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From Molecular Dynamics to Supramolecular Organization: The Role of PIM Lipids in the Originality of the Mycobacterial Plasma Membrane

 Chelsea Brown , Robin Corey , Ya Gao , Yeol Kyo Choi , Martine Gilleron , et al.
2022
Pré-publication, Document de travail hal-03818971v1
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Molecular Graphics: Bridging Structural Biologists and Computer Scientists

 Xavier Martinez , Michael Krone , Naif Alharbi , Alexander Rose , Robert Laramee , et al.
Structure, 2019, 27 (11), pp.1617-1623. ⟨10.1016/j.str.2019.09.001⟩
Article dans une revue hal-02370947v1

GPU-powered tools boost molecular visualization.

 Matthieu Chavent , Bruno Lévy , Michael Krone , Katrin Bidmon , Jean-Philippe Nominé , et al.
Briefings in Bioinformatics, 2011, 12 (6), pp.689-701. ⟨10.1093/bib/bbq089⟩
Article dans une revue hal-00645161v1
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Molecular Visualization of Computational Biology Data: A Survey of Surveys

 Naif Alharbi , Mohammed Alharbi , Xavier Martinez , Michael Krone , Alexander S. Rose , et al.
EuroVis 2017 - Short Papers, Jun 2017, Barcelone, Spain. ⟨10.2312/eurovisshort.20171146⟩
Communication dans un congrès hal-01644549v1
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Vers une nouvelle stratégie pour l'assemblage interactif de macromolécules

 Matthieu Chavent
Autre. Université Henri Poincaré - Nancy 1, 2009. Français. ⟨NNT : 2009NAN10111⟩
Thèse tel-01748503v2

GPU-accelerated atom and dynamic bond visualization using hyperballs: a unified algorithm for balls, sticks, and hyperboloids.

 Matthieu Chavent , Antoine Vanel , Alex Tek , Bruno Levy , Sophie Robert , et al.
Journal of Computational Chemistry, 2011, 32 (13), pp.2924-35. ⟨10.1002/jcc.21861⟩
Article dans une revue hal-00645162v1

Monte Carlo and Molecular Dynamics Simulations to Explain Biomembrane Meso-Patterning by a Composition-Curvature Coupling Mechanism

 Julie Cornet , Matthieu Chavent , Manoel Manghi , Nicolas Destainville
Biophysical Journal, 2020, 118 (3), pp.186a. ⟨10.1016/j.bpj.2019.11.1133⟩
Article dans une revue hal-02537855v1
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Proteasome complexes experience profound structural and functional rearrangements throughout mammalian spermatogenesis

 Dušan Živković , Angelique Sanchez Dafun , Thomas Menneteau , Adrien Schahl , Sandrine Lise , et al.
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2022, 119 (15), pp.e2116826119. ⟨10.1073/pnas.2116826119⟩
Article dans une revue hal-03660083v2

Biochemical studies and Molecular Dynamics Simulations of Smad3-Erbin interaction identify a non-classical Erbin PDZ binding

 Nadine Déliot , Matthieu Chavent , Claire Nourry , P. Lécine , C. Arnaud , et al.
Biochemical and Biophysical Research Communications, 2009, 378 (3), pp.360-365. ⟨10.1016/j.bbrc.2008.10.175⟩
Article dans une revue istex inria-00339128v1

MetaMol: High-quality visualization of molecular skin surface

 Matthieu Chavent , Bruno Lévy , Bernard Maigret
Journal of Molecular Graphics and Modelling, 2008, 27 (2), pp.209-216. ⟨10.1016/j.jmgm.2008.04.007⟩
Article dans une revue istex inria-00339122v1

Advances in Human-Protein Interaction - Interactive and Immersive Molecular Simulations

 Alex Tek , Benoist Laurent , Marc Piuzzi , Zhihan Lu , Matthieu Chavent , et al.
Weibo Cai and Hao Hong. Biochemistry, Genetics and Molecular Biology " "Protein-Protein Interactions - Computational and Experimental Tools", InTech, pp.27-65, 2012, 978-953-51-0397-4. ⟨10.5772/36568⟩
Chapitre d'ouvrage hal-00760181v1

The conical shape of DIM lipids promotes Mycobacterium tuberculosis infection of macrophages

 Jacques Augenstreich , Evert Haanappel , Guillaume Ferré , Georges Czaplicki , Franck Jolibois , et al.
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2019, 116 (51), pp.25649-25658. ⟨10.1073/pnas.1910368116⟩
Article dans une revue hal-02378775v1

Blind prediction of interfacial water positions in CAPRI

 Marc F. Lensink , Aiain H. Moal , Paul A. Bates , Panagiotis L. Kastritis , Adrien S. J. Melquiond , et al.
Proteins - Structure, Function and Bioinformatics, 2014, 82 (4), pp.620-632. ⟨10.1002/prot.24439⟩
Article dans une revue hal-00880345v1
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Sharing Data from Molecular Simulations

 Mark Abraham , Rossen Apostolov , Jonathan Barnoud , Paul Bauer , Christian Blau , et al.
Journal of Chemical Information and Modeling, 2019, 59 (10), pp.4093-4099. ⟨10.1021/acs.jcim.9b00665⟩
Article dans une revue hal-02414754v1
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Interactive Molecular Dynamics: Scaling up to Large Systems

 Matthieu Dreher , Marc Piuzzi , Turki Ahmed , Chavent Matthieu , Marc Baaden , et al.
International Conference on Computational Science, ICCS 2013, Jun 2013, Barcelone, Spain
Communication dans un congrès hal-00809024v1

Game on, science - how video game technology may help biologists tackle visualization challenges.

