Nicolas Pech

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Publications

	Microbiota associated with the skin, gills, and gut of the fish Parachondrostoma toxostoma from the Rhône basin Emmanuel Guivier , Nicolas Pech , Rémi Chappaz , André Gilles Freshwater Biology, 2020, ⟨10.1111/fwb.13437⟩ Article dans une revue hal-02505021v1
	Canals as ecological corridors and hybridization zones for two cyprinid species Emmanuel Guivier , André Gilles , Nicolas Pech , Nicolas Duflot , Laurence Tissot Hydrobiologia, 2019, 830 (1), pp.1-16. ⟨10.1007/s10750-018-3843-1⟩ Article dans une revue hal-03438478v1
	Microbiota Diversity Within and Between the Tissues of Two Wild Interbreeding Species Emmanuel Guivier , Jean-François Martin , Nicolas Pech , Arnaud Ungaro , Rémi Chappaz Microbial ecology, 2018, 75 (3), pp.799-810. ⟨10.1007/s00248-017-1077-9⟩ Article dans une revue hal-02270253v1
	Challenges and advances for transcriptome assembly in non-model species Arnaud Ungaro , Nicolas Pech , Jean-François Martin , R. J. Scott Mccairns , Jean-Philippe Mevy PLoS ONE, 2017, 12 (9), pp.e0185020. ⟨10.1371/journal.pone.0185020⟩ Article dans une revue hal-01681642v1
	Multi-scale biomarker evaluation of the toxicity of a commercial azo dye (Disperse Red 1) in an animal model, the freshwater cnidarian Hydra attenuata Laetitia de Jong , Nicolas Pech , Gisela de Aragao Umbuzeiro , Xavier Moreau Water Research, 2016, 96, pp.62-73. ⟨10.1016/j.watres.2016.03.043⟩ Article dans une revue hal-01452189v1
	When anthropogenic river disturbance decreases hybridisation between non-native and endemic Cyprinids and drives an ecomorphological displacement towards juvenile state in both species Emmanuel Corse , Nicolas Pech , Melthide Sinama , Caroline Costedoat , Rémi Chappaz PLoS ONE, 2015, 10 (11), pp.e0142592. ⟨10.1371/journal.pone.0142592⟩ Article dans une revue hal-01445169v1
	Evolutionary history of Chaetognatha inferred from molecular and morphological data: a case study for body plan simplification Samah Gasmi , Gabriel Nève , Nicolas Pech , Sada Tekaya , André Gilles Frontiers in Zoology, 2014, 11 (1), pp.84. ⟨10.1186/s12983-014-0084-7⟩ Article dans une revue hal-01785760v1
	QDD version 3.1: a user-friendly computer program for microsatellite selection and primer design revisited: experimental validation of variables determining genotyping success rate Emese Meglécz , Nicolas Pech , André Gilles , Vincent Dubut , Pascal Hingamp Molecular Ecology Resources, 2014, 14 (6), pp.1302-1313. ⟨10.1111/1755-0998.12271⟩ Article dans une revue hal-02356473v1
	Phylogenetic Analysis of Thecosomata Blainville, 1824 (Holoplanktonic Opisthobranchia) Using Morphological and Molecular Data Emmanuel Corse , Jeannine Rampal , Corinne Cuoc , Nicolas Pech , Yvan Perez PLoS ONE, 2013, 8 (4), pp.59439 - 59439. ⟨10.1371/journal.pone.0059439⟩ Article dans une revue hal-01771570v1
	Non-homogeneous combination of two porous genomes induces complex body shape trajectories in cyprinid hybrids Melthide Sinama , André Gilles , Caroline Costedoat , Emmanuel Corse , Jean-Michel Olivier Frontiers in Zoology, 2013, 10 (1), pp.1-16. ⟨10.1186/1742-9994-10-22⟩ Article dans une revue halsde-00837911v1
	A shot in the genome: how accurately do shotgun 454 sequences represent a genome? Emese Meglécz , Nicolas Pech , André Gilles , Jean-François Martin , Michael G Gardner BMC Research Notes, 2012, 5 (1), pp.259. ⟨10.1186/1756-0500-5-259⟩ Article dans une revue hal-02356481v1
	Challenges of microsatellite development in Lepidoptera: Euphydryas aurinia (Nymphalidae) as a case study Melthide Sinama , Vincent Dubut , Caroline Costedoat , André Gilles , M. Junker European Journal of Entomology, 2011, 108 (108), pp.261-266 Article dans une revue hal-01294296v1
	High-throughput microsatellite isolation through 454 GS-FLX Titanium pyrosequencing of enriched DNA libraries Thibaut Malausa , André Gilles , Emese Meglécz , Hélène Blancard , Stéphanie Duthoy Molecular Ecology Resources, 2011, 11 (4), pp.638-644. ⟨10.1111/j.1755-0998.2011.02992.x⟩ Article dans une revue hal-01506135v1
	SESAME (SEquence Sorter & AMplicon Explorer): genotyping based on high-throughput multiplex amplicon sequencing Emese Meglécz , Sylvain Piry , Erick Desmarais , Maxime Galan , André Gilles Bioinformatics, 2011, 27 (2), pp.277-278. ⟨10.1093/bioinformatics/btq641⟩ Article dans une revue hal-02356496v1
	Accuracy and quality assessment of 454 GS-FLX Titanium pyrosequencing André Gilles , Emese Meglécz , Nicolas Pech , Stéphanie Ferreira , Thibaut Malausa BMC Genomics, 2011, 12 (1), ⟨10.1186/1471-2164-12-245⟩ Article dans une revue hal-01995051v1
	Representativeness of microsatellite distributions in genomes, as revealed by 454 GS-FLX Titanium pyrosequencing Jean-Francois Martin , Nicolas Pech , Emese Meglécz , Stéphanie Ferreira , Caroline Costedoat BMC Genomics, 2010, 11, pp.560. ⟨10.1186/1471-2164-11-560⟩ Article dans une revue hal-02663878v1
	QDD: a user-friendly program to select microsatellite markers and design primers from large sequencing projects Emese Meglécz , Caroline Costedoat , Vincent Dubut , André Gilles , Thibaut Malausa Bioinformatics, 2010, 26 (3), pp.403-404. ⟨10.1093/bioinformatics/btp670⟩ Article dans une revue hal-02667917v1
	A PCR-based method for diet analysis in freshwater organisms using rDNA barcoding on faeces Emmanuel Corse , Caroline Costedoat , Rémi Chappaz , Nicolas Pech , Jean-Francois Martin Molecular Ecology Resources, 2010, 10 (1), pp.96-108. ⟨10.1111/j.1755-0998.2009.02795.x⟩ Article dans une revue hal-02666530v1
	Development of 55 novel polymorphic microsatellite loci for the critically endangered L. (Actinopterygii: Perciformes: Percidae) and cross-species amplification in five other percids Vincent Dubut , Rémi Grenier , Emese Meglécz , Rémi Chappaz , Caroline Costedoat European Journal of Wildlife Research, 2010, 56 (6), pp.931-938. ⟨10.1007/s10344-010-0421-x⟩ Article dans une revue hal-00609749v1
	Inter- and Extra-Indian Admixture and Genetic Diversity in Reunion Island Revealed by Analysis of Mitochondrial DNA Vincent Dubut , Pascal Murail , Nicolas Pech , Marie-Dominique Thionville , François Cartault Annals of Human Genetics, 2009, 73, pp.314-334 Article dans une revue halshs-00433392v1
	Garden plants dynamics at urban fallow land interfaces : influence of local versus landscape factors Audrey Marco , Sébastien Oliveau , Nicolas Pech , Thierry Dutoit , Valérie Bertaudiere-Montes Salzburger Geographische Arbeiten, 2008, 42, pp.25-41 Article dans une revue halshs-00372633v1
	Etude de l’hybridation introgressive entre Chondrostoma t. toxostoma et Chondrostoma n. nasus (Téléostéen, Cyprinidae) en utilisant une approche multiple Caroline Costedoat , Nicolas Pech , Rémi Chappaz , Marie-Dominique Salducci , Puy Lim Cybium : Revue Internationale d’Ichtyologie, 2004 Article dans une revue hal-03517491v1

