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Michel Denis microbial ecologist


Michel DENIS, Dr ès Sciences, directeur de recherche émérite CNRS, Institut Méditerranéen d’Océanologie, Marseille

Physicien de formation, M. Denis a été recruté au CNRS en 1969 pour développer des approches de physique en biologie : étude du transfert d’électrons dans le système respiratoire mitochondrial à l’aide notamment de différentes techniques optiques, potentiométriques et magnétiques. M. Denis a rejoint le Centre d’Océanologie de Marseille (COM) en 1985 pour appliquer ces approches aux microorganismes marins dont les systèmes respiratoires étaient largement inconnus. Son activité a évolué vers l’étude individuelle des microorganismes marins à l’aide de la cytométrie en flux, technique émergente dans le milieu marin à la fin des années 1980. C’est ainsi qu’il a introduit cette approche au COM et formé des étudiants dans cette discipline. En faisant l’acquisition du premier cytomètre en flux submersible et automatisé en 2004,  il a développé avec Melilotus Thyssen, l’observation haute fréquence in situ du phytoplancton dont son groupe est devenu un leader mondial. Parallèlement, avec le concours de Gérald Grégori, il a créé en 2005 une plate-forme régionale de cytométrie pour la microbiologie (PRECYM, labellisée Pôle Mer, https://precym.mio.univ-amu.fr/) pour mettre à disposition des chercheurs du secteur public ou privé et des entreprises (biotechnologie) des outils performants (analyseurs, trieurs, cytomètres automatisés) et le savoir-faire du groupe.

Contact : michel.denis@mio.osupytheas.fr


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  • Philippe Michaud, Mouna Dammak, Bilel Hadrich, Mohamed Barkallah, Faiez Hentati, et al.. Modelling Tetraselmis sp. growth-kinetics and optimizing bioactive-compound production through environmental conditions. Bioresource Technology, Elsevier, 2018, 249, pp.510 - 518. 〈10.1016/j.biortech.2017.10.028〉. 〈hal-01657730〉
  • Yunyan Chen, Xiaoxia Sun, Mingliang Zhu, Shan Zheng, Yongquan Yuan, et al.. Spatial variability of phytoplankton in the Pacific western boundary currents during summer 2014. Marine and Freshwater Research, CSIRO Publishing, 2017, 68 (10), 〈10.1071/MF16297〉. 〈hal-01736983〉
  • Mouna Dammak, Sandra Mareike Haase, Ramzi Miladi, Faten Ben Amor, Mohamed Barkallah, et al.. Enhanced lipid and biomass production by a newly isolated and identified marine microalga. Lipids in Health and Disease, BioMed Central, 2016, 15, 〈10.1186/s12944-016-0375-4〉. 〈hal-01443238〉
  • Amel Dhib, Michel Denis, Aude Barani, Souad Turki, Lotfi Aleya. Ultra- and microplankton assemblages as indicators of trophic status in a Mediterranean lagoon. Ecological Indicators, Elsevier, 2016, 64, pp.59 - 71. 〈http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1470160X15007372〉. 〈10.1016/j.ecolind.2015.12.032〉. 〈hal-01436592〉
  • Melilotus Thyssen, Gérald Grégori, Jean-Michel Grisoni, Maria-Luiza Pedrotti, Laure Mousseau, et al.. Onset of the spring bloom in the northwestern Mediterranean Sea: influence of environmental pulse events on the in situ hourly-scale dynamics of the phytoplankton community structure. Frontiers in Microbiology, Frontiers Media, 2014, 5, pp.387. 〈10.3389/fmicb.2014.00387〉. 〈hal-01321252〉
  • Melilotus Thyssen, Gustavo Ferreyra, Sébastien Moreau, Irene Schloss, Michel Denis, et al.. The combined effect of ultraviolet B radiation and temperature increase on phytoplankton dynamics and cell cycle using pulse shape recording flow cytometry. Journal of Experimental Marine Biology and Ecology, Elsevier, 2011, pp.95;107. 〈10.1016/j.jembe.2011.06.015〉. 〈hal-00744463〉
  • M. A. Van Dijk, Gerald Gregori, Hans L. Hoogveld, Machteld Rijkeboer, Michel Denis, et al.. Erratum: Optimizing the setup of a flow cytometric cell sorter for efficient quantitative sorting of long filaments.. Cytometry Part A, Wiley, 2011, pp.175-176. 〈10.1002/cyto.a.21016〉. 〈hal-00801539〉
  • Nicole Garcia, Michel Denis, Melilotus Thyssen, Beatriz Beker, Dilek Ediger, et al.. Phytoplankton distribution during two contrasted summers in a Mediterranean harbour: combining automated submersible flow cytometry with conventional techniques. Environmental Monitoring and Assessment, Springer Verlag (Germany), 2010, pp.1-16. 〈hal-01663229〉
  • Yann Balouin, Paolo Ciavola, Denis Michel. Support of Subtidal Tracer Studies to Quantify the Complex Morphodynamics of a River Outlet: the Bevano, NE Italy.. Journal of Coastal Research, Coastal Education and Research Foundation, 2006, SI39, pp.602-606. 〈hal-01766357〉
  • Yann Balouin, Hélène Howa, Rodrigo Pedreros, Denis Michel. Longshore sediment movements from tracers and models, Praia de Faro, South Portugal. Journal of Coastal Research, Coastal Education and Research Foundation, 2005, 21 (1), pp.146-156. 〈10.2112/01066.1〉. 〈hal-01766446〉
  • Michel Fiala, B. Delille, Catherine-Marie Dubreuil, E. Kopcynska, Karine Leblanc, et al.. Mesoscale surface distribution of biogeochemical characteristics associated with a frontal system in the Crozet Basin during austral summer 1999.. Marine Ecology Progress Series, Inter-Research, 2003, 249, pp.1-14. 〈10.3354/meps249001〉. 〈hal-00700116〉
  • Michel Denis, Valérie Martin, André Momzikoff, Geneviève Gondry, Lars Stemmann, et al.. Pulsed remineralisation in the northwestern Mediterranean Sea: a hypothesis. Journal of Marine Systems, Elsevier, 2003, 39, pp.19-41. 〈10.1016/S0924-7963(02)00244-0〉. 〈hal-00770806〉
  • Gerald Gregori, A Colosimo, Michel Denis. Phytoplankton group dynamics in the Bay of Marseilles during a 2-year survey based on analytical flow cytometry. Cytometry, Wiley, 2001, 44 (3), pp.247-256. 〈10.1002/1097-0320(20010701)44:3<247::AID-CYTO1117>3.0.CO;2-Z〉. 〈hal-00802074〉
  • I. Anglade, David Mazurais, Véronique Douard, Catherine Le Jossic-Corcos, Evaristo L. Mañanos, et al.. Distribution of glutamic acid decarboxylase mRNA in the forebrain of the rainbow trout as studied by in situ hybridization. Journal of Comparative Neurology, Wiley, 1999, 410 (2), pp.277-289. 〈10.1002/(SICI)1096-9861(19990726)410:2<277::AID-CNE9>3.0.CO;2-V〉. 〈hal-01606157〉