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Michel DENIS

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Présentation

Michel DENIS, Dr ès Sciences, directeur de recherche émérite CNRS, Institut Méditerranéen d’Océanologie, Marseille Physicien de formation, M. Denis a été recruté au CNRS en 1969 pour développer des approches de physique en biologie : étude du transfert d’électrons dans le système respiratoire mitochondrial à l’aide notamment de différentes techniques optiques, potentiométriques et magnétiques. M. Denis a rejoint le Centre d’Océanologie de Marseille (COM) en 1985 pour appliquer ces approches aux microorganismes marins dont les systèmes respiratoires étaient largement inconnus. Son activité a évolué vers l’étude individuelle des microorganismes marins à l’aide de la cytométrie en flux, technique émergente dans le milieu marin à la fin des années 1980. C’est ainsi qu’il a introduit cette approche au COM et formé des étudiants dans cette discipline. En faisant l’acquisition du premier cytomètre en flux submersible et automatisé en 2004, il a développé avec Melilotus Thyssen, l’observation haute fréquence *in situ* du phytoplancton dont son groupe est devenu un leader mondial. Parallèlement, avec le concours de Gérald Grégori, il a créé en 2005 une plate-forme régionale de cytométrie pour la microbiologie (PRECYM, labellisée Pôle Mer, <https://precym.mio.univ-amu.fr/>) pour mettre à disposition des chercheurs du secteur public ou privé et des entreprises (biotechnologie) des outils performants (analyseurs, trieurs, cytomètres automatisés) et le savoir-faire du groupe. Contact : <michel.denis@mio.osupytheas.fr>

Publications

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Role of super-spreader phenomenon in a Covid-19 cluster among healthcare workers in a Primary Care Hospital

Marine Nadal , Ludovic Lassel , Michel Denis , Aude Gibelin , Sandra Fournier
Journal of Infection, 2021, 82 (5), pp.e13 - e15. ⟨10.1016/j.jinf.2021.02.009⟩
Article dans une revue hal-03217833v1
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Daily multidisciplinary COVID-19 meeting: experiences from a French university hospital

Camille Rolland-Debord , Anthony Canellas , Pascaline Choinier , Audrey Milon , Isabelle Debrix
Respiratory Medicine and Research, 2021, 79, pp.100828. ⟨10.1016/j.resmer.2021.100828⟩
Article dans une revue hal-03282320v1

The rôles of plankton and neuston microbial organic matter in climate regulation

Ian Jenkinson , Elisa Berdalet , Wei-Chun Chin , Michel Denis , Haibing Ding
Journal of Plankton Research, 2021, ⟨10.1093/plankt/fbab067⟩
Article dans une revue hal-03457385v1
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Seasonal and Spatial Variation of Pelagic Microbial Food Web Structure in a Semi-Enclosed Temperate Bay

Haibo Li , Xue Chen , Michel Denis , Yuan Zhao , Lingfeng Huang
Frontiers in Marine Science, 2020, 7, ⟨10.3389/fmars.2020.589566⟩
Article dans une revue hal-03016090v1
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Modelling Tetraselmis sp. growth-kinetics and optimizing bioactive-compound production through environmental conditions

Mouna Dammak , Bilel Hadrich , Mohamed Barkallah , Faiez Hentati , Hajer Ben Hlima
Bioresource Technology, 2018, 249, pp.510-518. ⟨10.1016/j.biortech.2017.10.028⟩
Article dans une revue hal-02520703v1
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Resolution of Viable and Membrane-Compromised Free Bacteria in Aquatic Environments by Flow Cytometry

Gérald Grégori , Michel Denis , Sergio Sgorbati , Sandra Citterio
Current Protocols in Cytometry, 2018, 85 (1), pp.e42. ⟨10.1002/cpcy.42⟩
Article dans une revue hal-01836037v1
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Universal versus targeted additional contact precautions for multidrug-resistant organism carriage for patients admitted to an intensive care unit