	Pertinence d'une approche combinée Sciences de la Nature et Sciences de l'Homme, pour prévoir et gérer les invasions d'espèces ornementales en région méditerranéenne Audrey Marco , Thierry Dutoit , Carole Barthélemy , Nicolas Pech , Sébastien Lavergne 3ème Journées francophones des Sciences de la Conservation de la Biodiversité, Mar 2009, Montpellier, France Communication dans un congrès hal-01141312v1
	Les crottes passent à la caisse: développement d’un barcoding alimentaire adapté aux poissons de rivières Emmanuel Corse , C Costedoat , Nicolas Pech , Remi Chappaz , Gilles Andre 4e rencontre de l’Ichtyologie en France, RIF, Mar 2009, Paris, France Communication dans un congrès hal-03533432v1
	Crossroads between population genomic and ecological approaches in the study of hybrid zone C Costedoat , Nicolas Pech , Remi Chappaz , Gilles André European congres of Ichthyology ECI XII, Sep 2007, Cavtat - Dubrovnik, Croatia Communication dans un congrès hal-03533436v1
	Comparaison de la croissance et de la reproduction de Chondrostoma t. toxostoma, Chondrostoma n. nasus et des hybrides entre les deux espèces dans une rivière aménagée, la Durance N. Stolzenberg , Laurent Cavalli , Nicolas Pech , C Costedoat IIe Rencontre de l’ichtyologie en France (RIF), Mar 2003, Paris, France Communication dans un congrès hal-03533484v1
	Déchiffrer l'histoire évolutive en utilisant des approches multiples- Implications pour la conservation du blageon, Leuciscus souffia souffia (Téléostei : Cyprinidae) Marie-Dominique Salducci , Jean-François Martin , Nicolas Pech , Remi Chappaz , C Costedoat Journées Francophones de Conservation de la Biodiversité, Apr 2003, Villeurbanne, France Communication dans un congrès hal-03533468v1
	Introgression mitochondriale et nucléaire entre deux espèces Chondrostoma t. toxostoma et Chondrostoma n. nasus (Teleostei: Cyprinidae) : implication dans la politique de conservation des espèces européennes C Costedoat , N. Stolzenberg , Nicolas Pech , Remi Chappaz , Gilles André IIe Rencontre de l’ichtyologie en France (RIF), Mar 2003, Paris, France Communication dans un congrès hal-03533474v1

