Maude Pupin

Documents

Identifiants chercheurs

maude-pupin
ResearcherId : I-7437-2015
0000-0003-3197-0715
Google Scholar : https://scholar.google.fr/citations?user=2MNQbZUAAAAJ&hl=fr&oi=ao
IdRef : 165990805

Présentation

Publications

	Kawal: A fermented food as a source of Bacillus strain producing antimicrobial peptides Blaise Waongo , Maude Pupin , Matthieu Duban , Gabrielle Chataigne , Oumarou Zongo Scientific African, 2023, 20, pp.e01714. ⟨10.1016/j.sciaf.2023.e01714⟩ Article dans une revue hal-04426241v1
	Turbo prediction: a new approach for bioactivity prediction Ammar Abdo , Maude Pupin Journal of Computer-Aided Molecular Design, 2022, 36 (1), pp.77-85. ⟨10.1007/s10822-021-00440-3⟩ Article dans une revue hal-03833232v1
	LINGO-DL: a text-based approach for molecular similarity searching Maude Pupin , Ammar Abdo Journal of Computer-Aided Molecular Design, 2021, 35 (5), pp.657-665. ⟨10.1007/s10822-021-00383-9⟩ Article dans une revue hal-03461046v1
	Monomer structure fingerprints: an extension of the monomer composition version for peptide databases Ammar Abdo , Eissa Ghaleb , Naser Alajmi , Maude Pupin Journal of Computer-Aided Molecular Design, 2020, 34 (11), pp.1147-1156. ⟨10.1007/s10822-020-00336-8⟩ Article dans une revue hal-03081813v1
	Automatic Annotation and Dereplication of Tandem Mass Spectra of Peptidic Natural Products Emma Ricart , Maude Pupin , Markus Müller , Frédérique Lisacek Analytical Chemistry, 2020, 92 (24), pp.15862-15871. ⟨10.1021/acs.analchem.0c03208⟩ Article dans une revue hal-03082142v1
	Palantir: a springboard for the analysis of secondary metabolite gene clusters in large-scale genome mining projects Loïc Meunier , Pierre Tocquin , Luc Cornet , Damien Sirjacobs , Valérie Leclère Bioinformatics, 2020, 36 (15), pp.4345-4347. ⟨10.1093/bioinformatics/btaa517⟩ Article dans une revue hal-03081849v1
	Kendrick Mass Defect Approach Combined to NORINE Database for Molecular Formula Assignment of Nonribosomal Peptides Mickael Chevalier , Emma Ricart , Emeline Hanozin , Maude Pupin , Philippe Jacques Journal of The American Society for Mass Spectrometry, 2019, 30 (12), pp.2608-2616. ⟨10.1007/s13361-019-02314-3⟩ Article dans une revue hal-02417587v1
	rBAN: retro-biosynthetic analysis of nonribosomal peptides Emma Ricart , Valérie Leclère , Areski Flissi , Markus Mueller , Maude Pupin Journal of Cheminformatics, 2019, 11 (1), pp.1-14. ⟨10.1186/s13321-019-0335-x⟩ Article dans une revue hal-02167433v1
	Norine: update of the nonribosomal peptide resource Areski Flissi , Emma Ricart , Clémentine Campart , Mickael Chevalier , Yoann Dufresne Nucleic Acids Research, 2019, ⟨10.1093/nar/gkz1000⟩ Article dans une revue hal-02376009v1
	Bioinformatics tools for the discovery of new lipopeptides with biocontrol applications Maude Pupin , Areski Flissi , Philippe Jacques , Valérie Leclère European Journal of Plant Pathology, 2018, ⟨10.1007/s10658-018-1544-2⟩ Article dans une revue hal-01937890v1
	Nonribosomal peptides and polyketides of Burkholderia: new compounds potentially implicated in biocontrol and pharmaceuticals Qassim Esmaeel , Maude Pupin , Philippe Jacques , Valérie Leclère Environmental Science and Pollution Research, 2017, 25 (30), ⟨10.1007/s11356-017-9166-3⟩ Article dans une revue hal-02737697v1
	Nonribosomal peptides and polyketides of Burkholderia: new compounds potentially implicated in biocontrol and pharmaceuticals Qassim Esmaeel , Maude Pupin , Philippe Jacques , Valérie Leclère Environmental Science and Pollution Research, 2017, ⟨10.1007/s11356-017-9166-3⟩ Article dans une revue hal-01548616v1
