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Publications de Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré


Activités de Recherche

 

Au cours de ma thèse de doctorat, j’ai associé écologie microbienne des sols et cycles biogéochimiques (cycle du Carbone) et j’ai renforcé mes compétences en écologie microbienne au travers de mon post doctorat au sein de l’équipe BIOCOM (UMR Microbiologie du Sol et de l’Environnement, Dijon) sous la direction de L Ranjard. Suite à cela, j’ai été recruté à AgroSup Dijon en tant que maître de conférences et ai rejoint officiellement l’équipe BIOCOM lors de la création de l’UMR 1347 Agroécologie.

Au sein de l’équipe BIOCOM, je développe deux thématiques de recherche en association avec L. Ranjard et P.A. Maron:
 1) l’étude de la distribution spatiale, de la dynamique et du déterminisme de la diversité microbienne des sols
 2) l’étude du lien entre diversité microbienne des sols et leur fonctionnement biologique.

 La première thématique met en jeu des approches d’écologie spatiale pour caractériser les patterns de distribution des communautés microbienne du sol et comprendre leur déterminisme (processus de diversification, filtre environnementaux : environnement, climat, communauté végétale, éloignement géographique). Ces approches appliquées en particulier à l’échelle des paysages agricoles pour déterminer si les filtres environnementaux et les processus de diversification des microorganismes du sol à cette échelle sont les même qu’à des échelles plus fines (parcelle) ou plus large (régionale, nationale). Ce travail fait actuellement l’objet de la thèse de Florentin Constancias que je co-encadre avec Lionel Ranjard.
 La seconde thématique, développée avec Pierre-Alain Maron, met en jeu des approches d’écologie des communautés avec des approches d’écologie fonctionnelle ciblées sur le turnover des matières organiques du sol et la stabilité de cette fonction face à des perturbations externes.
 Au-delà des débouchés fondamentaux liés à ces thématiques de recherche, ces dernières ont aussi des débouchés appliqués pour une meilleure évaluation environnementale des pratiques agricoles et en termes de formation pour les acteurs du monde agricole sur l’utilisation des indicateurs biologiques, et particulièrement microbiens, pour évaluer l’impact de leurs pratiques sur leurs sols (Projet CASDAR AgrInnov, en cours).

 

Activités d’enseignement

Je réalise la majeure partie de mes activités d’enseignement sur la thématique de la biologie des sols en lien avec leur fonctionnement au sein d’AgroSup Dijon et de l’Université de Bourgogne. Mes activités d’enseignement couvrent différents niveaux : Cursus ingénieur 1ère et 2e année, 3e année spécialisation Agronomie – Environnement ;  Licence 3, Master 1 et Master 2. Au sein de l’université de Bourgogne, j’interviens particulièrement dans le cadre de la licence professionnelle Agriculture, Durabilité, Nouvelles Technologies dont je suis co-directeur avec PY Collin (UMR Biogéosciences, Université de Bourgogne), du Master BOP et du master BIIPPME. Outre des cours théoriques et des travaux dirigés sur la biologie des sols, j’interviens aussi dans le cadre d’activités pluridisciplinaires (Approche Globale de l’Exploitation Agricole, Diagnostic Agri-Environnemental, projets tuteurés) et dans l’encadrement des stages des étudiants d’AgroSup Dijon (mémoires de fin d’étude, stages en entreprise) et de licence professionnelle.