Michel Djibré , Samuel Fedun , Pierre Le Guen , Sophie Vimont , Mehdi Hafiani
American Journal of Infection Control, 2017, ⟨10.1016/j.ajic.2017.02.001⟩
Article dans une revue hal-01501607v1

Assessing ultraphytoplankton and heterotrophic prokaryote composition by flow cytometry in a Mediterranean lagoon

Amel Dhib , Michel Denis , Boutheina Ziadi , Aude Barani , Souad Turki
Environmental Science and Pollution Research, 2017, pp.1-12. ⟨10.1007/s11356-017-8939-z⟩
Article dans une revue hal-01504969v1

Spatial variability of phytoplankton in the Pacific western boundary currents during summer 2014

Yunyan Chen , Xiaoxia Sun , Mingliang Zhu , Shan Zheng , Yongquan Yuan
Marine and Freshwater Research, 2017, 68 (10), ⟨10.1071/MF16297⟩
Article dans une revue hal-01736983v1
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Clostridium difficile bacteremia: report of two cases in French hospitals and comprehensive review of the literature

Mouna Doufair , Catherine Eckert , Laurence Drieux , Come Amani-Moibeni , Liliane Bodin
Article dans une revue hal-01502157v1

Microbial composition and ecological features of phototrophic biofilms proliferating in the Moidons Caves (France): investigation at the single-cell level

Fabien Borderie , Michel Denis , Aude Barani , Badr Alaoui-Sossé , Lotfi Aleya
Environmental Science and Pollution Research, 2016, 23 (12), pp.12039-12049. ⟨10.1007/s11356-016-6414-x⟩
Article dans une revue hal-03066683v1

Ultra- and microplankton assemblages as indicators of trophic status in a Mediterranean lagoon

Amel Dhib , Michel Denis , Aude Barani , Souad Turki , Lotfi Aleya
Ecological Indicators, 2016, 64, pp.59 - 71. ⟨10.1016/j.ecolind.2015.12.032⟩
Article dans une revue hal-01436592v1
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Enhanced lipid and biomass production by a newly isolated and identified marine microalga

Mouna Dammak , Sandra Mareike Haase , Ramzi Miladi , Faten Ben Amor , Mohamed Barkallah
Lipids in Health and Disease, 2016, 15, ⟨10.1186/s12944-016-0375-4⟩
Article dans une revue hal-01443238v1

The characterisation and summer distribution of ultraphytoplankton in the Gulf of Gabes (Eastern Mediterranean Sea, Tunisia) by using flow cytometry

I. Hamdi , Michel Denis , A. Bellaaj-Zouari , H. Khemakhem , M. Bel Hassen
Continental Shelf Research, 2015, 93, pp.27-38. ⟨10.1016/j.csr.2014.10.002⟩
Article dans une revue hal-01436533v1

Spatial and seasonal variability of pico-, nano- and microphytoplankton at the bottom seawater in the north coast of Sfax, Eastern Mediterranean Sea

Amira Rekik , Michel Denis , Sami Maalej , Habib Ayadi
Environmental Science and Pollution Research, 2015, 22 (20), pp.15961-15975. ⟨10.1007/s11356-015-4811-1⟩
Article dans une revue hal-01436527v1
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Onset of the spring bloom in the northwestern Mediterranean Sea: influence of environmental pulse events on the in situ hourly-scale dynamics of the phytoplankton community structure

Melilotus Thyssen , Gérald Grégori , Jean-Michel Grisoni , Maria-Luiza Pedrotti , Laure Mousseau
Frontiers in Microbiology, 2014, 5, pp.387. ⟨10.3389/fmicb.2014.00387⟩
Article dans une revue hal-01321252v1

Exploration of architectural spaces by blind people using auditory virtual reality for the construction of spatial knowledge

Lorenzo Picinali , Amandine Afonso Jaco , Michel Denis , Brian F. G. Katz
International Journal of Human-Computer Studies, 2014, 72 (4), pp.393 - 407. ⟨10.1016/j.ijhcs.2013.12.008⟩
Article dans une revue hal-01780491v1