	Étude de la compatibilité génomique entre deux espèces de cyprinidés et son implication dans la réorganisation du transcriptome chez les hybrides Florence Petit , Arnaud Ungaro , Jean-François Martin , Morgane Ardisson , Bernard Barascud 6. Rencontres de l'Ichtyologie en France, Mar 2015, Paris, France. 2015, RIF 2015 Poster de conférence hal-02743393v1
	Cryptic species in western and central Africa cichlids Charles Bilong Bilong , C Costedoat , K Elmer , Gilles André , Axel Meyer European Congres of Evolution ESEB, Aug 2009, Torino, Italy Poster de conférence hal-03535679v1
	La prise en compte des phénomènes d'hybridation dans les politiques de conservation : illustration par l'étude d'une zone hybride entre deux espèces de Cyprinidae C Costedoat , Nicolas Pech , Remi Chappaz , Gilles André 2e congrès le réveil du Dodo Journées des Sciences de la Conservation de la Biodiversité, Mar 2006, Paris, France Poster de conférence hal-03535693v1
	Chondrostoma hybrid zone: interaction between genes and environment C Costedoat , Nicolas Pech , Remi Chappaz , Gilles André International Meeting "Genetic of Speciation", Jul 2006, Vancouver, Canada Poster de conférence hal-03535690v1
	Study of a cyprinid's hybrid zone over space and time C Costedoat , Nicolas Pech , Marie-Dominique Salducci , Remi Chappaz , Gilles André VIIIth Evolutionary Biology Meeting, Sep 2004, Marseille, France Poster de conférence hal-03535699v1
	Etude dans l’espace et dans le temps d’une zone hybride de Cyprinidae C Costedoat , Nicolas Pech , Marie-Dominique Salducci , Remi Chappaz , Gilles André 2emes Journées de la Biodiversité organisées par l'Institut Français de la Biodiversité (IFB), May 2004, Marseille, France Poster de conférence hal-03535705v1
	The evolutionary biology of Leuciscus souffia souffia, a french endemic cyprinidae : implication for its conservation Marie-Dominique Salducci , Jean-François Martin , Nicolas Pech , Remi Chappaz , C Costedoat VIIth Evolutionary Biology Meeting, Jun 2003, Marseille, France Poster de conférence hal-03535710v1