Journal articles40 documents

  • Samuel Dequiedt, Battle Karimi, Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré, Sébastien Terrat, Walid Horrigue, et al.. Le RMQS au service de l'écologie microbienne des sols français. Etude et Gestion des Sols, Association Française pour l'Etude des Sols, 2020, 27 (1), pp.51-71. ⟨hal-02540019⟩
  • Marco Panettieri, Julien Guigue, Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré, Mathieu Thévenot, Jean Lévêque, et al.. Grassland-cropland rotation cycles in crop-livestock farming systems regulate priming effect potential in soils through modulation of microbial communities, composition of soil organic matter and abiotic soil properties.. Agriculture, Ecosystems and Environment, Elsevier Masson, 2020, 299, pp.106973. ⟨10.1016/j.agee.2020.106973⟩. ⟨hal-02860507⟩
  • Corentin Nicod, Bérangère Leys, Yorick Ferrez, Vincent Manneville, Arnaud Mouly, et al.. Towards the assessment of biodiversity and management practices in mountain pastures using diagnostic species?. Ecological Indicators, Elsevier, 2019, 107, pp.1-9. ⟨10.1016/j.ecolind.2019.105584⟩. ⟨hal-02270642⟩
  • Cédric Le Guillou, Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré, Battle Karimi, Nouraya Akkal-Corfini, Samuel Dequiedt, et al.. Tillage intensity and pasture in rotation effectively shape soil microbial communities at a landscape scale. MicrobiologyOpen, Wiley, 2019, 8 (4), ⟨10.1002/mbo3.676⟩. ⟨hal-01817976⟩
  • Pierre Plassart, Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré, Stéphane Uroz, Samuel Dequiedt, Dorothy Stone, et al.. Soil parameters, land use, and geographical distance drive soil bacterial communities along a European transect. Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2019, 9 (1), pp.1-17. ⟨10.1038/s41598-018-36867-2⟩. ⟨hal-02067245⟩
  • Battle Karimi, Samuel Dequiedt, Sébastien Terrat, Claudy Jolivet, Dominique Arrouays, et al.. Biogeography of Soil Bacterial Networks along a Gradient of Cropping Intensity. Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2019, 9 (1), ⟨10.1038/s41598-019-40422-y⟩. ⟨hal-02093081⟩
  • Sébastien Terrat, Christophe Djemiel, Corentin Journay, Battle Karimi, Samuel Dequiedt, et al.. ReClustOR, a Re‐Clustering tool using an Open‐Reference method that improves OTU definition. Methods in Ecology and Evolution, Wiley, 2019, ⟨10.1111/2041-210x.13316⟩. ⟨hal-02325994⟩
  • Battle Karimi, Sébastien Terrat, Samuel Dequiedt, Nicolas Saby, Walid Horrigue, et al.. Biogeography of soil bacteria and archaea across France. Science Advances , American Association for the Advancement of Science (AAAS), 2018, 4 (7), pp.eaat1808. ⟨10.1126/sciadv.aat1808⟩. ⟨hal-01843961⟩
  • Valérie Viaud, Patricia Santillàn-Carvantes, Nouraya Akkal-Corfini, Cédric Le Guillou, Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré, et al.. Landscape-scale analysis of cropping system effects on soil quality in a context of crop-livestock farming. Agriculture, Ecosystems and Environment, Elsevier Masson, 2018, 265, pp.166 - 177. ⟨10.1016/j.agee.2018.06.018⟩. ⟨hal-01844309⟩
  • Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré, Mario Cannavacciuolo, Elisabeth D’oiron-Verame, Cécile Villenave, Daniel Cluzeau, et al.. Appréhender l’impact des pratiques agricoles sur l’état biologique et le fonctionnement du sol. Quelles recommandations et pistes de R&D en matière de pilotage biologique des sols ?. Innovations Agronomiques, INRA, 2018, 69, pp.39-46. ⟨10.15454/OW3CJS⟩. ⟨hal-02058230⟩
  • Sophie Sadet-Bourgeteau, Sabine Houot, Samuel Dequiedt, Virginie Nowak, Vincent Tardy, et al.. Lasting effect of repeated application of organic waste products on microbial communities in arable soils. Applied Soil Ecology, Elsevier, 2018, 125, ⟨10.1016/j.apsoil.2018.02.006⟩. ⟨hal-01711712⟩
  • Sébastien Terrat, Battle Karimi, Samuel Dequiedt, Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré, Walid Horrigue, et al.. La caractérisation des communautés microbiennes du sol à l'échelle de la France pour évaluer l’effet de l’usage des sols. Innovations Agronomiques, INRA, 2018, 69, pp.27-37. ⟨10.15454/IO3VXY⟩. ⟨hal-02002766⟩
  • Sébastien Terrat, Walid Horrigue, Samuel Dequietd, Nicolas Saby, Mélanie Lelievre, et al.. Mapping and predictive variations of soil bacterial richness across France. PLoS ONE, Public Library of Science, 2017, 12 (0190128), pp.1-19. ⟨10.1371/journal.pone.0186766⟩. ⟨hal-01843156⟩
