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Nicolas VERGNE

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Documents

Publications

smmR: A Semi-Markov R package

Vlad Stefan Barbu , Florian Lecocq , Corentin Lothodé , Nicolas Vergne
Journal of Open Source Software, 2023, 8 (85), pp.4365. ⟨10.21105/joss.04365⟩
Article dans une revue hal-03832683v1
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Improving Bioinformatics Prediction of microRNA Targets by Ranks Aggregation

Aurélien Quillet , Chadi Saad , Gaëtan Ferry , Youssef Anouar , Nicolas Vergne
Frontiers in Genetics, 2020, 10, ⟨10.3389/FGENE.2019.01330⟩
Article dans une revue hal-03138593v1

SMM: An R Package for Estimation and Simulation of Discrete-time semi-Markov Models

Vlad,stefan Barbu , Caroline Berard , Dominique Cellier , Mathilde Sautreuil , Nicolas Vergne
The R Journal, 2019, 10 (2), pp.226. ⟨10.32614/RJ-2018-050⟩
Article dans une revue hal-02096101v1
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Reliability and survival analysis for drifting Markov models: modeling and estimation

Vlad Stefan Barbu , Nicolas Vergne
Methodology and Computing in Applied Probability, 2018, ⟨10.1007/s11009-018-9682-8⟩
Article dans une revue hal-02337216v1
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Comparative in depth RNA sequencing of P. tricornutum’s morphotypes reveals specific features of the oval morphotype

Clément Ovide , Marie-Christine Kiefer-Meyer , Caroline Berard , Nicolas Vergne , Thierry Lecroq
Scientific Reports, 2018, 8 (1), pp.14340. ⟨10.1038/s41598-018-32519-7⟩
Article dans une revue hal-01894856v1
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SMM: An R Package for Estimation and Simulation of Discrete-time semi-Markov Models

Vlad Stefan Barbu , Caroline Berard , Dominique Cellier , Mathilde Sautreuil , Nicolas Vergne
The R Journal, 2018
Article dans une revue hal-02337224v1
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Pre-silencing of genes involved in the electron transport chain (ETC) pathway is associated with responsiveness to abatacept in rheumatoid arthritis

C. Derambure , G. Dzangue-Tchoupou , C. Bérard , N. Vergne , M. Hiron
Arthritis Research and Therapy, 2017, 19 (1), ⟨10.1186/s13075-017-1319-8⟩
Article dans une revue hal-02337207v1

Value of ultrasonography as a marker of early response to abatacept in patients with rheumatoid arthritis and an inadequate response to methotrexate: results from the APPRAISE study

Minh Vu Chuong Nguyen , Xavier Romand , Candice Trocme , Anaïs Courtier , Hubert Marotte
Annals of the Rheumatic Diseases, 2016, 75 (10), pp.1763-1769. ⟨10.1136/annrheumdis-2015-207709⟩
Article dans une revue hal-02467707v1

Coalescent-Based DNA Barcoding: Multilocus Analysis and Robustness

Olivier David , Catherine Laredo , Raphaël Leblois , Brigitte Schaeffer , Nicolas Vergne
Journal of Computational Biology, 2012, 19 (3), pp.271-278
Article dans une revue hal-02642847v1
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Coalescent-based DNA barcoding: multilocus analysis and robustness

Olivier David , Catherine Larédo , Raphael Leblois , Brigitte Schaeffer , Nicolas Vergne
Journal of Computational Biology, 2012, ⟨10.1089/cmb.2011.0122⟩
Article dans une revue hal-02337205v1

Coalescent-based DNA Barcoding: Multilocus and Robustness

C. Larédo , O. David , R. Leblois , B. Schaeffer , N. Vergne
Journal of Computational Biology, 2012, 19 (3), pp.271-278
Article dans une revue hal-00705702v1
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Sharp error terms for return time statistics under mixing conditions *

Miguel Abadi , Nicolas Vergne
Journal of Theoretical Probability, 2009
Article dans une revue hal-02337198v1
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Drifting Markov Models with Polynomial Drift and Applications to DNA Sequences

Nicolas Vergne
Statistical Applications in Genetics and Molecular Biology, 2008
Article dans une revue hal-02337190v1
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Poisson approximation for search of rare words in DNA sequences

Nicolas Vergne , Miguel Abadi
Alea : Estudos Neolatinos, 2008, 4, pp.223 - 244
Article dans une revue hal-02337193v1
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Sharp errors for point-wise Poisson approximations in mixing processes

Miguel Abadi , Nicolas Vergne
Nonlinearity, 2008, 21 (12), pp.2871-2885. ⟨10.1088/0951-7715/21/12/008⟩
Article dans une revue hal-02337199v1

