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Nicolas Saby

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Présentation

Responsable du projets pour le suivi et la cartographie de la qualité des sols en France et en Europe ![](https://hal.archives-ouvertes.fr/img_7900724611621944222434_0)
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Domaines de recherche


Compétences

Publications

951864

Differential responses of soil microbial biomass, diversity and interactions to land use intensity at a territorial scale

Amélie Christel , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Samuel Dequiedt , Nicolas P. A. Saby , F. Mercier
Science of the Total Environment, 2024, 906, pp.art. 167454. ⟨10.1016/j.scitotenv.2023.167454⟩
Article dans une revue hal-04281882v1
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Biogeographical patterns of the soil fungal:bacterial ratio across France

Christophe Djemiel , Samuel Dequiedt , Arthur Bailly , Julie Tripied , Mélanie Lelièvre
MSphere, 2023, 8, pp.art. e00365-23. ⟨10.1128/msphere.00365-23⟩
Article dans une revue hal-04273989v1
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Le RMQS au service de l'écologie microbienne des sols français

Samuel S. Dequiedt , Battle Karimi , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Sébastien Terrat , Walid Horrigue
Étude et Gestion des Sols, 2020, 27 (1), pp.51-71
Article dans une revue hal-02540019v1

Biogeography of soil microbial habitats across France

Battle Karimi , Jean Villerd , Samuel Dequiedt , Sébastien Terrat , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré
Global Ecology and Biogeography, 2020, 29 (8), pp.1399-1411. ⟨10.1111/geb.13118⟩
Article dans une revue hal-03014310v1
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Biogeography of soil bacteria and archaea across France

Battle Karimi , Sébastien Terrat , Samuel S. Dequiedt , Nicolas Saby , Walid Horrigue
Science Advances , 2018, 4 (7), pp.eaat1808. ⟨10.1126/sciadv.aat1808⟩
Article dans une revue hal-01843961v1
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Analyse de la diversité des sols et des micro-organismes telluriques à l’échelle d'un paysage : approche par cartographie numérique

Chloé Swiderski , Nicolas Saby , Céline Ratié , Claudy C. Jolivet , Dominique Arrouays
Étude et Gestion des Sols, 2016, 23, pp.35-51
Article dans une revue hal-01602890v1

Predictive model of soil molecular microbial biomass

Walid Horrigue , Samuel S. Dequiedt , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Claudy C. Jolivet , Nicolas P.A. Saby
Ecological Indicators, 2016, 64, pp.203 - 211. ⟨10.1016/j.ecolind.2015.12.004⟩
Article dans une revue hal-01844377v1
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Mapping and determinism of soil microbial community distribution across an agricultural landscape

Florentin Constancias , Sébastien Terrat , Nicolas Saby , Walid Horrigue , Jean Villerd
MicrobiologyOpen, 2015, 4 (3), pp.505-517. ⟨10.1002/mbo3.255⟩
Article dans une revue hal-01475927v1
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Contrasting spatial patterns and ecological attributes of soil bacterial and archaeal taxa across a landscape

Florentin Constancias , Nicolas P.A. Saby , Sébastien Terrat , Samuel Dequiedt , Walid Horrigue
MicrobiologyOpen, 2015, 4 (3), pp.518-531. ⟨10.1002/mbo3.256⟩
Article dans une revue hal-02633674v1

Improving soil bacterial taxa–area relationships assessment using DNA meta-barcoding

Sebastien Terrat , Samuel S. Dequiedt , W Horrigue , Mélanie M. Lelievre , C. Cruaud
Heredity, 2015, 114 (5), pp.468 - 475. ⟨10.1038/hdy.2014.91⟩
Article dans une revue hal-01831578v1
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Low occurrence of [i]Pseudomonas aeruginosa[/i] in agricultural soils with and without organic amendment

Amelie Deredjian , Céline Colinon , Edmond Hien , Elisabeth Brothier , Benjamin Youenou
Frontiers in Cellular and Infection Microbiology, 2014, 4, ⟨10.3389/fcimb.2014.00053⟩
Article dans une revue hal-01192499v1
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Similar Processes but Different Environmental Filters for Soil Bacterial and Fungal Community Composition Turnover on a Broad Spatial Scale

