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Mathieu Giraud

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Identifiants chercheurs

Présentation

[Mathieu Giraud](http://cnrs.magiraud.org/), directeur de recherche CNRS en informatique au laboratoire [CRIStAL](http://cristal.univ-lille.fr/) (CNRS, Université de Lille, Centrale Lille), conçoit des méthodes algorithmiques pour *étudier des séquences* au service de projets culturels et de santé. Il l'équipe d'informatique musicale Algomus sur [la modélisation, l'analyse, la visualisation et la génération de partitions](http://www.algomus.fr) vues comme des séquences de notes. Est-ce qu'un ordinateur peut aider à faire comprendre et même à faire apprécier la musique ? Ces travaux en humanités numériques concernent la mélodie, l'harmonie (accords, progressions d'accords, cadences), les rythmes, la texture musicale, pour finalement modéliser la structure et la forme musicale. Mathieu a mené durant 15 ans des recherches sur l'analyse et la comparaison de séquences d'ADN, notamment dans l'équipe de bioinformatique [Bonsai](http://cristal.univ-lille.fr/bonsai/), Il travaille toujours sur des méthodes pour [mieux connaître les populations de globules blancs](http://www.vidjil.org), en particulier pour améliorer les diagnostics et les suivis de leucémie. Il est le responsable technique du [consortium VidjilNet](http://www.vidjil.net) au sein d'Inria et s'intéresse à l'éthique des traitements de données médicales. Mathieu collabore avec des musiciens (artistes, enseignants, grand public...) ainsi qu'avec des cliniciens et des professionels de santé. Il s'inscrit dans une démarche de [science ouverte](https://fr.wikipedia.org/wiki/Science_ouverte).
Prof. [Mathieu Giraud](http://cnrs.magiraud.org/) is a CNRS Senior Researcher in the Centre de Recherche en Informatique, Signal et Automatique de Lille (CRIStAL), the departement of Computer Science of the Université Lille, in France. He obtained a MS in École Normale Supérieure de Lyon in 2002, and a PhD from the Université Rennes 1 in 2005, and an habilitation thesis from Université de Lille in 2016. He previously worked on weighted automata and specialized architectures using FPGAs, on high-performance computing using GPUs and many-cores architectures, and on RNA bioinformatics. His current research interests target <b>text algorithms and data-based methods for computer musicology and bioinformatics</b>. With his colleagues, he designs and implements algorithms analyzing music scores and DNA sequences. He works both on theoretical studies and on applied projects involving musicians and clinicians. Mathieu strongly support open research and outreach programmes. Mathieu leads the [Algomus computer music team](http://www.algomus.fr) . The team design methods and algorithms to study high-level structure of music such as musical forms, combining musical expertise, text algorithms and data analysis. Mathieu was also a member of the joint bioinformatics Bonsai team with Inria Lille, working on the [Vidjil](http://www.vidjil.org) project on immune repertoire analysis. He is now the CTO of the non-profit [VidjilNet consortium](http://www.vidjil.net), counseling the development of bioinformatics software for health and the ethics on collecting and processing healthcare data. Mathieu is a former member of the Inria national evaluation board.

Publications

jeanstephanevarre

Perfect Hashing Structures for Parallel Similarity Searches

Tuan Tu Tran , Mathieu Giraud , Jean-Stéphane Varré
International Workshop on High Performance Computational Biology (HiCOMB 2015) / International Parallel and Distributed Processing Symposium (IPDPS 2015), 2015, Hyderabad, India. pp.332-341, ⟨10.1109/IPDPSW.2015.105⟩
Communication dans un congrès hal-01153893v1

Suivi de la leucémie résiduelle par séquençage haut-débit

Mathieu Giraud , Mikaël Salson , Marc Duez , Jean-Stéphane Varré , Céline Villenet
JOBIM, Jul 2013, Toulouse, France
Communication dans un congrès hal-00857581v1

biomanycores.org: a repository of interoperable open-source code for many-core bioinformatics

Jean-Frédéric Berthelot , Charles Deltel , Mathieu Giraud , Stéphane Janot , Laetitia Jourdan
JOBIM 2011, Jul 2011, Paris, France
Communication dans un congrès hal-00637847v1
Image document

Bit-Parallel Multiple Pattern Matching

Tuan Tu Tran , Mathieu Giraud , Jean-Stéphane Varré
Parallel Processing and Applied Mathematics / Parallel Biocomputing Conference (PPAM / PBC 11), 2011, Torun, Poland
Communication dans un congrès inria-00637227v1
Image document

Biomanycores, open-source parallel code for many-core bioinformatics

Mathieu Giraud , Stéphane Janot , Jean-Frédéric Berthelot , Charles Deltel , Laetitia Jourdan
Bioinformatics Open Source Conference (BOSC 2011), 2011, Vienne, Austria
Communication dans un congrès inria-00623390v1

Biomanycores, a repository of interoperable open-source code for many-cores bioinformatics

Jean-Stéphane Varré , Stéphane Janot , Mathieu Giraud
Bioinformatics Open Source Conference (BOSC), Jun 2009, Stockholm, Sweden
Communication dans un congrès inria-00438224v1
Image document

Parallel Position Weight Matrices Algorithms

Mathieu Giraud , Jean-Stéphane Varré
International Symposium on Parallel and Distributed Computing (ISPDC 2009), Jul 2009, Lisboa, Portugal. pp.65-69, ⟨10.1109/ISPDC.2009.31⟩
Communication dans un congrès inria-00438215v1
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Manycore high-performance computing in bioinformatics

Jean-Stéphane Varré , Bertil Schmidt , Stéphane Janot , Mathieu Giraud
Laura Elnitski, Helen Piontkivska, Lonnie R Welch. Advances in Genomic Sequence Analysis and Pattern Discovery, World Scientific, chapter 8, 2011
Chapitre d'ouvrage hal-00563408v1