  • Battle Karimi, Pierre-Alain Maron, Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré, Nadine Bernard, Daniel Gilbert, et al.. Microbial diversity and ecological networks as indicators of environmental quality. Environmental Chemistry Letters, Springer Verlag, 2017, 15 (2), pp.265-281. ⟨10.1007/s10311-017-0614-6⟩. ⟨hal-01516976⟩
  • Kanto Razanamalala, Tantely Razafimbelo, Pierre-Alain Maron, Lionel Ranjard, Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré, et al.. Soil microbial diversity drives the priming effect along climate gradients: a case study in Madagascar. ISME Journal, Nature Publishing Group, 2017, 12 (2), pp.451 - 462. ⟨10.1038/ismej.2017.178⟩. ⟨hal-01844363⟩
  • M. Cannavacciulo, N. Cassagne, V. Riou, P. Mulliez, Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré, et al.. Validation d’un tableau de bord d’indicateurs sur un réseau national de fermes en grande culture et en viticulture pour diagnostiquer la qualité biologique des sols agricoles. Innovations Agronomiques, INRA, 2017, 55, pp.41-54. ⟨10.15454/1.5137753402510786E12⟩. ⟨hal-01608354⟩
  • Walid Horrigue, Samuel Dequiedt, Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré, Claudy Jolivet, Nicolas P.A. Saby, et al.. Predictive model of soil molecular microbial biomass. Ecological Indicators, Elsevier, 2016, 64, pp.203 - 211. ⟨10.1016/j.ecolind.2015.12.004⟩. ⟨hal-01844377⟩
  • Julien Guigue, Jean Lévêque, Olivier Mathieu, P. Schmitt-Kopplin, M. Lucio, et al.. Water-extractable organic matter linked to soil physico-chemistry and microbiology at the regional scale.. Soil Biology and Biochemistry, Elsevier, 2015, 84, pp.158-167. ⟨10.1016/j.soilbio.2015.02.016⟩. ⟨hal-01132011⟩
  • Florentin Constancias, Sébastien Terrat, Nicolas Saby, Walid Horrigue, Jean Villerd, et al.. Mapping and determinism of soil microbial community distribution across an agricultural landscape. MicrobiologyOpen, Wiley, 2015, 4 (3), pp.505-517. ⟨10.1002/mbo3.255⟩. ⟨hal-01475927⟩
  • Sebastien Terrat, Samuel Dequiedt, W Horrigue, Mélanie Lelievre, C. Cruaud, et al.. Improving soil bacterial taxa–area relationships assessment using DNA meta-barcoding. Heredity, Nature Publishing Group, 2015, 114 (5), pp.468 - 475. ⟨10.1038/hdy.2014.91⟩. ⟨hal-01831578⟩
  • Florentin Constancias, Nicolas P.A. Saby, Sébastien Terrat, Samuel Dequiedt, Walid Horrigue, et al.. Contrasting spatial patterns and ecological attributes of soil bacterial and archaeal taxa across a landscape. MicrobiologyOpen, Wiley, 2015, 4 (3), pp.518-531. ⟨10.1002/mbo3.256⟩. ⟨hal-02633674⟩
  • Pascal Lienhard, Sébastien Terrat, Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré, Virginie Nowak, Tiffanie Régnier, et al.. Pyrosequencing evidences the impact of cropping on soil bacterial and fungal diversity in Laos tropical grassland.. Agronomy for Sustainable Development, Springer Verlag/EDP Sciences/INRA, 2014, 34 (2), pp.525-533. ⟨10.1007/s13593-013-0162-9⟩. ⟨hal-00977920⟩
  • Florentin Constancias, Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré, Sébastien Terrat, Simon Aussems, Virginie Nowak, et al.. Microscale evidence for a high decrease of soil bacterial density and diversity by cropping. Agronomy for Sustainable Development, Springer Verlag/EDP Sciences/INRA, 2014, 34 (4), pp.831-840. ⟨10.1007/s13593-013-0204-3⟩. ⟨hal-01234825⟩
  • Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré, Samuel Dequiedt, Jean Thioulouse, Mélanie Lelievre, Nicolas Saby, et al.. Similar Processes but Different Environmental Filters for Soil Bacterial and Fungal Community Composition Turnover on a Broad Spatial Scale. PLoS ONE, Public Library of Science, 2014, 9 (11), pp.1-11. ⟨10.1371/journal.pone.0111667⟩. ⟨hal-01831566⟩
  • L. Ranjard, S. Dequiedt, Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré, J. Thioulouse, N. P. A. Saby, et al.. Turnover of soil bacterial diversity driven by wide-scale environmental heterogeneity.. Nature Communications, Nature Publishing Group, 2013, 4, pp.1434. ⟨10.1038/ncomms2431⟩. ⟨hal-00965686⟩
  • Pascal Lienhard, Sébastien Terrat, Olivier Mathieu, Jean Lévêque, Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré, et al.. Soil microbial diversity and C turnover modified by tillage and cropping in Laos tropical grassland.. Environmental Chemistry Letters, Springer Verlag, 2013, 11 (4), pp.391-398. ⟨10.1007/s10311-013-0420-8⟩. ⟨hal-00921631⟩