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Samuel S. Dequiedt , Jean Thioulouse , Mélanie M. Lelievre , Nicolas Saby
PLoS ONE, 2014, 9 (11), pp.1-11. ⟨10.1371/journal.pone.0111667⟩
Article dans une revue hal-01831566v1

Determinants of the distribution of nitrogen-cycling microbial communities at the landscape-scale

David Bru , A. Ramette , Nicolas N. Saby , Samuel Dequiedt , Lionel Ranjard
The International Society of Microbiologial Ecology Journal, 2011, 5, pp.532-542. ⟨10.1038/ismej.2010.130⟩
Article dans une revue hal-02650826v1
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Biogeographical patterns of soil molecular microbial biomass as influenced by soil characteristics and management

S. Dequiedt , Nicolas P. A. Saby , M. Lelievre , C. Jolivet , J. Thioulouse
Global Ecology and Biogeography, 2011, 20, pp.641-652. ⟨10.1111/j.1466-8238.2010.00628.x⟩
Article dans une revue hal-00698381v1
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Biogeography of soil microbial communities: a review and a description of the ongoing french national initiative

Lionel Ranjard , Samuel S. Dequiedt , Claudy C. Jolivet , Nicolas P.A. Saby , Jean Thioulouse
Agronomy for Sustainable Development, 2010, 30 (2), pp.359-365. ⟨10.1051/agro/2009033⟩
Article dans une revue hal-00886549v1
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ECOMIC-RMQS : biogéographie microbienne à l’échelle de la France. Etat d’avancement et premiers résultats

Samuel Dequiedt , Maud Lelièvre , Claudy C. Jolivet , Nicolas N. Saby , Manuel Pascal Martin
Étude et Gestion des Sols, 2009, 16 (3-4), pp.219-231
Article dans une revue hal-02656049v1

Biogeographical patterns of soil bacterial communities

Samuel Dequiedt , Jean Thioulouse , Claudy C. Jolivet , Nicolas N. Saby , Mélanie Lelièvre
Environmental Microbiology Reports, 2009, 1 (4), pp.251 - 255. ⟨10.1111/j.1758-2229.2009.00040.x⟩
Article dans une revue hal-02668713v1

AGRO-ECO SOL, un outil de diagnostic des fonctions du sol et de conseil basé sur des bioindicateurs - schéma général d’interprétation

Christine Le Souder , Matthieu Valé , Florent Chlebowski , Lionel Ranjard , Pierre‐alain Maron
Journées annuelles 2022 du RMT Bouclage, May 2022, Beauvais, France
Communication dans un congrès hal-03676343v1

Agro-Eco Sol, un outil de diagnostic des fonctions du sol basé sur des bioindicateurs bioindicateurs - Structure et règles générales d’interprétation

Christine Le Souder , Matthieu Valé , Lionel Ranjard , Pierre‐alain Maron , Samuel Dequiedt
Colloque Phloème 2022, Arvalis, Nov 2022, Paris, France
Communication dans un congrès hal-03844546v1

Agro-Eco Sol, un outil de diagnostic des fonctions du sol basé sur des bioindicateurs ; structure et règles générales d’interprétation

Christine Le Souder , Matthieu Valé , Florent Chlebowski , Lionel Ranjard , Pierre-Alain Maron
15èmes Rencontres Comifer-Gemas, Comifer-Gemas, Nov 2021, Clermont-Ferrand, France
Communication dans un congrès hal-03497004v1

Biogeographical design of soil microbial habitats

Battle Karimi , Jean Villerd , Samuel Dequiedt , Sébastien Terrat , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré
5ème colloque du GDR de Génomique Environnementale, Oct 2019, La Rochelle, France
Communication dans un congrès hal-02951841v1

Bacterial "social" network in french soils : a Metagenomics insight

Battle Karimi , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Sébastien Terrat , Samuel S. Dequiedt , Nicolas Saby
Journée d’Ecologie Fonctionnelle AnaEE, AnaEE Analyses et Expérimentations sur les Ecosystèmes - France., Mar 2017, La Grande Motte, France
Communication dans un congrès hal-01608367v1
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Mapping and predictive variations of soil microbial richness, bacterial and archaeal phyla across France

Sébastien Terrat , Battle Karimi , Walid Horrigue , Samuel Dequiedt , Nicolas Saby
4. International Conference on Microbial Diversity 2017 (MD 2017), Oct 2017, Bari, Italy. pp.209-211
Communication dans un congrès hal-02738142v1