Seasonal distribution of ultraphytoplankton and heterotrophic prokaryotes in relation to abiotic variables on the north coast of Sfax after restoration

Amira Rekik , Michel Denis , Mathilde Dugenne , Aude Barani , Sami Maalej
Marine Pollution Bulletin, 2014, 84 (1-2), pp.280-305. ⟨10.1016/j.marpolbul.2014.05.003⟩
Article dans une revue hal-01436552v1
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Accompagner le changement en agriculture : du non labour à l’agriculture de conservation

Stephane de Tourdonnet , Hélène Brives , Michel Denis , Bertrand Omon , Frédéric Thomas
Agronomie, Environnement & Sociétés, 2013, 3 (2), pp.19-27
Article dans une revue hal-02649271v1

Spring plankton community structure and distribution in the north and south coasts of Sfax (Tunisia) after north coast restoration

Amira Rekik , Michel Denis , Lotfi Aleya , Sami Maalej , Habib Ayadi
Marine Pollution Bulletin, 2013, 67 (1-2), pp.82-93. ⟨10.1016/j.marpolbul.2012.11.029⟩
Article dans une revue hal-01103485v1

Navigation and space perception assistance for the visually impaired: The NAVIG project

Slim Kammoun , Gaétan Parseihian , Olivier Gutierrez , Adrien Brilhault , Antonio Serpa
Innovation and Research in BioMedical engineering, 2012, 33 (2), pp.182-189
Article dans une revue hal-00688100v1

Possible bloom of free trichomes in the Bay of Marseille, NW Mediterranean Sea: an anomaly evidenced by flow cytometry

Li Zhao , Michel Denis , Aude Barani , Beatriz Beker , Claude Manté
Journal of Plankton Research, 2012, 34 (8), pp.711-718
Article dans une revue hal-00749091v1

Possible bloom of free trichomes in the Bay of Marseille, NW Mediterranean Sea: an anomaly evidenced by flow cytometry

Li Zhao , Michel Denis , Aude Barani , Beatriz Beker , Claude Manté
Journal of Plankton Research, 2012, 34 (8), pp.711-718. ⟨10.1093/plankt/fbs038⟩
Article dans une revue hal-00721512v1

NAVIG: augmented reality guidance system for the visually impaired

Brian F. G. Katz , Slim Kammoun , Gaétan Parseihian , Olivier Gutierrez , Adrien Brilhault
Virtual Reality, 2012, 16 (4), pp.253-269
Article dans une revue hal-00756714v1

Erratum: Optimizing the setup of a flow cytometric cell sorter for efficient quantitative sorting of long filaments.

M. A. van Dijk , Gérald Grégori , Hans L. Hoogveld , Machteld Rijkeboer , Michel Denis
Cytometry Part A, 2011, pp.175-176. ⟨10.1002/cyto.a.21016⟩
Article dans une revue hal-00801539v1
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Characterization of heterotrophic prokaryote subgroups in the Sfax coastal solar salterns by combining flow cytometry cell sorting and phylogenetic analysis

Hana Trigui , Salma Masmoudi , Céline Brochier-Armanet , Aude Barani , Gérald Grégori
Extremophiles, 2011, 15, pp.347-358. ⟨10.1007/s00792-011-0364-5⟩
Article dans une revue hal-00598296v1

The combined effect of ultraviolet B radiation and temperature increase on phytoplankton dynamics and cell cycle using pulse shape recording flow cytometry

Melilotus Thyssen , Gustavo Ferreyra , Sébastien Moreau , Irene Schloss , Michel Denis
Journal of Experimental Marine Biology and Ecology, 2011, pp.95;107. ⟨10.1016/j.jembe.2011.06.015⟩
Article dans une revue hal-00744463v1
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Ultraphytoplankton basin-scale distribution in the eastern Mediterranean Sea in winter : link to hydrodynamism and nutrients