  • Florence Maunoury-Danger, Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré, Jérome Ngao, Daniel Berveiller, Claude Brechet, et al.. Carbon isotopic signature of CO2 emitted by plant compartments and soil in two temperate deciduous forests. Annals of Forest Science, Springer Verlag/EDP Sciences, 2013, 70 (2), pp.173-183. ⟨10.1007/s13595-012-0249-5⟩. ⟨hal-00964701⟩
  • Pascal Lienhard, Florent Tivet, André Chabanne, Samuel Dequiedt, Mélanie Lelievre, et al.. No-till and cover crops shift soil microbial abundance and diversity in Laos tropical grasslands. Agronomy for Sustainable Development, Springer Verlag/EDP Sciences/INRA, 2013, 33 (2), pp.375-384. ⟨10.1007/s13593-012-0099-4⟩. ⟨hal-01201383⟩
  • Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré, Richard Christen, Samuel Dequiedt, Christophe Mougel, Mélanie Lelievre, et al.. Validation and Application of a PCR Primer Set to Quantify Fungal Communities in the Soil Environment by Real-Time Quantitative PCR. PLoS ONE, Public Library of Science, 2011, 6 (9), pp.e24166. ⟨10.1371/journal.pone.0024166⟩. ⟨hal-01254016⟩
  • Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré, Richard Christen, Samuel Dequiedt, Christophe Mougel, Mélanie Lelièvre, et al.. Validation and application of a PCR primer set to quantify fungal communities in the soil environment by real-time quantitative PCR. PLoS ONE, Public Library of Science, 2011, 6 (9), pp.1-13. ⟨10.1371%2Fjournal.pone.0024166⟩. ⟨hal-02648355⟩
  • Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré, Pierre-Alain Maron, Lionel Ranjard, Virginie Nowak, Eric Dufrene, et al.. Seasonal dynamics of the bacterial community in forest soils under different quantities of leaf litter. Applied Soil Ecology, Elsevier, 2011, 47 (1), pp.14-23. ⟨10.1016/j.apsoil.2010.11.006⟩. ⟨hal-02646057⟩
  • Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré, Pierre-Alain Maron, Lionel Ranjard, Virginie Nowak, Eric Dufrene, et al.. Seasonal dynamics of the bacterial community in forest soils under different quantities of leaf litter. Applied Soil Ecology, Elsevier, 2010, 47 (47), pp.14-23. ⟨bioemco-00574895⟩
  • Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré, Claire Damesin, Eric Dufrene, Jean-Christophe Lata, Kamel Soudani, et al.. Increase inabovegroundfreshlitterquantityover-stimulatessoil respiration inatemperatedeciduousforest. Applied Soil Ecology, Elsevier, 2010, 46 (46), pp.26-34. ⟨10.1016/j.apsoil.2010.06.004⟩. ⟨bioemco-00574912⟩
  • Lionel Ranjard, Samuel Dequiedt, Claudy Jolivet, Nicolas P.A. Saby, Jean Thioulouse, et al.. Biogeography of soil microbial communities: a review and a description of the ongoing french national initiative. Agronomy for Sustainable Development, Springer Verlag/EDP Sciences/INRA, 2010, 30 (2), pp.359-365. ⟨10.1051/agro/2009033⟩. ⟨hal-00886549⟩
  • S. Dequiedt, M. Lelièvre, C. Jolivet, N.P.A. Saby, M. Martin, et al.. ECOMIC-RMQS: biogéographie microbienne à l`échelle de la France. Etude et Gestion des Sols, Association Française pour l'Etude des Sols, 2009, 16(3), pp.219-231. ⟨hal-00539409⟩
  • Samuel Dequiedt, Maud Lelièvre, Claudy Jolivet, Nicolas Saby, Manuel Martin, et al.. ECOMIC-RMQS : biogéographie microbienne à l’échelle de la France. Etat d’avancement et premiers résultats. Etude et Gestion des Sols, Association Française pour l'Etude des Sols, 2009, 16 (3-4), pp.219-231. ⟨hal-02656049⟩
  • S. Dequiedt, J. Thioulouse, C. Jolivet, N.Pa. Savy, M. Lelievre, et al.. Biogeographical patterns of soil bacterial communities. Environmental Microbiology Reports, Wiley, 2009, 1(4), pp.251-255. ⟨hal-00539298⟩
  • Samuel Dequiedt, Jean Thioulouse, Claudy Jolivet, Nicolas Saby, Mélanie Lelièvre, et al.. Biogeographical patterns of soil bacterial communities. Environmental Microbiology Reports, Wiley, 2009, 1 (4), pp.251 - 255. ⟨10.1111/j.1758-2229.2009.00040.x⟩. ⟨hal-02668713⟩
  • Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré, Jérome Ngao, Daniel Berveiller, D. Bonal, Claire Damesin, et al.. Root exclusion through trenching does not affect the isotopic composition of soil CO2 efflux. Plant and Soil, Springer Verlag, 2009, 319 (1-2), pp.1-13. ⟨10.1007/s11104-008-9844-5⟩. ⟨bioemco-00353850⟩
  • J. Bertaux, M. Schmid, Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré, J. Churin, A. Hartmann, et al.. In Situ Identification of Intracellular Bacteria Related to Paenibacillus spp. in the Mycelium of the Ectomycorrhizal Fungus Laccaria bicolor S238N. Applied and Environmental Microbiology, American Society for Microbiology, 2003, 69 (7), pp.4243 - 4248. ⟨10.1128/AEM.69.7.4243-4248.2003⟩. ⟨hal-01844502⟩