Bacterial social networks across the French National territory

Battle Karimi , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Sébastien Terrat , Samuel S. Dequiedt , Nicolas Saby
Journée d’Ecologie Fonctionnelle AnaEE, AnaEE Analyses et Expérimentations sur les Ecosystèmes - France., Mar 2017, La Grande Motte, France
Communication dans un congrès hal-01605623v1

Biogeographical patterns of soil bacterial diversity at the scale of France

Sébastien Terrat , Samuel S. Dequiedt , Nicolas Saby , Walid Horrigue , Mélanie M. Lelievre
16. International Symposium on Microbial Ecology - ISME16, Aug 2016, Montréal, Canada
Communication dans un congrès hal-01603633v1

Is soil an island for bacteria ? Contribution of the soil bacterial taxa area relationship unsing new generation sequencing

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Sébastien Terrat , Samuel Dequiedt , Nicolas Saby , Claudy Jolivet
16. International Symposium on Microbial Ecology - ISME16, International Society for Microbial Ecology (ISME). INT., Aug 2016, Montréal, Canada
Communication dans un congrès hal-02798699v1

Evaluation de la qualité des sols sur le secteur de référence de l'observatoire pérenne de l'environnement

Chloé Swiderski , Nicolas N. Saby , Céline Ratié , Claudy C. Jolivet , Samuel Dequiedt
Journée scientifique de l'OPE, Agence Nationale pour la Gestion des Déchets Radioactifs (ANDRA). FRA., May 2016, Paris, France
Communication dans un congrès hal-02801392v1

Caractérisation de la distribution spatiale des communautés microbiennes du sol et de ses déterminants à l’échelle du paysage

Florentin Constancias , Sébastien Terrat , Nicolas N. Saby , Walid Horrigue , Jean Villerd
7. Journées Françaises de l'Ecologie du Paysage (IALE), Oct 2014, Dijon, France. 61 p
Communication dans un congrès hal-02738587v1

Le séquençage massif pour caractériser la diversité microbienne des sols, standardisation et applications au sein de la plateforme GenoSol

Sébastien Terrat , Samuel Dequiedt , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Nicolas N. Saby , Mélanie M. Lelievre
Colloque Etude du Polymorphisme des Génomes Végétaux (EPGV), Jun 2014, Évry, France
Communication dans un congrès hal-02740417v1
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Analyse de la diversité pédologique et des micro-organismes telluriques à l'échelle du paysage de l'OPE : approche par cartographie numérique de l'horizon de surface des sols

Chloé Swiderski , Nicolas N. Saby , Céline Ratié , Claudy C. Jolivet , Samuel Dequiedt
12. Journées d'Etude des Sols, Association Française pour l'Etude du Sol (AFES). FRA., Jun 2014, Le Bourget du Lac, France. 350 p
Communication dans un congrès hal-02741909v1

Spatial processes driving soil microbial community assembly on a wide scale

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Samuel Dequiedt , Nicolas N. Saby , Jean Thioulouse , Claudy C. Jolivet
4. International Congress Eurosoil 2012 - Soil Science for the Benefit of Mankind and Environment, Jul 2012, Bari, Italy
Communication dans un congrès hal-02808311v1

Soil fungal communities ecology: a biogeographical approach

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Samuel Dequiedt , Nicolas N. Saby , Jean Thioulouse , Claudy C. Jolivet
Ecology of soil Microorganisms Conference, Apr 2011, Prague, Czech Republic. 1 p
Communication dans un congrès hal-02808083v1

Biogeographical patterns of soil molecular microbial biomass

Samuel Dequiedt , Nicolas N. Saby , Mélanie M. Lelievre , Claudy C. Jolivet , Jean Thioulouse
Ecology of soil microorganisms : microbes as important drivers of soil processes, Apr 2011, Prague, Czech Republic. 1 p
Communication dans un congrès hal-02747664v1
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Biogeographical patterns of soil microbial communities at the scale of French metropolitan territory

Samuel S. Dequiedt , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Nicolas Saby , Jean Thioulouse , Mélanie M. Lelievre
13. International Symposium on Microbial Ecology ISME 13, Aug 2010, Seattle, United States. 1 p
Communication dans un congrès hal-01137003v1

Biogéographie Microbienne: mythe ou réalité ?