Nicolas Pech

Publications

Microbiota associated with the skin, gills, and gut of the fish Parachondrostoma toxostoma from the Rhône basin

Canals as ecological corridors and hybridization zones for two cyprinid species

Microbiota Diversity Within and Between the Tissues of Two Wild Interbreeding Species

Challenges and advances for transcriptome assembly in non-model species

Multi-scale biomarker evaluation of the toxicity of a commercial azo dye (Disperse Red 1) in an animal model, the freshwater cnidarian Hydra attenuata

When anthropogenic river disturbance decreases hybridisation between non-native and endemic Cyprinids and drives an ecomorphological displacement towards juvenile state in both species

Evolutionary history of Chaetognatha inferred from molecular and morphological data: a case study for body plan simplification

QDD version 3.1: a user-friendly computer program for microsatellite selection and primer design revisited: experimental validation of variables determining genotyping success rate

Phylogenetic Analysis of Thecosomata Blainville, 1824 (Holoplanktonic Opisthobranchia) Using Morphological and Molecular Data

Non-homogeneous combination of two porous genomes induces complex body shape trajectories in cyprinid hybrids

A shot in the genome: how accurately do shotgun 454 sequences represent a genome?

Challenges of microsatellite development in Lepidoptera: Euphydryas aurinia (Nymphalidae) as a case study

High-throughput microsatellite isolation through 454 GS-FLX Titanium pyrosequencing of enriched DNA libraries

SESAME (SEquence Sorter & AMplicon Explorer): genotyping based on high-throughput multiplex amplicon sequencing

Accuracy and quality assessment of 454 GS-FLX Titanium pyrosequencing

Representativeness of microsatellite distributions in genomes, as revealed by 454 GS-FLX Titanium pyrosequencing

QDD: a user-friendly program to select microsatellite markers and design primers from large sequencing projects

A PCR-based method for diet analysis in freshwater organisms using rDNA barcoding on faeces

Development of 55 novel polymorphic microsatellite loci for the critically endangered L. (Actinopterygii: Perciformes: Percidae) and cross-species amplification in five other percids

Inter- and Extra-Indian Admixture and Genetic Diversity in Reunion Island Revealed by Analysis of Mitochondrial DNA

Garden plants dynamics at urban fallow land interfaces : influence of local versus landscape factors

Etude de l’hybridation introgressive entre Chondrostoma t. toxostoma et Chondrostoma n. nasus (Téléostéen, Cyprinidae) en utilisant une approche multiple

Pertinence d'une approche combinée Sciences de la Nature et Sciences de l'Homme, pour prévoir et gérer les invasions d'espèces ornementales en région méditerranéenne

Les crottes passent à la caisse: développement d’un barcoding alimentaire adapté aux poissons de rivières

Crossroads between population genomic and ecological approaches in the study of hybrid zone

Comparaison de la croissance et de la reproduction de Chondrostoma t. toxostoma, Chondrostoma n. nasus et des hybrides entre les deux espèces dans une rivière aménagée, la Durance

Déchiffrer l'histoire évolutive en utilisant des approches multiples- Implications pour la conservation du blageon, Leuciscus souffia souffia (Téléostei : Cyprinidae)

Introgression mitochondriale et nucléaire entre deux espèces Chondrostoma t. toxostoma et Chondrostoma n. nasus (Teleostei: Cyprinidae) : implication dans la politique de conservation des espèces européennes

Étude de la compatibilité génomique entre deux espèces de cyprinidés et son implication dans la réorganisation du transcriptome chez les hybrides

Cryptic species in western and central Africa cichlids

La prise en compte des phénomènes d'hybridation dans les politiques de conservation : illustration par l'étude d'une zone hybride entre deux espèces de Cyprinidae

Chondrostoma hybrid zone: interaction between genes and environment

Study of a cyprinid's hybrid zone over space and time

Etude dans l’espace et dans le temps d’une zone hybride de Cyprinidae

The evolutionary biology of Leuciscus souffia souffia, a french endemic cyprinidae : implication for its conservation