Michel Denis , Melilotus Thyssen , V. Martin , B. Manca , F. Vidussi
Biogeosciences, 2010, 7 (7), pp.2227-2244. ⟨10.5194/bg-7-2227-2010⟩
Article dans une revue hal-00514544v1

Inactivation of the gene katA or sodA affects the transient entry into the viable but non-culturable response of Staphylococcus aureus in natural seawater at low temperature

Salma Masmoudi , Michel Denis , Sami Maalej
Marine Pollution Bulletin, 2010, 60, pp.2209-2214. ⟨10.1016/j.marpolbul.2010.08.017⟩
Article dans une revue hal-00591466v1

Optimizing the Setup of a Flow Cytometric Cell Sorter for Efficient Quantitative Sorting of Long Filamentous Cyanobacteria

M. A. van Dijk , Gérald Grégori , Hans L. Hoogveld , Machteld Rijkeboer , Michel Denis
Cytometry Part A, 2010, 77A, pp.911-924. ⟨10.1002/cyto.a.20946⟩
Article dans une revue hal-00591647v1

Phytoplankton distribution during two contrasted summers in a Mediterranean harbour: combining automated submersible flow cytometry with conventional techniques

Melilotus Thyssen , Nicole Garcia , Michel Denis , Beatriz Beker , Dilek Ediger
Environmental Monitoring and Assessment, 2010, pp.1-16
Article dans une revue hal-01663229v1

Structural properties of spatial representations in blind people: Scanning images constructed from haptic exploration or from locomotion in a 3-D audio virtual environment

Amandine Afonso Jaco , Alan Blum , Brian F.G. Katz , Philippe Tarroux , Gregoire Borst
Memory and Cognition, 2010, 38 (5), pp.591 - 604. ⟨10.3758/MC.38.5.591⟩
Article dans une revue hal-01780521v1

Short-term vaiation of phytoplankton assemblages in Mediterranean coastal waters recorded with an automated submerged flow cytometer

Melilotus Thyssen , Delphine Mathieu , Nicole Garcia , Michel Denis
Journal of Plankton Research, 2009, 30 (9), pp.1027-1040. ⟨10.1093/plankt/fbn054⟩
Article dans une revue hal-00363507v1

Heterotrophic nanoflagellate and ciliate bacterivorous activity and growth in the northeast Atlantic Ocean : a seasonal mesoscale study

Hera Karayanni , Urania Christaki , France van Wambeke , Melilotus Thyssen , Michel Denis
Aquatic Microbial Ecology, 2008, 51, pp.169-181. ⟨10.3354/ame01181⟩
Article dans une revue hal-00290748v1

The emergence of automated high-frequency flow cytometry: revealing temporal and spatial phytoplankton variability

Melilotus Thyssen , Glen A. Tarran , Mikhail V. Zubkov , Ross J. Holland , Gérald Grégori
Journal of Plankton Research, 2008, 30, pp.333-343. ⟨10.1093/plankt/fbn005⟩
Article dans une revue hal-00691254v1

Microbial community structure along 18°W (39°N–44.5°N) in the NE Atlantic in late summer 2001 (POMME programme)

Camila Fernandez , Melilotus Thyssen , Michel Denis
Journal of Marine Systems, 2008, 71 (1-2), pp.46 - 62. ⟨10.1016/j.jmarsys.2007.06.003⟩
Article dans une revue hal-01886950v1

La Bretagne, une construction.

Alain Croix , Michel Denis
Bretagne[s] Bretons d'aujourd'hui et de demain, 2007, 6, pp.6-11
Article dans une revue hal-00472430v1

Support of Subtidal Tracer Studies to Quantify the Complex Morphodynamics of a River Outlet: the Bevano, NE Italy.