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Samuel Dequiedt , Nicolas N. Saby , Mélanie M. Lelievre , Claudy C. Jolivet
Ecologie 2010, Sep 2010, Montpellier, France. n.p
Communication dans un congrès hal-02758446v1
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Determinants of the distribution of nitrogen-cycling microbial communities at the landscape-scale

David Bru , Alban Ramette , Nicolas Saby , Samuel S. Dequiedt , Lionel Ranjard
13. International Symposium on Microbial Ecology ISME 13, Aug 2010, Seattle, United States. 1 p
Communication dans un congrès hal-01190281v1

Microbial-biogeography at the scale of France by the use of molecular tools applied to the French soil quality monitoring network (RMQS)

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Samuel Dequiedt , Jean Thioulouse , Claudy C. Jolivet , Nicolas N. Saby
BAGECO10, Saisissez le nom du laboratoire, du service ou du département., Ville service., Jun 2009, Uppsala, Sweden
Communication dans un congrès hal-02751274v1
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Diversité des communautés microbiennes telluriques à l'échelle du territoire national

Samuel S. Dequiedt , Mélanie M. Lelievre , Claudy C. Jolivet , Manuel Martin , Nicolas Saby
Journées d'Etude des Sols, May 2009, Strasbourg, France. pp.151-152
Communication dans un congrès hal-01019730v1
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Ecomic - RMQs : Cartographie de la diversité microbienne des sols à l'échelle de la France

Samuel S. Dequiedt , Mélanie M. Lelievre , Claudy C. Jolivet , Dominique D. Arrouays , Nicolas N. Saby
4ème Colloque de l'Association Francophone d'Ecologie Microbienne (AFEM), Aug 2009, Lyon, France. 1 p
Communication dans un congrès hal-00999813v1

Ecomic - RMQs : Cartographie de la diversité microbienne des sols à l'échelle de la France

Samuel S. Dequiedt , Mélanie M. Lelievre , Claudy C. Jolivet , Dominique Arrouays , Nicolas Saby
4ème Colloque de l'Association Francophone d'Ecologie Microbienne (AFEM), Aug 2009, Lyon, France. 1 p
Communication dans un congrès hal-00858575v1

Diversité des communautés microbiennes telluriques à l'échelle du territoire national

Samuel S. Dequiedt , Mélanie M. Lelievre , Claudy C. Jolivet , Manuel Martin , Nicolas Saby
Journées d'Etude des Sols, May 2009, Strasbourg, France. pp.151-152
Communication dans un congrès hal-00858576v1

Patterns biogéographiques de la diversité bactérienne des sols à l'échelle du territoire national

Samuel S. Dequiedt , Mélanie M. Lelievre , Claudy C. Jolivet , Manuel M. Martin , Nicolas N. Saby
Congrès AFEM (Association Francophone pour l'Ecologie Microbienne, Labo/service de l'auteur, Ville service., Aug 2009, Lyon, France. n.p
Communication dans un congrès hal-01001184v1

Distribution et déterminisme de la diversité des communautés de champignons telluriques à l'échelle de trois régions françaises

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Samuel S. Dequiedt , Rémy Doyen , Mélanie M. Lelievre , Claudy C. Jolivet
4. Colloque de l'Association Francophone d'Ecologie Microbienne, Association Francophone d'Ecologie Microbienne (AFEM). FRA., Aug 2009, Lyon, France. pp.91
Communication dans un congrès hal-01019301v1
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Microbial-biogeography of France by the use of molecular tools applied to the French soil quality monitoring network (RMQS)

Lionel Ranjard , Samuel S. Dequiedt , Mélanie M. Lelievre , Claudy C. Jolivet , Nicolas N. Saby
Eurosoil 2008, Labo/service de l'auteur, Ville service, Pays service., Aug 2008, Vienne, Austria. pp.59-60
Communication dans un congrès hal-00999912v1

Microbiogéographie à l'échelle du territoire national

Samuel S. Dequiedt , Mélanie M. Lelievre , Claudy C. Jolivet , Manuel M. Martin , Nicolas N. Saby
AFEM (Association Francophone d'Ecologie Microbienne), Labo/service de l'auteur, Ville service, Pays service., Oct 2007, La Grande Motte-Montpellier, France. n.p
Communication dans un congrès hal-00999960v1

Le projet ECOMIC-RMQS ou comment faire de la microbiogéographie à l'échelle de la France

