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Mathilde Carpentier

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Bio-informatique [q-bio.QM] Biologie structurale [q-bio.BM] Génomique, Transcriptomique et Protéomique [q-bio.GN] Bio-Informatique, Biologie Systémique [q-bio.QM] Evolution [q-bio.PE] Systématique, phylogénie et taxonomie

Publications

	Identifying distant homologous viral sequences in metagenomes using protein structure information Martine Boccara , Mathilde Carpentier , Jacques Chomilier , François Coste , Clovis Galiez ECCB'14 Workshop on Recent Computational Advances in Metagenomics, Sep 2014, Strasbourg, France Communication dans un congrès hal-01090987v1
	Incremental Inference of Relational Motifs with a Degenerate Alphabet Nadia Pisanti , Henry Soldano , Mathilde Carpentier 2005, pp.229 - 240 Communication dans un congrès hal-00077380v1

	Origins and Functional Significance of Eukaryotic Protein Folds Martin Romei , Mathilde Carpentier , Jacques Chomilier , Guillaume Lecointre Journal of Molecular Evolution, 2023, 91 (6), pp.854-864. ⟨10.1007/s00239-023-10136-x⟩ Article dans une revue hal-04379543v1
	Protein folds as synapomorphies of the tree of life Martin Romei , Guillaume Sapriel , Pierre Imbert , Théo Jamay , Jacques Chomilier Evolution - International Journal of Organic Evolution, 2022, 76 (8), pp.1706-1719. ⟨10.1111/evo.14550⟩ Article dans une revue hal-03775795v1
	Analyses of displacements resulting from a point mutation in proteins Mathilde Carpentier , Jacques Chomilier Journal of Structural Biology, 2020, 211 (2), pp.107543. ⟨10.1016/j.jsb.2020.107543⟩ Article dans une revue hal-02799788v1
	Identification of a Novel Elastin-Degrading Enzyme from the Fish Pathogen Flavobacterium psychrophilum Tatiana Rochat , D. Pérez-Pascual , H. Nilsen , M. Carpentier , S. Bridel Applied and Environmental Microbiology, 2019, 85 (6), pp.e02535-18. ⟨10.1128/AEM.02535-18⟩ Article dans une revue hal-02311311v1
	Protein Multiple Alignments: Sequence-based versus Structure-based Programs Jacques Chomilier , Mathilde Carpentier Bioinformatics, 2019, Bioinformatics, 35 (20), pp.3970-3980. ⟨10.1093/bioinformatics/btz236⟩ Article dans une revue hal-02133485v1
	Structural effects of point mutations in proteins Suvethigaa Shanthirabalan , Jacques Chomilier , Mathilde Carpentier Proteins - Structure, Function and Bioinformatics, 2018, 86 (8), pp.853-867. ⟨10.1002/prot.25499⟩ Article dans une revue hal-01909365v1
	Contribution to the Prediction of the Fold Code: Application to Immunoglobulin and Flavodoxin Cases Mateusz Banach , Nicolas Prudhomme , Mathilde Carpentier , Élodie Duprat , Nikolaos Papandreou PLoS ONE, 2015 Article dans une revue hal-02105843v1
	Contribution to the Prediction of the Fold Code: Application to Immunoglobulin and Flavodoxin Cases Mateusz Banach , Nicolas Prudhomme , Mathilde Carpentier , Elodie Duprat , Nikolaos Papandreou PLoS ONE, 2015, 10 (4), pp.e0125098. ⟨10.1371/journal.pone.0125098⟩ Article dans une revue hal-01230861v1
	Genome sequence of the plant-pathogenic bacterium Dickeya dadantii 3937. Jeremy D. Glasner , Ching-Hong Yang , Sylvie Reverchon , Nicole Hugouvieux-Cotte-Pattat , Guy Condemine Journal of Bacteriology, 2011, 193 (8), pp.2076-7. ⟨10.1128/JB.01513-10⟩ Article dans une revue hal-00750360v1
	A Relational Extension of the Notion of Motifs : Application to the Protein Common 3D Substructures Searching Problem Nadia Pisanti , Henry Soldano , Mathilde Carpentier , Joël Pothier Journal of Computational Biology, 2009, 16 (12), pp.1635-1660 Article dans une revue hal-00618073v1
	RPBS: a web resource for structural bioinformatics Cynthia Alland , François Moreews , D. Boens , M. Carpentier , S. Chiusa Nucleic Acids Research, 2005, Nucleic Acids Res. 2005 Jul 1;33(Web Server issue):W44-9.Click here to read Article dans une revue inria-00180478v1

	Impact of a Point Mutation in a Protein Structure Mathilde Carpentier , Jacques Chomilier Philippe Grandcolas; Marie-Christine Maurel. Systematics and the Exploration of Life, 1, Wiley, 2021, 9781119476870. ⟨10.1002/9781119476870.ch2⟩ Chapitre d'ouvrage mnhn-03959542v1
	Implicit and Explicit Representation of Approximated Motifs Nadia Pisanti , Henry Soldano , Mathilde Carpentier , Joël Pothier C. S. Iliopoulos and K. Park and K. Steinhoefel. Algorithms in Bioinformatics, College Press, pp.1-15, 2006 Chapitre d'ouvrage hal-00087010v1

	Are protein folds reliable phylogenetic markers? Guillaume Sapriel , Pierre Imbert , Mathilde Carpentier , Jacques Chomilier , Guillaume Lecointre Mathematical and Computational Evolutionary Biology, Jun 2022, Château d'Oex, Switzerland Poster de conférence hal-03959674v1
	PPalign: optimal alignment of Potts models representing proteins with direct coupling information Hugo Talibart , François Coste , Mathilde Carpentier ISMB 2022 - 30th Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, Jul 2022, Madison, United States. pp.1-1 Poster de conférence hal-03926272v1

	La structure des protéines et son évolution Mathilde Carpentier Bio-informatique [q-bio.QM]. Sorbonne Université, 2023 HDR tel-04076823v1

	Méthodes de détection des similarités structurales : caractérisation des motifs conservés dans les familles de structures pour l'annotation des génomes Mathilde Carpentier Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Pierre et Marie Curie (Paris 6), Sorbonne Universités, 2005. Français. ⟨NNT : ⟩ Thèse tel-03959695v1