en place un plan de gestion de données (PGD) de structure sous DMP Opidor (gestion des données). #### Encadrement - 2023 : Alae-Eddine Lekchiri, **Master 1 Bio-Informatique et Génomique (BIG)**, Université de Rennes. « Analyse bio-informatique de données issues de RNA-seq de populations naturelles de peupliers noirs » - 2021 : Abdeljalil Senhaji Rachik , **Master 2 Bio-Informatique _Parcours DLAD (Développement Logiciel et Analyse des Données)_**, Université d'Aix-Marseille. « Mise au point d’un pipeline bioinformatique de détection de méthylation de l’ADN chez deux espèces d’arbres : le peuplier et le chêne » - 2016 : Souhila Amanzougarene, **Master 2 Bio-Informatique et Génomique (BIG)**, Université de Rennes. « Étude de la diversité nucléotidique de séquences transcrites chez le peuplier noir » - 2015 : Matthias Blanchandin, **DUT Informatique**, Université d’Orléans. « Test et adaptation d'une base de données "sélection participative" développée à l'INRA du Moulon » #### Activités d’enseignement - **Master 2 Biologie Intégrative et Changements Globaux (BICG)** de l’université d’Orléans : - 4h (2018-2019) - puis 8h de TD de Bioinformatique depuis 2020 #### Participation aux projets J'ai participé et je participe actuellement à plusieurs projets : - européens : [GenTree](http://www.gentree-h2020.eu/), [B4EST](http://b4est.eu/) - nationaux : Sybiopop, [EpiTree](https://www6.inra.fr/epitree-project/Le-projet-EPITREE), DeOx - metaprogrammes : Breed2Last, CNV4Sel, EpiNet, InfoSys4GS - régionaux : SPEAL, [SPEAL2](https://www6.val-de-loire.inra.fr/biofora/Projets/SPEAL), WoodProActif #### Valorisation Mes publications se trouvent ci-dessous ou sur le site [ORCID](https://orcid.org/0000-0001-6879-364X). ### Cursus **2005** : Master Professionnel 2ème année Sciences de l’Information et des Systèmes. Université de Provence, Marseille. **2004** : DEA Bioinformatique, Biologie Structurale et Génomique. Université Saint-Charles, Marseille. **2003** : Maitrise d’Informatique et Mathématiques Appliquées. Université Joseph Fourier, Grenoble. ### Carrière **Depuis 2018** : Ingénieur d’Études bioinformatique, BioForA, INRAE, Orléans, France. **Du 11/2011 à 2017** : Ingénieur d’Études bioinformatique, Amélioration, Génétique et Physiologie Forestières (AGPF), INRA, Orléans, France. **2011** : Ingénieur bioinformatique, Unité de Recherche Étude du Polymorphisme des Génomes Végétaux (EPGV), Institut de Génomique, CEA, Evry, France. Développement de procédures pour exploiter des données RNA-seq, en explorant les outils existants. **2009-2010** : Ingénieur d’Études bioinformatique, Unité de Recherche en Génomique Végétale (URGV), INRA, Evry, France. Conception et réalisation d’une base de données ATOMEdb. **2007-2008** : Ingénieur bioinformatique, Centre Nationale de Séquençage (CNS – Genoscope), Institut de Génomique, CEA, Evry, France. Conception et développement de protocoles informatiques d’analyse de séquences (automatisation des protocoles d’annotation) puis développement de procédures pour les nouvelles technologies de séquençage (NGS). **2006-2007** : Ingénieur bioinformatique, Pôle Rhône-Alpes de Bioinformatique (PRABI), Lyon, France. Aide au développement d’un logiciel MOTUS (permettant la recherche de motifs dans les réseaux métaboliques) et de son interface Web.