Samuel S. Dequiedt , Mélanie M. Lelievre , Claudy C. Jolivet , Manuel Martin , Nicolas Saby
Journées d'animations scientifiques des ORE ACBB, Labo/service de l'auteur, Ville service, Pays service., Sep 2007, Lusignan, France. n.p
Communication dans un congrès hal-01019403v1

Contrasting Spatial Patterns and Ecological Attributes of Soil Bacterial Taxa across French National Territory

Battle Karimi , Sébastien Terrat , Samuel S. Dequiedt , Nicolas Saby , Walid Horrigue
Journée d’Ecologie Fonctionnelle AnaEE, Mar 2017, La Grande Motte, France. , 2017
Poster de conférence hal-01605429v1
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Contrasting Spatial Patterns and Ecological Attributes of Soil Bacterial Taxa across French National Territory

Battle Karimi , Sébastien Terrat , Samuel S. Dequiedt , Nicolas Saby , Walid Horrigue
Congrès de la Société Française d'Ecologie, Oct 2016, Marseille, France. 2016
Poster de conférence hal-01602852v1
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Analysis of soil and micro-organisms diversity at landscape scale : approach by digital mapping of the upper horizon

Chloé Swiderski , Nicolas N. Saby , Dominique D. Arrouays , Céline Ratié , Claudy C. Jolivet
Pedometrics 2015, Sep 2015, Cordoue, Spain. 2015
Poster de conférence hal-02794485v1
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Spatialisation des propriétés physico-chimiques et biologiques des sols par cartographie numérique à l'échelle du paysage de l'Observatoire Pérenne de l'Environnement

Chloé Swiderski , Nicolas N. Saby , Céline Ratié , Claudy C. Jolivet , Samuel Dequiedt
12. Journées d'Etude des Sols, Jun 2014, Le Bourget du Lac, France. 350 p., 2014, 12. Journées d'Etude des Sols : Le sol en héritage
Poster de conférence hal-02739223v1
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A spatial upscaling strategy to assess soil microbial community assembly and the impact of land-use

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Florentin Constancias , Sébastien Terrat , Samuel Dequiedt , Nicolas N. Saby
1. Global Soil Biodiversity Initiative Conference (GSBI), Dec 2014, Dijon, France. 703 p., 2014
Poster de conférence hal-02739204v1

Determinants of the distribution of nitrogen-cycling microbial communities at the landscape-scale

David Bru , A. Ramette , Nicolas N. Saby , Samuel Dequiedt , Lionel Ranjard
Ecology of soil microorganisms : microbes as important drivers of soil processes, Apr 2011, Prague, Czech Republic. , 1 p., 2011
Poster de conférence hal-02747482v1
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Determinants of the distribution of nitrogen-cycling microbial communities at the landscape-scale

David Bru , Alban Ramette , Nicolas Saby , Samuel S. Dequiedt , Lionel Ranjard
Colloque National d'Ecologie Scientifique, Sep 2010, Montpellier, France. 1 p., 2010
Poster de conférence hal-01190282v1

Exploring the links between Vis NIR spectra and bacterial communities structure of soils by PLS2 regression models

Richard Joffre , Fabien Gogé , Claudy C. Jolivet , Nicolas N. Saby , Samuel Dequiedt
14. International Congress NIRS (Near Infrared Spectroscopy), Nov 2009, Bangkok, Thailand. n.p., 2009
Poster de conférence hal-02814353v1

Influence du type de sol et du mode d’occupation des sols sur la quantité d’ADN extraite et la densité des communautés bactériennes indigènes

Samuel Dequiedt , Mélanie M. Lelievre , Claudy C. Jolivet , Dominique D. Arrouays , Manuel Pascal Martin
AFEM (Association Francophone d'Ecologie Microbienne), Oct 2007, La Grande Motte-Montpellier, France. n.p., 2008
Poster de conférence hal-02821265v1

Biogeography of soil microbial communities: a review and a description of the ongoing french national initiative

Lionel Ranjard , Samuel Dequiedt , Claudy Jolivet , Nicolas Saby , Jean Thioulouse
Eric Lichtfouse; Marjolaine Hamelin; Mireille Navarrete; Philippe Debaeke. Sustainable Agriculture Volume 2, Springer, pp.857-865, 2011, 978-94-007-0393-3. ⟨10.1007/978-94-007-0394-0_37⟩
Chapitre d'ouvrage hal-00860770v1