Yann Balouin , Paolo Ciavola , Michel Denis
Journal of Coastal Research, 2006, SI39, pp.602-606
Article dans une revue hal-01766357v1

The bactericidal effect of TiO2 photocatalysis involves adsorption onto catalyst and the loss of membrane integrity

Gaetan Gogniat , Melilotus Thyssen , Michel Denis , Cesar Pulgarin , Sam Dukan
FEMS Microbiology Letters, 2006, 258, pp.18-24
Article dans une revue hal-00092800v1

Comparing distances in mental images constructed from visual experience or verbal descriptions: The impact of survey versus route perspective

Patrick Peruch , Vanessa Chabanne , Marie-Pascale Nesa , Catherine Thinus-Blanc , Michel Denis
Quarterly Journal of Experimental Psychology, 2006, 59 (11), pp.1950-1967. ⟨10.1080/17470210500539408⟩
Article dans une revue hal-01440647v1

Relationship among Several Key Cell Cycle Events in the Developmental Cyanobacterium Anabaena sp. Strain PCC 7120

Samer Sakr , Melilotus Thyssen , Michel Denis , Cheng-Cai Zhang
Journal of Bacteriology, 2006, 188/16, pp.5958-5965
Article dans une revue hal-00092841v1

Different cognitive processes in two image-scanning paradigms

Grégoire Borst , Stephen M. Kosslyn , Michel Denis
Memory and Cognition, 2006, 34 (3), pp.475-490. ⟨10.3758/BF03193572⟩
Article dans une revue hal-02924603v1

Longshore sediment movements from tracers and models, Praia de Faro, South Portugal

Yann Balouin , Hélène Howa , Rodrigo Pedreros , Michel Denis
Journal of Coastal Research, 2005, 21 (1), pp.146-156. ⟨10.2112/01066.1⟩
Article dans une revue hal-01766446v1
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Spatial distribution of heterotrophic bacteria in the northeast Atlantic (POMME study area) during spring 2001

Melilotus Thyssen , Dominique Lefèvre , Guy Caniaux , Josephine Ras , Camila I. Fernandez
Journal of Geophysical Research, 2005, 110, pp.C07S16-16. ⟨10.1029/2004JC002670⟩
Article dans une revue hal-00092675v1
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Microbial community production, respiration and structure of the microbial food web of an ecosystem in the northeastern Atlantic Ocean

Anne Maixandeau , Dominique Lefèvre , Hera Karayanni , Urania Christaki , France van Wambeke
Journal of Geophysical Research. Oceans, 2005, 110 (C7), pp.C07S17. ⟨10.1029/2004JC002694⟩
Article dans une revue hal-00092669v1
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Influence of ciliated protozoa and heterotrophic nanoflagellates on the fate of primary production in NE Atlantic Ocean.

Hera Karayanni , Urania Christaki , France van Wambeke , Michel Denis , Thierry Moutin
Journal of Geophysical Research. Oceans, 2005, 110 (C07S15), pp.7 - 15. ⟨10.1029/2004JC002602⟩
Article dans une revue hal-01780276v1

Retinotopic organization of visual mental images as revealed by functional magnetic resonance imaging.

Isabelle Klein , Jessica Dubois , Jean-François Mangin , Ferath Kherif , Guillaume Flandin
Cognitive Brain Research, 2004, 22 (1), pp.26-31. ⟨10.1016/j.cogbrainres.2004.07.006⟩
Article dans une revue hal-00349680v1
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Response of coccolithophorid Emiliania huxleyi to elevated partial pressure of CO2 under nitrogen limitation

A. Sciandra , Jérome Harlay , Dominique Lefèvre , Rodolphe Lemée , Peguy Rimmelin
Marine Ecology Progress Series, 2003, 261 (4), pp.111 - 122. ⟨10.3354/meps261111⟩
Article dans une revue hal-01893858v1

Pulsed remineralisation in the northwestern Mediterranean Sea: a hypothesis

Michel Denis , Valérie Martin , André Momzikoff , Geneviève Gondry , Lars Stemmann
Journal of Marine Systems, 2003, 39, pp.19-41. ⟨10.1016/S0924-7963(02)00244-0⟩
Article dans une revue hal-00770806v1
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Mesoscale surface distribution of biogeochemical characteristics associated with a frontal system in the Crozet Basin during austral summer 1999.