	Burkholderia genome mining for nonribosomal peptide synthetases reveals a great potential for novel siderophores and lipopeptides synthesis Qassim Esmaeel , Maude Pupin , Nam Phuong Kieu , Gabrielle Chataigné , Max Béchet MicrobiologyOpen, 2016, 5 (3), pp.512 - 526. ⟨10.1002/mbo3.347⟩ Article dans une revue hal-01398944v1
	Norine, the knowledgebase dedicated to non-ribosomal peptides, is now open to crowdsourcing Areski Flissi , Yoann Dufresne , Juraj Michalik , Laurie Tonon , Stéphane Janot Nucleic Acids Research, 2015, ⟨10.1093/nar/gkv1143⟩ Article dans une revue hal-01235996v1
	Smiles2Monomers: a link between chemical and biological structures for polymers Yoann Dufresne , Laurent Noé , Valérie Leclère , Maude Pupin Journal of Cheminformatics, 2015, 7, ⟨10.1186/s13321-015-0111-5⟩ Article dans une revue hal-01250619v1
	Norine: a powerful resource for novel nonribosomal peptide discovery Maude Pupin , Qassim Esmaeel , Areski Flissi , Yoann Dufresne , Philippe Jacques Synthetic and Systems Biotechnology, 2015, ⟨10.1016/j.synbio.2015.11.001⟩ Article dans une revue hal-01250614v1
	Prediction of New Bioactive Molecules using a Bayesian Belief Network Ammar Abdo , Valérie Leclère , Philippe Jacques , Naomie Salim , Maude Pupin Journal of Chemical Information and Modeling, 2014, 54 (1), pp.30-36. ⟨10.1021/ci4004909⟩ Article dans une revue hal-01090611v1
	Prediction of Monomer Isomery in Florine: A Workflow Dedicated to Nonribosomal Peptide Discovery Thibault Caradec , Maude Pupin , Aurélien Vanvlassenbroeck , Marie-Dominique Devignes , Malika Smaïl-Tabbone PLoS ONE, 2014, 9 (1), pp.e85667. ⟨10.1371/journal.pone.0085667⟩ Article dans une revue hal-01090619v1
	Structure, biosynthesis, and properties of kurstakins, nonribosomal lipopeptides from Bacillus spp. Max Béchet , Thibault Caradec , Walaa Hussein , Ahmed Abderrahmani , Marlène Chollet Applied Microbiology and Biotechnology, 2012, 95 (3), pp.593-600. ⟨10.1007/s00253-012-4181-2⟩ Article dans une revue hal-00749819v1
	A new fingerprint to predict nonribosomal peptides activity. Ammar Hasan Abdo , Ségolène Caboche , Valérie Leclère , Philippe Jacques , Maude Pupin Journal of Computer-Aided Molecular Design, 2012, 26 (10), pp.1187-94. ⟨10.1007/s10822-012-9608-4⟩ Article dans une revue hal-00750002v1
	Diversity of monomers in nonribosomal peptides: towards the prediction of origin and biological activity. Ségolène Caboche , Valérie Leclère , Maude Pupin , Gregory Kucherov , Philippe Jacques Journal of Bacteriology, 2010, 192 (19), pp.5143-50. ⟨10.1128/JB.00315-10⟩ Article dans une revue hal-00641488v1
	Des peptides à explorer Maude Pupin Interstices, 2010 Article dans une revue hal-01350197v1
	Structural pattern matching of nonribosomal peptides. Ségolène Caboche , Maude Pupin , Valérie Leclère , Philippe Jacques , Gregory Kucherov BMC Structural Biology, 2009, 9 (15), ⟨10.1186/1472-6807-9-15⟩ Article dans une revue hal-00641486v1
	NORINE: a database of nonribosomal peptides. Ségolène Caboche , Maude Pupin , Valérie Leclère , Arnaud Fontaine , Philippe Jacques Nucleic Acids Research, 2008, Database issue, 36 (Database issue), pp.D326-31. ⟨10.1093/nar/gkm792⟩ Article dans une revue inria-00281012v1
	Comparing sequences without using alignments: application to HIV/SIV subtyping Gilles Didier , Laurent Debomy , Maude Pupin , Ming Zhang , Alexander Grossmann BMC Bioinformatics, 2007, 8 (1), ⟨10.1186/1471-2105-8-1⟩ Article dans une revue inria-00289069v1
	Local Decoding of Sequences and Alignment-Free Comparison Gilles Didier , Ivan Laprevotte , Maude Pupin , Alain Hénaut Journal of Computational Biology, 2006, 13 (8), pp.1465-1476. ⟨10.1089/cmb.2006.13.1465⟩ Article dans une revue inria-00289089v1