Conference papers31 documents

  • Laurie Dunn, Samuel Dequiedt, Mélanie Lelièvre, Christophe Lang, Nicolas Marilleau, et al.. Temporal dynamics of soil bacterial communities at a landscape scale: dependence to soil properties and agricultural practices.. 10 IALE World Congress Nature and society facing the Anthropocene challenges and perspectives for landscape ecology, International Association of Landscape Ecology (IALE). USA., Jul 2019, Milan, Italy. ⟨hal-02786029⟩
  • Sébastien Terrat, Battle Karimi, Walid Horrigue, Samuel Dequiedt, Nicolas Saby, et al.. Mapping and predictive variations of soil microbial richness, bacterial and archaeal phyla across France. 4. International Conference on Microbial Diversity 2017 (MD 2017), Oct 2017, Bari, Italy. pp.209-211. ⟨hal-02738142⟩
  • Battle Karimi, Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré, Sébastien Terrat, Pierre-Alain Maron, Lionel Ranjard. Ecological networks as a promising approach to decipher the role of microbial communities in soil ecosystems. Journée Réseau du GDR Génomique Environnementales, Université de Nantes (UN). FRA., Jun 2017, Nantes, France. ⟨hal-02735169⟩
  • Battle Karimi, Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré, Sébastien Terrat, Samuel Dequiedt, Claudy Jolivet, et al.. Soil bacterial interaction networks on a wide scale. 4. International Conference on Microbial Diversity 2017 (MD 2017), Oct 2017, Bari, Italy. pp.414-415. ⟨hal-02735708⟩
  • Battle Karimi, Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré, Sébastien Terrat, Samuel Dequiedt, Nicolas Saby, et al.. Bacterial "social" network in french soils : a Metagenomics insight. Journée d’Ecologie Fonctionnelle AnaEE, AnaEE Analyses et Expérimentations sur les Ecosystèmes - France., Mar 2017, La Grande Motte, France. ⟨hal-01608367⟩
  • Battle Karimi, Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré, Sébastien Terrat, Samuel Dequiedt, Nicolas Saby, et al.. Bacterial social networks across the French National territory. Journée d’Ecologie Fonctionnelle AnaEE, AnaEE Analyses et Expérimentations sur les Ecosystèmes - France., Mar 2017, La Grande Motte, France. ⟨hal-01605623⟩
  • Samuel Dequiedt, Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré, Lionel Ranjard. Inventaire et cartographie des communautés microbiennes des sols de la zone OPE ANDRA. Journée scientifique de l’Observatoire pérenne de l’environnement (OPE), Observatoire Pérenne de l'Environnement (OPE). FRA., Nov 2016, Paris, France. ⟨hal-02740777⟩
  • Sébastien Terrat, Samuel Dequiedt, Nicolas Saby, Walid Horrigue, Mélanie Lelievre, et al.. Biogeographical patterns of soil bacterial diversity at the scale of France. 16. International Symposium on Microbial Ecology - ISME16, Aug 2016, Montréal, Canada. ⟨hal-01603633⟩
  • Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré, Sébastien Terrat, Samuel Dequiedt, Nicolas Saby, Claudy Jolivet, et al.. Is soil an island for bacteria ? Contribution of the soil bacterial taxa area relationship unsing new generation sequencing. 16. International Symposium on Microbial Ecology - ISME16, International Society for Microbial Ecology (ISME). INT., Aug 2016, Montréal, Canada. ⟨hal-02798699⟩
  • Walid Horrigue, Lionel Ranjard, Pierre-Alain Maron, Samuel Dequiedt, Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré, et al.. Predictive models of abundance and diversity of soil microbial communities. 16. International Symposium on Microbial Ecology - ISME16, ISME., Aug 2016, Montréal, Canada. ⟨hal-02799970⟩
  • Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré, Lionel Ranjard. Bacterial "social" network in french soils : a Metagenomics insight. Sfécologie-2016, International Conference of Ecological Sciences, Société Française d'Ecologie (SFE). FRA., Oct 2016, Marseille, France. ⟨hal-01604088⟩
  • Lionel Ranjard, Samuel Dequiedt, Pierre-Alain Maron, Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré. Journées Nationales de l'Innovation Agricole (JIAG 2015) 1ère édition colloque OFSV, Angers, France, 2-3 novembre 2015. 1e. Edition Colloque OFSV "Journées Nationales de l'Innovation Agricole" (JIAG 2015), Observatoire Français des Sols Vivants (OFSV). FRA., Nov 2015, Angers, France. ⟨hal-02738562⟩
  • Florentin Constancias, Sébastien Terrat, Nicolas P.A. Saby, Walid Horrigue, Jean Villerd, et al.. Caractérisation de la distribution spatiale des communautés microbiennes du sol et de ses déterminants à l’échelle du paysage. 7èmes Journées Françaises de l'Ecologie du Paysage (IALE), Oct 2014, Dijon, France. p. 9. ⟨hal-01479013⟩
  • Walid Horrigue, Samuel Dequiedt, Pierre-Alain Maron, Florentin Constancias, Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré. Modèle prédictif de la biomasse microbienne moléculaire du sol. 12. Journées d'Etude des Sols (JES), Association Française pour l'Etude du Sol (AFES). FRA., Jun 2014, Le Bourget du Lac, France. 382 p. ⟨hal-02741795⟩
  • Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré, Florentin Constancias, Sébastien Terrat, Samuel Dequiedt, Nicolas Saby, et al.. A spatial upscaling strategy to assess soil microbial community assembly and the impact of land-use. 1. Global Soil Biodiversity Initiative Conference (GSBI), INRA, Institut National de la Recherche Agronomique, France, Dec 2014, Dijon, France. pp.703. ⟨hal-01872361⟩
  • Florentin Constancias, Sébastien Terrat, Nicolas Saby, Walid Horrigue, Jean Villerd, et al.. Caractérisation de la distribution spatiale des communautés microbiennes du sol et de ses déterminants à l’échelle du paysage. 7. Journées Françaises de l'Ecologie du Paysage (IALE), Oct 2014, Dijon, France. 61 p. ⟨hal-02738587⟩
  • Sébastien Terrat, Samuel Dequiedt, Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré, Nicolas Saby, Mélanie Lelievre, et al.. Le séquençage massif pour caractériser la diversité microbienne des sols, standardisation et applications au sein de la plateforme GenoSol. Colloque Etude du Polymorphisme des Génomes Végétaux (EPGV), Jun 2014, Évry, France. ⟨hal-02740417⟩
  • Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré, Samuel Dequiedt, Lionel Ranjard. Turnover of soil microbial diversity is driven by wide-scale environmental heterogeneity. 2. Thünen Symposium on Soil Metagenomics, Conventus Congressmanagement & Marketing GmbH. Jena, DEU., Dec 2013, Braunschweig, Germany. pp.39. ⟨hal-01004768⟩
  • Sébastien Terrat, Samuel Dequiedt, Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré, Florentin Constancias, Vincent Tardy, et al.. Distribution spatiale et traduction fonctionnelle de la diversité microbienne des sols. Colloque de Génomique Environnementale Rennes 2013, Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL). FRA., Nov 2013, Rennes, France. 1 p. ⟨hal-02806223⟩
  • Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré, Samuel Dequiedt, Nicolas Saby, Jean Thioulouse, Claudy Jolivet, et al.. Spatial processes driving soil microbial community assembly on a wide scale. 4. International Congress Eurosoil 2012 - Soil Science for the Benefit of Mankind and Environment, Jul 2012, Bari, Italy. ⟨hal-02808311⟩
  • Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré, Lionel Ranjard. Distribution spatiale de la diversité microbienne des sols à l’échelle du territoire national. Workshop Interactions des Microorganismes avec leurs Environnements : Circulation, Adaptation, Jun 2012, Dijon, France. ⟨hal-02808136⟩