 Zhihan Lv , Alex Tek , Franck da Silva , Charly Empereur-Mot , Matthieu Chavent , et al.
PLoS ONE, 2013, 8 (3), pp.e57990. ⟨10.1371/journal.pone.0057990⟩
Article dans une revue hal-01084644v1
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Supramolecular organization and dynamics of mannosylated phosphatidylinositol lipids in the mycobacterial plasma membrane

 Chelsea Brown , Robin Corey , Axelle Grélard , Ya Gao , Yeol Kyo Choi , et al.
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2023, 120 (5), pp.e2212755120. ⟨10.1073/pnas.2212755120⟩
Article dans une revue hal-04037054v1
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The guidance and adhesion protein FLRT2 dimerizes in cis via dual small-X3-small transmembrane motifs

 Verity Jackson , Julia Hermann , Christopher Tynan , Daniel Rolfe , Robin Corey , et al.
Structure, 2022, 30 (9), pp.1354-1365.e5. ⟨10.1016/j.str.2022.05.014⟩
Article dans une revue hal-04254493v2
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Epock : rapid analysis of protein pocket dynamics

 Benoist Laurent , Matthieu Chavent , Tristan Cragnolini , Anna Caroline E Dahl , Samuela Pasquali , et al.
Bioinformatics, 2015, 31 (9), pp.1478-1480. ⟨10.1093/bioinformatics/btu822⟩
Article dans une revue hal-01230764v1
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Nothing to sneeze at: a dynamic and integrative computational model of an influenza A virion

 Tyler Reddy , David Shorthouse , Daniel L Parton , Elizabeth Jefferys , Philip W Fowler , et al.
Structure, 2015, 23 (3), pp.584-97. ⟨10.1016/j.str.2014.12.019⟩
Article dans une revue hal-01230763v1
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FvNano: A Virtual Laboratory to Manipulate Molecular Systems

 Matthieu Chavent , Marc Piuzzi , Alex Tek , Marc Baaden
1st IEEE symposium on biological data visualization, @ ieee visweek, 2011, Oct 2011, Providence, RI, United States. pp.136
Communication dans un congrès hal-01498124v1

Structural Basis of Teneurin-Latrophilin Interaction in Repulsive Guidance of Migrating Neurons

 Daniel del Toro , Maria A. Carrasquero-Ordaz , Amy Chu , Tobias Ruff , Meriam Shahin , et al.
Cell, 2020, 180 (2), pp.323-339.e19. ⟨10.1016/j.cell.2019.12.014⟩
Article dans une revue hal-03019038v1

Interactive Molecular Dynamics: Scaling up to Large Systems

 Matthieu Dreher , Marc Piuzzi , Ahmed Turki , Matthieu Chavent , Marc Baaden , et al.
Procedia Computer Science, 2013, 2013 International Conference on Computational Science, 18, pp.20-29. ⟨10.1016/j.procs.2013.05.165⟩
Article dans une revue hal-01084652v1
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MDverse: Shedding Light on the Dark Matter of Molecular Dynamics Simulations

 Johanna K S Tiemann , Magdalena Szczuka , Lisa Bouarroudj , Mohamed Oussaren , Steven Garcia , et al.
2023
Pré-publication, Document de travail hal-04254566v1
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A brief history of visualizing membrane systems in molecular dynamics simulations

 Robin A Corey , Marc Baaden , Matthieu Chavent
Frontiers in Bioinformatics, 2023, 3, pp.1149744. ⟨10.3389/fbinf.2023.1149744⟩
Article dans une revue hal-04306431v1

A Rendering Method for Small Molecules up to Macromolecular Systems: HyperBalls Accelerated by Graphics Processors

 Matthieu Chavent , Antoine Vanel , Alex Teck , Bruno Levy , Bruno Raffin , et al.
Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM'10), 2010, Unknown, France
Communication dans un congrès hal-00953423v1

Bientôt dans votre amphithéâtre, la chimie fera son cinéma ! De la bonne utilisation des ressources informatiques pour l'enseignement : visualisation moléculaire, illustration de processus chimiques et de modèles physiques

 Matthieu Chavent , Marc Baaden , Éric Hénon , Serge Antonczak
L'Actualité Chimique, 2012, 363, pp.42-46
Article dans une revue hal-00760143v1
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Visualizing protein structures - tools and trends

 Xavier Martinez , Matthieu Chavent , Marc Baaden
Biochemical Society Transactions, 2020, 48 (2), pp.499-506. ⟨10.1042/BST20190621⟩
Article dans une revue hal-02946006v1

Multiple-step virtual screening using VSM-G: overview and validation of fast geometrical matching enrichment.

 Alexandre Beautrait , Vincent Leroux , Matthieu Chavent , Léo Ghemtio , Marie-Dominique Devignes , et al.
Journal of Molecular Modeling, 2008, 14 (2), pp.135-148. ⟨10.1007/s00894-007-0257-9⟩
Article dans une revue istex inria-00339119v1
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