Michel Fiala , B. Delille , Catherine-Marie Dubreuil , E. Kopcynska , Karine Leblanc
Marine Ecology Progress Series, 2003, 249, pp.1-14. ⟨10.3354/meps249001⟩
Article dans une revue hal-00700116v1

Chemical limitations on phytoplankton growth in the Crozet Basin, Subantarctic Southern Ocean.

Peter Sedwick , Stéphane Blain , Bernard Queguiner , Brian Griffiths , Michel Fiala
Deep Sea Research, 2002, 49 (16), pp.3327-3349
Article dans une revue hal-00480622v1

Phytoplankton group dynamics in the Bay of Marseilles during a 2-year survey based on analytical flow cytometry

Gérald Grégori , A Colosimo , Michel Denis
Article dans une revue hal-00802074v1

Swash platform morphology in the ebb-tidal delta of the Barra Nova inlet, South Portugal

Yann Balouin , Hélène Howa , Michel Denis
Journal of Coastal Research, 2001, 17 (4), pp.784-791
Article dans une revue hal-01766512v1

A biogeochemical study of the island mass effect in the context of the iron hypothesis: Kerguelen Islands, Southern Ocean

Stéphane Blain , Paul Tréguer , Sauveur Belviso , Eva Bucciarelli , Michel Denis
Deep Sea Research, 2001, 48, pp.163-187. ⟨10.1016/S0967-0637(00)00047-9⟩
Article dans une revue hal-00481371v1

Distribution of glutamic acid decarboxylase mRNA in the forebrain of the rainbow trout as studied by in situ hybridization

I. Anglade , David Mazurais , Véronique Douard , Catherine Le Jossic-Corcos , Evaristo L. Mañanos
Journal of Comparative Neurology, 1999, 410 (2), pp.277-289. ⟨10.1002/(SICI)1096-9861(19990726)410:2<277::AID-CNE9>3.0.CO;2-V⟩
Article dans une revue hal-01606157v1
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Growth-compensating phenomena in continuous cultures of Dunaliella tertiolecta limited simultaneously by light and nitrate

Antoine Sciandra , Jacques Gostan , Yves Collos , Chantal Descolas-Gros , Christophe Leboulanger
Limnology and Oceanography, 1997, 42 (6), pp.1325 - 1339. ⟨10.4319/lo.1997.42.6.1325⟩
Article dans une revue hal-01893902v1

Histoire de Rennes

Gauthier Aubert , Alain Croix , Michel Denis
Apogée ; Presses universitaires de Rennes, pp.295, 2006
Ouvrages halshs-00420341v1
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Entre fidélité et modernité : l'Université Rennes 2 Haute-Bretagne : 25e anniversaire, 1969-1994

Michel Denis
Presses universitaires de Rennes, 241 p.-XVI p. de pl., 1994, 2-86847-115-3
Ouvrages hal-02304213v1

Région.

Jean-Christophe Cassard , Michel Denis
Cassard, J-C ; Croix A. ; Le Quéau J-R. ; Veillard J-Y. Dictionnaire sur l'histoire de Bretagne., Skol Vreizh, pp.638, 2008
Chapitre d'ouvrage hal-00465323v1

Territoire.

Alain Croix , Michel Denis
Cassard, J-C ; Croix A. ; Le Quéau J-R. ; Veillard J-Y. Dictionnaire sur l'histoire de Bretagne., Skol Vreizh, pp.725, 2008
Chapitre d'ouvrage hal-00465408v1

La création de l'ISSTO en 1981

Michel Denis , Michel Duthoit
Quelle démocratie sociale dans le monde du travail ?, Presses Universitaires de Rennes, 218 p., 2003, 9782868477750
Chapitre d'ouvrage hal-02408201v1

Identifying and simulating cognitive strategies for the description of spatial networks

Michel Denis , Frédérique Robin , Abdellatif Laroui , Michael Zock
R. Kulhavy and Wolfgang Schnotz. Comprehension of graphics, North Holland, pp.77-94, 1992
Chapitre d'ouvrage hal-01479985v1