  • Florentin Constancias, Virginie Nowak, Samuel Dequiedt, Luc Biju-Duval, Jean-Philippe Guillemin, et al.. Spatial patterns of microbial communities at a soil micro-scale. 14. International Symposium on Microbial Ecology (ISME 14), Aug 2012, Copenhague, Denmark. ⟨hal-02805352⟩
  • Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré, Samuel Dequiedt, Nicolas Saby, Jean Thioulouse, Claudy Jolivet, et al.. Soil fungal communities ecology: a biogeographical approach. Ecology of soil Microorganisms Conference, Apr 2011, Prague, Czech Republic. 1 p. ⟨hal-02808083⟩
  • Samuel Dequiedt, Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré, Nicolas Saby, Jean Thioulouse, Mélanie Lelievre, et al.. Biogeographical patterns of soil microbial communities at the scale of French metropolitan territory. 13. International Symposium on Microbial Ecology ISME 13, Aug 2010, Seattle, United States. 1 p. ⟨hal-01137003⟩
  • Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré, Samuel Dequiedt, Nicolas Saby, Mélanie Lelievre, Claudy Jolivet, et al.. Biogéographie Microbienne: mythe ou réalité ?. Ecologie 2010, Sep 2010, Montpellier, France. n.p. ⟨hal-02758446⟩
  • Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré, Samuel Dequiedt, Jean Thioulouse, Claudy Jolivet, Nicolas Saby, et al.. Microbial-biogeography at the scale of France by the use of molecular tools applied to the French soil quality monitoring network (RMQS). BAGECO10, Saisissez le nom du laboratoire, du service ou du département., Ville service., Jun 2009, Uppsala, Sweden. ⟨hal-02751274⟩
  • Samuel Dequiedt, Mélanie Lelievre, Pierre-Alain Maron, Christophe Mougel, Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré, et al.. Platform GenoSol: a new tool for conserving and exploring soil microbial diversity. 4ème Colloque de l'Association Francophone d'Ecologie Microbienne (AFEM), Aug 2009, Lyon, France. 1 p. ⟨hal-01137004⟩
  • Samuel Dequiedt, Mélanie Lelievre, Claudy Jolivet, Manuel Martin, Nicolas Saby, et al.. Patterns biogéographiques de la diversité bactérienne des sols à l'échelle du territoire national. Congrès AFEM (Association Francophone pour l'Ecologie Microbienne, Labo/service de l'auteur, Ville service., Aug 2009, Lyon, France. n.p. ⟨hal-01001184⟩
  • Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré, Samuel Dequiedt, Rémy Doyen, Mélanie Lelievre, Claudy Jolivet, et al.. Distribution et déterminisme de la diversité des communautés de champignons telluriques à l'échelle de trois régions françaises. 4. Colloque de l'Association Francophone d'Ecologie Microbienne, Association Francophone d'Ecologie Microbienne (AFEM). FRA., Aug 2009, Lyon, France. pp.91. ⟨hal-01019301⟩
  • Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré, Lionel Ranjard, Virginie Nowak, Claire Damesin, Eric Dufrene, et al.. Short term bacterial community structure dynamics in forest soil and litter: an in situ study in a CarboEurope site.. Short term bacterial community structure dynamics in forest soil and litter: an in situ study in a CarboEurope site., May 2008, Vienna, Austria. pp.52. ⟨bioemco-00390583⟩
  • Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré, Eric Dufrene, Jean-Christophe Lata, Claire Damesin, Kamel Soudani. Temporal dynamics of autotrophic and heterotrophic soil respiration in a temperate deciduous forest.. Temporal dynamics of autotrophic and heterotrophic soil respiration in a temperate deciduous forest., Nov 2006, Sissi-Lassithi, Greece. pp.135. ⟨bioemco-00390603⟩