	Bioinformatics tools to analyse non-ribosomal peptides and other metabolites Maude Pupin Symposium Natural Products (Meta)Genome Mining, Novo Nordisk Foundation Science Cluster, May 2022, Copenhagen, Denmark Communication dans un congrès hal-04525952v1
	Stage d’observation de troisième : “Wi Code, Wi Build” Laure Bolka-Tabary , Maude Pupin , Yann Secq DIDAPRO 8 – DIDASTIC L’informatique, objets d’enseignements – enjeux épistémologiques, didactiques et de formation, Feb 2020, Lille, France Communication dans un congrès hal-03081192v1
	Les filles qui… et L Codent L Créent : constituer un bien commun de médiation en informatique Pascale Gautron , Cécile Plaud , Maude Pupin , Vincent Ribaud , Yann Secq Ludovia#CH - Université de printemps, Apr 2020, Yverdon-les-bains, Suisse Communication dans un congrès hal-02911731v1
	Challenge of nonribosomal peptide (NRP) identification: Kendrick mass defect for molecular formula assignment of NRPs. Mickaël Chevalier , Emma Ricart , Emeline Hanozin , S Matthijs , Maude Pupin 14th International IUPAC Congress, May 2019, Ghent, Belgium Communication dans un congrès hal-04547602v1
	L codent, L créent: créations numériques artistiques pour démystifier l'informatique... au féminin! (descriptif d’atelier) Philippe Marquet , Maude Pupin , Yann Secq Didapro 7 – DidaSTIC. De 0 à 1 ou l’heure de l’informatique à l’école, Feb 2018, Lausanne, Suisse. pp.1-2 Communication dans un congrès hal-01753402v1
	How to make teenage girls love coding ? Tatiana Rocher , Maude Pupin , Philippe Marquet , Yann Secq womENcourage2017 - 4th ACM Europe Celebration of Women in Computing, ACM, Sep 2017, Barcelona, Spain Communication dans un congrès hal-01552490v1
	How to make teenage girls love coding using Python and the visual arts orienting language Processing ? Maude Pupin , Philippe Marquet , Yann Secq PyParis2017, Systematic Paris Region, Jun 2017, Paris, La Défense, France Communication dans un congrès hal-01552487v1
	Non Ribosomal Peptides : A monomeric puzzle Yoann Dufresne , Valérie Leclère , Philippe Jacques , Laurent Noé , Maude Pupin JOBIM - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2013, Toulouse, France. pp.143-150 Communication dans un congrès hal-00843827v1
	NRPS toolbox for the discovery of new nonribosomal peptides and synthetases Maude Pupin , Malika Smaïl-Tabbone , Philippe Jacques , Marie-Dominique Devignes , Valérie Leclère Journées Ouvertes en Biologie, l'Informatique et les Mathématiques - JOBIM 2012, Jul 2012, Rennes, France. pp.89-93 Communication dans un congrès hal-00734312v1

	Genome mining for screening and characterization of new lipopeptides with biocontrol applications. Matthieu Duban , Maude Pupin , Areski Flissi , L. Couderc , Hélène Touzet 14emes rencontres plantes-bactéries, Jan 2020, Aussois, France Poster de conférence hal-04547627v1
	Data updates on Norine, the reference Non-Ribosomal Peptide knowledge base Yoann Dufresne , Juraj Michalik , Areski Flissi , Valérie Leclère , Maude Pupin JOBIM 2017 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2017, Lille, France Poster de conférence hal-01889117v1
	Norine, Florine, s2m : powerful bioinformatics resource and tools for the discovery of novel nonribosomal peptides, natural metabolites with versatile activities Qassim Esmaeel , Yoann Dufresne , Areski Flissi , Maude Pupin , Philippe Jacques FEMS 2017 - 7th congress of Federation of European Microbiology societies, Jul 2017, Valencia, Spain Poster de conférence hal-01888999v1

