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Mathieu Giraud


Mathieu Giraud, directeur de recherche CNRS en informatique au laboratoire CRIStAL (CNRS, Université de Lille, Centrale Lille), conçoit des méthodes algorithmiques pour étudier des séquences au service de projets culturels et de santé.

Il l'équipe d'informatique musicale Algomus sur la modélisation, l'analyse, la visualisation et la génération de partitions vues comme des séquences de notes. Est-ce qu'un ordinateur peut aider à faire comprendre et même à faire apprécier la musique ? Ces travaux en humanités numériques concernent la mélodie, l'harmonie (accords, progressions d'accords, cadences), les rythmes, la texture musicale, pour finalement modéliser la structure et la forme musicale.

Mathieu a mené durant 15 ans des recherches sur l'analyse et la comparaison de séquences d'ADN, notamment dans l'équipe de bioinformatique Bonsai, Il travaille toujours sur des méthodes pour mieux connaître les populations de globules blancs, en particulier pour améliorer les diagnostics et les suivis de leucémie. Il est le responsable technique du consortium VidjilNet au sein d'Inria et s'intéresse à l'éthique des traitements de données médicales.

Mathieu collabore avec des musiciens (artistes, enseignants, grand public...) ainsi qu'avec des cliniciens et des professionels de santé. Il s'inscrit dans une démarche de science ouverte.


Mikaël Salson   

Journal articles8 documents

  • Monika Brüggemann, Michaela Kotrova, Henrik Knecht, Jack Bartram, Myriam Boudjogrha, et al.. Standardized next-generation sequencing of immunoglobulin and T-cell receptor gene recombinations for MRD marker identification in acute lymphoblastic leukaemia; a EuroClonality-NGS validation study. Leukemia, Nature Publishing Group: Open Access Hybrid Model Option B, 2019, ⟨10.1038/s41375-019-0496-7⟩. ⟨hal-02169053⟩
  • Tatiana Rocher, Mathieu Giraud, Mikaël Salson. Indexing labeled sequences. PeerJ Computer Science, PeerJ, 2018, 4, pp.1-14. ⟨10.7717/peerj-cs.148⟩. ⟨hal-01743104⟩
  • Mikael Salson, Mathieu Giraud, Aurélie Caillault, Nathalie Grardel, Nicolas Duployez, et al.. High-throughput sequencing in acute lymphoblastic leukemia: Follow-up of minimal residual disease and emergence of new clones. Leukemia Research, Elsevier, 2017, 53, pp.1-7. ⟨10.1016/j.leukres.2016.11.009⟩. ⟨hal-01404817⟩
  • Yann Ferret, Aurélie Caillault, Shéhérazade Sebda, Marc Duez, Nathalie Grardel, et al.. Multi-loci diagnosis of acute lymphoblastic leukaemia with high-throughput sequencing and bioinformatics analysis. British Journal of Haematology, Wiley, 2016, 173 (3), pp.413-420. ⟨10.1111/bjh.13981⟩. ⟨hal-01279160⟩
  • Marc Duez, Mathieu Giraud, Ryan Herbert, Tatiana Rocher, Mikael Salson, et al.. Vidjil: A Web Platform for Analysis of High-Throughput Repertoire Sequencing. PLoS ONE, Public Library of Science, 2016, 11 (11), ⟨10.1371/journal.pone.0166126⟩. ⟨hal-01397079⟩
  • Michaela Kotrova, Katerina Muzikova, Ester Mejstrikova, Michaela Novakova, Violeta Bakardjieva-Mihaylova, et al.. The predictive strength of next-generation sequencing MRD detection for relapse compared with current methods in childhood ALL.. Blood, American Society of Hematology, 2015, 126 (8), pp.1045-7. ⟨10.1182/blood-2015-07-655159⟩. ⟨hal-01241663⟩
  • Mathieu Giraud, Mikaël Salson, Marc Duez, Céline Villenet, Sabine Quief, et al.. Fast multiclonal clusterization of V(D)J recombinations from high-throughput sequencing. BMC Genomics, BioMed Central, 2014, 15 (1), pp.409. ⟨10.1186/1471-2164-15-409⟩. ⟨hal-01009173⟩
  • Mathieu Giraud, Mikaël Salson. Les séquenceurs à haut débit. Interstices, INRIA, 2011. ⟨hal-01350176⟩

Conference papers3 documents

  • Tatiana Rocher, Mathieu Giraud, Mikael Salson. Indexer un ensemble de séquences ADN annotées. JOBIM, Jun 2016, Lyon, France. ⟨hal-01576319⟩
  • Nathalie Grardel, Mikaël Salson, Aurélie Caillault, Marc Duez, Céline Villenet, et al.. Diagnostic et suivi des leucémies aiguës lymphoblastiques (LAL) par séquençage haut-débit (HTS). Congrès de la Société Française d'Hématologie (SFH), 2014, Paris, France. ⟨hal-01100152⟩
  • Mathieu Giraud, Mikaël Salson, Marc Duez, Jean-Stéphane Varré, Céline Villenet, et al.. Suivi de la leucémie résiduelle par séquençage haut-débit. JOBIM, Jul 2013, Toulouse, France. ⟨hal-00857581⟩

Poster communications1 document

  • Nathalie Grardel, Mathieu Giraud, Mikaël Salson, Marc Duez. Multiclonal Diagnosis and MRD Follow-up in ALL with HTS Coupled with a Bioinformatic Analysis. American Society of Hematology Annual Meeting, 2014, San Francisco, France. 2014. ⟨hal-01100290⟩

Other publications1 document

  • Mikael Salson, Aurélie Caillault, Marc Duez, Yann Ferret, Alice Fievet, et al.. A dataset of sequences with manually curated V(D)J designations. 2016. ⟨hal-01331556⟩