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Mathieu Giraud


Mathieu Giraud, directeur de recherche CNRS en informatique au laboratoire CRIStAL (CNRS, Université de Lille, Centrale Lille), conçoit des méthodes algorithmiques pour étudier des séquences au service de projets culturels et de santé.

Il l'équipe d'informatique musicale Algomus sur la modélisation, l'analyse, la visualisation et la génération de partitions vues comme des séquences de notes. Est-ce qu'un ordinateur peut aider à faire comprendre et même à faire apprécier la musique ? Ces travaux en humanités numériques concernent la mélodie, l'harmonie (accords, progressions d'accords, cadences), les rythmes, la texture musicale, pour finalement modéliser la structure et la forme musicale.

Mathieu a mené durant 15 ans des recherches sur l'analyse et la comparaison de séquences d'ADN, notamment dans l'équipe de bioinformatique Bonsai, Il travaille toujours sur des méthodes pour mieux connaître les populations de globules blancs, en particulier pour améliorer les diagnostics et les suivis de leucémie. Il est le responsable technique du consortium VidjilNet au sein d'Inria et s'intéresse à l'éthique des traitements de données médicales.

Mathieu collabore avec des musiciens (artistes, enseignants, grand public...) ainsi qu'avec des cliniciens et des professionels de santé. Il s'inscrit dans une démarche de science ouverte.


Jean-Stéphane Varré   

Journal articles1 document

Conference papers7 documents

  • Tuan Tu Tran, Mathieu Giraud, Jean-Stéphane Varré. Perfect Hashing Structures for Parallel Similarity Searches. International Workshop on High Performance Computational Biology (HiCOMB 2015) / International Parallel and Distributed Processing Symposium (IPDPS 2015), 2015, Hyderabad, India. pp.332-341, ⟨10.1109/IPDPSW.2015.105⟩. ⟨hal-01153893⟩
  • Mathieu Giraud, Mikaël Salson, Marc Duez, Jean-Stéphane Varré, Céline Villenet, et al.. Suivi de la leucémie résiduelle par séquençage haut-débit. JOBIM, Jul 2013, Toulouse, France. ⟨hal-00857581⟩
  • Jean-Frédéric Berthelot, Charles Deltel, Mathieu Giraud, Stéphane Janot, Laetitia Jourdan, et al.. biomanycores.org: a repository of interoperable open-source code for many-core bioinformatics. JOBIM 2011, Jul 2011, Paris, France. ⟨hal-00637847⟩
  • Tuan Tu Tran, Mathieu Giraud, Jean-Stéphane Varré. Bit-Parallel Multiple Pattern Matching. Parallel Processing and Applied Mathematics / Parallel Biocomputing Conference (PPAM / PBC 11), 2011, Torun, Poland. ⟨inria-00637227⟩
  • Mathieu Giraud, Stéphane Janot, Jean-Frédéric Berthelot, Charles Deltel, Laetitia Jourdan, et al.. Biomanycores, open-source parallel code for many-core bioinformatics. Bioinformatics Open Source Conference (BOSC 2011), 2011, Vienne, Austria. ⟨inria-00623390⟩
  • Mathieu Giraud, Jean-Stéphane Varré. Parallel Position Weight Matrices Algorithms. International Symposium on Parallel and Distributed Computing (ISPDC 2009), Jul 2009, Lisboa, Portugal. pp.65-69, ⟨10.1109/ISPDC.2009.31⟩. ⟨inria-00438215⟩
  • Jean-Stéphane Varré, Stéphane Janot, Mathieu Giraud. Biomanycores, a repository of interoperable open-source code for many-cores bioinformatics. Bioinformatics Open Source Conference (BOSC), Jun 2009, Stockholm, Sweden. ⟨inria-00438224⟩

Book sections1 document

  • Jean-Stéphane Varré, Bertil Schmidt, Stéphane Janot, Mathieu Giraud. Manycore high-performance computing in bioinformatics. Laura Elnitski, Helen Piontkivska, Lonnie R Welch. Advances in Genomic Sequence Analysis and Pattern Discovery, World Scientific, chapter 8, 2011. ⟨hal-00563408⟩