	Bioinformatics Tools for the Discovery of New Nonribosomal Peptides Valérie Leclère , Tilmann Weber , Philippe Jacques , Maude Pupin Bradley S. Evans. Nonribosomal Peptide and Polyketide Biosynthesis, 1401, Humana Press, pp.209-232, 2016, Methods in Molecular Biology, 978-1-4939-3373-0 978-1-4939-3375-4. ⟨10.1007/978-1-4939-3375-4_14⟩ Chapitre d'ouvrage hal-01398960v1

	Modèles bio-informatiques pour les peptides non-ribosomiques et leurs synthétases Maude Pupin Bio-informatique [q-bio.QM]. Université des Sciences et Technologie de Lille - Lille I, 2013 HDR tel-00918918v1

	Informatique - Support d'enseignement 1re année de licence, Univ. Lille Philippe Marquet , Maude Pupin Licence. Informatique, Université de Lille, Villeneuve d'Ascq, France. 2022, pp.211 Cours hal-04131704v1

Maude Pupin

Présentation

Publications

Kawal: A fermented food as a source of Bacillus strain producing antimicrobial peptides

Turbo prediction: a new approach for bioactivity prediction

LINGO-DL: a text-based approach for molecular similarity searching

Monomer structure fingerprints: an extension of the monomer composition version for peptide databases

Automatic Annotation and Dereplication of Tandem Mass Spectra of Peptidic Natural Products

Palantir: a springboard for the analysis of secondary metabolite gene clusters in large-scale genome mining projects

Kendrick Mass Defect Approach Combined to NORINE Database for Molecular Formula Assignment of Nonribosomal Peptides

rBAN: retro-biosynthetic analysis of nonribosomal peptides

Norine: update of the nonribosomal peptide resource

Bioinformatics tools for the discovery of new lipopeptides with biocontrol applications

Nonribosomal peptides and polyketides of Burkholderia: new compounds potentially implicated in biocontrol and pharmaceuticals

Nonribosomal peptides and polyketides of Burkholderia: new compounds potentially implicated in biocontrol and pharmaceuticals

Burkholderia genome mining for nonribosomal peptide synthetases reveals a great potential for novel siderophores and lipopeptides synthesis

Norine, the knowledgebase dedicated to non-ribosomal peptides, is now open to crowdsourcing

Smiles2Monomers: a link between chemical and biological structures for polymers

Norine: a powerful resource for novel nonribosomal peptide discovery

Prediction of New Bioactive Molecules using a Bayesian Belief Network

Prediction of Monomer Isomery in Florine: A Workflow Dedicated to Nonribosomal Peptide Discovery

Structure, biosynthesis, and properties of kurstakins, nonribosomal lipopeptides from Bacillus spp.

A new fingerprint to predict nonribosomal peptides activity.

Diversity of monomers in nonribosomal peptides: towards the prediction of origin and biological activity.

Des peptides à explorer

Structural pattern matching of nonribosomal peptides.

NORINE: a database of nonribosomal peptides.

Comparing sequences without using alignments: application to HIV/SIV subtyping

Local Decoding of Sequences and Alignment-Free Comparison

Bioinformatics tools to analyse non-ribosomal peptides and other metabolites

Stage d’observation de troisième : “Wi Code, Wi Build”

Les filles qui… et L Codent L Créent : constituer un bien commun de médiation en informatique

Challenge of nonribosomal peptide (NRP) identification: Kendrick mass defect for molecular formula assignment of NRPs.

L codent, L créent: créations numériques artistiques pour démystifier l'informatique... au féminin! (descriptif d’atelier)

How to make teenage girls love coding ?

How to make teenage girls love coding using Python and the visual arts orienting language Processing ?

Non Ribosomal Peptides : A monomeric puzzle

NRPS toolbox for the discovery of new nonribosomal peptides and synthetases

Genome mining for screening and characterization of new lipopeptides with biocontrol applications.

Data updates on Norine, the reference Non-Ribosomal Peptide knowledge base

Norine, Florine, s2m : powerful bioinformatics resource and tools for the discovery of novel nonribosomal peptides, natural metabolites with versatile activities

Bioinformatics Tools for the Discovery of New Nonribosomal Peptides

Modèles bio-informatiques pour les peptides non-ribosomiques et leurs synthétases

Informatique - Support d'enseignement 1re année de licence, Univ. Lille