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Marie LEFEBVRE
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Documents
Présentation
### **Ingénieur bioinformatique**
Lieu: Clermont-Ferrand, France
Ingénieur en bioinformatique dans l'unité de Nutrition Humaine (UMR 1019 UNH) à Clermont-Ferrand, à 50% sur la Plateforme d'Exploration du Métabolisme (PFEM) INRAE.
Je gère les données de santé (RedCap).
Je mets en place des bases de données et interface web via les technologies web sémantique.
### Background & position
**Depuis Février 2023** - Ingénieur en bioinformatique à INRAE, Clermont-Ferrand, France
Projet [MetaboHub](https://www.metabohub.fr/)
**Octobre 2017-2023** - Ingénieur en bioinformatique à INRAE, Bordeaux, France
Développement du pipeline virAnnot pour les analyses métagénomiques virales.
Développement de bases de données et d'interfaces web pour les virus de plantes.
**October 2020-March 2021** - Mission au Bioinformatics Group, Wageningen University and Research, NL
J'ai obtenu une bourse d'échange dans le cadre du projet [ELIXIR](https://elixir-europe.org/about-us/staff-exchange-programme) pour:
- intégrer le pipeline [virAnnot](doi:10.1094/PBIOMES-07-19-0037-A) dans GALAXY pour rendre les analyses métagénomiques virales facilement accessibles à toute la communauté
- développer une méthode pour hiérarchiser les gènes d'une région eQTL afin d'identifier plus précisément le gène causal affectant un trait, voir [AraQTL](https://www.bioinformatics.nl/AraQTLld)
**2016-2017** - Ingénieur en bioinformatique - LS2N Combinatoire et Informatique, Nantes, France
Développement d'algorithmes et d'interfaces web pour l'intégration de données hétérogènes via les données ouvertes liées et le web sémantique (modèle BioPAX). [SyMeTRIC Project](http://symetric.univ-nantes.fr/doku.php)
**2014-2016** - Ingénieur en bioinformatique - INRA Biologie des fruits et pathologie, Bordeaux, France
Développement d'une base de données et d'une interface Web pour les spectres RMN et leurs métadonnées. [Metabohub Project](https://www.metabohub.fr/home.html)
Intégration d'outils pour Galaxy Workflow4Metabolomics.
**2014** - Stage - INRA Evolution et génétique quantitative, Paris-Sud, France
Intégration d'un package R dans une interface web pour l'analyse de données de sélection variétale de blé. [SHiHeMaS Project](https://sourcesup.renater.fr/projects/shinemas/)
### Education & training
**2021** - IFB open science and PGD (IFB)
**2020** - Hackaton Galaxy Interactive Tools (GEOC)
**2017** - Cours de calcul haute performance (Bordeaux Computing Center)
**2015** - Tools integration for GALAXY (IFB Galaxy group)
**2014** - Master : Bioinformatique (Nantes, France)
**2012** - Licence : Biologie, Géosciences, Chimie (Nantes, France) option biologie de l'environnement
### **Bioinformatics engineer**
Location: Clermont-Ferrand, France
I am a bioinformatics engineer in the Human Nutrition Unit (UMR 1019 UNH) in Clermont-Ferrand, 50% on the INRAE Metabolism Exploration Platform (PFEM).
I manage health data (RedCap).
I set up databases and web interfaces using semantic web technologies.
### Background & position
**Since February 2023** - Bioinformatics Engineer at INRAE, Clermont-Ferrand, France
Project [MetaboHub](https://www.metabohub.fr/)
**2017-2023** - Bioinformatics ingineer permanent position at INRAE, Bordeaux, France
Development of [virAnnot pipeline](doi:10.1094/PBIOMES-07-19-0037-A) for viral metagenomic analyses. Databases and web interfaces development for plant viruses.