Modèles dérivants semi-markoviens : estimation, simulation et utilisation à travers le package dsmmR

Nicolas Vergne , Vlad Stefan Barbu , Ioannis Mavrogiannis
Processus markoviens, semi-markoviens et leurs applications, Jun 2023, Montpellier, France
Communication dans un congrès hal-04485365v1

Different types of Markovian models and applications

Nicolas Vergne , Vlad Stefan Barbu , Ioannis Mavrogiannis , Ludovic Seifert
Biomath Conference, Oct 2023, Hammamet, Tunisie
Communication dans un congrès hal-04485343v1

smmR : an R package for Simulation, Estimation and Reliability of Semi-Markov

Vlad Stefan Barbu , Nicolas Vergne , Florian Lecocq , Corentin Lothodé
The 23rd Conference of the Romanian Society of Probability and Statistics Bucharest, Nov 2022, Bucarest (Roumania), Romania
Communication dans un congrès hal-04485308v1

dsmmR: Estimation and simulation of Drifting Semi-Markov Models

Ioannis Mavrogiannis , Vlad Stefan Barbu , Nicolas Vergne
Statistical Modeling with Applications, Oct 2022, Bucarest (Roumania), Romania
Communication dans un congrès hal-04485322v1

Drifting Semi-Markov Models : Estimation and Simulation through the dsmmR package

Vlad Stefan Barbu , Nicolas Vergne , Ioannis Mavrogiannis
The 23rd Conference of the Romanian Society of Probability and Statistics Bucharest, Nov 2022, Bucarest (Roumania), Romania
Communication dans un congrès hal-04485290v1

Modeling and estimation by means of drifting Markov and semi-Markov chains

Vlad Stefan Barbu , Nicolas Vergne
Quantitative Methods for Intangibles Evaluation, Dec 2019, Ancone, Italy
Communication dans un congrès hal-02440001v1

mCNA : a new methodology to improve high-resolution copy number variation analysis from next generation sequencing using unique molecular identifiers.

Pierre-Julien Viailly , Ahmad Abdel Sater , Hélène Dauchel , Alison Celebi , Caroline Bérard
JOBIM, 2019, Nantes, France
Communication dans un congrès hal-02337236v1

DRIMM'R and WebDRIMM: an R package and a web interface for drifting Markov model estimation and reliability

Vlad Stefan Barbu , Geoffray Brelurut , Annthomy Gilles , Arnaud Lefebvre , Victor Mataigne
JDS, 2018, Paris, France
Communication dans un congrès hal-02337261v1

Modèle de mélange binomial négatif bivarié pour l'analyse de données RNA-Seq

Mathilde Sautreuil , Caroline Bérard , Gaëlle Chagny , Antoine Channarond , Angelina Roche
JDS, 2018, Paris, France
Communication dans un congrès hal-02337265v1

Drifting Markov and semi-Markov models: modeling, estimation and applications.

Nicolas Vergne , Vlad Stefan Barbu
STODEP, 2018, Rouen, France
Communication dans un congrès hal-02337244v1

Estimation paramétrique des chaînes semi-markoviennes pour des données censurées

Vlad Stefan Barbu , Caroline Bérard , Dominique Cellier , Mathilde Sautreuil , Nicolas Vergne
JDS, 2017, Avignon, France
Communication dans un congrès hal-02337254v1

Reliability and survival analysis for drifting Markov models: modelling and estimation

Vlad Stefan Barbu , Nicolas Vergne
Mathematical Methods in Reliability, 2017, Grenoble, France
Communication dans un congrès hal-02337306v1

Drifting Markov models applied in reliability theory and survival analysis

Vlad Stefan Barbu , Nicolas Vergne
JDS, 2017, Avignon, France
Communication dans un congrès hal-02337248v1

Etude des mécanismes de morphogenèse chez la diatomée modèle Phaeodactylum tricornutum par séquençage d’ARN à haut débit (RNA-Seq)

Clément Ovide , Marie-Christine Kiefer-Meyer , Caroline Bérard , Nicolas Vergne , Thierry Lecroq
Journées phycologiques de France, Sep 2015, Vannes, France
Communication dans un congrès hal-02076884v1

RNA Sequencing technology will help deciphering the morphogenesis mechanisms in the model diatom Phaeodactylum tricornutum

Clément Ovide , Marie-Christine Kiefer-Meyer , Caroline Bérard , Nicolas Vergne , Thierry Lecroq
Journée scientifique du GRR-IRIB, Jun 2015, Mont-Saint-Aignan, France
Communication dans un congrès hal-02076895v1

Rendre compte de la dynamique de l’activité des élèves en course d’orientation: application de modèles de Markov dérivant aux données d’expérience