Poster communications11 documents

  • Laurie Dunn, Samuel Dequiedt, Mélanie Lelièvre, Christophe Lang, Nicolas Marilleau, et al.. Studying and modelling the dynamics of soil microbial communities at a landscape scale in response to agricultural practices. 25. Forum des jeunes chercheurs Environnement-Santé, Université de Bourgogne Franche-Comté, Jun 2019, Dijon, France. 2019. ⟨hal-02787418⟩
  • Laurie Dunn, Samuel Dequiedt, Mélanie Lelièvre, Christophe Lang, Nicolas Marilleau, et al.. Studying and modelling soil microbial communities dynamics at a landscape scale in response to agricultural practices. Journée des doctorants UMR Agroécologie, Apr 2019, Dijon, France. 2019. ⟨hal-02735737⟩
  • Kanto Razanamalala, Tantely Razafimbelo, Pierre-Alain Maron, Lionel Ranjard, Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré, et al.. L’usage des terres et les pratiques agricoles contrôlent la minéralisation du C par l’intermédiaire de la biomasse bactérienne et de quelques familles fongiques clés.. ResMO 2018 : "La matière organique dans tous ses étas", Feb 2018, Trégastel, France. 2018. ⟨hal-01785116⟩
  • Battle Karimi, Sébastien Terrat, Samuel Dequiedt, Nicolas Saby, Walid Horrigue, et al.. Contrasting Spatial Patterns and Ecological Attributes of Soil Bacterial Taxa across French National Territory. Journée d’Ecologie Fonctionnelle AnaEE, Mar 2017, La Grande Motte, France. 2017. ⟨hal-01605429⟩
  • Battle Karimi, Sébastien Terrat, Samuel Dequiedt, Nicolas Saby, Walid Horrigue, et al.. Contrasting Spatial Patterns and Ecological Attributes of Soil Bacterial Taxa across French National Territory. Congrès de la Société Française d'Ecologie, Oct 2016, Marseille, France. 2016. ⟨hal-01602852⟩
  • Pierre Plassart, Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré, Sébastien Terrat, Samuel Dequiedt, Rachel Creamer, et al.. Spatial patterns of soil bacterial communities at the European scale. 1. Global Soil Biodiversity Initiative Conference (GSBI), Dec 2014, Dijon, France. 703 p., 2014. ⟨hal-02738908⟩
  • Walid Horrigue, Samuel Dequiedt, Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré, Pierre-Alain Maron, Florentin Constancias, et al.. Predictive models of abundance and diversity of soil microbial communities. 1. Global Soil Biodiversity Initiative Conference (GSBI), Dec 2014, Dijon, France. 703 p., 2014. ⟨hal-02738869⟩
  • Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré, Florentin Constancias, Sébastien Terrat, Samuel Dequiedt, Nicolas Saby, et al.. A spatial upscaling strategy to assess soil microbial community assembly and the impact of land-use. 1. Global Soil Biodiversity Initiative Conference (GSBI), Dec 2014, Dijon, France. 703 p., 2014. ⟨hal-02739204⟩
  • Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré, Sébastien Terrat, Samuel Dequiedt, Patrice Wincker, Mélanie Lelievre, et al.. Comparaison de l'arisa et du séquençage haut débit pour l'étude des processus de diversification des communautés microbiennes du sol. 6. ème Colloque de l'Association Francophone d'Ecologie Microbienne (AFEM) "Microbiologie Environnementale : du Gène à l’Ecosystème", Oct 2013, Parent, France. 2013, Microbiologie environnementale : du gène à l'écosystème. ⟨hal-02747780⟩
  • Florentin Constancias, Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré, Samuel Dequiedt, Virginie Nowak, Jean-Philippe Guillemin, et al.. Is there a microbial sub alpha-diversity at soil microscale ?. 4. International Congress Eurosoil 2012-Soil Science for the Benefit of Mankind and Environment, Jul 2012, Bari, Italie. 2012, Is there a microbial sub alpha-diversity at soil microscale?. ⟨hal-02748453⟩
  • Samuel Dequiedt, Mélanie Lelievre, Pierre-Alain Maron, Christophe Mougel, Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré, et al.. Platform GenoSol: a new tool for conserving and exploring soil microbial diversity. 10. Symposium on Bacterial Genetics and Ecology - Coexisting on a Changing Planet (BAGECO 10), Jun 2009, Uppsala, Sweden. 18 p., 2009. ⟨hal-02752945⟩

Books3 documents

Book sections2 documents

  • Barbara Pivato, Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré, Philippe Lemanceau. Microbiome du sol. La métagénomique. Développements et futures applications, Editions Quae, 120 p., 2015, Savoir Faire (Quae), 978-2-7592-2293-3 ISSN : 1952-1251. ⟨hal-02801832⟩
  • Lionel Ranjard, Samuel Dequiedt, Claudy Jolivet, Nicolas Saby, Jean Thioulouse, et al.. Biogeography of soil microbial communities: a review and a description of the ongoing french national initiative. Sustainable Agriculture Volume 2, Springer, pp.857-865, 2011, 978-94-007-0393-3. ⟨10.1007/978-94-007-0394-0_37⟩. ⟨hal-00860770⟩

Directions of work or proceedings1 document

  • Sandrine Petit, Benoit Ricci, Stéphanie Busset, Sandrine Giordana, Claudine Chotel, et al.. Membres du Comité d’Organisation. 7. Journées Françaises de l'Ecologie du Paysage (IALE), Oct 2014, Dijon, France. 2014. ⟨hal-02798762⟩

Other publications1 document

  • Pascal Lienhard, Florent Tivet, André Chabanne, Samuel Dequiedt, Mélanie Lelievre, et al.. Le semis direct sous couverture végétale favorise les microbes du sol. 2012. ⟨hal-02810718⟩

Habilitation à diriger des recherches1 document

  • Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré. Distribution et déterminisme de l'abondance, de la diversité et de la structure des communautés microbiennes à différentes échelles spatiales pour l'appui au développement agricole. Sciences du Vivant [q-bio]. Université de Bourgogne Franche-Comté, 2018. ⟨tel-01872344⟩

Videos1 document

  • Vincent Amouroux, Lionel Ranjard, Pierre-Alain Maron, Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré. Série-Documentaire "Voyage sous nos pieds" partie 1 "L'épiderme de la terre" de Vincent Amouroux et de Joel Leyendecker. 2016. ⟨hal-02801500⟩