**October 2020-March 2021** - Long term mission at the Bioinformatics Group, Wageningen University and Research, NL
I was awarded a Staff Exchange Grant from the [ELIXIR project](https://elixir-europe.org/about-us/staff-exchange-programme) to:
- integrate the [virAnnot pipeline](doi:10.1094/PBIOMES-07-19-0037-A) in the GALAXY environment to make viral metagenomics analyses easily accessible for all the community
- develop a method to prioritize the genes of an eQTL region in order to identify more precisely the causal gene affecting trait, see [AraQTL](https://www.bioinformatics.nl/AraQTLld)
**2016-2017** - Bioinformatics ingineer - LS2N Combinatory and Informatic, Nantes, France
Algorithm and web interface development for heterogeneous data integration through linked open data and semantic web (BioPAX model). [SyMeTRIC Project](http://symetric.univ-nantes.fr/doku.php)
**2014-2016** - Bioinformatics ingineer - INRAe Biology of Fruit and Pathology, Bordeaux, France
Database and Web interface development for NMR spectra and metadata. [Metabohub Project](https://www.metabohub.fr/home.html)
Tool integration for Galaxy Workflow4Metabolomics
**2014** - Internship - INRA Evolution and quantitative genetic, Paris-Sud, France
R package integration in a web interface for the analysis of wheat varietal selection data. [SHiHeMaS Project](https://sourcesup.renater.fr/projects/shinemas/)
### Education & training
**2021** - IFB open science and PGD (IFB)
**2020** - Hackaton Galaxy Interactive Tools (GEOC)
**2017** - High-performance computing Course (Bordeaux Computing Center)
**2015** - Tools integration for GALAXY (IFB Galaxy group)
**2014** - Master’s degree: Bioinformatics (Nantes, France)
**2012** - Licence’s degree: Biology, Geosciences, Chemistry (Nantes, france) Option: Environmental Biology
Publications
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Semi-artificial datasets as a resource for validation of bioinformatics pipelines for plant virus detectionInternational Advances in Plant Virology, Apr 2021, Avignon (en ligne), France
Poster de conférence
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An automated strategy for viral diversity estimation and OTUs assignation implemented in the VirAnnot pipeline17. Rencontres de Virologie Végétale (RVV 2019), Jan 2019, Aussois, France. 2019
Poster de conférence
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Comparaison directe de la performance des techniques classiques avec Séquençage à haut débit (HTS) pour la détection des virus des arbres fruitiers17. Rencontres de Virologie Végétale (RVV 2019), Jan 2019, Aussois, France. 2019
Poster de conférence
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NMRProcFlow: An easy GUI tool dedicated to 1D NMR spectra processing (1H & 13C) for Metabolomics11. Journées Scientifiques du RFMF, May 2018, Liège, Belgium. pp.P24, 2018, 11. Journées Scientifiques du RFMF
Poster de conférence
hal-03125691v1
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NMRProcFlow: A graphical and interactive tool dedicated to 1D spectra processing for NMR-based metabolomics.EUROMAR - European Magnetic Resonance Meeting, Jul 2018, Nantes, France. 2018
Poster de conférence
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Plant Metabolomics at Bordeaux Metabolome Facility, a member of MetaboHUB and PHENOME IA projects. Tools and Applications10. journées scientifiques du Réseau Francophone de Métabolomique et Fluxomique RFMF 2016, May 2016, Montpellier, France. 2016
Poster de conférence
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PeakForest: a spectral database and its toolbox, dedicated to the Metabolomics’ community12. annual conference of the Metabolomics Society, Jun 2016, Dublin, United Kingdom. 2016
Poster de conférence
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Plant Metabolomics at Bordeaux Metabolome Facility, a member of MetaboHUB and PHENOME IA projects. Tools and ApplicationsMetabolomics 2016. 12. Annual Conference of the Metabolomics Society, Jun 2016, Dublin, United Kingdom. 2016
Poster de conférence
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EMERODE: nuclEAR MagnEtic Resonance prOfiles DatabasE10. journées scientifiques du Réseau Francophone de Métabolomique et Fluxomique RFMF 2016, May 2016, Montpellier, France. 2016
Poster de conférence
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SHiNeMaS : a database dedicated to seed lots genealogy, phenotyping and cultural practices.Journées Ouvertes en Biologie, Informatique & Mathématiques 2015, Jul 2015, Clermont-Ferrand, France
Poster de conférence
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Plant Metabolomics at Bordeaux Metabolome Facility, a member of MetaboHUB and PHENOME IA projects. Tools and Applications.9. Journées scientifiques du RFMF, Jun 2015, Lille, France. 2015
Poster de conférence
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PeakForest: a spectral reference database made from metabolomic experts for metabolomic analyses9. Journées scientifiques du RFMF, Jun 2015, Lille, France. 2015
Poster de conférence
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Vers une annotation RMN 1D et 2D ciblée à partir de matrices de référence9. Journées scientifiques du RFMF, Jun 2015, Lille, France. 2015
Poster de conférence
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Workflow4Metabolomics: A collaborative research infrastructure for computational metabolomicsJOBIM 2015 (16e édition des Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques ), Jul 2015, Clermont-Ferrand, France. , 2015, JOBIM (16e édition des Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques ). ⟨10.1093/bioinformatics/btu813⟩
Poster de conférence
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Semi-artificial datasets as a resource for validation of bioinformatics pipelines for plant virus detection2021
Pré-publication, Document de travail
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A pipeline to detect the relationship between transposable elements and adjacent genes in host genomes2021
Pré-publication, Document de travail
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NMRProcFlow: A graphical and interactive tool dedicated to 1D spectra processing for NMR-based metabolomics2016
Pré-publication, Document de travail
hal-01401241v1
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