Clément Jourand , John Komar , Adé D , Nicolas Vergne , Régis Thouvarecq
16ème congrès de l’Association des Chercheurs en Activité physique et Sportive, 2015, Nantes, France
Communication dans un congrès hal-02337328v1

Elucidation of the morphogenesis mechanisms in the diatom P. tricornutum using RNA sequencing technology

Clément Ovide , Marie-Christine Kiefer-Meyer , Wassim Tair , Caroline Bérard , Nicolas Vergne
17ième Journées de l’Ecole Doctorale NBISE, Apr 2014, Le Havre, France
Communication dans un congrès hal-02109139v1
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Représentation des données praomys à l'aide des cartes autoorganisées

Madalina Olteanu , Nicolas Vergne , Brigitte Schaeffer , Olivier David , Catherine Laredo
Projet IFORA, Colloque final de restitution (Agropolis International, Montpellier). ANR, Jun 2010, Montpellier, France
Communication dans un congrès hal-02753761v1
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Taux d’erreurs des méthodes phylogénétiques et des méthodes statistiques de classification pour le Barcode ADN

Catherine Laredo , Brigitte Schaeffer , Nicolas Vergne , Olivier David , Frédéric Austerlitz
Projet IFORA, Jun 2010, Montpellier, France. pp.45
Communication dans un congrès hal-02754486v1

Error Rates of Phylogenetic and supervised Classification Algorithms in DNA Barcoding.

Catherine Larédo , Nicolas Vergne , Frederic Austerlitz , Olivier David , Brigitte Schaeffer
Third International Barcode of Life Conference, 2009, Mexico, Mexico
Communication dans un congrès hal-02338011v1

Error rates in phylogenetic and supervised classification algorithms in DNA Barcoding

Catherine Laredo , Frédéric Austerlitz , Olivier David , Brigitte Schaeffer , Kevin Bleakley
Third International Barcode of Life Conference, Nov 2009, Mexico city, Mexico
Communication dans un congrès hal-02756456v1

Poisson approximation for search of rare words in DNA sequences.

Nicolas Vergne
Workshop on "Hitting, returning and matching in dynamical systems, informa- tion theory and mathematical biology", 2008, Eindhoven, Netherlands
Communication dans un congrès hal-02338014v1

Bivariate Negative Binomial Mixture Model for the analysis of RNA-seq data

Mathilde Sautreuil , Nicolas Vergne , Antoine Channarond , Angelina Roche , Gaëlle Chagny
JOBIM, 2017, Lille, France
Poster de conférence hal-02337246v1

Elucidation of the morphogenesis mechanisms in the diatom P. tricornutum using RNA sequencing technology

Clément Ovide , Marie-Christine Kiefer-Meyer , Wassim Tair , Caroline Bérard , Nicolas Vergne
17ième Journées de l’Ecole Doctorale NBISE, Apr 2014, Le Havre, France
Poster de conférence hal-02114318v1

GC- VC/DGE : a user-friendly web application for Going over Concordance across results from NGS bioinformatics analytic pipelines

Chloé Cabot , Mary Mélissa , Chadi Saad , Alexandre Renaux , Alexis Bertrand
ECCB, 2014, Strasbourg, France
Poster de conférence hal-02338005v1

RNA-seq : a new tool to study Phaeodactylum tricornutum morphogenesis

Clément Ovide , Marie-Christine Kiefer-Meyer , Wassim Tair , Caroline Bérard , Nicolas Vergne
2nd Journée de l’Institut de Recherche et d’Innovation Biomédicale, Jun 2013, Rouen, France
Poster de conférence hal-02119202v1

Towards a better understanding of Phaeodactylum tricornutum’s morphogenesis

Clément Ovide , Marie-Christine Kiefer-Meyer , Wassim Tair , Caroline Bérard , Nicolas Vergne
EMBO Workshop, The molecular Life of diatoms, Jun 2013, Paris, France
Poster de conférence hal-02125074v1

Towards a better understanding of Phaeodactylum tricornutum’s morphogenesis

Marie-Christine Kiefer-Meyer , Clément Ovide , Wassim Tair , Caroline Bérard , Nicolas Vergne
Plant Genomics Congress, May 2013, Londres, United Kingdom
Poster de conférence hal-02119212v1

Drifting Markov models.

Nicolas Vergne
ECCB, 2005, Madrid, Spain
Poster de conférence hal-02337987v1

Les chaînes de Markov régulées

Nicolas Vergne
JOBIM, 2005, Lyon, France
Poster de conférence hal-02337981v1
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Méthode bayésienne de classification des séquences Barcode basée sur la coalescence

Nicolas Vergne
Journées MAS et Journée en l'honneur de Jacques Neveu, Aug 2010, Talence, France
Document associé à des manifestations scientifiques inria-00510191v1